1856年9月初，天京城外秦淮河的出口处，原本碧绿的江水忽然被染成了血红，一些被捆绑的黄衣黄褂者尸体顺河漂流，数量之多，令人震惊。正在围攻天京的清军断定，太平天国一定发生了内讧。这次他们还真猜对了。
太平天国定都天京后，清军在城东南建立江南大营，扬州城北郊又建起江北大营，这两个大营就像定时炸弹，时刻威胁着天京的安全。而就当时的形势而言，太平天国的北伐军虽已全军覆没，但西征军进展顺利，皖北等地区均落入了太平军之手。1856年初，在东王杨秀清的指挥下，太平军先击破镇江城外及扬州之敌，并击溃江北大营；随后，太平军在石达开部队的回援下一举打破江南大营。此战后，天京解围，天王洪秀全总算长舒了一口气。
胜利的背后隐藏着重大的危机，其中以洪秀全与东王杨秀清的矛盾为最大。按太平天国的宗教理论，天王洪秀全系上帝次子，是上帝派来解救人间的最高代表；而东王杨秀清在举义前会众思想动摇的危急时刻，和西王萧朝贵联手搞了个“天父天兄”下凡的把戏，并在事后得到了洪秀全的追认。洪秀全不能不承认，如果揭穿杨秀清的话，大家就都得露馅儿：如果杨秀清、萧朝贵不是什么“天父天兄”，那洪秀全又算什么上帝次子呢？
但由此导致了一个问题。东王杨秀清本应在天王之下，但他时不时以“天父”下凡的名义，直接越过洪秀全给太平军部众发号施令。客观地说，杨秀清主持了太平天国早期的全面工作，功绩有目共睹。与之相比，洪天王则大都高高挂起，即有些宗教领袖的味道或是虚君。建都天京后，太平天国仍保留了这种“二元体制”，洪秀全在天王府中深居不出，很少参与具体军政事务，杨秀清由此权威日盛，日益骄横，也就起了篡位之心。
东王府穷极奢丽，内有妃妾数百，选取的都是面容姣好、身材苗条的江南美女，毫不逊色于天王府。据说，东王杨秀清经常昼夜淫逸，并造有龙车，让美女侍妾裸体拖曳，供其淫乐。也许是杨秀清小时候穷怕了，他发迹后，排场也像暴发户一般，出行时乘轿需32人抬，轿子里还有两个小童服侍，连轿夫都是华衣华服，派头大得很。每次出门，队伍前必打着绣有青白二巨龙的旗仗，扈从千人，鼓乐齐奏，一副煞有介事的样子。
杨秀清有自己的一套行政班子，太平天国早期的大政方针都出自东王府，大家都唯东王命令是从，洪秀全反被晾在一边。大权在握的杨秀清，不但视洪秀全如无物，对北王韦昌辉、翼王石达开、秦日纲（后封的燕王）等老兄弟也是颐指气使、盛气凌人。为求自保，韦昌辉等人只好对杨秀清曲意奉承，不敢得罪。据说，杨秀清纵欲过度，韦昌辉听说后便十分卖力地为其四方发榜求医，以此来讨好杨秀清。更有甚者，韦昌辉之兄因得罪杨秀清而被五马分尸，韦昌辉本人也被打过数百大板，以至于站不起来，但也只能隐忍不发。
表面上的平静往往蕴含着更大的危险。自从西王萧朝贵在长沙之战中见了上帝后，太平天国里只有杨秀清可以合法通神，所以每当杨秀清要表演“天父”下凡的保留节目时，大家都非常紧张，一个个跪伏屏息，大气不敢出，生怕东王借“天父”发怒为名，把自己的小命枉送。洪秀全的二哥洪仁达，也曾因小事被杨秀清借“天父”名义给捆了几近打杀，实力派韦昌辉、石达开等人深知杨秀清忌讳他们，更是谨慎有加，心存畏惧。
高贵庄严的天王洪秀全也屡次被杨秀清责罚。据史料记载，太平军中“别男女”，普通士兵见不到女人，洪秀全却妻妾成群，军中有人憋不住，夜间偷窥了洪天王与妃子们的男女之事，不巧被更衣的妃子发觉，洪天王听后大怒，下令将此人绑了杀头。杨秀清对此不以为然，他“哐当”一声倒地，摇身一变，再次“天父”下凡训斥洪秀全：“尔与兄弟打江山，杀人大事，何不与四弟（即杨秀清）商议！此须重罚！”
