正当护国军在川南与北洋军对峙、护国战争处于危急关头之际，广西将军陆荣廷于3月15日宣布独立，护国战争出现了新的转机。辛亥革命后陆也曾追随袁世凯，残酷杀害革命党人，1915年3月晋升为耀武上将军。随着陆地位的加强，袁逐渐对他产生了戒心，遂任命自己心腹龙济光做广东都督，借以牵制；又将其子陆裕勋调入北京做人质，以控制陆荣廷，双方矛盾逐渐加深。1916年1月下旬，梁启超写了一封3000字的长信策动陆荣廷宣布独立。3月初，梁又毅然由沪启程赴桂，并派其代表汤觉顿先行到达南宁。15日，陆荣廷即与梁启超联名发表致北京最后通牒电和致各省通电，宣布广西独立，并俘获云南查办使龙觐光父子，粉碎了袁世凯从广西进攻云南的阴谋，使滇、黔、桂三省连成一片，极大地鼓舞了在川南、湘西前线浴血奋战的护国军士气。四川护国军乘机反攻，收复了失去的阵地。北洋军全线溃退，伤亡惨重。广西独立，与云贵一致讨袁，对袁世凯是沉重一击。此时北洋派内部已趋于分崩离析，北洋派的两大柱石——段祺瑞、冯国璋在"民国"招牌之下本都有争夺继承总统的资格，却因袁氏称帝而丧失这种机运，故对袁称帝均抱消极抵制态度。段祺瑞辞去陆军总长职务，躲到北京西山养病。江苏将军冯国璋在南京消极怠工，作壁上观。广西独立后，他又联络江西、广东、浙江三省将军和长江巡阅使张勋联名致电袁世凯，请速取消帝制（即当时盛传一时的"五将军密电"），把袁世凯惊得目瞪口呆。与此同时，帝国主义也改变了态度。1915年10月28日，日本联合英、俄对袁世凯发出"劝告"，诫其"善顾大局"，缓办帝制，"以防祸未然"。不久，法国也加人"劝告"。12月15日，日、英、俄、法、意五国公使以更为严厉的措辞警告袁世凯取消帝制。云南起义后，日本料定袁氏必败，故将对帝制活动的外交干涉转变为"倒袁"政策。1916年1月15日，断然拒绝接待袁政府派出的以祝贺日本天皇加冕为名乞求日本支持的特使周自齐。不久，日本内阁作出决议，准备承认南方护国军为合法"交战团体"。与比同时，又以贷款等方式支持中国内部各派反袁势力。袁世凯在内外交困、走投无路的情势下，遂于3月22日正式发布申令，取消去年12月12日之承认帝位案，自23日起废除洪宪年号，仍以徐世昌为国务卿，段祺瑞为总参谋长。袁世凯83天的皇帝梦就这样破灭了。诃是他仍想依靠北洋军实力，保持总统权位。3月25日和4月1日，他曾两次以副总统黎元洪、徐世昌、段祺瑞三人名义电达南方护国军，要求停战议和。护国军方面则坚持袁世凯必须退大总统位，否则无调停之余地。与此同时，蔡锷在川南向北洋军发动猛攻，广西陆荣廷也厉兵秣马，准备攻击广东、湖南。但此时，护国军在激战后，无论人员、器械、弹药都十分缺乏，急待补充修整。于是同意自3月31日开始先行停战，而要袁退位的立场丝毫没有改变。此后，反袁斗争即主要以政治斗争方式向前发展。4月6日，袁世凯在广东的忠实代理人龙济光在陆荣廷桂军和中华革命党讨袁军的压力下，被迫宣布广东独立。尽管龙的独立，不是出于真诚讨袁，而是为了缓和人民的反抗，但对袁仍是一个不小的打击。紧接着，在中华革命党的策动下，浙江新军通过武装起义的方式，驱逐浙江将军朱瑞，共推巡按使屈映光为首领，于4月12日宣布浙江独立。不久，因屈暗通袁世凯，又将其驱走，5月6日改推嘉湖镇守使吕公望为都督，浙江问题得到解决。至此宣布独立的省份已达到五个。为了统一南方各省的反袁力量，在梁启超的奔走之下，于5月1日，在广东肇庆成立两广护国军都司令部，推举岑春煊为都司令，梁启超、李根源为都参谋，章士钊为秘书长。8日滇、黔、桂、粤四省都督在广东肇庆举行联席会议，宣告成立中华民国军务院，由唐继尧任抚军长，岑春煊为抚军副长，梁启超任政务委员长，蔡锷、李烈钧和独立各省都督共十人为抚军。因唐不能离滇赴粤就职，由岑春煊代摄抚军长职务。军务院是由进步党人、国民党人和西南实力派组成的临时联合机构，带有临时政府性质。它在成立后发表了一系列宣言和通告，严正宣告它将指挥全国军政，否定了袁世凯政府的合法地位。同时声明"恭承现任副总统黎元洪为中华民国大总统"，并提出惩办帝制祸首、拥护民元《临时约法》和国会的主张，在政治上起到了同袁世凯政权相对抗的作用。军务院的成立，使南方护国军有了统一的指挥机构，有力地推动了全国各省讨袁运动的迅速高涨。
