"公民团"事件发生后，孙中山与段祺瑞内阁的农商总长谷钟秀立即联合通电，要求北京政府严惩肇事者。北京、上海等城市的学界、商界和南方各省的督军及省议会，纷纷通电响应。江苏督军冯国璋、江西督军李纯通电附和。为抗议皖系军人制造的"公民团"事件，国民党阁员谷钟秀、张耀曾、程璧光相继辞职，外交总长伍廷芳也潜离北京，使内阁仅剩一人。为了掩人耳目，段便耍了一套转移目标的把戏，指使人又以所谓京津各界公民联合请愿团的名义通电痛斥"政府当场指使警察、滥用职权，威迫‘公民’解散"，还有"公民"代表到地方检察厅控告北京警察总监吴炳湘蹂躏人权。这种倒打一耙的把戏，无异掩耳盗铃。
北洋八省独立事件
以黎元洪为首的总统府集团和以段祺瑞为首的国务院集团在对德参战问题上发生激烈矛盾。黎在美国支持下，反对参战，而段在日本的支持下力主参战。3月3日，由段主持的内阁会议通过了对德绝交案。随后，段又迫使国会通过对德绝交案。3月14日，北京政府正式宣布对德绝交。
对德绝交是为了对德宣战。段祺瑞为使参战案能在国会顺利通过，便于4月下旬在北京组织了以皖系军人为主的督军团，利用督军团向黎元洪和国会施加压力，迫使黎同意将对德宣战案提交国会讨论。5月10日，国会讨论对德宣战案，段祺瑞唯恐国会不予通过，指使其亲信组织所谓"公民请愿团"，包围国会、殴辱议员、要求当日必须通过对德宣战案。结果事与愿违，段的暴行激起议员公愤，会议作出暂不讨论宣战案的决议，内阁中非皖系阁员接连辞职。段祺瑞恼羞成怒，指使督军团逼迫黎元洪下令解散国会，黎并未照段意办理，还准备采取断然措施来对付段。正在这时，北京英文《京报》揭露了段以允许日本训练中国军队和控制兵工厂等为条件，向日本借款一亿日元的卖国行为，激起全国人民的愤慨，黎利用人民的反段情绪，在美国公使支持下，于5月23日下令免去段的国务总理职务，并即以伍廷芳代理。段祺瑞被免职后，愤然退居天津，并唆使北洋各省军阀宣布独立，脱离中央，以推倒黎元洪，解散国会。5月29日，安徽省长倪嗣冲，首先宣布独立。他通电宣称："群小揽权，扰乱政局。……政府几乎一空，宪法又系议院专制，自今日始，与中央脱离关系。"此前，奉天督军张作霖已通电要求解散国会及段复任，否则即与北京政府"断绝"关系。继皖、奉之后，河南督军赵倜、省长田文烈，浙江督军杨善德、省长齐耀珊，山东督军张怀芝，陕西督军陈树藩，直隶督军曹锟，黑龙江督军毕桂芳等纷纷宣布"独立"。
皖、奉等八省宣布"独立"后，段祺瑞的心腹徐树铮密电倪嗣冲说：皖、奉均已"独立"，天津"需有主持之人，方能与中外官长交接办事"。6月2日，"独立"各省便在天津设立"各省军务总参谋处"，徐世昌为大元帅，雷振春为总参谋长，宣布要另立"临时政府"和"临时议会"。当时，一些复辟派、帝制派、段党、研究系以及其他一些阴谋政客和投机分子纷纷投身"各省军务总参谋处"，它名义上是"独立"各省的联合军事机构，实则是"独立"各省所组织的变相的"临时政府"。它在成立宣言中宣称"此次用兵，专为黎氏一人"。至于驱逐总统以后，是拥段上台还是拥溥仪复辟，只字未提，把中国的政局搅得更加混乱。后来，当段祺瑞看到张勋企图借机拥溥仪复辟时，便在研究系首领熊希龄的策划下，决定利用张勋复辟，赶走黎元洪，再以讨伐复辟为名，重掌北京政权。于是，段于6月22日撤销了"各省军务总参谋处"，"独立"的各省相继宣布取消"独立"，"归附中央"，独立闹剧结束。
府院之争
