在《权利律法》引起争论的时候，刘浩然于龙凤二年十一月开始着手将行省司法机构独立出来。刘浩然一向认为司法独立是人类文明和政治体制的一大进步，所以他恢复前宋提点刑狱民事机构体制，改称为提刑按察司，主理行省刑名、诉讼事务，设提刑按察使五人，提刑按察副使九人，成为行省刑狱民讼、核准死刑的最高机构。刘浩然借口刑讼重事，关乎生死，不能以一人之意而左右，因此规定行省所有刑名诉讼必须交按察司审核，一般刑事案件，三名副使合议即可批复，重大刑事案件，必须五名以上副使合议，再由三名以上按察使合议方可批复，并拥有最后裁决权，凡行省丞相以下不得干涉审案判决。
并每一府设按察佥事若干名，分巡辖下各县，做为第二级司法机构，负责审核下一级刑事民事诉讼以及接受不服上诉者，百姓如对按察佥事审判不服，可再上诉行省按察司，由按察副使做出最终裁决。
每一县设判官三人，推官五人，负责地方刑事和民事诉讼，构成第三级司法机构。而整个按察司自成体系，无论俸禄经费、官吏升迁都是独立的，行省各级官府都无权干涉，而按察使、副使等法司官吏一般都是终身制，除非有失职渎职方可免职，而判官、推官一般都是三年期满就换地再任，以免在地方形成了利益关系而影响司法公正。
刘浩然建立独立完整的司法机构后，开始在吏治上下工夫。元廷败落，贪官污吏横行，搞得百姓民不聊生是很重要的一个原因。而整顿吏治，靠官吏自身的品德操守是行不通的，必须建立一整套完整的监督系统和完善的制度。司法体制的完善是一方面，刘浩然决心树立几个典型，鼓励百姓们敢于民告官，纠正他们民不与官斗的思想。
他让李善长找到一户百姓，许以重金，让他借口江宁学堂扩建时侵占了他的宅地，把主持操办此事的江南等处行中书省给告了。江宁判官接到诉讼不敢审判，交给了应天府按察佥事，按察佥事转手把这件案子交给了行省按察司，被按察使秦从龙接下来了。
消息传来，江宁一片哗然，《江南邸报》更是连续跟踪报道，将影响扩散到各地。
龙凤二年十二月，秦从龙在按察司公开审理此案，那名户主吕又四和行中书省丞相刘浩然分别做为原告和被告列席公堂之上，并有上千江宁百姓围观。在公堂之上，刘浩然只是默坐，而副参知政事汪广洋洋洋洒洒陈言，说占用宅地是为了扩建江宁学堂，为国为民，而且行省也愿意支付赔偿，所以请按察司判吕又四输。
吕又四在大庭广众之下表现得差强人意，半天说不出话类，被秦从龙一喝问，差点尿裤子，最后结结巴巴说宅地是祖传的，并有江宁官府地契为证，而且他不愿意接受行省补偿，坚持要保有祖业。
一番别出心裁的辩词过后，秦从龙宣布五日后做出判决。见识到新玩意的江宁百姓们就此议论开了，而《江南邸报》更是连版大书，几乎快写成一部演义了。不过大部分民众都认为吕又四输定了，行省占用他的宅地是为公事，而且人家是官府，小百姓能斗得过吗？不过倒有少数江宁学堂的学子坚决支持吕又四，说国家当以法为重，并宣扬如果按察司判吕又四输他们就退学。而吕又四更是后悔莫及，不该贪图李善长的钱财允诺，惶惶不可终日地坐在家里待死。
第五日，案件如期进行，秦从龙的判决结果出乎众人意料，行中书省输了这场官司，按照秦从龙的判决，行省必须停止对吕宅侵占，出钱恢复被扒掉的吕宅围墙，一切恢复原状，并赔偿一笔损失费。
这时，刘浩然站起来表示接受按察司的裁决，并发表讲话道：“国有常法岂敢不遵，而行省的设立就是保民权安民生，与民争利已是大错，有法不遵更是不可饶恕，所以我身为行省丞相，不但无条件接受按察司的裁决，更要在这里向吕又四郑重道歉，请他原谅行省的过错！”