随着反袁斗争的高涨，北洋派内部矛盾更趋激化，段祺瑞承袭辛亥年袁世凯对付清廷的手法，不取得实权不肯为袁挽救危局出力。袁不得已，乃于4月21日任命段祺瑞代替徐世昌为国务卿，组织政府。5月8日又申令撤销政事堂，恢复国务院，仍以段为总理，组织责任内阁。在南京的冯国璋则积极联络各方，企图造成第三势力，夺取国家最高权力。5月18日，他联合张勋等发起召集由未独立各省将军的代表参加的南京会议，企图通过此会，确立其盟主地位，以促成提前召集国会，选举他为大总统。因各省军阀各有打算，形不成统一的主张，不欢而散。但南京会议的召开本身反映着北洋派内部矛盾的尖锐化与深刻性，对大厦将倾的袁世凯刺激甚大。5月9日，陕北镇守使陈树藩在蒲城自任护国军总司令，宣布陕西独立，26日进入西安，驱走陕西将军陆建章，自称都督。22日，四川将军陈宦宣布独立，声明与袁世凯断绝个人关系；29日，汤芗铭宣布湖南独立。陈和汤是袁世凯"特别超擢"和"异常信用"的心腹党羽，他们宣布独立，带给袁世凯的打击格外沉重。袁本自2月下旬下令缓办帝制不久已生病，经陕、川、湘三省独立的刺激，病势沉重，时人有"催命二陈汤"（陈宦、陈树藩、汤芗铭）之说。6月6日上午10时，这个曾经不可一世的窃国大盗终于在护国战争的打击和全国人民的一致反对下，忧惧而死。6月7日，黎元洪宣誓继任中华民国大总统。但北京政府的实权仍掌握在袁世凯的继承人段祺瑞手中。护国军及各派反袁势力经过斗争，迫使北京政府于29日宣布恢复民元《临时约法》和旧国会，定于本年8月1日召开国会。以梁启超为首的进步党人为防止孙中山为首的革命党势力抬头，急于同段祺瑞北洋军阀势力合作，不等国会召开，正式产生国务院，即于7月14日宣布提前撤销军务院，独立各省也陆续取消独立；北京政府则以惩办帝制祸首8人敷衍南方各省。护国战争结束。
护国战争是中国近代史上一次具有重要地位的革命战争，它顺应了历史发展的要求，粉碎了袁世凯复辟封建帝制的图谋，阻止了历史车轮倒转，维护了资产阶级民主共和制度，捍卫了辛亥革命取得的成果，恢复了孙中山先生主持制定的《临时约法》和旧国会，因此赢得人民的拥护与支持，在中国近代史上有着不可磨灭的历史功绩。但是领导这次革命战争的核心力量是资产阶级保守派政党，他们重蹈辛亥革命失败的覆辙，把胜利果实重新拱手交给了取代袁世凯地位的北洋军阀头目段祺瑞，同时承认帝制发生以前北洋政府与帝国主义列强签订的一系列不平等条约，国家政权和社会性质均未发生革命性的变化，护国战争所争得的仍只是一块"民国"空招牌。如同当年的辛亥革命一样，中国民族民主革命的历史任务仍旧没有解决。
老西开事件
法国从1900年将其在天津的租界扩展至墙子河以后，一直越界在墙子河以西的地区（俗称老西开，即今天津海光寺地区）收买土地，建立教堂，创办学校，企图以保护教堂为口实，侵占老西开地区。1902年，法国驻津领事照会清政府津海关道唐绍仪，要求把老西开地区并人法租界，唐绍仪未加理睬。1913年，法国竟以未得唐答复，"即为中国之默认"为借口，公然在老西开地区动土修建教堂，设立巡捕。在天津人民的一致反对下，北洋政府天津警察厅派了部分警察驻扎在张庄大桥，以示"抵制"。1914年7月，法国驻津领事又致函直隶交涉署，声称老西开地区已划人法国租界，要求撤出该地区的中国警察。北洋政府当即予以驳复。次年9月，法国工部局竟公开在该地区散发传单，责令当地居民纳捐，遭到天津人民坚决抵制。9月15日，天津商会会长卞月庭发起成立"维持国权国土会"，与法国当局展开针锋相对的斗争，致使法帝国主义一厢情愿的如意算盘难以实现。法国当局于是企图通过外交途径迫使中国就范。1916年1月，法驻京公使照会北洋政府外交部，再次要求将老西开并人法租界。6月，法工部局竟擅自竖立标界木牌，派出武装军警巡逻，引起天津人民的公愤，"维持国权国土会"要求北洋政府立即制止法国的越轨行为，当地居民群起拔除了标界木牌。法国侵略者恼羞成怒，于10月18日向北洋政府提出警告，限中国方面于48小时之内，撤出该地区的中国警察。20日，48小时期满后，法国巡捕及安南兵多人，强行解除了驻扎在张庄大桥华警的武装，并加以拘禁，断绝了该地区交通，派法警占据。