段祺瑞，原名启瑞，字芝泉。安徽合肥人，故后来人们把以他为首的一派北洋军阀集团称为"皖系"。清末随袁世凯在天津小站编练新建陆军，受袁赏识，和冯国璋、王珍并称"北洋三杰"。北洋政府成立后，长期担任陆军总长，为袁世凯独裁统治效力。袁氏准备称帝之际，开始削弱他的兵权，段对此深表不满，公开抵制袁氏帝制活动。1916年6月袁死后，为避免北洋军阀分裂，拥黎元洪继任总统，段任国务总理。他以北洋正统派首领自居，凭借皖系军阀的实力，拉拢以梁启超等人为代表的研究系，依靠日本帝国主义支持，掌握北京政府的实权，把黎元洪视作傀儡；黎则以美国为靠山，拉拢国民党议员组成的商榷系，引国会为后援，与段祺瑞明争暗斗，酿成了"府院之争"。"府"即总统府，指黎元洪一派；"院"即国务院，指段祺瑞一派。这场斗争既反映了日本与美国两个帝国主义争夺中国的矛盾，也反映了研究系与国民党人的矛盾、国民党与皖系军阀的矛盾以及黎元洪和段祺瑞个人之间争权夺利的矛盾。斗争的焦点主要表现在制定宪法、府院权限和对德绝交与宣战三个问题上。
制宪问题上的斗争，主要是在国会中进步党研究系和国民党商榷系之间展开。1916年7月南方军务院撤销后，国民党和进步党双方都积极组织力量，力图由自己控制即将恢复的国会。8月底、9月初，国民党划分成以马君武、居正、田桐等中华革命党议员为骨干的"丙辰俱乐部"；谷钟秀、王正廷、吴景濂等国民党稳健派为主体的"客庐系"和孙洪伊、丁世峄、温世霖等激进派进步党人组成的"韬园系"。9月，这三派议员组成"宪法商榷会"（简称商榷系），是为国会中的第一大党。不久客庐系又分化成政学会和益友社，丙辰俱乐部与韬园系合组为"民友社"。进步党早于8月即分别结成"宪法研究会"和"宪法研究同志会"，9月合并成"宪法研究会"（简称"研究系"）。，在国会中是仅次于"商榷会"的第二大党。在当时国内政治斗争中，国民党人（商榷系）和南方地方势力支持黎元洪；进步党（研究系）和亲段的北洋督军支持段祺瑞，所以商榷系与研究系在制宪问题上的矛盾斗争直接反映着黎、段之间的矛盾斗争，在府院之争中占有重要地位。从9月下旬，国会开始审议宪法草案（即1913年制订的《天坛宪法草案》，这个草案因袁世凯解散议会而被搁置），双方争议最大、辩论最激烈的是省制（地方制度）是否列入宪法问题。研究系为加强段祺瑞的势力，主张加强中央集权，由中央任命各省省长，反对把省制列入宪法；商榷系则主张将省制定人宪法，省长民选，给地方一定的自治地位，目的在于反对北洋军阀集权，维持南方实力派的半独立地位，以使国民党得到生存和发展，反映资产阶级和南方各省实力派的利益。其次在国会体制问题上双方也存在严重分歧：国民党主张扩大国会权限，以抵制段祺瑞的独裁；研究系则主张缩小国会权力，改两院制为一院制，以迎合段祺瑞专制的需要。双方激烈辩论，互不相让。12月8日，众议院投票表决省制人宪问题时，竟至发生两派议员互相辱骂，以墨盒、椅子为武器大打出手的武斗闹剧。
府院权限之争是府院之争的又一重要内容，黎、段个人关系的恶化，首先表现在这个问题上。袁世凯死后，段祺瑞起用亲信徐树铮任国务院秘书长，当时府院权限不明确，加以徐树铮为人刚愎自用，飞扬跋扈，只知有总理，不知有总统，把黎元洪当作盖印工具，常把拟好的国务院命令，不加任何说明，照直呈请黎加盖总统印发布。黎稍加询问，徐即不耐烦，有时甚至言语顶撞，令黎元洪十分不快，也引起府方人员极大不满。8月下旬，府方秘书长丁世峄起草了一份《府院办事手续意见书》，提出总统可出席国务会议；总统对任免官吏不同意，得拒绝盖印等七项内容。段祺瑞坚决反对黎元洪插手国务院事务，遂称病不出，后经人劝解，方销假视事。最后，府、院双方对府、院权限议定了几项折衷办法：总统不出席国务会议，但会议议事日程须先期呈阅；会议记录随时呈阅；总统对国务会议所议事件认为不合者，得交回复议一次。此后，黎、段矛盾一度有所缓和。