虽然孙承宗的边防大计仍然按照他的既定方针去办，但在边疆始终是两个声音。跟孙承宗唱对台戏的就是张风翼，他竟然说：“辽东贫瘠荒远，国家就是放弃整个辽东，也还是全盛的中朝大国。比如大宁、河套等地现在都已经放弃了，对国家有什么损害？现在，全国之内没有一个人打算恢复全辽，他孙承宗一个人就能恢复吗？”他甚至对别人说：“孙承宗把我放在宁远这荒凉的边塞，这是在杀我啊！”他害怕得要命，急忙把孩子老婆送回老家。为了稳定军心，让朝廷支持自己，孙承宗于天启四年(1624年)二月上《边防大计疏》，驳斥了张凤翼的亡国言论，他说：“山海关以外的各个城池，其中的居民又是民又是兵，我们是在以辽人守辽土，辽人安居乐业，努力耕种，就会使山海关以外的战备情况得到很大的改善，这样，关内的战备就不用那么紧张。如果守在关内，那么，我们的战略纵深就很浅；如果守在宁远，那么它就成了山海关的重关，我们的京师于是就远在千里之外。假如后金前来攻城，由于是辽人世代居住的地方，所以辽兵必然死守，何愁宁远守不住呢。现在，朝中一些保守的庸人，要放弃宁远，退守山海关，实在是亡国之计。望陛下当机立断，坚定守宁远的决心，臣愿肝脑涂地，报效陛下。”熹宗为孙承宗的忠心和保卫边疆的决心所感动，当即准奏。
天启三年(1623年)九月，孙承宗命祖大寿修复烧毁的宁远城，并命令驻军尽快重建从山海关到宁远之间被烧毁的各个城池。号召辽人回归故居，开荒种地，重建家园。同时又发展采煤、煮盐、海运等各项事业。经过一段时间的发展，当地人民逐渐的富足，为对敌军事斗争提供了强有力的物质保障。宁远城修好后，孙承宗派袁崇焕镇守。他自己则坐镇山海关。随着宁远城经济的发展，防卫的日渐巩固，明军的防线也不断向前推进。天启五年(1625年)夏天，孙承宗派遣军队分别据守锦州、松山、杏山、石屯以及大凌河、小凌河等各个城池。明军的防线从宁远又向前推进了二百里，形成了以宁远为中心的宁锦防线。这样，从天启二年关外沦陷以后，在孙承宗的努力下，向东向北拓展国土四百多里。当年的失地全部收复。这道防线不仅保卫着山海关免受攻击，而且在此后的二十多年里，基本上稳定了河西走廊的战局，使后金难以从这里突破。
孙承宗之所以取得这样大的成就，主要得益于三个方面：
首先是自己的雄才大略，正确的方针。主要是建立了以宁远为中心的防卫体系。然后是调动安抚各方面的力量。“以辽人守辽土”，命杨应乾所招募的辽人士兵戍守宁远，节省了很多朝廷的经费，提高了士兵的守土热情；派使者去朝鲜，使它声援大明；在东江犒赏毛文龙部。毛文龙部虽然名义上归朝廷管，但有贪功，冒饷、不肯受节制，难以调遣等问题。危难时刻，只有好好安抚。现在形成了辽人、朝鲜、毛文龙部以及朝廷军队四方势力共同抗击后金的局面。
其次是用人得当。大将袁崇焕，忠君报国，有勇有谋，在驻守山海关的时候为大明王朝立下了不世功勋。孙承宗慧眼识英才，知人善任，大胆起用了袁崇焕。关键时刻商议大事，总是不谋而合，英雄所见略同。在实现自己的守关方针过程中，孙承宗如虎添翼。
