几日后，人们发现了明思宗朱由检的尸体，他与太监王承恩在煤山缢死。在明思宗朱由检上吊的地方，发现了一亲笔血书。据《甲申纪闻》里记载，血书上面写道：“朕在位十有七年，薄德匪躬，上邀天罪，至陷内地三次，逆贼直逼京师，诸臣误朕也。朕无面目见祖宗于地下以发覆面而死，任贼分裂朕尸，勿伤我百姓一人。”发现明思宗朱由检的尸体的太监，不忍目睹尸体的惨状，便将明思宗朱由检的尸体与周皇后的尸体存放在一起。到后来下葬的时候，也不过是两个和尚在一旁念经，几个太监守卫。而那些昔日对明思宗朱由检信誓旦旦、阿谀奉承的大臣们，那时去哭灵的也不过二十多人。后来还是李自成顾全传统礼法，李自成下令改殡人行帝后，将明思宗朱由检与周皇后的棺材通刷了一遍漆，为尸体换上了体面的袍冠。之后，明思宗朱由检被草草埋在3个月前死去的田贵妃墓中。
到了清高宗乾隆初年（公元1735年），清延官方编著了《明史》，里面对明思宗朱由检的同情多于对他的谴责。《明史》中提到：“帝承神、熹之后，慨然有为，即位之初，沉机独断，刈除奸逆，天下相望治平……可谓不幸也已。”实际上，明思宗朱由检比起之前的明神宗、明熹宗都更加有为。无奈明朝已经气数已尽，纵使明思宗朱由检再励精图治，纵使没有李自成、爱新觉罗·皇太极、多尔衮这些人，明思宗朱由检也还是免不了要背负亡国的罪名的。
生平最错误之事
冤杀袁崇焕
明思宗朱由检的多疑，在明代历史中也是有名的。在明思宗朱由检即位不久，就曾经有一个名叫陕嗣宗的御史上疏指出明思宗朱由检的性格中有“五不自知”，其中有一条即“日涉于猜疑而不自知”。在处理袁崇焕的问题上，明思宗朱由检就是从极度信任逐渐转为极度生疑。
袁崇焕，字元素，号自如，祖籍广东东莞县，落籍于广西藤县。由于是南方人，明思宗朱由检私下里称袁崇焕为“蛮子”。明代两广并不是文化发达的地域，像出身于广东琼州府（今海南省）的海瑞，也曾经是一代名臣。袁崇焕的才能，体现在军事方面。即使在袁崇焕被杀之前的一段时间，明思宗朱由检仍是以为“守辽非蛮子不可”。可以说，袁崇焕是明末最善于与后金军队作战的明军将领。
袁崇焕是一名文臣，明神宗万历四十七年（公元1619年）的进士，却在明熹宗天启六年（公元1626年）就做上了肩负东北防务重任的辽东巡抚。这充分说明了袁崇焕的军事才能。曾经向明思宗朱由检推荐过袁崇焕的官员吕纯如，对袁崇焕就有“不怕死，不爱钱”的评价。“文官不爱钱，武官不怕死”，就足以开出一个太平盛世来。有明一代的边将中，不贪财的极少。像明神宗万历年间著名的边将谭纶、戚继光，都非常善于敛财。明代的许多次兵变，多半是因为边将的贪财和克扣军饷造成的。因此，袁崇焕“不爱钱，不怕死”的性格，也就决定了他必然能够取得士兵们的拥戴，袁崇焕的军队在明末也就成为了最能作战的军队。
袁崇焕明在思宗崇祯元年（公元1628年）七月接受皇帝召对时，夸下“五年平辽”的海口。这不但让皇帝朱由检欣喜，更让在旁的大臣们惊讶。因为，在当时明朝与后金的对抗中，明军能在辽东抑住后金军队的进攻，已属不易。“五年而辽东外患可平，全辽可复”的豪言壮语，无异梦呓。袁崇焕这么说，据他自己讲：不过是为了“聊慰上意”，意思是暂时宽慰宽慰明思宗朱由检而已。然而，明思宗朱由检是一个急于求功、遇事刻苛的主子，到时可是要循名责实的。
袁崇焕在辽东宁远、锦州一线的防卫布置得很好。所以，最终后金军队选择进攻的路线是绕过宁远、锦州一线，从蓟门南下，进逼京师。