但段独揽政权的局面并元改变，所以府、院矛盾仍在继续发展。8、9月间，站在黎元洪一方的内务总长孙洪伊因职务权限被侵，与徐树铮发生激烈冲突。10月18日，院方在段祺瑞单衔副署的情况下，拟就免去孙洪伊职务的命令，黎元洪拒绝盖印，段遂以辞职相威胁，黎只好让步，提出令孙自己辞职；而孙坚拒辞职。国会中民友社议员也支持孙与段抗衡，并就免孙问题向内阁提出质问案；又向国会提出查办徐树铮"七大罪状"案，黎元洪只好请正在河南卫辉原籍休养的徐世昌进京调解，并试图顺势更换段内阁，即以徐世昌为国务总理，重组内阁。徐答应调停，而拒绝组阁。11月16日，徐世昌抵京，分别与黎、段会晤。最后，徐提出兼顾府、院双方威信的三点办法：（1）保持段内阁；（2）孙洪伊免职；（3）府秘书长丁世峄与院秘书长徐树铮同时去职。段勉强接受。20日，孙被解职。两天以后，徐树铮辞职。丁世峄本也提出辞职，但黎元洪以为，孙已被免职，院方以徐树铮辞职作交换条件，尚属合理，若再令丁世峄辞职，则未免不公，故此不准丁辞职。段祺瑞不能容忍，立即挑唆北洋系督军通电攻击丁世峄，令丁不安其位。1917年2月25日，黎被迫批准丁辞职。至此，此次府、院政潮以段祺瑞的胜利而告终。
黎元洪与段祺瑞之间的政争在1917年对德外交问题上达到白热化的程度。1917年春，第一次世界大战正在欧洲激烈进行。其间，日本借西方列强大战之际，加紧侵略中国；在西方列强中，只有尚未参战的美国有余力与日本在侵华问题上展开竞争。2月初美国宣布对德绝交后，企图拉中国步美国后尘。美驻华公使芮恩施连日拜谒黎元洪、段祺瑞，要求中国与美国采取一致行动。黎对美国素具好感，希望在外交上得到美国的支持，以与以日本为靠山的段祺瑞抗衡，所以欣然接受芮恩施的要求。段祺瑞也赞成与德国绝交，一则因为美使芮恩施极力宣扬如中国与美国采取一致行动，战后会获得巨大利益，使段颇为动心；再则段祺瑞通过驻日公使章宗祥探询日本政府态度，日本并无反对中国与德国绝交之意。故此，2月9日，北京政府就德国潜艇封锁公海一事向德国提出抗议。日本原来反对中国参战，但当获悉美国插手中国对德外交、企图左右中国政局的动向之后，立即转而积极支持中国参战，以同美国争夺对中国参战的控制权。段祺瑞也企图借参战之机，勾结日本，借款练军，扩充皖系实力，所以甘心听从日本摆布，特向日本保证今后对德问题均"与日本取同一之态度"。美国见掌握北京政府实权的段内阁完全按日本意旨行事，显与美国当初拉中国参战的意图相违背，于是又转而反对中国参战，并通知中国政府，在对德问题上不必与美国取一致态度。美国态度的转变又影响了黎元洪集团，黎一变而为对德绝交和宣战的反对者，段祺瑞则成为这一政策的积极推进者。黎、段在对德问题上的冲突，正是美、日两国不同政策的反映。3月3日，段祺瑞主持的国务会议通过对德绝交案，并拟就致驻日公使章宗祥的电稿，令章通告日本政府，中国即与德国绝交。4日，段率阁员至总统府，要黎在对德绝交咨文上盖印。黎认为事关重大，以还需慎重为辞，拒绝盖印。段愤怒离去，当晚即宣布辞职，离京赴津。黎本想乘段离京之机改组内阁，以徐世昌或王士珍出面组阁，但徐、王均坚拒不就。此时恰值副总统冯国璋来京磋商外交问题，黎即请冯出面调停。冯答应调停，但需黎接受不反对内阁确定的外交方针；对国务院拟发之命令不拒盖印；对内阁致各省及驻各国使节之训电不提异议（黎元洪曾反对发出3月3日国务会议拟就的致驻日公使章宗祥的电稿）等三项条件。黎无异言。6日，冯亲赴天津迎段返京。7日，段即到国务院办公。8日，段将经黎盖印之对德绝交咨文提交国会。10日、11日两天，参、众两院分别通过对政府外交政策信任案。14日，北京政府正式宣布对德绝交。