消息传出，江宁一片哗然，而报道案件结果的该期《江南邸报》更是被抢购一空，江南民众在议论这件事情的时候，也隐约看到了一丝不同和希望。接着，杭州四家商人将提点杭州关税司告上了公堂，说他们因为自己不愿意送贿赂，所以故意拖延关税审核时间，结果无故拖过了律法规定的十五天最长期间，使得这四家商人的货品赶不上船期，损失惨重。
杭州府按察佥事接下了这件案子，经过十余日的审判，虽然认为没有证据证明提点杭州关税司索贿，但是其渎职罪名成立，判决关税司赔偿商人损失。
案件上报到按察司，被合议审定维持原判。接到按察司移文，行中书省表示愿意接受判决结果，先赔偿商人损失，然后处理有关涉案官吏。
刘浩然趁机颂布《吏治律》，宣布凡是被按察法司判决有罪者，终身不得担任公职，并制定了连坐法和责任制，凡是失职、渎职者造成的损失，必须由责任人负责赔偿，不够的再由官府出资赔偿，而下一级有过错，上一级主官必须承担监察不力的责任，而且赔偿金必须由整个责任机构连带负责，从俸禄和经费中扣除，而举报者就可以免除，为了避免打击报复，行省还会将其迁任他地，加以保护。
行省接着强化了以陶安为御史大夫的都察院，增加都察御史分巡各地，体察民情，弹劾官吏。一旦官吏被弹劾，必须进行自辩，用证据说明自己并无过错，否则视为默认罪行，行省可以进行处置。
刘浩然鼓励各地大办报纸，一可以颂布行省律法，让百姓知法受教育，二可以公布商情，加强商贸流通，还可以刊登民情，监督地方吏治。
很快，江南行省在安宁和惊喜交加中度过了龙凤二年，迎来了龙凤三年，即元廷的至正十七年（公元1357年）。元旦，刘浩然在江宁举行了欢庆仪式和阅兵式，各地的将领纷纷赶回了江宁，并各自带回了自己的立功部队，准备接受检阅。
在东华门，刘浩然率行省、行院各级官员迎接回来的部属。最先走过来的是常遇春、傅友德、丁德兴、冯国胜和邓友德，他们是过去一年中功勋最卓著的五人，后面是胡大海、胡海等人。
他们兴高采烈地策马走向在十里亭迎接的官员，刚下得马来发现一身素袍的刘浩然走出人群，含笑走向自己，纷纷慌忙弯腰行礼。他们原本以为这里只是中低级官员迎接，想不到刘浩然亲自来了这里。
刘浩然要为诸位将领卸甲，众将纷纷拒绝，刘浩然执意道：“诸位在前线浴血奋战，我却在江宁坐享其成，不为功臣们卸甲，我于心不安。”常遇春等人知道他的性情，只好同意了。
当为胡海解甲时，刘浩然发现这员猛将又负了新伤，只是匆匆包扎了一下，连忙唤过随从副官，取来绷带药粉，重新为胡海包扎。
细细包扎后，刘浩然看着胡海裸露的上身不由开始清点其伤疤：“这道伤疤是在定远营攻打王猫虎庄园时留下的，这道是伏击滁州官军留下的，这道是在和州之战留下的，这道是攻打当涂时留下的，这四道应该是在东南战事时留下的。”
听到刘浩然能清楚历数着自己的伤疤，胡海不由泪流满面，哽咽着说：“能跟随护军南征北战，是我胡某最大的幸事，负点小伤又有何妨。”
刘浩然一边为胡海披上棉袄，一边开着玩笑劝解道：“这次回江宁你给我老老实实呆在陆军学堂，你老婆什么时候怀孕了我就什么时候放你出去。你打起仗来不要命，我可不能让你们老胡家断了后，要不然你的封爵官位谁来继承？”
听完这话，众人都不由地大笑起来，而胡海脸上带着泪水，咧着嘴笑得最开心。
五千立功军士以营为单位从广场上列队走过，整齐的队列，肃杀的气势赢得了江宁数十万百姓的喝彩，也对定远军更有信心了。
