康熙二十二年（1683年），清朝廷收复台湾后，把台湾隶属为福建省的一个府。台湾府下设四个县①。闽、广沿海居民纷纷偷渡台湾垦荒，推动了台湾经济的发展，但随着垦荒者的增多，不同地区移民在土地占有上的冲突与械斗日多，移民同清朝廷派往台湾官员的矛盾也日趋尖锐。康熙三十五年（1696年），吴球聚众反，康熙四十年（1701年），刘卻揭竿为变，台湾的经济发展与社会的动荡同步发生。
朱一贵之变。
朱一贵系福建漳州府长泰县人，康熙五十二年（1713年），赴台湾，“充台厦道辕役，寻被革，居母顶草地，饲鸭为生”。“有黄殿者，居罗汉门，与朱一贵善”，“往来密洽”②。“辛丑春（康熙六十年系辛丑年），凤山县令缺”，知府王珍“委政次子”。王氏父子，征收粮税苛刻，以风闻捕治盟歃者数十人，违禁入山伐竹木者百余人”。该年三月，“李勇、吴外、郑定瑞等，相率之罗汉门，见一贵曰：‘今地方官长，但知沉湎搏蒲耳，种种不堪，兵民瓦解，欲举大事，此其时乎？’一贵曰：‘然。我姓朱，若以明朝后裔耸乡村，归者必众’。”③四月十九，李勇等五十二人在罗汉门“奉一贵焚表结盟，各结党羽，得数百人”，“夜出冈山，袭劫塘汛”④。杜君美等“在下淡水槟榔林，招集粤东种地佣工客民”，响应朱一贵，“掠台湾府库”。草潭、下埤头、小琉球等地纷纷起事。
五月二十三日，义军在赤山大败前来镇压的清军⑤，清游击周应龙狼狈逃走。清总兵欧阳凯率众一千五百扎营春牛埔，“军中夜惊，镇兵四散”，“人无战心”。“台协水师中营游击张彦贤、右营游击王鼎”等“率兵千人，战船四十余号，联腙扬航”，“台厦道梁文煊、知府王珍、同知王礼、台湾知县吴观域、县丞冯迪、典史王定国、诸罗知县朱夔、典史张青远，皆时相率登舟”，“齐赴澎湖”⑥，“凡七日全台陷”⑦。
义军在占领台湾后，立朱一贵为中兴王，年号永和，杜君美却“欲立其子杜会三为王，众不服”，杜君美“每事骄蹇”，生活糜烂，“掠妇女七人闭营中”。朱一贵“整兵围攻杜君美，败之”，杜君美率万人“北走尾溪，至猫儿于屯札，剽掠村社，半线上下多被蹂躏，所未至者，惟南嵌以北尔”⑧。
浙闽总督觉罗满保在六月初三“自福州往厦门，办理军务”，“提督施世骠前赴澎湖”，率兵一万二千、水手六千，分乘船六百余艘渡海，六月十三日在鹿耳门登陆，攻克安平镇。康熙特传谕起事诸人：“朕思尔等多为内地之民，非同贼寇，或因饥寒所迫，或因不肖官员苛剥，遂致一二匪类倡诱，众人杀害官兵，情知罪不能免，乃妄行强抗。其实与众何涉”，“尔等若即就抚，朕自原谅尔等之罪；倘执迷不悟，则遣大兵围剿，俱成灰烬矣。”⑨
御花园内绛雪轩六月二十二日，清军攻克台湾府城，分兵两路进剿。朱一贵率残部千余人退至诸罗县沟尾庄一带“索饭食，杨旭等椎牛饷之，许号召六庄乡壮相助”，“旭备馆舍，将一贵等分宿民家，传集六庄乡壮，佯为守护，潜以水灌贼炮。夜五鼓，大哗，称官兵至，金鼓火炮齐鸣，诸贼仓皇惊起，不知所措”。杨旭等“遂擒朱一贵”，“散其余众”。“旭缚一贵等，置牛车赴八掌溪，交游击林秀”。乃将朱一贵“槛送厦门”，遂又将其“解京正法”。“北路千余里地方，尽皆平复矣”⑩。
