1540年，西班牙贵族罗耀拉·依纳爵创建耶稣会，得到罗马教皇的承认，该宗教团体在资本主义不发达的南欧地区影响很大①。由于麦哲伦、哥伦布的航海事业得到西班牙的支持，在东、西之间海上通道开辟之后，耶稣会便成为首批向亚洲地区派遣传教士的宗教团体。
自利玛窦②在明万历初期来华传教③，耶稣会传教士陆续来华，其中留有著述者七十余人。在清代影响大的有汤若望④、南怀仁⑤、张诚⑥、徐日升⑦、戴进贤⑧等人，开始了中国历史上第一次中西文化的交融。
传教与禁教。
传教是耶稣会士来华的宗旨。自利玛窦以来，陆续开辟的传教地点有肇庆、韶州、南昌、南京、北京、上海、杭州、西安等地。至十／＼世纪二十年代（康熙晚年）建立教堂三百余座，受洗教徒三十万；翻译、编写的关于基督教教义、基督教哲学的书籍，有《超性学要》⑨、《复活论》⑩、《西学凡》、《穷理学》、《灵言蠡勺》、《圣经直解》、《灵魂道体说》等等。
耶稣会传教士所宣扬的以西方基督教文明为中心的神学体系，同中国的传统文化格格不入。安文思、利类思在康熙三年（1664年）所发表的《天学传概》，甚至断言伏羲系亚当子孙，中国最初也是信奉基督教的。这种把中国文明视为西方文明分支的观点，既与史实相悖，亦成为酿发教案的导火线。
自顺治十六年起（1659年），徽州官生杨光先相继撰写《摘谬论》、《辟邪论》、《正国体呈》等，对基督教教义、西洋历法进行抨击，指责传教士“呼朋引类”，是“国家莫大的危险”，“如厝火于积薪之下”。《天学传概》刊行后，杨光先又对该书予以批驳，名曰《不得已》。杨光先在《不得已》一书中，指责“基督是一叛徒”，“传教士俱为捣乱分子”，“被由欧洲驱逐了出来，才到中国来的，他们在中国依然煽惑民众”。同年七月二十六日，杨光先向礼部上《请诛邪教疏》，礼部遂将此疏呈四辅政大臣鳌拜等人，四辅政下令传讯汤若望等人并令将各省传教士押解来京一同受审。由此而引发的便是清代第一次禁教，至结案时所有传教士被押往广东，驱逐出境。
康熙八年（1669年），康熙帝为汤若望等昭雪，解除禁教。康熙中叶以后，由于罗马教廷强令在华传教士改变利玛窦、汤若望等人，所开创的允许入教中国人保留祭孔、祭祖的习俗，致使清朝廷同罗马教廷关系恶化。一向对耶稣会传教士优容的康熙帝已有禁止传教之意。雍正即位后，把曾替胤禟传递密信的传教士穆经远处死，又于雍正元年十二月（1724年初），批准闽浙总督觉罗满保之奏，“将各省西洋人除送京效力外，余俱安插澳门”，“天主堂改为公所，误人其教者，严行禁饬”。
梁启超清朝廷再行禁教后，“西洋神父之潜入内地者，陆续不绝”，乾隆、嘉庆时期厉行禁教之策。乾隆十一年（1746年），在福建福安县秘密传教的白禄多被处斩立决，华若亚敬、费若若、施方济格、德方济格被处以斩监候。乾隆令地方官将关押在狱的四名传教士秘密处死，以“瘐毙”上报。两年后（乾隆十三年），又令江苏巡抚安宁将在该省传教的意大利人谈方济、葡萄牙人黄安多秘密处死，以“瘐毙”奏闻。乾隆在密谕中强调不得泄秘，“以致泄漏”，参与“监毙”传教士的官员，“免其议处”。嘉庆十年（1805年），江西查获传教士德天赐遣人去澳门送秘密地图，立即将德天赐逮捕“圈禁”。嘉庆十六年（1811年），清朝廷又一次下达清查传教士的命令，除在钦天监供职者外，俱“遣令归国”。
