在清代，屡屡酿成水患的有黄河、永定河、长江及浙江海塘。从顺治年间至乾隆年间，清政府拨巨帑对上述水患进行治理。
治理黄河。
清代治河，必兼治淮、治运。
淮河在历史上很少为患，自从南宋绍熙年间（十三世纪九十年代），黄河在阳武决口，即奔腾而南，汇入淮河，从淮河入海①。黄河入淮既造成水流量剧增、水位迅长，也造成大量泥沙淤积河床，河水倒灌洪泽湖，暴涨的洪泽湖水时刻威胁着扬州、泰州、淮安、高邮等富庶之地。
自元代开凿南北大运河以后，从清口以上漕船在黄河中，行一百八十里后再入运河，漕运畅通与否又直接关系京师粮食的供应。
李自成行宫清初，黄河屡屡决口同明末战乱有直接关系。在李自成围困开封时，明守军决朱家塞口淹义军，李自成亦遣人决马家口淹开封，两口并决，泛滥成灾。顺治元年七月，清朝廷任命杨方兴为河道总督。杨方兴勤于职守，深入治河工地，指挥堵塞决口。继杨方兴出任河道总督的是朱之锡（顺治十五年上任），朱之锡上任不久，河决山阳，朱之锡随即率河工堵塞决口，“疏浚堤渠”，“驰驱南北”，“及至积劳成疾”，死于任。
康熙十六年（1677年），黄、淮泛滥，从砀山至海口，两岸决口七八十处，洪泽湖上的高堰大坝，决口三四十处；翟家坝被冲成四段，山阴、高邮、宝应、盐城、兴化、泰州、如皋等州县已被洪水淹没。沟口运河因河水四溢，反淤为陆地。
康熙任命靳辅为河道总督，靳辅在视察灾区后提出：“沟口以下不浚筑，则黄、淮二水无所归；清口以上不凿引河，则淮水之流不畅；高堰之决口不尽封塞，则淮水派分无刷河之力”；“黄河南岸，不筑堤防，则高堰危险，北岸不加防闲，则山东必受冲击，故筑堤岸、疏下流，塞决口，但有先后，而无缓急。”②并提出利用疏浚河道的淤泥在两岸筑堤，修浚连接洪泽湖与黄河之间的运河，加固洪泽湖东岸高堰一带堤防，修复周桥闸至翟家坝被冲毁的堤岸，加深淮阴清口至高邮清水潭段运河等具体建议。
康熙十七年，靳辅的治河方案付诸实施。在十年的时间内，高堰、王家冈、武家墩等处决口得到堵塞；清江浦至云梯关的河道得到疏浚，且筑堤一万八千丈；在清水潭以西筑堤九百二十丈，以东筑堤六百余丈；在徐州、宿迁筑减水坝十三座，建毛家铺减水闸、王家山减水闸、大谷山减水闸，又在归仁堤、拦马河、清口建石闸。靳辅还组织挖掘一段运河，自骆马湖凿渠，经宿迁、桃源，至清河仲家庄山口，名曰中河，全长三百里，使得漕船不必再经黄河入运河。
在疏浚下游的过程中，因“下河形如釜底，近海转高，浚之水不能出，徒令海水倒灌为患”③，靳辅受到郭绣等人的弹劾，并因此被夺官。此后康熙在第二次南巡（康熙二十八年）、第三次南巡（康熙三十八年）、第四次南巡（康熙四十二年）途中，巡视高堰、洪泽湖、徐家湾、翟家坝等治河工地，实地考察，仍未能找出疏浚下游、使河水尽快入海的有效办法。
康熙年间的治河，虽未从根本上解决黄水水患，但在一定时间内还是减轻了水患的程度。乾隆即位后，黄水为患又日趋严重：乾隆七年（1742年），黄河在丰县石林、黄村决口，“民田俱被淹没”；乾隆十八年（1753年），黄河在铜山张家马路一带决口，江苏、安徽数十州县“数百里内，皆成巨浸”；乾隆三十九年（1774年），黄河又在老坝口决口，板闸、淮安俱被淹；自乾隆四十三年以后，更是连年决口，甚至一年数决。大规模治河再次提到清朝统治者的议事日程。
由于黄河屡屡决口，堵塞决口已成为经常性的事务，从乾隆四十三年（1778年）至乾隆四十六年（1781年）仅仪封决口就堵筑五次，耗帑五百六十万两。青龙冈决口，屡堵屡塌，只得另开引河一百七十里，导水下流，此次工程耗帑九百万两。
