军事上的胜利，并不意味着政权的巩固，相反，各种矛盾和弱点越来越明显地暴露出来了。
失败由内部开始
太平天国定都天京后，颁布和实行了一系列制度和政策，进行了北伐、西征和天京城外的破围战。到公元1856年上半年，除北伐失败外，太平军在湖北、江西、安徽等战场都取得了很大胜利，又打垮了江南大营和江北大营，达到了军事上的全盛时期。但是军事上的胜利，并不意味着政权的巩固，相反，起义队伍中的各种矛盾和弱点越来越明显地暴露出来了。这首先表现在领导集团的分裂上。
建都天京后，太平天国领袖们的思想作风发生了变化。起义初期那种“敝衣草履，徒步相从”的朴素的思想作风多被抛弃，代之而起的是对权利地位和奢侈生活的追求。太平军进入南京后，立即大兴土木，把两江总督衙门扩建为天王府，拆毁了大批民房，动用了成千上万的男女劳力。东王府的修建也是“穷极工巧，聘心悦目”。如冠履服饰、仪卫舆马等都极其奢华。此外，天王洪秀全还不断选取民间秀女入宫。这些情况表明，太平天国领袖们在进入天京后，生活上的奢侈腐化已经相当严重。
奢华的生活也使得太平天国领袖们之间的关系逐渐疏远，宗派色彩日益明显。洪秀全整日躲在深宫，把大部分精力用于宗教神学的著述，而杨秀清、韦昌辉、石达开等各自通过家族、亲戚、部属等关系，结成自己的集团，并各自控制一部分军队。杨秀清掌握了大部分军政实权，这些集团之间争夺权力的斗争日益尖锐。公元1856年9月，太平天国领导集团发生了公开的分裂。
内部人员的勾心斗角
杨秀清有出色的政治和军事才能，在太平天国起义前期做出了很大的贡献。但是，随着起义的发展和个人权势的上升，杨秀清骄傲专横的倾向日益严重地表现出来。他对太平军将士随意加以杖责或处死，北王韦昌辉、燕王秦日纲等地位很高的领导人都受过他的杖责。
甚至因洪秀全粗暴对待妃嫔，杨秀清竟借“天父下凡”，要予杖责。杨秀清这样专横的作风，加深了他与洪秀全、韦昌辉等人的矛盾。公元1856年八九月间，江南大营被打垮，天京被包围的形势暂时解除，杨秀清乘机进一步扩大个人权势，又一次借“天父下凡”逼洪秀全封他为万岁。洪秀全心里明白，这是杨秀清借天父的名义，玩弄鬼把戏来抬高自己的地位。他虽然答应了杨秀清的要求，但立即密令在江西督师的韦昌辉、在湖北督师的石达开迅速返回天京。
韦昌辉对杨秀清长期怀有不满情绪，但表面上却惟命是从。韦昌辉讨好杨秀清的目的是想等待机会，夺取大权。在接到洪秀全的密令后，韦昌辉立即率领心腹部队3000多人于9月1日深夜赶到天京，与已经赶回来的燕王秦日纲汇合，他们领兵包围了东王府，次日将杨秀清及其眷属全部杀死。
洪秀全得到消息后，指责韦昌辉滥杀无辜，要加以处罚。韦昌辉表示愿意在天王府当着文武官员和众将领的面接受处罚。他还表示，凡是东王杨秀清的亲属和下属官员都可以来观看，以此安抚他们的不满情绪。其实这是韦昌辉的阴谋，他让自己的亲信秘密埋伏在周围，要趁机把杨秀清的余部一网打尽。果然，韦昌辉受罚的当天，杨秀清的五千多部下和官员都来观看，他们见韦昌辉跪在台上，就放下了武器，进了事先安排好的房子里等候。行刑开始，韦昌辉接受杖责，就在人们聚精会神观看时，事先埋伏的韦昌辉的亲信冲了出来，杨秀清的部下和官员无法反抗，全部被杀，接着天京城内发生混战，太平天国优秀将领和战士两万多人没有死在敌人手里，却惨死在韦昌辉的刀下。经过这场屠杀，韦昌辉控制了天京，独揽军政大权。
一波未平，一波又起
9月中旬，石达开从湖北赶到天京。他回到天京后，责备韦昌辉不该滥杀。韦昌辉又企图杀死石达开。石达开闻讯后连夜逃往安庆，他在天京的一家老小全部被韦昌辉杀害。于是石达开调集在安徽的部队，要求洪秀全惩办韦昌辉。
韦昌辉的倒行逆施，滥杀无辜，激起了天京广大将士的愤怒。洪秀全看到韦昌辉比杨秀清更加飞扬跋扈，如果纵容下去，必然会威胁到自己的地位，他赶紧命令全体将士齐动手，捉拿韦昌辉及其死党。韦昌辉见形势不妙，只好逃出天京，但他没跑多远就被抓住了，押回天京。洪秀全把韦昌辉和秦日纲连同他们的家属及心腹200多人一起处死，还命人把韦昌辉的人头送到石达开的大营。
11月底，石达开回到天京，洪秀全命他管理政务。但是，洪秀全经过了杨，韦事件之后，对石达开也开始存有了猜忌，所以封他自己的长兄洪仁发为安王、次兄洪仁达为福王，以牵制石达开。石达开被迫于公元1857年6月离开天京，率部独立作战。他的这一行动，使太平军的兵力大大分散和削弱。
这场太平天国领袖因为权力斗争而引起的斗争，历史上称为天京内乱。天京内乱带来了极其严重的后果，它破坏了内部的团结；削弱了军队的战斗力；损伤了元气，丧失了乘胜歼灭敌人的有利时机。石达开的领兵出走，标志着太平天运动国开始走向失败。