明思宗崇祯二年（公元1629年）十月下旬，后金军队10万到达遵化城下，距京师不过二三百里。十一月初一日，京师戒严。袁崇焕的反应是立即命山海关总兵赵率教增援，然后自己也于十一月初五日率兵入关。按照当时总督京城防卫的大学士孙承宗的意见，明军应当拒敌于顺义、蓟州、三河一线，而不应退守通州、昌平。但是，袁崇焕先是没有设法阻截后金军队，接着又退守京城。十一月十六日，袁崇焕的大军到达京师广渠门外。这样，袁崇焕此举无异于纵敌深入，而京城内外的官民因此更受骚扰。一时间，谣言四起，说袁崇焕与后金有密约在先，是故意引后金军队入关的。这也是后来袁崇焕被处死时遗体被民众“抢食”的原因。
爱新觉罗·皇太极再次被袁崇焕打败，心中又恨又怕。于是，皇及极采纳了他的谋臣范文程的计策，决定使用反间计，利用明思宗朱由检多疑猜忌的性格，借明思宗朱由检之手除去袁崇焕这个心头大患。爱新觉罗·皇太极首先假造了两封所谓的“密信”，信中以很亲近的口气约袁崇焕私下议和，然后让部下放在在明军经常出没的地方，明军士兵捡到后消息传开，许多人信以为真，北京城中人心惶惶，埋怨纷起。那些过去与袁崇焕有矛盾的朝臣也趁机诬陷袁崇焕要和敌人结盟和谈。正在明思宗朱由检半信半疑的时候，两个从清营中逃出来的宦官也报告说在清军营中亲耳听见敌人将士议论，说袁崇焕已经和清主和议，不久就要献出北京城。如此一来，明思宗朱由检深信不疑，认为袁崇焕真的要造反。十一月二十日，满桂在德胜门，袁崇焕在广渠门，同时与后金军队开战。满桂退守德胜门之瓮城，而袁崇焕身先士卒，将爱新觉罗·皇太极逼退。十一月二十三日，袁崇焕入城晋见皇帝朱由检，请求像满桂一样，可以让士兵入城休整，却遭到明思宗朱由检的断然拒绝。明思宗朱由检一方面对袁崇焕有戒备之心，一方面却在召见时脱下貂皮大衣为袁崇焕披上。可怜的是，袁崇焕却丝毫没有觉察。二十七日，袁崇焕击退了爱新觉罗·皇太极的军队，京师外围局势趋于平静。
明思宗崇祯二年（公元1629年）十二月初一日，明思宗朱由检在平台召见了袁崇焕、祖大寿、满桂三人，着锦衣卫拿下袁崇焕。祖大寿是袁崇焕的部将，遂节制辽兵，率部东返，离开战场。后来还是靠着狱中明思宗朱由检的亲笔书信，才将祖大寿及守辽军队召还，并收复永平、遵化一带。但是，一些别有用心的人想利用袁崇焕来整倒内阁辅臣钱龙锡，说钱龙锡与袁崇焕两人早就密议与后金议和。议和，这对于刚愎自用的明思宗朱由检来说，在当时是不可容忍的。因此，此论一出，袁崇焕于明思宗崇祯三年（公元1630年）三月十六日的下午，在京城的西市被凌迟处死，然后传首边关示众。这可以说是明思宗朱由检统治期间最大的冤案。
历史学家们对袁崇焕之冤死，有过许多的解释，例如袁崇焕“五年平辽”的夸夸其谈、擅杀毛文龙、党争的后遗症、爱新觉罗·皇太极的反间计，这些恐怕都是致袁崇焕于死地的重要原因。但是，杀袁崇焕的决定，毕竟是由明思宗朱由检亲自做出，而且立即派刑部侍郎涂国鼎前去执行，更可怕的是实行非常残忍的凌迟之刑。对比3年前的平台召见、君臣面晤、赐尚方宝剑，已是天壤之别。其间变化，不能没有明思宗朱由检的心理因素。所谓外因通过内因起作用，若不是明思宗朱由检素来多疑，爱新觉罗·皇太极的反间计也未必能成功。
明思宗朱由检命将袁崇焕凌迟处死后，将其妻妾兄弟流放到福建。《明史·袁崇焕传》说：“崇焕无子，家亦无余资，天下冤之。”
