进一步指出林彪一伙人的错误问题，强调惩前毖后，治病救人，要求犯错误的人认识和改正错误。毛泽东南巡讲话，重点讲"第十次路线斗争"——庐山会议的问题。对林彪的问题，他一再讲"林彪同志那个讲话，没有同我商量，也没有给我看"，点明庐山会议出问题与林彪这个讲话有关。说庐山会议问题是"否定九大路线，否定二中全会三项议程，这实际上是反我。是我把天才划掉，是我提出不设国家主席"。把问题的严重性点出来了。他对林彪的某些提法也多次提出批评，说"不符合实际"，"不符合事实"。"什么’顶峰‘啦，’一句话顶一万句‘啦，你说过头了嘛！"由此点出天才问题也出自林彪。针对林彪一伙提出的"伟大领袖毛主席亲自缔造和领导的、林副主席直接指挥的中国人民解放军"的提法，毛泽东指出："这是不对的。缔造者、领导者也不是少数人，也不是我毛泽东一个，也不是你林彪一个"，认为林彪突出他在军队中的地位也是别有用心的。毛泽东还讲到"不要把自己的老婆当自己工作单位的办公室主任、秘书（指叶群）"。他指出："你在那里搞什么所谓’超天才‘，对二十几岁的人（指林立果）就捧得那样高，实际上是害他。"这是对林彪的工作作风和对待亲属的做法进行的批评。毛泽东说："我看黄永胜这个人政治不怎么强，是有头无脑。他检讨最没有勇气，怕得要命。"显然，毛泽东对黄永胜不肯检查交代错误，紧跟林彪有意见。毛泽东还说："五个人（黄、吴、叶、李、邱）在批陈整风汇报会上的检讨，承认在政治上是方向、路线错误，组织上是宗派主义的。但是他们的检讨里面是吞吞吐吐，因而使人怀疑他们能否改好。"对于在庐山会议上受骗、受蒙蔽而犯错误的人，毛泽东强调还是"惩前毖后，治病救人"。因此，毛泽东在南巡谈话的对象中，对一些与林彪集团关系很密切的或者陷得很深的人，对一些起哄而犯了错误的人，毛泽东有针对性地打了招呼和进行教育。对庐山会议上犯一般错误的同志是谅解的。他说：我认为犯点错误不要紧，属于认识问题，现在认识到了就好了。问题是，"犯了错误，也不认识，也不去想办法认识，在那里顶着，这个不好"。
倡导读马列著作，提高识别能力，用行动检验学习的好坏。毛泽东南巡每到一处，都给党内高级干部讲要吸取庐山会议教训，要认真学马列著作。他说："我经常提学习问题，大家在这方面口头上是同意的，但在实际中看法就不统一了。你看，这次在庐山会议上，搞了一个称天才的语录，自己又不看马列主义的书，陈伯达搞的那一套就相信了，而且照着念，照着引用。""现在看来，是马列主义没有学好。"他要求党内高级干部"现在学六本，文化高一些的，有人可能突破，明年再学几本"。此外，他还提出高级干部学点历史知识和国际知识。他特别强调，检验学习马克思主义理论的好坏要看行动。他说："马克思经常讲，不要看人家的声明，要看行动。声明无非是讲在口上，写在纸上，那比较容易，真正实现，就难了。这个问题没有解决，可能要看几年、十几年、二十年吧。"
提出要加强对军队的领导，整顿军队的作风，号召"人民解放军学全国人民"。庐山会议以后，毛泽东感到军队问题很多。他在南巡讲话中说："过去我就讲过，一个主要倾向，掩盖着另一个主要倾向！"他认为，在"文革"时期军队中滋长的居功骄傲和宗派主义，足以影响党的团结统一、国家稳定和"文革"的进行。毛泽东强调说："军队要谨慎，不能骄傲，一骄傲就要犯错误。""军队要谨慎，首先不要搞山头主义。"他还谈到加强对军队的领导，特别讲到他要亲自抓军队工作。他说："过去我没有管，现在我要管军队的事，我不相信军队要造反。军队要统一，军队要整顿。"他还提出，现在说"全国人民学人民解放军。要加一条，人民解放军学全国人民"。以此来改善军队和人民群众的关系。