第三是时局发展的有利。朝廷方面，魏忠贤独揽大权，他想拉拢孙承宗，同时也为了讨好皇上，派他的党羽刘朝、胡良辅、纪用等四十五人向前线运输大炮、盔甲、弓箭等军用物资数以万计，又赠送白金十万两，蟒、麒麟、狮子、虎、豹等各种样式的金币，赏给有功的将士，赏赐给孙承宗蟒服、白金，以表示慰劳之意。敌军方面，后金内部也是矛盾重重，财物不足。劳师远征，士兵也是怨声载道，所以暂缓对明朝的进攻。
纷乱的朝臣之争
当初，蒙古虎墩兔素是总督王象乾的招抚对象。他的部下抽扣儿，经常出去抢劫。这一天又到边境上抢劫，被赵率教抓住，当场斩杀四个人。招抚佥事万有孚与赵率教有过节，于是就以故意破坏招抚大事为理由，告诉总督王象乾。王象乾把这件事告诉兵部尚书董汉儒，依法当斩。孙承宗听说以后，给董汉儒写了一封信，说赵率教屡立战功，这次杀抢劫之人，也情有可原，希望让他戴罪立功。孙承宗在朝中有很高的威望，又是皇帝的老师，所以，赵率教免得一死。还有一次，孙承宗派遣王楹戍守中右所，保护着他的部下出去采伐木材，被西部朗素所杀。孙承宗大怒，派马世龙前去征剿。王象乾害怕破坏安抚大局，劝说孙承宗不要征剿。孙承宗刚要上疏争辩，王象乾知道争不过他，这里面的矛盾实在难以处理，干脆自请辞职。
孙承宗看到总督和督师之间往往有矛盾，就建议督师、总督只设一个就行。如果设总督，就罢了自己的督师的职务，不罢自己的职务，就不要设总督。还有巡抚，层层掣肘，工作很难开展。巡抚张凤翼拒不同意孙承宗的观点，胆小怯战，坚决阻止守宁远城，孙承宗让其搬到宁远去住，这一下可激恼了张凤翼，说孙承宗想让他去死，孙凤翼就跟孙承宗结下了深仇大恨。孙凤翼就和他的同乡凌云翼、万有孚等人极力诋毁马世龙，来打击孙承宗。居无何、万有孚被蓟州巡抚岳和声所弹劾，更加怀疑是马世龙和袁崇焕设计陷害，这两个人也与孙承宗志同道合。于是，复杂的斗争就开始了。他们就纠集起来，共同找到万有浮，阻挠出关大计，给事中解学龙也大力抨击马世龙。孙承宗非常气愤，向皇帝上疏，慷慨陈词：“把敌人阻挡在家门里面，与阻挡在家门外面，形势是不一样的。把敌人阻挡在二百里地以内，与把敌人阻挡在二百里地以外，形势又不一样。广宁这个地方，离我们远而离敌人近；宁远这个地方，离我们近而离敌人远。我们不进逼敌人，敌人将会进逼我们。今天既然不能恢复辽东，但是宁远、觉华坚决不能放弃。请陛下不要考虑廷臣所议论的主、客之兵是否可以长久的戍守，内地的粮饷是否能长远的输送，关外的土地人民是否可以放弃，修城屯粮备战防守是否可以继续。再看看敌人情形，是否可以坐着就可以消灭。臣不敢做百年的长远大计，只考虑五年之内究竟怎么样。如果臣所说得不恰当，立即罢斥微臣以定国家大计，不要犹豫不决，使那些明哲保身、怯懦怕战的庸俗之臣众口附和，以杀臣一个人而误天下大计。”然后又为马世龙辩解，而告发万有孚等人的暗中结交的阴谋。奏折递上去之后，孙承宗因为言语过激而被训斥，张凤翼也请求罢官回京，而让喻安性代替他。关于总督的裁撤问题，经过朝臣议论，总督不可以裁撤，命吴用先代替王象乾为总督。孙承宗看到自己的意见没有被采纳，他感到报国之心不被理解，做个好人真难啊！既要努力工作，还有人在一旁妨碍。于是他就称病辞职，却没有得到朝廷的批准。
