1959年是由逐渐纠"左"而突然转向反右的极不正常的一年。
在1958年一系列纠"左"措施的基础上，1959年2月27日至3月5日，中共中央在郑州召开政治局扩大会议（即第二次郑州会议）。会议的主题是从人民公社内部所有制人手解决人民公社的体制问题，进一步纠正"共产风"。规定了整顿和建设人民公社的方针。3月25日至4月5日，中共中央在上海相继举行了政治局扩大会议和八届七中全会。会议进一步降低了钢铁等主要生产指标，还补充规定人民公社实行生产小队的部分所有制。
为了进一步总结经验教训，从经济工作的指导思想上去认识和纠正"左"的错误，中共中央于1959年7月2日至8月16日在江西庐山连续召开了政治局扩大会议和八届八中全会。
14日，彭德怀给毛泽东写了一封信，正确地指出浮夸风吹遍各地区、各部门，使党的威信蒙受损失。他认为这是小资产阶级狂热性的表现，把党长期以来所形成的群众路线和实事求是作风置诸脑后了。这封信引起了毛泽东的极大不满，7月23日，他在全体会议上对彭德怀及支持彭德怀观点的黄克诚、张闻天、周小舟等进行了严厉的批判。
2日至16日，召开了党的八届八中全会。毛泽东在全会开幕时说，现在"庐山会议"不是反"左"的问题了，而是反右的问题了，因为右倾机会主义分子在向党向人民向社会主义事业进攻。8月19日，全会通过了《中国共产党八届八中全会关于以彭德怀同志为首的反党集团的错误的决议》、《为保卫党的总路线，反对右倾机会主义而斗争》的决议，从而把反右倾斗争推向全党。
庐山会议对彭德怀等的错误批判和在全党开展"反右倾"斗争，在政治上使党内从中央到基层的民主生活遭到严重损害。在组织上助长了个人专断和个人崇拜，给野心家、阴谋家的活动造成可乘之机。在经济上隔断了纠正"左"倾错误的进程，使"左"倾错误延续了更长时间，带来了三年的经济困难，使国家和人民都遭受了重大损失。
第二次郑州会议
在毛泽东的提议和主持下，中共中央政治局于1959年2月27日至3月5日在郑州召开了扩大会议（即第二次郑州会议）。与会者有中央领导20人，省、市、区党委第一书记27人。根据毛泽东的意见，会议着重讨论和解决人民公社所有制的问题。这次会议是第一次郑州会议以来总结人民公社化的经验教训的继续，对公社化运动和人民公社体制和政策的认识又前进一步，对纠正农村普遍存在的"共产风"起了积极的作用。毛泽东在会上作了多次讲话，分析了我们党同农民关系紧张的原因，批评了平均主义和过分集中的两种错误倾向，明确提出了人民公社内部实行三级所有制等问题。
毛泽东指出：公社在1958年秋成立之后刮起了一阵共产风。主要内容有三条，一是穷富拉平；二是积累太多，义务劳动太多；三是"共"各种"产"。在公社范围内实行贫富拉平，平均分配；对生产队的财产无代价地上调；银行方面也把许多农村中的贷款一律收回。"一平、二调、三收款"，引起广大农民的很大恐慌，这是我们目前同农民关系中的一个最根本的问题。他强调，等价交换在社会主义时期是一个不能违反的经济法则，违反了它，就是无偿占别人的劳动成果，这是我们所不许可的。我们对于社会产品只能实行等价交换。在社与队、队与队、社与国家之间，在经济上只能是买卖关系，必须遵守等价交换原则。
毛泽东还说：整社三个月，没有整到痛处，隔靴抓痒，瞒产私分，劳动力外逃，磨洋工，这是在座诸公政策错误的结果。不是人家本位主义，而是我们犯了冒险主义。问题是我们在生产关系的改进方面，前进得过远了一点，下面的同志把公社、生产大队、生产队三级所有制之间的区别模糊了，实际上否认了生产队的所有制，这就不可避免地要引起广大农民的坚决抵抗。我在这里说的生产队，有些地方是生产大队，有些地方叫管理区，总之大体上相当于原来的农业生产合作社。现在有许多人还不认识公社所有制必须有一个发展过程，这个过程要有几年时间才能完成。急了不行，欲速则不达。现在搞的公社所有制是破坏生产的，是危险的政策。应基本上是生产队所有制，要出安民告示。我们在党内的主要锋芒还要反"左"。