南巡途中，毛泽东并不知晓林彪集团、"联合舰队"有对他图谋不轨的意图，但他一生都在搞激烈的阶级斗争和复杂的党内斗争，对历史的和现实的政治斗争的险恶风波非常熟悉，政治嗅觉极为敏锐，警惕性非常高。这次南巡，是在"文革""全面内战"刚刚平息下来的情况下，党和国家的纲纪法度还未恢复，毛泽东又是要对付掌握兵权的林彪集团，自然更加警觉他们的举动，注意所发生的一切异常现象。在南昌时，曾经与林彪一伙关系密切的江西省委和省军区负责人程世清就向毛泽东反映了林彪、林立果一伙的不正常情况。到杭州之后，又觉察到一些异常情况。过去他在杭州的警卫工作是由地方负责，这次却由与林彪集团关系密切的空五军政委陈励耘直接掌握；一些多次接待毛泽东的工作人员也向他反映陈励耘布置监视毛泽东的任务等。
这些引起了毛泽东的警惕，9月10日他突然改变原定9月中旬才离开杭州的计划，下令立即离开。9月10日下午4时，毛泽东乘坐的专列由杭州出发，晚上10时前后到达上海。毛泽东在上海停留了14个半小时，于11日中午12时半离开上海，直发北京。中途在南京停留15分钟，毛泽东未下车，让汪东兴下车见了许世友。以后在蚌埠站停车5分钟；在济南站停车50分钟（在这里，汪东兴按毛泽东指示，临时通知北京市和北京军区主要负责人在丰台开会）；在德州站停车20分钟；在天津西站停车15分钟。12日下午1时10分到北京丰台站，停留2个多小时，4时零5分抵达北京站。除了中途停车的时间，毛泽东专列从上海到达北京，路上只走了25个多小时。在当时条件下，列车是以最快的速度赶回北京的。毛泽东临时改变行程，采取必要的防备措施，安全抵京，使林彪一伙企图加害于毛泽东的阴谋彻底破产。
"九一三"事件后，毛泽东的南巡讲话，由中共中央整理为《毛主席在外地巡视期间同沿途各地负责同志的谈话纪要》，于10月7日向全党转发，进一步提高了全体党员对林彪集团的认识。
"九一三"事件与林彪集团的覆灭
林彪是一个隐藏在中国共产党和人民解放军内部的两面派、野心家和阴谋家。林彪在历史上是战将，为党和人民做过有益的工作。但是随着地位的增高，林彪的个人野心日益膨胀。特别是1959年林彪主持军委工作后，权欲急剧增长。他善于揣摩、迎合毛泽东的心理、好恶，肉麻吹捧，步步"紧跟"，并且言必称"突出政治"，骗取了毛泽东的信任。"文化大革命"的"左"倾理论和政策，为野心家提供了前所未有的机遇。在这特殊的历史条件下，林彪与黄永胜、吴法宪、李作鹏、邱会作等人结成以攫取党和国家的最高权力为目的的宗派集团。
在1970年8月下旬至9月上旬召开的中共九届二中全会期间，林彪一伙自以为时机已到，便利用"坚持设国家主席"和"天才"的问题，向党中央、毛泽东发动突然袭击，企图以和平方式，实现"抢班夺权"的目的，结果惨遭失败。会后，党内开展了"批陈整风"运动。除了进一步揭露和批判陈伯达的反党罪行外，对于林彪集团的问题，党中央、毛泽东本着"惩前毖后，治病救人"的方针，采取多种方式，一方面削弱林彪集团的权势，另一方面对林彪一伙进行了耐心的批评教育。但林彪一伙毫无悔改之诚意，并不甘心失败。他们一方面以假检讨应付党中央、毛泽东，另一方面则决定铤而走险，密谋武装政变，以暴力方式夺取党和国家的最高领导权。
10月，在林彪指使下，林立果纠集身边一批帮派骨干分子组成所谓"联合舰队"，作为发动武装政变的骨干力量。1971年3月，林立果按照林彪的授意，在上海召集"联合舰队"的主要成员周宇驰、于新野、许秀绪等秘密开会研究制定了武装政变计划——《"571工程"纪要》。3月31日，林立果根据《"571工程"纪要》的计划，在上海秘密召开武装政变骨干成员参加的所谓"三国四方会议"，确定了武装政变的指挥班子和具体分工，积极进行武装政变的准备工作。
8月中旬至9月12日，毛泽东去南方巡视。对此，林彪一伙惊恐不安，急切打听消息。吴法宪根据空军的报告，把毛泽东派飞机接一些地方负责人的情况，密报叶群。刘丰（武汉军区政委）、顾同舟（广州军区空军参谋长）和王维国（空四军政委）竟违反毛泽东不许把他讲话内容外传的规定，通过各种渠道，把毛泽东谈话的主要内容密报林彪等人。9月6日凌晨，当刘丰向正在武汉的李作鹏密报后，李作鹏很快形成三点认识：九届二中全会上的事没有完；上纲比过去高了；矛头似乎指向林彪。李作鹏当天返京后，立即将这些情况告诉了黄永胜，黄密报北戴河的叶群。黄永胜后来在法庭上供认：他给叶群通报情况，促成林彪下决心谋害毛泽东主席，后果是很严重的。