孙承宗经过这一番的斗争，朝臣们也有所忌讳，不敢阻碍他的守关大计。天启四年(1624年)九月，他命袁崇焕同大将马世龙、王世钦率水陆马步军一万二千人，东巡广宁，经过十三山、右屯、三岔河，改由辽东湾航海返回宁远，向后金显示了明军的实力。当宁远城修缮完毕以后，此时的辽东一带，守备俱足，粮草充盈，孙承宗想起兵大举讨伐后金，永远消灭这个心腹之患，于是他上奏说：“我军的前哨已经设置大凌河一带，请火速拨发饷银二十四万两，那么，我们可以一举消灭后金。”熹宗一听，大喜过望，当即传旨，命有关部门立刻拨发。兵部尚书和工部尚书在一起谋划道：“孙承宗的粮饷充足以后，他立刻就会胆大妄为，不如只答应他而不给他，让他在来回传送文书的过程中耽误时间。”孙承宗再三上疏催促，把具体情况如实反映到熹宗那里，说这是个千载难逢的大好机会，如果错过去，后悔就来不及了。熹宗向各部催促，他们却以各种理由拖着不办，终于，讨伐大军因为粮饷不到而不能发兵。
宦官弄权忠臣辞官
魏忠贤是肃宁(今河北肃宁)人。年少时不学无术，本名李进忠。万历年间自阉人宫，认识了熹宗的乳母客氏，两个人打得火热。熹宗即位以后，因为客氏的推举，被提拔为司礼太监。他有机会接触熹宗之后，经常诱导熹宗听歌看舞、狗马射猎、游逸无度，逐渐取得了熹宗的信任。后来让他兼管特务机构东厂，改名魏忠贤。他掌握大权以后，培植党羽，打击异己。后来引荐他的党羽魏广微进入内阁，从此以后权势一天天的膨胀起来。熹宗即位以后，东林党的人主导朝政，奸邪的人多被排斥。被排斥的人大多数归附于魏忠贤，于是就结成死党。魏忠贤让他的党羽攻击正直的大臣，汪文言、赵南星、杨涟、高攀龙等人，或被杀害，或丢官罢职。他有机会就安插自己的党羽在要害部门。他的权力之大，竟有人称他为“九千岁”。
当初，孙承宗在边疆屡立战功，深得皇上信任。魏忠贤为了扩大自己的势力，曾经极力拉拢。有一次，魏忠贤派他的党羽刘朝等四十五人前往山海关犒赏三军。孙承宗并不买他的账，反而非常厌烦。当时孙承宗刚刚准备出关，打算远巡宁远，听到这个消息，马上给皇帝上疏，表示反对：“让太监视察前敌、犒赏三军，是宦官窃国的前兆，望皇上收回成命。”不过，刘朝等人已经出发，熹宗也信任魏忠贤，认为魏忠贤也是出于一片爱国之心，孙承宗有点不近人情，也就没有阻拦。当刘朝等人到来以后，他们原来以为肯定会受到热烈的欢迎，谁知道他们把东西放好，走进孙承宗的大帐，孙承宗才从里面出来，面无表情地说：“不知几位公公驾到，一路辛苦了。这里条件简陋，仅有清茶一杯，公公不要嫌弃。孙某还有军务在身，恕不奉陪。”说完，转身就走。这时太监刘应坤说：“将军慢走，魏大人有几句话让我说给您。”孙承宗冷冷地说：“那你就说吧。”刘应坤说：“魏大人仰慕孙大人的文韬武略、治军有方，有意跟孙大人做个朋友，不知孙大人意下如何？”孙承宗鄙视地哼了一声，一句话也不说，大踏步地离开了。这一下可把几个太监气坏了，他们到哪儿都是颐指气使、前呼后拥，哪里受过这样的冷落。他们一气之下，当天就返回了京城。他们见了魏忠贤，把事情的经过讲了一遍，魏忠贤虽然很生气，但也没有办法。