毛泽东指出，目前我们的任务是要妥善地坚决地纠正平均主义和权力、财力、人力过分集中于公社一级的状态，公社应当实行权力下放，三级管理、三级核算，并且以队的核算为基础。强调还必须把安排人民生活、公社积累和国家需要三者统筹兼顾。会议完全同意毛泽东的意见，并对当前整顿和建设人民公社的方针作了规定，即：统一领导，队为基础；分级管理，权力下放；三级核算，各计盈亏；分配计划，由社决定；适当积累，合理调剂；物资劳动，等价交换；按劳分配，承认差别。这样的管理体制曾在一个相当长的时期在我国农村人民公社中实行，在实行过程中也不断进行调整。会议形成了一份《郑州会议记录》。《记录》表示同意毛泽东提出的意见；收录了毛泽东在会议上的讲话；还收人了会议起草的《关于人民公社管理体制的若干规定（草案）》。这个草案规定了人民公社管理委员会的职责范围和生产队的职责范围，明确了相当于原来高级社的管理区或生产队"是人民公社的基本核算单位"。第二次郑州会议在解决人民公社的管理体制和纠正"共产风"等问题上，起了积极作用。但由于确定的"队为基础"是相当于原高级社的规模，公有程度仍然偏高。因此，农村的生产关系不适合生产力的状况没有得到根本的解决。
平定西藏叛乱
5月23日，中央人民政府和西藏地方政府签订了《关于和平解放西藏办法的协议》（即17条协议）。《协议》规定："西藏人民团结起来，驱逐帝国主义侵略势力出西藏，西藏人民回到中华人民共和国祖国大家庭来"；"西藏人民有实行区域自治的权利"；"对西藏现行的政治制度，中央不予变更"；"西藏军队逐步改变为中国人民解放军"；"尊重西藏人民的宗教信仰和风俗习惯"；"有关西藏的各项改革事宜，中央不加强迫"；"中央人民政府统一处理西藏地区的一切涉外事宜"。根据《协议》，达赖喇嘛和班禅额尔德尼的固有地位、西藏地方政府的地位和职权受到充分的尊重，有关西藏行政事务，均由西藏地方政府负责办理。《协议》签订之后，十四世达赖喇嘛丹增嘉措从西藏亚东回到拉萨，从1951年8月起亲政。人民解放军于1951年10月26日和平进藏。
中央人民政府和人民解放军驻藏部队，忠实地履行17条协议，中共中央驻西藏工作委员会和人民解放军驻西藏部队在人藏的8年多时间里，一贯坚持各族人民之间和西藏人民之间的团结，在西藏实行民族区域自治，坚决执行党和国家的民族政策和宗教政策，并且采取放慢民主改革的步伐和耐心等待的方针。
但是，原西藏地方政府和上层集团的一些反动分子却不顾中央人民政府的耐心等待和再三教育，长期坚持分裂祖国、维护农奴制的反动立场。他们在帝国主义、台湾国民党和外国反动势力的策动下，指挥康藏两地一些最反动的大农奴主，在雅鲁藏布江以东、以北、以南的地方，组织叛乱武装，反对中央，背叛祖国。他们把中央这种仁至义尽的态度看成是软弱可欺，从1958年5、6月起就指使叛匪窜扰昌都、丁青、黑沙、山南等地区，破坏交通，劫掠财物、奸淫烧杀、残害人民，并且袭击中央派驻当地的机关。中央本着民族团结精神，责成西藏地方政府惩办叛乱分子，维护社会治安。西藏地方政府和西藏上层反动集团却置若罔闻，非但不负责制止叛匪的骚乱，反而变本加厉，积极进行叛国的阴谋活动，直到公然撕毁17条协议，发动武装叛乱。
达赖喇嘛原定于1959年3月10日到人民解放军西藏军区礼堂看戏，这是达赖喇嘛自己在一个多月前提出的，这个日期也是他自己决定的。但是，叛乱分子利用这件事大肆造谣，欺骗拉萨市民，散布军区要扣留达赖喇嘛，然后将他强行带到内地去的谣言。以此为借口，叛匪武装占领了达赖驻地，劫持达赖，在驻地门口当场杀死自治区筹备委员会宗教事务委员会委员勃朗降措，打伤反对叛乱的军区副司令员桑颇·才旺仁增等人。同时，武装包围了军区司令部和中央驻拉萨的机关。
叛乱发生后，中央驻藏代表3次致函达赖喇嘛，要求原西藏地方政府改正错误，设法平息叛乱。达赖喇嘛也3次复函给中央驻藏代表谭冠三。在3月11日的信中说："反动的坏分子们正在借口保护我的安全而进行着危害我的行动。"3月12日的信又说："昨天我通过噶厦责令非法人民会议必须解散，以保卫我为名而进驻罗布林卡的反动分子必须立即撤走。‘’中央代表欢迎达赖喇嘛的这种态度。但是，这些反动分子不但毫不改悔，反而决心扩大叛乱，竟在3月17日悍然将达赖喇嘛劫出拉萨，并在3月19日夜间向人民解放军驻拉萨部队发动了全面进攻。为维护祖国的统一和民族团结，彻底解放西藏劳动人民，中国人民解放军西藏军区部队奉命于3月20日上午10时，对叛国集团进行讨伐。经过2天多的战斗，迅速地粉碎了拉萨市区的叛乱。到23日止，俘获叛军4000余人，缴获各种枪支8000余支，轻重机枪81挺，八一迫击炮27门，山炮6门，子弹1000万发。许多被包围的叛军成股成股地投降。为了彻底肃清叛匪，国务院命令人民解放军驻藏部队在西藏各地实行军事管制，成立由当地驻军及爱国人民代表组成的军事管制委员会。3月23日，拉萨市军管会首先宣告成立。