检阅完毕，刘浩然用大喇叭在五千多将士们前面开始激情洋溢的讲话：“你们是战无不胜的雄师，因为你们是定远军！从定远到滁和，到太平、江宁，再到平江杭州，你们一路浴血奋战，你们在自己的鲜血和生命履行一个誓言，那就是驱逐鞑虏，光复中华！胜利属于你们！荣誉属于你们！”
声音刚毕，巨大的欢呼声传遍了整个江宁城。随即，刘浩然为上百位立功者授予了勋章，由于是初次，所以不但勋章做的简陋，仪式也非常简单。
授完勋章后，刘浩然扬起右臂高呼道：“我相信，有一天我会在大都再为你们，为你们这些勇敢的将士们授勋！”
元旦欢庆过后，刘浩然带着卫队悄悄地离开了江宁，直奔徽州歙县，此行的目的是去寻访邓友德推荐的朱升。
朱升，字允升，休宁回溪台子上村人，自幼好学，先后师从陈栎、黄楚望等名家，19岁中秀才，46岁中举人，50岁任池州路儒学学正，却不弃耕作，有“春深雨足长青草，数亩山田自可耕”情怀，曾开馆讲学于故里、紫阳书院、商山书院、歙县石门等地，人称枫林先生。
邓友德经略徽州，率重兵包围了州治歙县，为了家乡百姓免受兵祸，朱升冒万箭之簇，独立城下，说服守城元帅福童开城归降。后来邓友德率兵攻打婺源，久攻不下，只得转去请教朱升。朱升避而不见，只留下锦囊妙计，助邓友德攻陷婺源。
邓友德敬佩其才学，累累寻访邀请，但是却被朱升婉拒，这次回江宁，便向刘浩然推荐了此人。
一路急行，刘浩然很快便来到石门朱升隐居的教馆。面对刘浩然的登门拜访，朱升避之不及，只得相见。
“刘某恭据江南行省丞相，一直担心自己才学浅薄，有负重任，所以诚惶诚恐，生怕有丝毫差错，使得百姓吃苦。今闻得先生大才，恳请先生能辅佐教导于左右，使得我少犯错误，则百姓幸矣。”刘浩然非常诚恳地说道。
“丞相不必妄自菲薄，江南邸报我也经常看，你的举措虽然往往别出心裁，但是细细一想，却能直中要害。吏治、民生，你都能理顺规划，这份心胸，这份眼界，放眼天下难得一二了。老朽已经身陷黄泥，恐难受驱使。”朱升笑着拒绝道。
但是刘浩然却丝毫不死心，继续恳请道：“这些都是权宜之策，还请先生念天下之乱，生灵涂炭，学当救国，教我兴国安邦之策。”
“兴国安邦之策，无非是高筑墙、广积粮、缓称王，而你已经做得非常好了。高筑墙，你抢先攻取了东南，把张士诚逼到了江北，而且又与安庆余阙交好，使得各路威胁只剩下了西路徐寿辉；广积粮，你开荒地、安饥民、设军屯、赎奴仆，又广开商路，多设工场，我想用不了几年，江南便又复粮仓、布仓、钱仓之盛；缓称王，你据江南富庶之地，却拒绝臣属拥立为国公，甘愿俯身依托刘福通之下。如此举措，比我这老朽所说的九字方策还要做得好。”
听完朱升的话，刘浩然不由一惊，想不到历史上朱元璋成就霸业的九字真言居然是这位老先生提出的，那可不是一般的人才，一定要招揽到手。刘浩然占了穿越的光，自然知道老朱同志成功的九字真言，也一直坚定不移地执行着，所以朱升才有如此感叹。
“枫林先生，我看你在农耕之余不忘授学，育才之心可感天地。今先生年老体迈，刘某不敢以俗事烦扰先生，只是我准备在杭州再开办一所东南学堂，与江宁学堂一般，而李习先生已经愿意前往杭州操办此事，所以江宁学堂学正一职空缺，我想延聘先生为学正，一展先生教化育才之志。”
正面招揽不行，刘浩然就另想他法，只要把朱升请进江宁就好了，而这个建议也让朱升犹豫起来，虽然他不愿意纠于政事，但是能主持一所行省最大的学府，教授更多的弟子，却是他的夙愿。
刘浩然见朱升有所心动，连忙起身弯腰拱手道：“还请先生念在数万江南学子的份上，出山吧。”
朱升看着这位年轻的行省丞相，感觉自己被击中了要害一般，只好无奈地叹了一口气，应承下来。