“重罚”就是要打洪秀全的屁股。洪天王有苦说不出，在这个下凡的“天父”面前，也只能跪下认罚。所幸有其他兄弟下跪求情，并愿意替天王受罚，杨秀清这才见好就收，免于一打。
打破清军的江南江北大营后，杨秀清更是野心膨胀，想趁势迫使洪秀全禅位。关于这个篡位故事有很多版本，大同小异，一般说杨秀清假称“天父”下凡，并训斥洪秀全：“四弟杨秀清如此大的功劳，如何才九千岁？”洪秀全惊恐之下答道：“应是万岁。”“天父”又说：“那东王世子呢？”洪秀全赶忙说：“也是万岁，世代都是万岁！”杨秀清很满意，于是变回原形说：“我做万岁，你做万万岁！”
清人罗惇曧在《太平天国战记》中则记载了另一个版本，说杨秀清图谋篡位前，已做了大量的舆论准备，譬如在科考中故意出题曰“四海之内有东王”，意图非常明显。后来，杨秀清假装生病，要洪天王前去探视。洪秀全第一次走出天王府，来到东王府后见到杨秀清仰卧在卧室内，旁边有4个妖艳的美女伺候，床边既无椅子，也无凳，只设了一个小榻给洪天王坐。
洪天王强压心头之火，假心假意地宽慰东王好生养病。杨秀清不理会却做呓语：“都说天无二日，人无二主，秦时二日相斗，这是为何？”洪秀全大惊，忙令手下随员对杨秀清九叩首，山呼“东王万岁”。洪秀全的突然之举，反让杨秀清一时没反应过来。本来杨秀清想引诱洪秀全逊位，如果不答应就动手杀了他，但洪秀全猝令手下对杨秀清高呼万岁，反倒让他无话可说，只好打起呼噜装睡了。
洪秀全见杨秀清半天没反应，便假称如厕并乘机跑回了天王府。洪秀全走后，杨秀清突然睁开眼睛，问左右：“天王去哪了？”左右说上厕所了，杨秀清才没有继续装下去。这幕戏，说起来有些像鸿门宴的痕迹，这杨秀清还是反应不够快，所以成不了大事，注定要被人杀。
回到天王府，洪秀全后怕得冷汗直流，他立刻下令紧闭宫门，并让强壮的女兵们加强护卫。随后，洪秀全连夜写下血书诏，召北王韦昌辉、翼王石达开等人速回天京护驾。得令后，韦昌辉与秦日纲率三千精兵昼夜兼程，并在深夜里赶到天京城外。到达水西门时，守城士兵不开门，说：“没有东王的令箭，不能开城门。”韦昌辉听后大怒：“我就是奉了东王的密书，这才星夜赶来，你们胆敢阻拦，不想活了吗？”守城士兵一听是北王，心里害怕，就把他们给放了进来。韦昌辉不作片刻停留，随后拍马杀奔东王府。遭到杨秀清卫士的激烈抵抗后，韦昌辉登高大呼：“奉诏讨贼，顺从者散去，不加罪！”控制住局面后，韦昌辉带兵直扑杨秀清卧室。杨秀清本已睡觉，突然被外面的打斗声吵醒，他听到动静不对后，吓得赶紧躲在水阁下面，最后还是被捆了带走。东王所有的妻妾子女，全部被韦昌辉亲兵杀死，特别是那些怀孕的王妃，更是一个不留。
想到自己的亲哥哥被杨秀清五马分尸，韦昌辉睚眦俱裂，喝令手下将杨秀清狠狠捆紧，连夜押去天王府见洪秀全。洪秀全听说韦昌辉杀了杨秀清全家，心想这又是一个手段毒辣的“韦秀清”，若把他扶到杨秀清的位置，以后恐怕更是专横难制，于是便想赦免杨秀清，以便自己从中操控。
天王出尔反尔，韦昌辉愤怒得几欲喷火，他不顾洪秀全的赦免而命令左右立刻宰杀杨秀清。洪秀全得知后，非但没有褒奖韦昌辉的功劳，反下诏说不要多杀，把自己的责任推得一干二净。韦昌辉这才发现自己被洪秀全当枪使了，由于担心杨秀清的余党报复，他一不做，二不休，矫诏称前去和杨秀清划清界限的人均可赦免，否则杀无赦。