法国悍然强占老西开地区，激起天津各界人民极大愤慨。23日，在"维持国权国土会"的组织下，天津商界议决三事：（1）抵制法国银行纸币；（2）抵制法货；（3）要求北洋政府致电法国政府，更换法驻华公使。25日，天津各界市民8000余人举行集会，宣告成立"天津公民大会"，作出六项决议：（1）通电全国人民与法国断绝贸易；（2）拒用法国银行纸币；（3）解散法国在天津招募华工的机构"惠民公司"，不准法国招募华工；（4）中国货不售予法国；（5）中国人有为法国侦探者，一经查出，予以相当处分；（6）电告驻法公使，要求法政府撤换法驻华公使。此后，如火如荼的反法爱国斗争便在天津全面展开。10月26日，老西开法汉学校学生宣布罢课。11月，天津南开学校召开全校大会，正在该校读书的周恩来作了题为《中国现时之危机》的长篇讲演，揭露法国侵略罪行，抨击北洋政府腐败无能，号召同学起来维护民族尊严，投入到反对法国"攘土之事"的斗争中去。天津工人阶级也积极投入了斗争，11月12日，法租界仪品公司和实业铁厂工人首先罢工，其它法商企业，包括洋行、电灯房、饭店、球房的工人，连侦探、巡捕、职员、兵营工役，以及服役于法人的厨师、马夫、仆佣等等都参加了罢工行列。11月18日成立了罢工团，在罢工团登记注册的有1400余人。在学生罢课、工人罢工的鼓舞下，法界华警也一律罢岗，法界华民纷纷外迁，"爱国团"、"保卫社"、"演说团"等各界爱国团体纷纷成立，展开了广泛的反帝宣传活动。天津人民的正义斗争，得到全国人民的大力支持，各地省议会、商会、爱国团体及个人纷纷通电声援，有的还捐款资助。这场反法斗争持续了半年之久，迫使法国侵略者不得不放弃完全侵占老西开的图谋，而于11月经过英国公使朱尔典的调停，改由中、法共管老西开地区。
研究系
研究系是1916年8月国会重开后形成的以原进步党人为主体的政治派别，其政团名称为宪法研究会。
护国战争结束后，进步党的要人梁启超、汤化龙先后发表"不党宣言"，要求"从前党帜一律消除"。但实际上，进步党却积极组织力量，准备建立"强固无形之党"，来控制即将重开的国会。国会恢复前后，梁启超几次要求进步党人组党，"左提北洋系，右挈某党一部稳健分子，摧灭流氓草寇两派。"所谓某党是指国民党，所谓流氓草寇，指以孙洪伊为首的已与梁、汤等人离异的部分进步党议员和田桐、马君武等中华革命党议员。
年8月1日，国会开幕，进步党议员开始组织活动。8月22日，汤化龙、刘崇佐召集进步党议员90余人在安庆会馆开会，决定建立宪法案研究会。31日，举行正式成立大会。宣称要"以自由精神按国情、察外势、据学理以研究宪法案，以期成良宪为宗旨"，表示要不挟偏见、不偏理想、不囿历史、不局内情从事制宪活动。与此同时，9月2日以王家襄、陈国祥、蓝公武、林长民等进步党骨干为首180余人成立宪法研究同志会，宣称要"研究宪法，举其所得以供国会参考"。9月12日，宪法案研究会与宪法研究同志会宣布合并为宪法研究会，目的是与刚成立的国民党议员的政团宪法商榷会相抗衡。合并后的宪法研究会在国会中有议员200人左右，其机关报为《时事新报》和《晨钟报》。
宪法研究会成立后，在省制人宪问题上与宪政商榷会发生激烈的冲突。国会的宪法审议会自9月下旬起开始审议《天坛宪草》，10月开始讨论地方制度问题。宪法商榷会将省制列入宪法之中，省长民选。认为省制入宪有驰于极端、偏于急就、徒生枝节、强争胶粘、欲速不达、窒碍益多等六大弊端。双方争持激烈，中立政团多次协商调停无效。12月8日，在省制人宪投票表决时，研究系议员与属商榷系的益友社议员竟然大打出手。事后，研究系通电各省督军，指斥益友社，并以不出席宪法审议会为抵制。
研究系反对省制人宪和省长民选，是与北洋军阀相呼应的。商榷系提出省制人宪后，段祺瑞控制的国务院称省制入宪"有百弊而无一利"，北洋督军们纷纷反对。在国会讨论省制问题前，就有16省督军联名通电反对。因此，研究系与商榷系在省制入宪和省长民选问题上的斗争，实质是拥护还是反对北洋军阀集权独裁的斗争。
年春围绕对德外交出现的政潮中，研究系追随于段祺瑞之后。充当了北洋军阀的政治工具。研究系"绝对主张对德绝交"和"绝对主张对德宣战"。研究。系发布了《对德外交宣言》，为段祺瑞的对德方针大造舆论。