当时住在北戴河的林彪、叶群和匆忙赶来的林立果研究了毛泽东谈话的内容，认为"与其束手待毙，不如破釜沉舟"，决定对在旅途中的毛泽东采取谋杀行动，进而发动武装政变。经过紧张的策划，9月7日，林立果向"联合舰队"下达进入"一级战备"的命令。9月8日，林彪下达了"盼照立果、宇驰同志传达的命令办"，即批准林立果行动计划的手令。林立果携带林彪的手令从北戴河抵返北京，同"联合舰队"的主要成员密商具体行动计划，决定在上海动手。他们竟确定三条办法：一是用火焰喷射器、四口火箭筒打B－52（对毛泽东的诬称）的专列；二是用一百毫米口径的改装高炮，平射火车；三是让王维国乘B－52接见时，带上手枪，在车上动手，密谋杀害毛泽东。此外，他们还提出了用"日本人对待张作霖的办法，在毛泽东乘坐的专列通过时，炸毁苏州附近的硕放铁路桥，制造第二个"皇姑屯事件"。与此同时，他们还准备了另外两套方案，如上述阴谋不成，则准备南逃广州，另立中央，制造南北割据，或叛逃国外。
林立果等人知道谋害毛泽东的罪恶行径必然受到大多数人反对，所以终究不敢向"联合舰队"核心人物以外的人宣布，使他们一直到9月11日还没有找到一个可行的谋害方案。
对于叛逃国外的准备工作，他们从9月6日就开始了。9月7日，叶群要了俄华字典、英华字典、俄语和英语的会话书籍。9日，叶群又向秘书要了有关中美关系的文件。她还向总参派来给她讲世界史的工作人员询问中苏和中蒙边境的情况，打听苏蒙方面在边境地区有多少军队，各主要城市，有哪些机场，都在什么位置。叶群还让秘书把有关军队高级干部的名单，军队部署情况等中共党内和军内的高等级机密文件给她整理好送来。这是为叛逃准备的"礼物"。9月8日，周宇驰向空军航空局要了苏联航班地图。第二天，他及同伙又从空军司令部索取了东北、华北、西北地区的雷达部署图，可作导航用的我国周边国家电台频率表，北京至乌兰巴托、伊尔库茨克航线和机场位置、呼号频率表，广州、福州地区机场的资料。
31日，毛泽东乘坐专列抵达南昌。他听取程世清（江西省革委会负责人）关于林彪办公室一些人在江西活动异常的报告，提高了警觉。9月3日，毛泽东到达杭州。通过了解和观察，他对林彪一伙的阴谋有所觉察，机警地改变了活动规律。9月8日深夜，毛泽东突然下令将列车调离杭州，停到绍兴。10日午后又突然提出离开杭州；当晚到达上海后，决定在列车上过夜；11日中午同许世友、王洪文谈话后，立即令列车驶离上海，直奔北京。9月12日毛泽东提前返回北京，使"联合舰队"的谋杀计划破产。
当林彪得知谋害毛泽东的阴谋破产后，决计南逃广州，准备另立中央。9月12日，在北京的林立果与周宇驰开始商定南逃方案，并指示空军司令部副参谋长胡萍安排了8架飞机，准备于13日南逃广州。王飞、于新野等人根据周宇驰的指示，拟定了南逃人员名单，同时还搜集了大量机密文件、胶卷、录音带，以便为他们即将成立的"中央"服务。当晚，林立果乘256号三叉戟飞机飞往山海关，准备将此机提供给林彪、叶群使用。当晚，毛泽东抵达北京。周恩来正在人民大会堂福建厅主持讨论即将召开的四届人大《政府工作报告》草稿。晚上10点30分左右，驻北戴河的警卫部队将林彪之女林立衡关于叶群、林立果要带林彪坐飞机叛逃的消息，转报北京。周恩来获悉后，立即通过吴法宪、李作鹏查问256号专机突然去山海关的行动，并指示此飞机立即返回北京，飞机上不准带任何人，胡萍口头答应照办。但他与驾驶员串通口径，谎称飞机发动机油泵出了故障，正在修理，飞不回来，但周恩来重申：修好后立即返京，不准带任何人。
当晚11点30分左右，周恩来亲自打电话给叶群，问她是否知道北戴河有专机，叶群一开始说不知道，后又说是林立果坐来的：林彪说如果明天天气好，要上天转一转。周恩来问是不是要去别的地方？叶群说原来想去大连，这里天气冷了。周恩来说：别飞了，不安全，一定要把气象情况掌握好。继而，周恩来进一步试探，提出"需要的话，我去北戴河看一看林彪同志"。叶群一听，慌了神，立刻紧张地拒绝了。