千秋功过
整肃朝政，任用贤才；刚愎自用，滥杀大臣
整肃朝政，任用贤才明思宗朱由检少年时期的生活环境要安静得多。明熹宗朱由校因为是皇长孙、皇太子，一直被后宫中的投机分子如李选侍（西李）、魏忠贤等人居为奇货，导引坏了。而明思宗朱由检虽然也是从小失去生母，但一直在另一位李选侍（东李）的抚养下，比较健康地成长。东李人品极端正。受东李的影响，明思宗朱由检从小就养成了独立奋斗的刚毅性格和良好的生活习惯。在当时，明熹宗朱由校无子无女，孑然一身，而兄弟七人也只剩下五弟朱由检一人，明思宗朱由检已经是朱由校惟一的继承人了。在朝臣们心中，期盼信王朱由检继位的愿望也早就有了。信王朱由检基本上托病不愿上朝，以避免遭到魏忠贤的猜忌。
明熹宗天启七年（公元1627年）八月十二日，明熹宗朱由校让信王朱由检入继大统的决心已定，而留给信王朱由检的嘱咐是两点：一，善事中宫；二，重用忠贤。也许，明熹宗压根就想不到，侍奉他小心谨慎的魏忠贤并不会同样如此侍候信王朱由检的。明熹宗弥留的最后几天，魏忠贤一直在苦思良策以应对将来可能发生的事情。魏忠贤想居摄，但是内阁大学士施凤来却说：“居摄远不可考，且学他不得。”魏忠贤想搞宫廷政变，但是兵部尚书崔呈秀却说：“恐外有义兵。”在明代的政治环境中，异姓称帝的可能性根本就不存在。所以，明熹宗朱由校死的第二天，魏忠贤无可奈何之下，向外公布了张皇后的懿旨：“召信王入继大统。”此后的数月中，在魏忠贤与新即位的明思宗朱由检之间，将进行着一场殊死的较量。
本来，皇帝的位子是人人向往的，但此时的大明江山已千疮百孔、病入膏肓，虽有明君能臣在世恐怕也难以扭转其颓废之势。朱由检继皇位之时，正是阉党魏忠贤等人活动最为猖獗的时期。他们不仅祸乱后宫，把持朝政，而且也将大明王朝推向了毁灭的深渊。对这一切，明思宗朱由检了然于心。故即位之初，明思宗朱由检就想清除阉党。但毕竟自己羽翼未丰，不敢轻举妄动。于是，明思宗朱由检韬光养晦，等待时机。
在明代历史中，明思宗朱由检干得最漂亮的一件事，无疑是在不动声色中除去了权倾朝野的魏忠贤。明熹宗天启七年（公元1627年）八月二十四日，明熹宗朱由校死后的第三天，明思宗朱由检正式即皇帝位，定次年改元崇祯。当时，魏忠贤以司礼监秉笔太监提督东厂。魏忠贤的亲信田尔耕为锦衣卫提督，崔呈秀为兵部尚书。朝廷内外自内阁、六部乃至四方总督、巡抚，遍布魏忠贤的死党。魏忠贤不敢公然加害明思宗朱由检，只是因为明代皇权的权威而不敢轻举妄动。所以，明思宗朱由检在八月二十三日入宫当天，一夜未眠，取来巡视宦官身上的佩剑以防身，又牢记皇嫂张皇后的告诫，不吃宫中的食物，只吃袖中私藏的麦饼。登基之后的明思宗朱由检，深知要除去魏忠贤，必须要首先稳固自己的地位并保证自己的安全。明思宗朱由检一面像他的哥哥朱由校一样，优待魏忠贤和客氏，一面将信王府中的侍奉宦官和宫女逐渐带到了宫中，以保证自己的安全。