修定中西合璧的历书。
自从汉武帝时期的五经博士董仲舒创建天人感应的神学体系以来，历代封建统治者都非常重视天意与人事的合谐统一。为了表明受命于天，任何一位当权者都需要一份准确无误的历书。一旦历书上所标明的日月交食、星体运行等情况与实际不符，就不免产生“天象示警”的危机。自明代中叶以来，“交食往往不验，议改历者纷纷”，至万历年间“时差九刻”，“节气差一日”，“置闰差一月”，“闰差一月，则时差一季，时差一季，则岁差一年”。为表明上天依旧眷佑明廷，修历的呼声愈高。利玛窦抵华不久，即向罗马教廷建议“火速派遣天文学家、懂得历算学的人到北京来”。明崇祯二年（1629年），诏开历局。在华传教士邓玉函、汤若望等均予修历。崇祯十四年（1641年）按照西洋推算的中西合璧的历书制成，上报明廷。两年后（崇祯十六年），崇祯帝诏令自明年起使用新历，但新历未及实行，明廷就已覆灭。
清顺治元年（崇祯十七年，1644年），摄政王多尔衮在占领北京后，令汤若望制定顺治二年历书，“用新法正历，以敬迓天休（天赐福祜之意）”。该年十月初一，新历颁行天下。新历采用西洋推算方法，引用了经纬度、球面三角学等新观念，以九十六度刻日（旧历以一百度刻日）；对节气的制定以太阳在黄道上实际运行的位置为标准，废除我国传统制历所采用的“平气”法；新历依旧保留我国传统的阴阳合历的结构。
顺治元年十一月，清朝廷任命汤若望担任钦天监监正（正五品），掌管钦天监印信及“一切进历、占候、选择等项”。从1644年至1837年（道光十七年），鸦片战争前夕，除杨光先发动教案的四年（康熙四年至康熙八年），钦天监监正、监副均由传教士担任。
自清初以来，在华传教士均把“数理天算”，“作为一种传教的手段”传教士之“得以在中国立足，唯一所依恃的是历算”。雍正以来禁止传教的政策，难以彻底执行，即源于此。
西方自然科学的传播。
十六世纪末叶至十七世纪末叶的一百年间，正是以哥白尼、伽利略、牛顿所开创的近代自然科学体系确立和形成的时期，经传教士介绍到中国的西方近代科技成果有：
伽利略发明的望远镜；
伽利略的自由落体定律；
纳皮尔的《对数方法论》；
惠更斯改良望远镜、发现木星卫星；
托里拆利的大气压力学；
哥白尼的日心说；
开普勒的行星运动规律；
牛顿的见色现象及万有引力学说；
人体解剖学及火炮制造新技术。
西方音乐的传入。
自从利玛窦向万历皇帝进献钢琴以后，西方乐器以及乐理知识先后传入。
汤若望不仅精通天文、历法，对音乐亦有研究，明崇祯年间曾把利玛窦所献钢琴修好，且奉崇祯帝之命另造一架钢琴。清顺治九年（1652），汤若望在南堂（位于宣武门）安装自制的管风琴。
康熙十年（1672年）精通音乐的法国传教士徐日升从澳门来京，充任宫廷音乐教师。“徐日升用汉语编写了教材，并指导工匠制作各种各样的乐器”。徐日升所编写的教材，是第一部系统介绍西方乐谱、音阶、和声等乐理知识的著作，康熙第三子胤祉所编纂的《律吕纂要》，即以徐日升的教材为蓝本。
康熙四十九年年底（1711年初），精通音律的意大利籍传教士德理格从澳门来北京，继任宫廷音乐教师。德理格擅长演奏管风琴、铃鼓、羽管键琴、小提琴等多种西洋乐器。康熙令“德理格在皇三子、皇十五子、皇十六子殿下前，每日讲究其精微”，且传旨德理格“用心好生教，必要教他们懂得音律要紧的根源”。在德理格的指导下，皇三子胤祉把西洋音乐中的半音加入中国音乐。康熙六十岁寿辰之时，德理格把“能自动演奏”的“一架小管琴”作为寿礼呈献。德理格参与编纂《律吕正义》，其在担任宫廷教师期间，创作小提琴奏鸣曲十二首。
