在会议所列文件中，毛泽东给江青的信被当作是"最重要的一篇"。这封写于"文化大革命"初期的私人信件，在此之前只有两三人知晓。在信中，毛泽东表示了对林彪1966年5月18日有关政变和个人崇拜讲话的不安和不满。"他是专讲政变问题的"，"这个问题，像他这样讲在过去还没有过"。"他的一些提法，我总感觉不安。我历来不相信，我那几本小书，有那样大的神通，现在经他一吹，全党全国都吹起来了，真是王婆卖瓜，自卖自夸，我是被他们逼上梁山的，看来不同意他们不行了。""我猜他们的本意，为了打鬼，借助钟馗。我就在20世纪60年代当了共产党的钟馗了。"江青在参加华东组、中南组讨论时，俨然以最权威的身份解释、宣讲毛泽东的这封信，说林彪从当抗大校长至当国防部长，就一直搞山头、结死党、搞阴谋诡计，而毛泽东则早就看出林彪"不是马克思主义者"，这显然不符合历史事实。毛泽东同意在这次会议上公布这封信，除证明林彪远非一贯正确外，更重要的，似乎在于说明他对林彪等人早有觉察。但这种做法并没有收到预期的效果，它不仅没有消除反而增加了人们的疑问。
根据毛泽东的指示，6月10日、11日、12日周恩来在会上作了关于民主革命时期党内6次路线斗争的报告。根据毛泽东的指示，6月23日周恩来在会上作了《关于国民党造谣污蔑地登载所谓"伍豪启事"的真相》的报告，中共中央又发了文件加以说明，并附若干原始材料，传达到党内高级干部。毛泽东当时说过，这样做的用意是：让党内高级干部了解事件真相，不允许任何人今后在这个问题上诬陷周恩来。
批林整风汇报会比较系统地批判了林彪一伙，使人们认清了林彪一伙的面目。会议结束后，7月上旬至8月上旬，各省、市、自治区都召开了各自的批林整风会议，传达中央会议精神，学习文件，联系各自的实际，清理思想，总结经验，解剖自己。按照中央要求，这些会议研究、部署了下半年的工作，要求各级党委都要把批林整风当作头等大事来抓，重点要搞好批林，在此基础上搞好整风，要加强党的一元化领导，反对山头主义、宗派主义等等。总之，这次会议一方面系统地批判了林彪集团，一方面又把粉碎林彪集团的斗争说成是"文革"的胜利。因此，批林整风运动实际上从一开始就走上了歧路，全国人民通过林彪事件巨大震撼之后产生的种种对"文革"的疑问，仍然得不到解释。
解放和使用一批老干部
"文化大革命"开始后，林彪、江青一伙勾结在一起，搞"怀疑一切，打倒一切"，大批党政军老干部被打倒或靠边站。周恩来等同志为保护老干部虽然尽了最大努力，但在当时的险恶形势下，收效不大。老干部们被打倒后，处境非常悲惨。他们的家属亲友也受到牵连。由于他们这些工作骨干被打倒，工农业生产和各方面工作几乎陷于停顿。
9月13日，林彪叛逃出国，机毁人亡后，事情有了转机。"九一三"事件的发生，客观上宣告了"文化大革命"的理论和实践的失败。毛泽东虽然难以认识和承认这一点，但通过林彪这个反面教员，他毕竟对老干部的看法有了改变。1971年11月14日，他在接见来京参加成都地区座谈会的人员时，当着叶剑英的面对大家说："你们再不要讲他‘二月逆流’了。‘二月逆流’是什么性质？是他们对付林彪、陈伯达、王、关、戚。"这就为所谓"二月逆流"的错案平反奠定了基础（中共中央正式作出为"二月逆流"平反的决定，是在粉碎"四人帮"之后）。被迫害而不准参加九大的谭震林，也在周恩来的关照下回到北京并恢复了工作。
1月10日，毛泽东参加了陈毅的追悼会。在追悼会上，毛泽东在同陈毅的夫人张茜谈话时，高度评价了陈毅的历史功绩。并说："要是林彪的阴谋搞成了，是要把我们这些老人都搞掉的。"在这次谈话中，毛泽东还讲了邓小平同***是有区别的。邓小平问题的性质属于人民内部矛盾。毛泽东的这些讲话表明他改变了对一些老干部的看法。这些话传出去后，对解放和使用老干部起了积极的推动作用。周恩来抓住这一时机，做了大量的解放老干部的工作。
同年4月，曾在国务院担任部长的陈正人、曾山、李德全等相继病逝。周恩来指示有关部门：要对疏散到各地的副部长以上的领导干部普遍进行身体检查，改善他们的医疗条件；政协机关也应对上层爱国民主人士的医疗、生活状况进行调查，掌握情况。根据他的指示，卫生部组织北京十大医院，在不到一个月的时间内为近500名副部级以上的干部检查了身体，许多在外地被审查的老干部逐渐回到北京重新走上工作岗位。