魏忠贤对于明思宗朱由检，则始终无法揣透其心意。魏忠贤不知道新上任的皇帝朱由检，到底将如何对待他。魏忠贤的策略，就是送一些美女给明思宗朱由检。明思宗朱由检在明代皇帝中有一个特点，就是不怎么好色。在当时战战兢兢的心态下，明思宗朱由检自然对美色更无兴趣了。据说，明思宗朱由检怕引起魏忠贤的担心，将魏忠贤送来的4名绝色女子全部留了下来，但却仔细地将4名女子都搜了身。结果，4名女子的裙带顶端都系着一颗细小的药丸，宫中称为“迷魂香”，实际上是一种能自然挥发的春药。明思宗朱由检命4人将药丸毁去。魏忠贤千方百计地想导引明思宗朱由检做一个荒淫的皇帝，一计不成，另生一计，魏忠贤于是在九月二十五日向皇帝上了一道《久抱建祠之愧疏》，向皇帝朱由检请求停止为他建造生祠的活动。明思宗朱由检的批复是不温不火：“以后各处生祠，其欲举未行者，概行停止。”这样一次顺水推舟之举，便抑止了朝野上下对于魏忠贤的进一步崇拜，而又不致引起魏忠贤的恼怒。相反，明思宗朱由检还不断地嘉奖魏忠贤、王体乾、崔呈秀等人。自然，明思宗朱由检心中明白，这一切早晚都会收回来的。明思宗朱由检在静静地等候时机，却又暗暗地削弱魏忠贤的影响力。
明熹宗天启七年（公元1627年）十月十三日，御史杨维垣上疏弹劾崔呈秀，却美化“厂臣”魏忠贤——“呈秀毫无益于厂臣，而且若为厂臣累。盖厂臣公而呈秀私，厂臣不爱钱而呈秀贪，厂臣尚知为国为民，而呈秀惟知恃权纳贿”。这摆明了是丢车保帅之策。明思宗朱由检自然知道时任兵部尚书的崔呈秀在阉党中的分量。崔呈秀在魏忠贤门下号称“五虎”之一，是魏忠贤的得力干将。而且，由于是魏忠贤的亲信，崔呈秀的儿子崔铎虽然目不识丁却还能中进士。逐去崔呈秀等于断了魏忠贤一臂。在静候了7天后，明思宗朱由检决定免除崔呈秀的兵部尚书一职，令他回乡守制。此一举动，等于是掀开了倒魏的大幕。敏锐的官员们觉察到政治局势的动向，于是揭发和弹劾魏忠贤的奏疏开始接二连三地出现。
十月二十五日，刑部员外郎史躬盛弹劾魏忠贤。直到二十六日，明思宗朱由检一直不动声色，任由着臣工们攻击魏忠贤的高潮一波胜过一波，中间还得面对魏忠贤的哭诉，依然无动于衷。十月二十六日，海盐县贡生钱嘉征上疏攻击魏忠贤十大罪状：一，并帝；二，蔑后；三，弄兵；四，无二祖列宗；五，克削藩封；六，无圣；七，滥爵；八，掩边攻；九，伤民财；十，亵名器。
应当说，钱嘉征此疏并不是空洞的议论，十条罪名大都可以坐实。于是，明思宗朱由检立即开始行动，召魏忠贤，命令太监当着魏忠贤的面宣读了钱嘉征的奏疏。魏忠贤“震恐伤魄”，立即去找了他的赌友——原信王府太监徐应元，讨教对策。徐应元劝魏忠贤辞去爵位，也许可以保富贵。次日，魏忠贤请求引疾辞爵，得到明思宗朱由检的允许。
十一月初一日，明思宗朱由检斥责徐应元，并再次将魏忠贤贬往中都凤阳祖陵司香。然而，魏忠贤是过惯了有权有势生活的人，出京的时候竟然还带着卫兵1000人、40余辆大车浩浩荡荡地向南去了。一个戴罪的宦官竟然还敢如此跋扈，无疑进一步刺激了明思宗朱由检敏感的神经。于是，明思宗朱由检接着下了一道谕旨，命锦衣卫旗校将魏忠贤缉拿回京。魏忠贤在旅馆中绕房疾走，自缢而亡。从此，树倒猢狲散，清算魏忠贤余党的行动也很快就着手进行了。在明思宗朱由检的一再严厉督责下，明思宗崇祯二年（公元1629年）三月十九日，所谓阉党逆案终于定谳。
明思宗朱由检谈笑间铲除了魏忠贤阉党集团，曾一度使大明江山的中兴有了一线希望，但是随后的一系列错误埋葬了他实现中兴的梦想。急躁褊狭的性格明思宗朱由检精明果断地铲除阉党，显示了他敢作敢为的性格，也反映出他具有相当的谋略和耐力。由此，明思宗朱由检赢得了朝野士人的拥护，天下都希望他能带来承平。但可惜的是当时明朝大势已去，积重难返：外有后金连连攻逼，内有农民起义的烽火愈燃愈炽，而朝臣中门户之争不绝，疆场上则是将骄兵惰。