乾隆时期，在清朝廷服务的精通音律的传教士除德理格，还有魏继晋（德国人）、鲁仲贤（波西米亚人，今捷克）、钱德明（法国人）等。魏继晋、鲁仲贤为乾隆训练了一支由十八名太监组成的合唱队，他们还合作创作十六首歌曲（作词、谱曲），以备宫中演出之用。
宫中所保留的西洋乐器有小提琴、大提琴、低音提琴、竖笛、吉他、响板、钢琴等共计几十件，均系传教士所奉献。
乾隆四十三年（1778年）在京的意大利耶稣会士为清帝演出意大利歌剧《切尼娜》。
参与绘制《皇舆全览图》。
康熙四十七年（1708年）清朝廷下令绘制《皇舆全览图》。耶稣会士雷孝思、杜德美、白晋等均参与实地勘测，历经十年的时间，足迹遍及十八个行省。《皇舆全览图》是我国运用近代科学方法所绘制的第一份地图。
乾隆二十年（1755年），清军出兵伊犁，在生擒准噶尔部首领达瓦齐、占领新疆北部之后，即派遣何国宗与传教士傅作霖、高慎思等去北疆实地勘测，对《皇舆全览图》进行补充。他们在抵达巴里坤后，分两路勘测：一路由傅作霖率领走北路抵伊犁；一路由何国宗、高慎思率领走南路，经吐鲁番抵喀喇沙尔，再沿裕勒都斯河而上。何国宗等一行抵北疆后不久，准噶尔部前首领策妄阿拉布坦的外孙阿睦尔撒纳发动反清叛乱，清朝廷召何国宗等回京（乾隆二十一年）。何国宗奉命回京，傅作霖、高慎思两位传教士仍留在天山南北继续进行勘测，足迹远至塔什干、喀什米尔等地，直至乾隆二十四年（1759年）才返回北京。在实地勘测的基础上，清朝廷组织绘制《皇舆西域图志》。乾隆二十五年（1760年），又对《皇舆全览图》予以增补，增加新疆地区的地图。
耶稣会士来华所带来的不单是宗教，还包括西方的科学、文化、艺术等等，推动了中西文化的交流。耶稣会士杜赫德（法国人，1674—1743年）在担任《海外传教士书信集》主编期间，利用在华耶稣会士书信中有关中国的情况介绍，编纂《中华帝国和中国鞑靼的地理、历史、、编年史、政治史和自然志》一书，该书四卷，1702年首次出版。传教士钱德明曾将乾隆的御制诗《盛京赋》、《清文汇书》译成法文，另著有《中国兵法考》、《孔子传》等著作。上述著述、译著，在中国与西方之间架起一条彼此沟通的桥梁。
注释
①耶稣会反对宗教改革，维护封建制度，在欧洲耶稣会士是“伪善者”的同义语。
②利玛窦（1552～1610年），意大利人。
③利玛窦来华时间，记载不一；一说1580年（万历八年）；一说1581年（万历九年）；一说1582年（万历十年）。
④汤若望（1592～1666年），德国人。
⑤南怀仁，比利时人，卒于1688年。生年说法不一，魏特：《汤若望》中记为1608年，恒温义所编《清代名人传略》记为1623年。
⑥张诚（1654～1707年），法国人。
⑦徐日升（1645～1708年），葡萄牙人。
⑧戴进贤（1680～1707年），德国人。
⑨《超性学要》节自《神学大全》第一部，译者为利类思（1602～1682年），意大利人。
⑩《复活论》节自《神学大全》第三部。译者为安文思。安文思系葡萄牙人。