清军登陆后，杜君美逃至深山，“昼伏夜走”，行踪不定，该年十月到清军营中投降，旋即被押解北京，处死。
同年八月，康熙下令将“平日不爱民，但知图利苛索”的台厦道梁文煊、同知王礼、知县吴观城、朱夔等押赴台。
已故知府王珍剖棺戮尸枭示。
六十年（1721年）十月，清朝廷制定台湾驻军之制：在台设水师营副将一，辖兵二千；设陆营副将一，辖兵二千；总兵驻澎湖，辖兵二千。驻台官兵均从内地派遣，三年一换，所有官兵不得携带妻、子。每年从北京派御史一名，前往台湾巡查。
林爽文之变。
林爽文，福建漳州平和县人，乾隆三十八年（1773年）随父渡海至台湾，在彰化县大里代庄“赶车度日”。乾隆四十七年（1782年）天地会首领、漳州人严烟渡海，到台湾彰化开布店，传播天地会，在“有事大家相帮，不怕人家欺侮，也不怕官役拘拿”的鼓舞下，林爽文与诸罗的杨光勋、张烈，淡水的林小文以及凤山的庄大田等人相继加入天地会。
乾隆中叶以后，“漳、泉、惠、潮之民日众，寄籍分党，蘖牙其间，守土官又日腹剥之，于是民益轻官”。在朱一贵之变后，台湾吏治曾得到整顿，但在几十年后，贪黩之风又起，官员“恣意婪赃”，“勒索馈赠”，甚至“放戍兵私回内地贸易，又听任漳、泉兵丁贩私滋事”，致使台湾治安无法维持。
据《平定台湾述略》所记：“淡水同知潘凯者方在署，忽报城外有无名尸当验，甫出城，即为人所杀，并胥役歼焉。”台湾官署无法破案，则诿罪于“生番”（土著高山族人），“使人以酒肉诱番出，醉而掩杀之，奏罪人已伏法，而杀人者实脱然事外，于是民益轻视官吏，而番亦衔刺骨”。
乃至不同籍贯的移民“树帜械斗，动以万计，将士不能弹压，惟以虚声胁和，于是民益轻兵”。
乾隆五十一年（1786年）七月，天地会成员杨光勋与弟杨功宽争夺财产发生矛盾，杨功宽因兄加入天地会，有会党为后盾，遂另立“雷公会”，彼此械斗。台湾总兵派人将双方首领查拿，天地会成员聚众救出张烈，逃往林爽文所居住的彰化大里代。
该年十一月二十五日，彰化知县俞竣、北路营副将赫生额、游击耿世文等统兵前往大里代，在距大里代五里的大墩扎营，谕令村民将林爽文等人擒献，并“先焚数小村怵之”。十一月二十七日夜，“爽文遂因民之怨，集众夜攻营”，“赫、耿、俞皆死焉。翌日，“乘势陷彰化，县守及都司王宗武、同知长庚、前同知刘亨基、典史冯启宗悉为所杀。十二月六日又陷诸罗，县令董户延死之，淡水同知程峻亦为群贼所害”。“凤山县有庄大田者”，“乘乱起，十三日陷县城，县令杨大奎自刎死”。不到一个月的时间，林爽文等已占领彰化、诸罗、凤山三县。
十二月初，闽浙总督常青派水师提督黄仕简、陆军提督任承恩统兵一万三千赴台，加上台湾额设官兵，二万有余。但黄仕简年事已高“卧病床榻”，任承恩又“素不知兵”，二提督拥兵坐守郡城。直至翌年（乾隆五十二年）正月二十二日，台湾总兵才收复诸罗县城。