天启四年(1624年)十一月，孙承宗西巡，想到他给朝廷的奏折皇帝不一定能亲自看到，就决定趁庆贺熹宗生日的机会回京面奏。在回京之前，他先给熹宗发了一份请示的文书，其中写道：“老臣已经三年没见到陛下了，非常想念。在这普天同庆的日子里，我远望京师，无比的想念、眷恋。现在我巡查东北，离京城几千里。我计划十二日进京，十三日随班早朝，十四日与同官恭贺万岁的生日，再选其他日子上奏机要大事。可以吗？办完事我就返回边疆。”
孙承宗打算回京的事，被魏忠贤的同党魏广微知道了，他急忙告诉魏忠贤，他根据自己的想像，怀疑孙承宗这次进京是冲着魏忠贤来的，就添油加醋的说：“孙承宗带领数万军队，将要回京‘清君侧’，兵部侍郎李邦华作他的内应，到那时，你的下场可就惨了！”魏忠贤陷害忠良，做了不少亏心事，就信以为真，他急忙跑到熹宗面前，跪倒在床前痛哭流涕，哀求熹宗给予保护。熹宗向来宠爱他，他这么一哭，觉得他很可怜，于是就让内阁拟旨，阻止孙承宗进京。圣旨说：“将军督师关外，劳苦功高，他日应当另行嘉奖。然而，边关军事重地，主帅不可擅离职守。将军对朕虽有教诲之恩，但是，无旨擅自离开守地，不是祖宗的律法所能允许的，违反以后，决不宽容。”魏忠贤得到圣旨，兴冲冲地回到府里，立刻命人带上圣旨，前去阻止孙承宗进京。这时候，孙承宗没有带一兵一卒，只身一人来到了通州，他连续接到快马传来的三道命令，被迫返回山海关。但是，魏忠贤仍然不放心，派东厂特务前去侦查，发现孙承宗真的回去了，这才放心。魏忠贤把孙承宗看作最大的危害，指使党羽李蕃、崔呈秀、徐大化等人连连上疏诋毁他，甚至把他比作王敦、李怀光。孙承宗听说以后，有些情绪，也上疏请求罢免自己。熹宗也没有糊涂到极点，仍然信任孙承宗，对他们的诬陷置之不理。熹宗知道，自己的老师虽然性情耿直，得罪了不少人，跟一部分朝臣没有处理好关系，但还不至于反叛朝廷。魏忠贤见皇帝不认可，只好耐心等待时机，这一天终于到来了。
天启五年(1625年)八月，山海关总兵马世龙是孙承宗的部下，听信从后金逃回来的刘伯漒的话，派副将鲁之甲为前锋、参将李承先殿后，领兵偷渡柳河，想一举拿下耀州。当时渡河时间紧急，只借了少数的渔船。因此，渡河时间很慢，过了四天四夜还没有渡完。这件事情被后金的探子发现了，后金在对岸布下伏兵。一天夜里，就听一声炮响，喊杀声四起，后金突然发动袭击。马世龙知道中了埋伏，慌忙命人抵抗，无奈事出突然，明军正在渡河，有的正在休息，盔甲也没有穿戴，被打了个措手不及，杀得大败。明军被射死、杀死、落水而死的共计四百多人，马匹六百多匹，还有大量的军用物资全都成了后金的战利品。这次战役在历史上叫做“柳河之役”，损失虽然并不大，也是马世龙背着孙承宗自作主张发动的袭击，但是，却成了阉党攻击孙承宗的口实。
在魏忠贤的授意下，阉党顾秉谦、魏广微等人连连向皇帝上疏，要求追究战争失败的责任。要求把马世龙抓捕归案，孙承宗有领导责任，也应该予以惩罚。奏折由阉党们轮流递上，前后达几十封之多。孙承宗极度地气愤，连上两道奏折，要求把自己罢官。