段祺瑞摧残国会的活动也得到了研究系的配合。皖系军人政客策动的"公民请愿团"围攻国会的闹剧发生后，国会中"各派同愤，虽赞成政府者亦多声言必反对。"研究系却坚持拥段立场。"公民请愿团"的闹剧刚一收场，研究系就表示"对德宣战，则吾国在地球上之国际地位问题，且即为目前之国家存亡问题。吾辈本有主张，亦不应因一时愤激有所变动。"5月18日，研究系以"现在政潮剧烈，感情激盈，轻率议宪异常危险"为由，宣布停止出席宪法会议。这为督军团向国会发难提供了口实。次日，督军团即通电指斥宪法会议通过的宪法修正条款是"暴民专制"，紧接着督军团又具呈黎元洪，要求将国会"即刻解散"。研究系也发布了"对宪法之意见书"，诬称宪法修正案有五大弊端，"足以召国家永乱"。这说明研究系是段祺瑞摧残国会的同谋。参战风波使府院矛盾迅速激化。1917年5月23日，黎元洪下令免除段祺瑞的国务总理职务。段出走天津，策动皖系督军独立。张勋复辟后，段誓师讨逆，再度控制了北京政府的大权。段祺瑞的这些活动，都有研究系的谋划与支持。
张勋复辟垮台后，段祺瑞再度出任国务总理。由于助段有功，梁启超、汤化龙、林长民、范源濂等研究系要人被拉人内阁，分掌财政、内务、司法和教育。内务与财政两次长也是研究系人。这是研究系最得意的时期，认为"此次内阁，虽非完全政党内阁，然已可谓为极近于政党内阁"。梁、汤等人在向研究系大会报告人阁情形时说："今兹人阁，实为吾辈政策有实现之希望。故为国家计，为团体计，不得不牺牲个人，冒险奋斗，今后之进退，一视吾辈之政策能否实现为断。"他们的"政策"就是利用皖系军阀的力量来发展自己的势力，以图建立一党内阁，他们反对恢复旧国会，建议段祺瑞召集临时参议院，修改国会选举法和组织法，再召集新国会，从而彻底排除原国民党人。他们还决议恢复旧进步党，"实行大进步党主义之结合"，争取国会多数席位。梁启超早早制定了一系列改革币制、整顿金融的计划，准备大展宏图。
然而研究系很快发现，一党内阁不过是一场梦。研究系虽为皖系竭尽效力，却不为皖系信任。段祺瑞重握北京政府大权后，便与交通系紧密勾结，对研究系排斥打击。梁启超上任后，即与五国银行团签订了一千万日元的善后续借款合同，准备用于币制改革，决不挪作他用。皖系与交通系"授意各省，不分军政民政，一概向财部要钱"，梁穷于应付，焦头烂额，币制改革成为泡影。对于皖系与交通系的活动，研究系也进行反击。1917年8月，曹汝霖、章宗祥与日本西原龟三共同筹划，设立中日汇业银行，经理日本对华借款的汇兑。梁启超以其有发行纸币权，足以紊乱金融，有损中国主权而坚决反对，阻止该行成立。
研究系人阁之初，曾表示支持段祺瑞的武力统一政策，改变了拥段的态度，对于段祺瑞以参战为名，向日本大量借款的行动，研究系也表示不满。1917年11月，段祺瑞因川湘战争失败而被迫辞职，研究系阁员随之辞职。研究系下野后，汤化龙、林长民赴日、美考察。1918年9月1日，汤在温哥华遇刺。梁启超宣言不过问政治，致力于文化学术研究。研究系此后便日衰一日，1918年8月安福国会召开，研究系只获得20余席位，在新国会中成为小派别。1920年7月直皖战争爆发，皖系失败，安福国会解散。1922年6月黎元洪任大总统，下令恢复旧国会，研究系议员又分为若干小团体，宪法研究会名义虽存，但日薄西山。1923年直系首领曹锟贿选总统，研究系议员多接受贿赂，甘为"猪仔"。1924年国会重遭解散，研究系随之消失。
商榷系
护国战争结束后，大多数国民党人并未认识到段祺瑞政权仍是一个专制独裁的军阀政权。他们普遍认为应该"移武力革命精神趋人政治轨道"。而国会的恢复，又使得国民党人对议会政治与政党政治的幻想再度出现。国民党人与进步党人一样，积极组织力量，力图控制国会。孙中山指出："共和国运用宪法，非有政党万不为功，决不能以散漫之议员活动之也。"黄兴也认为："凡今日有新思想之同人俱结合一致，成一真正民党之大团体，以与腐败官僚相抵抗，非是则国基万无巩固之一日也。"