24日，《人民日报》发表了经周恩来亲自阅改的社论《惩前毖后，治病救人》。社论引述毛泽东的话："要相信90％以上的干部是好的和比较好的。犯了错误的人，大多数是可以改好的。""打击面要小，教育面要宽。"社论指出：要严格区分两类不同性质的矛盾，对一切犯错误的同志，都要坚持团结——批评——团结的正确方针。"要在毛主席革命路线指引下，团结一切可以团结的人，包括犯了错误并且认真改正错误的人。"社论强调："经过长期革命斗争锻炼的老干部"，"是党的宝贵财富"，应该认真落实党的干部政策。这篇社论在当时影响很大，有力地推动了"解放"干部的工作，使大批被诬陷被打倒的老干部、老专家、教授等，从关押、审查、批斗的状态中解脱出来，重新走上工作岗位，许多老同志还担任了各级领导工作。
1日，国防部为庆祝建军45周年举行盛大招待会。叶剑英在会上讲话。陈云、王震、滕代远、陈再道等一批受迫害的老干部到会。这是"文化大革命"开始以来，老干部出席并见报最多的一次建军节招待会。
1日，《人民日报》、《红旗》杂志、《解放军报》联合发表周恩来主持起草的题为《夺取新胜利》社论。文章提出：要"加快社会主义建设的步伐"，"继续落实毛主席的干部政策"；"要提倡又红又专，在无产阶级政治统帅下，为革命学业务、文化和技术"。这篇社论表达了周恩来恢复八大正确路线和方针的意图。
周恩来"解放"老干部工作是在毛泽东的关心和支持下开展的。自从毛泽东参加陈毅追悼会之后，许多老干部及其家属纷纷给毛泽东写信，揭发林彪的罪行，申诉自己受迫害的情况。他们有的要求解除监禁，出狱治病；有的要求落实政策，恢复工作；更多的则是要求弄清问题，作出结论。对于这些来信，毛泽东大多及时作出了批示。据粗略统计，仅1972年一年间，他批阅的这类来信就不下30件。对一般高级干部的情况，他明确指示中央有关部门及其负责人处理，而对担任过党和国家重要领导职务的干部，他则直接批交周恩来亲自处理。周恩来根据毛泽东的这些批示，反复督促有关部门尽快结束一些专案审查工作，恢复一些担任过重要领导职务的同志的名誉，并把一大批下放劳动或"靠边站"的各级负责干部重新安置到领导岗位上。突出的如1972年底，周恩来根据毛泽东对刘建章一案的批示精神，指示公安部会同北京卫戍区，对北京监狱的情况作一次彻底清查，凡属毛泽东所说的"***式的审查方式"都需列举出来，宣布废除，如有再犯者，当依法惩治。此后不到4个月的时间里，仅中央交办、北京市负责审查的100多人中，就有一半以上获得"解放"。
毛泽东这一时期"解放"老干部的批示，影响最大的莫过于对陈云、邓小平等同志的批语。陈云在"文革"中被解除了中央委员以外的一切领导职务。1972年7月21日，他给毛泽东写信，要求分配力所能及的工作，参加老同志学习班，并在春秋季节到外地作些调研工作。毛泽东次日阅信后即批示"我看都可以同意"，"请中央商定"。
3日，邓小平也给毛泽东写信，揭发林彪的罪行，同时提出愿意做一点工作。毛泽东阅后批示印发中央各同志，并写了一个较长的批语，表明了自己的态度：（1）他在中央苏区是挨整的；（2）他没有历史问题；（3）他协助刘伯承同志打仗是得力的，有战功。并强调指出："这些事我过去讲过多次，现在再说一遍。"根据毛泽东的这一批示，周恩来召集中央政治局会议几次讨论，1973年3月10日，中共中央作出了关于恢复邓小平的党组织生活和国务院副总理职务的决定。1973年12月，毛泽东又3次同中央政治局等方面的同志谈到邓小平复出的问题。至12月22日，中央下发了关于邓小平担任中央政治局委员、中央军委委员，参加中央和军委领导工作决定的通知，使邓小平重新出现在中国的政治舞台上。邓小平的复出，充分说明了毛泽东在"文革"初期对整个干部队伍的判断是站不住脚的，同时也表明要结束长期以来不正常的混乱局面，实现安定团结，使国民经济得到恢复和发展，还必须依靠以周恩来、邓小平为代表的老一辈无产阶级革命家。1973年3月10日，周恩来抱病致信毛泽东，建议抓紧解放干部和平反冤假错案的工作。在他的督促下，中组部提出了一个300多人的名单，他又亲自主持政治局会议逐一讨论通过，为一大批被打倒和排斥的领导干部重新安排了工作。