在砀山县毛城铺建减水坝，开凿引河，使一部分黄水流入淮水，经安徽宿州、泗川、流入洪泽湖，此段引河全长六百里。黄水分流减轻徐州段河道的压力（徐州段河道狭窄多弯），黄水在分流后在洪泽湖内可得到沉淀，再从清口流出汇入黄河。
屡次修筑、加固高堰，自武家墩至蒋坝的一万七千余丈，全部改建为石堤。为了控制洪泽湖的水量，乾隆在第三次南巡时（乾隆二十七年）“阅清口”，提出“大扩清口”，“于五坝设立木志，如增长一尺（指水位增长），即将清口之坝拆开十丈，递长递拓，永成定式”④。自行此法，“十余年来，高、宝遂无水患”⑤。为防止黄水倒灌清口、淤塞清口，乾隆坚持开凿陶庄引河⑥。陶庄引河全长一千六十丈，宽三丈，深一丈余，“永免倒灌之患”，“为一劳永逸之计”⑦。
为解决黄河下游河道被泥沙堵塞，自乾隆二十二年（1757年）起，在河南、山东、江苏、安徽等省疏浚河道。其中河南省疏浚干河四条——贾鲁河、惠济河、涡河、巴沟河；又疏浚支河三十四条。该省每州县“所开沟自十数道至一百数十道不等，长自里许至数十里不等，宽深自数尺至丈不等，皆足以资蓄泄”⑧。山东境内疏浚河道亦取得可观成就，鲁西南疏浚河六十余条；胶东疏浚河三十余条；江苏省疏浚石羊沟、董家沟、廖家沟、芒河；安徽省疏浚淝河、茨河、沙河、浍河、睢河。
在治理黄河的过程中，直隶总督孙嘉淦在乾隆十八年（1753年），就曾提出引黄河北上入大清河，经山东入海的建议，孙嘉淦认为“大清河东南皆泰山基脚，其道亘古不坏”，不会发生决堤、改道，所经“只东河、济阳、滨州、利津四、五个州县，即有漫堤，不过偏灾”。此后二十八年，河决青龙冈，经赵王河入大清河归海。然而乾隆认为大清河不能容纳黄河全部水量，又恐黄水北流运河受阻、影响漕运，驳回改道入海的建议。直到咸丰五年（1855年），河决铜瓦厢，流入大清河，经山东入海，证明孙嘉淦等人建议的合理、可行。
治理永定河。
永定河又名无定河、浑河，素有小黄河之称，河水中所挟带的大量泥沙，淤积在下游的河床上，致使下游经常决堤、改道。正像乾隆在一首诗中所描绘的，“永定原无定，千古冲帝京”。
康熙时期，曾花费大量人力、物力对永定河进行治理。筑永定大堤，固定下游，并把河水引入三角淀，使河水中的泥沙得到沉淀。至雍正时期，因三角淀积沙过多，河水不能及时排泄入海，河患又日益严重，至乾隆中叶，永定河已“六改道”⑨。
为治理永定河，乾隆多次视察永定河，他认为“永定河之所以为患，独以上游曾无分泄，下口不得畅流，经行一路，中梗磅礴”⑩，提出在其上游蓄洪拦沙，中游疏浚分流，下游改移下口的综合治理方案。
乾隆初年，采纳治河名臣高斌的建议，在永定河上游的宣化黑龙湾、怀来和合堡等地修拦洪滞沙大坝，“就近取石，堆叠玲珑水坝，以勒其凶暴之势”，“层层拦顿，以杀其势”。
对中游的治理，则采纳鄂尔泰、方观承等人的建议，修建金门闸减水坝，改建其他草坝、土坝，疏浚河道，分流减水。
在对下游的治理上，意见最为纷纭：顾琮主张筑堤、散流、匀沙；鄂尔泰主张建闸坝、开引河；孙嘉淦主张引河南行，复其故道；方观承则主张改移下口，另寻沉积水中泥沙的处所。直至乾隆二十年（1765年），乾隆才作出大规模改道的决策。当河水流经永清县贺尧营后，折向东流，挖引河二十里，把永定河引入凤河，再流入沙家淀，沙家淀方圆百余里，永定河水中的泥沙在淀中沉淀后流出，使得下游不致很快被淤塞。
治理长江。
在历史上，长江很少为患。迨至乾隆中叶，由于人口的剧增，对上游森林的砍伐，使得水土流失日益严重；中游又由于围湖、沿堤造田，水道日益狭窄，致使长江自乾隆四十四年之后。在不到十年的时间里三次决堤，其中尤以乾隆五十三年（1788年），最为严重，决堤的江水冲入洪州城，衙门、兵营、民房、仓库俱被淹没，城内积水近二丈。此次决堤酿成湖北三十六个州县被淹，“死者以数十万计”。酿成此次水灾的一个重要原因，是一些富户勾结官府在江中沙洲上种植芦苇，芦苇环洲而生，芦根固沙，使沙洲面积愈积愈大，侵占江道，阻塞江流。