经此大变，杨秀清的余党群龙无首，原东王的3000多部下在惶恐之下，受骗前去投诚，结果被韦昌辉一网打尽。随后，韦昌辉又下令关闭城门，全力捉拿杨秀清剩余党羽。半个多月里，天京城内血雨腥风，近两万太平军精英被屠杀殆尽。此时的事件，已演变成“杨秀清篡位未成而韦昌辉叛乱是实”。
翼王石达开闻此大变后急速赶回天京，他见韦昌辉如此滥杀，于是好言劝导：“杨秀清谋反篡位，死不足惜。但那些广西老乡，大都无罪，你不分青红皂白就把他们都杀了，弄得人人自危，这是让亲者痛，仇者快。”韦昌辉听后非常不爽，他知道自己杀戮过多，天京人都痛恨自己而盼望石达开来主持工作，于是又想杀石达开，除掉这个对手。
由于提前获得消息，石达开连家门都没进就连夜用绳子爬出城墙逃走。韦昌辉随后派兵冲进翼王府，给石达开家来了个满门抄斩。闻此噩耗，石达开奔到安庆召集部属，随即发兵杀回天京。韦昌辉听说石达开大军将至，惊恐之下破罐子破摔，每天杀人泄愤。
韦昌辉的暴行引起天京剩余人马的共愤。在洪秀全的号召下，这些人反攻韦昌辉并将之捉拿。得此消息后，洪秀全在第一时间下令将韦昌辉五马分尸，同党燕王秦日纲也被斩首示众。随后，洪秀全将两人首级派人送到石达开军中，石达开这才重新回到了天京。据说，韦昌辉的首级被割去给石达开看还不算，其尸体还被寸磔（割）成两寸左右的小块，并标上“北奸肉，只准看不许取”的字样，挂在天王府外栅栏上示众。至此，东南西北，四王皆去（南王冯云山在定都天京前即已牺牲），而剩下的翼王石达开，在天京也待不下去。
经此大变，洪秀全也多长了个心眼，他对于外人心存畏惧，而只相信自己的家族中人。虽然石达开深孚众望，但洪秀全也对他起了疑惧之心。于是，洪秀全把大权分成两半，军权分给李秀成等人，政权则分给了洪秀全的胞兄洪仁发、洪仁达。正值当打之年的石达开，反而闲居天京，无所事事。
洪秀全的胞兄洪仁发、洪仁达这两兄弟虽说是宗教迷，但喜好贪敛财物；自己无才无能，却又不懂装懂瞎指挥，还自以为得计。年轻气盛的石达开哪里受得了这两个野心大、气量小的活宝，正气愤间，手下有谋士说：“大王既然深得军心，何必在此受制于人？中原不易拿下，何不挺进四川，做一番当年刘玄德的鼎足之业？”
石达开听后决心离开天京，自立门户，不再受洪氏兄弟的气。石达开出走时，沿途发榜广而告之，哭诉了他在天京所受的不公正待遇，以蛊惑更多的老战士加入他的队伍。这一招果然有效，一路上太平军老战士从者如云，跟随而去的人竟有10万人之多，狠狠挖了一下太平天国的墙脚。之后，石达开的大军从江西东部抚州一带杀入浙江西部金华、衢州一带，随后又辗转进入福建，然后进入赣南。紧接着，石达开又西入湖南，但最终在大渡河前遭当地土司和清军的夹击而全军覆没。
君臣内讧，兄弟相残，太平天国赖以维系的拜上帝教宗教权威体系，终于被天京事变的血腥屠杀撕下了面纱。颇富戏剧性的是，杨秀清被杀的那天后来被洪教主定为“东王升天节”，不知是对杨秀清的平反还是对韦昌辉的嘲讽。石达开的出走，更是让太平天国“内政不修，人心各别”，军中流传歌谣：“天父杀天兄，总归一场空；打打包裹回家转，还是做长工。”
曾经轰轰烈烈的一场运动，谁也不曾想到会是这样一个凄惨的大结局。事实上，历史上许许多多的运动，何尝不是同样一个结果。如战后尚有余生，这些太平军老战士在回首昔日时也许会感叹，倘若早知今日，又何必当初？