干部问题，是"文化大革命"以来一直处于突出地位的重大问题。全国从上到下有这样多的老干部被打倒和"靠边站"，正是在"无产阶级专政下继续革命"错误理论指导下"打倒一切"、"全面夺权"的错误实践所造成的严重后果。因此，落实干部政策的各种努力，实际上是着手具体纠正"文化大革命"中普遍存在的那些极端做法，是对群众运动中无政府主义思潮的一种否定。虽然还不可能从根本上改变"左"的错误的干部政策，但对当时党和国家的各项工作、尤其是经济工作确实起到了相当的推动作用，并且为日后粉碎"四人帮"准备了干部条件。
综合大学和外语院校教育革命座谈会
综合大学和外语院校教育革命座谈会1972年5月10日至6月20日由国务院科教组主持召开。参加会议的有北京大学、复旦大学、上海外语学院等15所院校以及北京、上海、辽宁等教育部门的代表。
会议提出要从教育革命的实际出发，分析林彪一伙是怎样从极左和右的两个方面破坏毛主席革命路线的。要抓落实干部政策，对原有干部要安排适当工作。要全面落实对知识分子的政策，发挥教师的业务专长，合理安排他们的工作，鼓励教师为革命刻苦钻研科学技术，教学中对学员严格要求。会议还提出，要加强基础理论教学。理科的基础课一般宜单独设课，系统学习，基础知识面要适当宽一些，保证必要的教学时问。外语院校也要加强基本功训练。要重视基础科学的发展，重视科学研究人才的培养，努力开展科学研究，贯彻"百花齐放，百家争鸣"的方针。理科要加强理论研究，抓紧实验室、研究室的改造和建设。会议并对综合大学文、理科两科的培养目标问题进行了讨论。
‘这次会议是在周恩来主持中共中央日常工作期间召开的，会议上针对当时教育界存在的严重问题所提出的意见，体现了周恩来等要求改变"文化大革命"后教育界遭受严重破坏的状况的强烈愿望。到1972年底，教育界在落实干部和知识分子政策，在加强基础理论教学等方面，都有了新的起色。
周恩来关于加强自然科学基础理论研究的指示
新中国成立后，科学技术以前所未有的速度向前发展，但一直对基础科学的理论研究重视不够。为此，毛泽东、周恩来曾于1956年、1959年、1964年多次指示要重视基础理论研究工作。"文革"开始后，由于"左"的思想和政策的干扰，一切科研工作都处于缓慢发展甚至停顿状态。"九一三"事件后，林彪集团垮台，周恩来主持中央工作，力图在尽可能的条件和范围内纠正"左"的错误。他把握历史契机，做了大量工作，努力恢复党和国家的正常秩序。在着重落实党的经济政策和干部政策的同时，周恩来还不畏险阻，在教育、科技、文化等"重灾"里，展开了批判极左思想，落实党的政策的卓越斗争，使得这些领域里一度出现了盎然生机。周恩来关于加强自然科学基础理论研究的指示即是其中一项重要内容。
7月2日，周恩来在会见美籍华人科学家杨振宁时，认真听取了杨振宁对我国科学教育界的看法。周恩来说，你说我们基础科学理论太贫乏了，而且也不同国外交流，恐怕这话有道理，你是看到我们的毛病了。你有好的意见我们应该听取，不要还是自高自大，听不进你的意见，或者听了当耳边风就更危险。7月14日，周恩来在会见美籍中国学者时又说："杨振宁讲话实在，毛主席看了他的讲话后，称赞他。"同时，周恩来又对陪同接见的北京大学副校长、著名物理学家周培源说："你回去要把北大理科办好，把基础理论水平提高。这是我交给你的任务。有什么障碍要扫除，有什么钉子要拔掉。"
20日，周培源致信周恩来，汇报了他在北大传达总理讲话后，广大师生心情激动，深感党中央的亲切关怀。信里也反映了许多教师仍然存在的顾虑，主要是觉得搞"科研工作反复性很大，一会儿这样，一会儿那样"，"来一次运动首先受到冲击的是搞基础理论研究"；造成"老中教师普遍的思想情况是不愿搞也怕搞基础理论研究"，"怕挨’理论脱离实际‘的批评"。这封信真实地反映出在极左思潮影响下，广大知识分子欲罢不忍，欲教不成的痛苦心情。这正是周恩来指出的"障碍"所在。周培源在信中还指出："要使我国基础科学赶上去，关键在于领导"，并提出了"是否可让中国科学院统一领导全国基础科学研究工作，其中包括综合性大学的理论研究工作"的建议。
23日，周恩来针对该信的内容作了重要批示。指示当时国务院科教组和中国科学院负责人郭沫若、刘西尧、丁国钰、秦力生、迟群、谢静宜等人说："把周培源同志来信和我的批件及你们批注的意见都退给你们好作根据，在科教组和科学院好好议一下，并要认真实施，不要如浮云一样，过了就忘了。"在此之后，周恩来又多次指示要加强自然科学基础理论研究，说"这事不能再拖延了"。