年8月，国会开幕，国民党议员即开始了组合活动，至9月初已形成两个政团。（1）石驸马大街张宅。国会开会后，国民党议员张继认为："今日之国会自宜暂持不党主义以示广大，便于接近他派，可期合力造成中华民国。惟一盘散沙，若无统一办法，将来议事进行必多阻碍"，他便于石驸马大街寓所召集国民党议员开会谋划，渐成一派。对外仅标张宅而无正式名称。张继、谷钟秀、吴景濂、王正廷、张耀曾等为其核心人物。成员主要是国民党议员中的稳健派。（2）丙辰俱乐部。由居正、马君武、田桐、白逾桓、高旭等人发起，9月6日正式成立。主要是中华革命党议员及国民党的激烈派分子组成，宣称以"使国家趋于法制轨道"为宗旨，"以纯然在野的关系研究将来之宪法及一切政治问题"。从进步党中分化出来的孙洪伊、温世霖、丁世铎也组织了韬园，与上述两政团接近，成员中也有国民党人。
国会召开后，拟于9月下旬召开宪法会议，审查《天坛宪法草案》。为贯彻自己的宪法主张，进步党议员组织了宪法案研究会、宪法研究同志会等团体，国民党议员也开始谋求新的组合。9月初，国民党议员200余人在张宅开会，张耀曾、诸辅成等人提出："目下任何一派议员，不能占两院多数，且无论任何两派议员之结合，亦不能占绝对多数，故宜广为结纳"，建议组织一个论宪法的团体。建议得到了丙辰俱乐部和韬园的赞同。9月9日，张宅、丙辰俱乐部、韬园三派议员380余人在北海公园集会，决定"联合组一大党"，定名宪法商榷会，"以交换意见，促宪法之速成为宗旨"。宪法商榷会成立后，很快与由原进步党议员组合而成的研究系形成两军对垒的局面，彼此产生了矛盾与斗争。正因为如此，时人又称宪法商榷会为商榷系。
年10月，国会的宪法审议会开始讨论地方制度问题。此前，商榷系议员白逾桓、吕志伊、杨铭源等人已提出省制加人宪法的修正案，主张在宪法中规定地方制度，省长由省议会选举，由总统任命。省议会可弹劾省长，由参议院审查后咨大总统执行。省长可咨总统解散省议会，但须经参议院同意。省议会与省长的争执呈请总统交参议院裁决。在商榷系议员的坚持下，省制入宪问题被列入了宪法审议会的议程。在审议中，商榷系议员进一步指出，欧美共和制度国家，其宪法中都有关于地方制度之条款，中国以共和立国，应效法欧美，省制人宪，实行省长民选，才可奠定地方自治之基础。商榷系的这一主张遭到研究系的强列反对。研究系认为，中国地方制度本不确定，倘偏于急就，订入宪法，一但发生变动，则根本动摇。且省长民选必为各省督军反对，强事胶粘易惹起政潮。应在宪法制定后，再以制宪之手续制定省制。双方争持激烈。10月底至12月初，宪法审议会就省制人宪及省长民选数次投票，均因研究系的反对而未果。在12月8日的投票中，两系议员竟互相殴斗，打作一团。
商榷系省制人宪主张的核心是强调地方自治，加强省议会与国会的权力，限制中央政府的权力，实质是反对北洋军阀的独裁。护国战争中，西南地方实力派得以发展，并与国民党人关系较为密切，商榷系企图通过省制人宪和省长民选来加强西南地方实力派的地位，使国民党人有所依托和发展。商榷系议员曾指出："二次革命之发端，即为争省长民选。……此次西南起义，人人均抱一联邦主义，以推倒袁氏，恢复共和。今之主张省制加入宪法，省长民选，犹是贯彻始旨。盖中国久为一官僚政治，非从根本上改革不可。"由于反映了地方实力派的利益，商榷系的主张得到不少省议会的支持。
宪法商榷会虽集合了两院中多数原国民党议员和部分原进步党议员，在国会中占优势，但其并非组织严密的政团，只是几个政团的松散联盟。商榷会建立后，加入其中的丙辰俱乐部、韬园等团体并未取消，1916年10月19日，张宅打出益友社名义。在省制人宪问题的斗争中，商榷系各政团虽都赞同省制人宪，在国会中也有配合，但从未以商榷会的名义提出政见，对省制问题的主张意见不一。丙辰俱乐部主张省长民选，益友社却"只希望省制加入以巩固省之地位"，对省长的任用仅表示"以法律定之"。议场斗殴事件后，益友会与研究系均通电各省，互相指斥，丙辰俱乐部与韬园却充当调解人。政见的分歧与行动的步调不一，反映出商榷系内部的矛盾与涣散。1916年11月20日，益友社的谷钟秀、张耀曾等人因在副总统选举问题上与张继、吴景濂等人发生冲突，又别立门户，组成政学会。至12月底，商榷会已仅存名义，1917年后，名义也消失了。
政学系