乾隆在得悉长江三次决口的原因后，谕令地方官对沿湖、沿江围田者进行清查，以保证江水的畅流无阻。不得“狃于目前之利”，“与水争利”。并要求地方官员“间一二年，即将有无占筑情形，详悉具奏，永以为例”。
疏浚各省河道。
清统治者对疏浚河道非常重视，各省水利工程纷纷修建：
乾隆三年（1738年），贵州总督张广泗开凿自都匀达常德、自独山至广西怀远的水道；
乾隆四年（1739年），发帑修巢湖一带堤堰及六安、滁、泗一带溪壑；
乾隆六年（1741年）。在河南中牟开凿一条六丈五尺长的新河，以分贾鲁河水势；
乾隆九年（1744年），在冀中开挖河道；
乾隆十一年（1746年），疏浚直隶庆云、盐山一带的河道；
乾隆十四年（1749年），利用万泉庄、云泉山水系，疏浚通惠河；
乾隆十八年（1753年），用木槽引南山之水，灌溉巴里坤一带屯田地亩；
乾隆二十四年（1755年），加固都江堰及大渡河、金沙江堤坝；
乾隆二十八年（1759年），疏浚吴淞江、东江娄江，清理河身，铲除河中所植芦苇；
乾隆三十一年（1762年），筑子牙河堤；
乾隆三十三年（1764年），筑正定新堤；
乾隆三十五年（1766年），疏浚常熟白茆塘、徐六泾河；
乾隆三十六年（1767年），在北运河筑减水坝，解除天津水患；
乾隆四十年（1771年），在武昌筑濒江石岸；
乾隆四十一年（1772年），修陕西四十七州县渠堰；
乾隆四十五年（1776年），在长沙筑新堤，以防止湘江泛滥；
乾隆四十七年（1778年），治理云南弥苴河、龙川江、清水河、浑水河；
乾隆五十年（1781年），在宁夏疏浚汉延、唐来、大清、惠农四渠；
乾隆五十三年（1784年）浚漳水、卫水；
乾隆五十九年（1790年）建沙市大坝。
治理浙江海塘。
为防海潮浸灌，江、浙沿海筑有五百里的堤塘，亦称之海塘。钱塘江出口处系海塘工程的重点。在钱塘江出口处，原有供海潮出入的南大亹（靠近上虞）、北大亹（靠近海宁）以及在南北两大亹之间的中、小亹（门，山峡中两岸对峙如门）。康雍时期，南大亹因沙滩淤积被堵塞。乾隆初年，中、小亹相继被堵。自乾隆二十年（1755年）以后，潮水出入全靠北大亹，海宁一带塘堤被冲，“海塘之内，皆属寸土寸金之地，一有冲决，民命攸关。且卤水一入，数年之内，必致颗粒无收”。
乾隆下令加固海宁一带海塘，从浦儿兜至尖山头鱼鳞，筑石塘六千丈。乾隆二十七年（1762年），第三次南巡时，乾隆亲至海宁视察，因该地沙土浮活，决定修缮柴塘。乾隆四十九年（1784年），第六次南巡时，乾隆拨款五百万两，“著将柴塘上土之后，顺坡斜做，并于其上种柳，俾根株盘结”。
海塘工程，历时久、耗资大，石料来自绍兴、武康及太湖的洞庭山；柴料来自富阳、建德；木材来自钱塘江上游及长江上游。
在科学技术尚不发达的清代，上述治水工程虽不能从根本上消除水患，却也在一定程度上减轻了水患造成的危害。
注释
①咸丰初年，黄河在铜瓦厢决口，再次改道，从河南考城折向东北，形成现在的黄河下游河道。
②引自《清代通史》卷上，第788页。
③转引自盂森：《清史讲义》，第426页。
④⑤《清高宗实录》卷八六九。
⑥陶庄引河在康熙三十八年（1699年）即动工，康、雍年间五次开工。屡挑屡淤，至乾隆四十二年（1777年）历七十八年，始获成功。
⑦《御制陶庄河神庙碑记》。
⑧《清史列传·胡宝球传》。
⑨《清史稿·河渠志》
《续行水金鉴》，《永定河篇》。
陈康祺：《郎潜纪闻二笔》卷一一。
《清高宗实录》卷三四九。
《清高宗实录》卷四一。