西藏军区平叛部队在迅速平定拉萨叛乱之后，又于4月8日挥师南下，分东、西、中三路渡过雅鲁藏布江，追剿残匪。经过10多天的战斗，人民解放军攻占了雅鲁藏布江以南、江孜以东、喜马拉雅山以北、则拉宗以西的广大地区，粉碎了各地的叛乱武装，毙伤俘虏叛军近2000人。长期盘踞在山南地区的以恩珠仓·公布扎西、甲马仓、三多仓为首的股匪，也被迅速歼灭。4月21日晨，人民解放军进占平山口、卡达等地，控制了山南地区和喜马拉雅山北部的边境要塞。部分顽匪逃往印度境内，少数残敌窜人偏僻山区。至11月，叛乱集团主要力量被歼灭，武装叛乱基本被平息。同时，我军进驻西藏边防地区。随后，我军转入对流窜在各地小股叛乱武装进行搜剿。到1962年3月，平叛作战胜利结束。西藏反动集团的叛乱，以彻底失败而告终。
平定西藏上层反动集团叛乱的胜利，粉碎了西藏上层反动集团反动分子分裂祖国使西藏倒退的梦想，挫败了帝国主义者和外国扩张主义者妄图搞西藏独立的阴谋；维护了祖国的统一和民族的团结，巩固了我国的西南边防；扫除了西藏民主改革的障碍，西藏世代受压迫的百万农奴也获得了新生。
原西藏地方政府和上层反动集团发动武装叛乱，为国法所不容，1959年3月28日，周恩来发布国务院命令，解散西藏地方政府，由西藏自治区筹备委员会行使西藏地方政府职权，并决定由西藏自治区副主任委员班禅额尔德尼·确吉坚赞代理主任委员职务，任命自治区筹备委员会藏族常务委员帕巴拉·格烈朗杰活佛和阿沛·阿旺晋美为副主任委员，阿沛·阿旺晋美兼秘书长。
4月28日，中华人民共和国第二届全国人民代表大会第一次会议通过《关于西藏问题的决议》。指出："西藏是中国不可分割的一部分。"平息西藏叛乱完全是我国内政，不容许任何外国人干涉。并指出："在西藏地区贯彻和实行在中央人民政府统一领导下的，由广大人民和各界爱国人士当家作主的民族区域自治，贯彻和实行在中央人民政府统一领导下的民主改革，并且依靠各族劳动人民兄弟般的团结和互助，建设繁荣昌盛的社会主义新西藏，这是中华人民共和国坚定不移的方针。"经过较长时间的筹备，1965年9月1日至9日，西藏自治区首届人民代表大会在拉萨举行。会议总结了西藏人民15年来革命和建设的成就和经验，讨论了今后一个时期西藏革命和建设的任务。会议选举阿沛·阿旺晋美为西藏自治区主席，周仁山等为副主席。当选的37名自治区委员中，藏族占绝大多数，另外有汉族、门巴族、珞巴族和回族等。委员中有劳动人民，也有爱国进步的上层人士和宗教界人士。西藏自治区的正式成立，掀开了西藏历史新的一页。
中共八届七中全会
4月2日至5日，中共八届七中全会在上海举行。出席这次全会的有中央委员81人，候补中央委员80人。中央各部门负责同志和各省、市、自治区党委第一书记列席了会议。会议主要是检查人民公社的整顿工作，进一步调整生产指标及通过1959年国民经济计划等。毛泽东主持了这次会议。会议听取了薄一波作的《关于第一季度工业生产情况和第二季度的安排》的报告，李先念《关于财贸工作的情况和意见》的报告，邓小平《关于经济工作和国家机构人事配备的说明》，李富春《关于准备提交第二届全国人民代表大会讨论1959年国民经济计划主要指标的说明》。毛泽东在会上讲了话。
全会通过的国民经济计划草案，对1959年各项生产指标作了进一步调整，规定：1959年钢产量由2200万吨降到1800万吨，其中好钢1650万吨；煤仍为3.8亿吨；粮食1.05亿斤；棉1亿担。其它工农业产品指标也作了相应的变动。基本建设投资总额由360亿元降为260亿元至280亿元。
在讨论1959年国民经济计划草案时，毛泽东作了重要讲话。他说，我们过去反对马鞍形，重点是在批评"反冒进"。1957年不搞马鞍形是不行的。钱和材料只有那么多，只能办那么多的事。·马鞍形将来还会有的。生产增长速度可能一年高一点，一年低一点，或者两年高一点，一年低一点，或者三年高一点，一年两年低一点。不能每天高潮。要波浪式前进。他多次提到陈云关于这方面的正确意见，并表示赞成调整生产指标。