乾隆五十二年（1787年）三月，浙闽总督常青奉命抵台湾。乾隆传谕常青“将各路官兵调集会合一处”，“断不可又蹈黄仕简、任承恩故辙，轻分兵力，观望迟延，俾贼匪得以四散牵制，蒇（产，完成意）事致稽时日也”。常青同黄仕简、任承恩一样“惟知结营自守”，“株守坐待，以致老师糜饷”，其扎营之地距庄大田屯驻的南潭仅五里，抵台数月对此“肘腋”之敌“竟不思乘势攻剿”，“任其逼处”。
清军统帅的畏敌避战，使义军在短短几个月内发展到十余万。为夺回连络南北的诸罗，林爽文“自六月中攻围，连日朝夕不止”，“禁粒米不得入城”，士民“饥疲不能支”。
林爽文所据的的大里代、水沙连诸处存米甚多，“每石仅需八百”，清军所占据的鹿港“每石三千”，“仓库悉空，府仓谷亦无多”。“彰化县仅存鹿仔港一处尚在固守，各村庄男女老幼咸来避匿，不下十万余人，无处得食”，“至乡勇口粮，向系义民公捐，今为日已久，义民告匮，难令再捐”。
乾隆五十二年六月二十日，清帝派陕甘总督福康安前往台湾督办军务。此时林爽文、庄大田的部众已近二十万，台湾全府除郡城、诸罗县城及鹿港等少数港口外全被义军占领。该年十月底福康安带五千援军在台湾登陆。十一月初，福康安扬言直捣大里代，而阴趋诸罗县城，击败围困县城的林爽文部，被围困五个多月的诸罗终于解围，“城中官民”，“饥赢无人色”。“无不欷献啜泣”。
林爽文在从诸罗撤退后，退居县城北面的小半天山，该地四面陡壁，易守难攻。十一月十八日福康安乘胜督军仰攻，林爽文不支从小半天山退至六斗门。在六斗门的激战中，林爽文再次失利，遂退守大里代，凭借构筑的土城以枪炮进行抵抗。十一月二十四日，福康安与林爽文秉烛夜战，林爽文再次失利。次日清晨清军分路进剿，林爽文携眷撤至集集埔。集集埔“前临大溪，溪之上就高岸垒石为陡墙，长数里，其所预营扼险处也。十二月五日，官兵腾而上杀千余人，于是贼党皆溃”。
接连遭受重创的林爽文，既未南投庄大田，与庄大田合兵一处；又未撤至高山族居住的深山老林，以图再举，而是“匿其孥于番社，惟与死党数十人窜穹谷丛箐中”。“五十三年正月四日，林爽文潜出觅食”，被擒。
清军在擒获林爽文之后，大举南下，“庄大田仓卒出拒，败而走”。清军接连在大武陇、大日峰、南潭、中洲、大冈山、小冈山、水底寮击败庄大田部。“庄大田力不支”，逃至“负山临海”的郎峤，“与其党潜匿焉”。清军“遣水师由海道绕而截之于水，自此大兵坏山围之，贼冲突不得出，阵杀者数千，溺海者数千，擒而戮者亦千余，庄大田亦就获”。
被清朝廷凌迟处死的除林爽文、庄大田外还有何有志、林领、林永返、陈梅、陈传、蔡福、刘升、陈秀英、谢桧、郑记、陈天送、庄大九等十二人。上述被凌迟处死者的子弟，年十六岁以上皆斩，其妻女及十五岁以下子、孙给功臣家为奴，且十五岁以下的男姓亲属全被阉割（被阉割的共有三十七人）。
注释
①台湾、风山、诸罗、彰化。
②③④蓝鼎元：《平台纪略》。
⑤周应龙领兵进剿，滥杀无辜，焚毁道旁庐舍，激起民变。
⑥蓝鼎元：《平台纪略》。
⑦龚柴：《台湾小纪》。
⑧蓝鼎元：《平台纪略》。
⑨王先谦：《东华续录》卷一○七。
⑩蓝鼎元：《平台纪略》。