元顺帝虽废除旧政、改革弊政，但其虎头蛇尾，最终图治之心消失殆尽。
初显“文治”
元顺帝铲除伯颜时，已21岁，他封马札儿台为太师和中书右丞相，脱脱知枢密院事，总领诸卫亲军，脱脱的弟弟也先帖木儿为御史大夫，马札儿台父子总揽军政大权。
马札儿台做了中书右丞相后，自恃辅佐皇帝铲除伯颜有功，私自在京城附近开酒馆、糟坊，派人去南方贩卖食盐。脱脱恐遭非议，祸及自身，暗中让人向元顺帝告了一状，上任仅半年的马札儿台被迫辞职。至元六年（公元1340年）三月，元顺帝任命脱脱为中书右丞相。元顺帝决定任用脱脱进行改革，废除伯颜旧政，重振祖宗大业，大有恢复元朝盛世的向慕之志。
至正元年（公元1341年），元顺帝恢复了中断六年的科举取士制度，亲试进士78人，以笼络汉族士大夫，同时大兴国子监，选名儒雅士传授儒学。他下诏将四个素有声望的儒士欧阳玄、李好文，黄潜、许有壬召进宫内，让他们五日进讲一次，帮助他读四书五经，练习书法。为了表达对儒学正统思想的尊崇，至正二年（公元1342年），元顺帝派人到曲阜祭祀孔庙，第二年，下诏编修辽、金、宋三史，命脱脱为都总监官，许多汉人文士参加了编纂，形成了元顺帝新政中“文冶”的重要内容。
元顺帝任用脱脱废除旧政、改革弊政，取得了很大的成功，脱脱因而也获得了“贤相”的美誉，可是没过多久，朝中形势发生微妙的变化。中书左丞相别儿怯不花是元成宗时逆臣阿忽台的儿子，素与脱脱不和。他上台后，多次在元顺帝面前说脱脱的坏话，元顺帝本人也觉得脱脱权势太重，恐怕他走上伯颜独揽大权的老路，渐渐疏远脱脱。
至正四年（公元1344年），脱脱被迫称疾家居，辞去相位。这时候，元顺帝尚存励精图治之心，任用成吉思汗四杰之一博尔术四代孙阿鲁图为中书右丞相。
至正五年（公元1345年）十月，遣使巡行天下，意在广布圣德，询民疾苦，寻访贤能，罢黜地方贪官污吏，规定有罪者四品以上停职，五品以下处决。可是奉命巡行各省的宣抚使不仅不按皇帝旨意秉公办事，反而借此机会敲诈勒索，虐害百姓，元顺帝的一番苦心全成了泡影。
救命稻草
脱脱罢相后的几年中，右丞相一职数易其主，朝中大臣彼此倾轧，日甚一日，元顺帝的向慕之志渐渐消失。至正七年（公元1347年）六月，他听信别儿怯不花谗言，罢免太师马札儿台，将他徙于西宁州，后又移居甘肃。脱脱忧郁不得志，请求随父同行，以尽孝道。
先前，太子爱猷识里达腊降生后，一直养于脱脱家中，因而二皇后奇氏与脱脱关系甚密，在脱脱罢相的日子里，奇氏一再在元顺帝面前为他求情，元顺帝也觉得，脱脱任中书右丞相的四年中为他出尽气力，其后任命的丞相远不如脱脱精明能干。
一天，有人进献佛郎国马，元顺帝看着膘肥体壮的良马，感慨地说：“人中有脱脱，马中有佛郎国马，都是世上出类拔萃的。”
不出半年，马札儿台病亡，奇氏得知后，立即对元顺帝说：“脱脱是好人，不能让他久居外地。”
元顺帝点头赞同，下诏命脱脱回京。
脱脱到京后，元顺帝任命他为太傅，综理后宫事务，至正九年（公元1349年）七月，复命脱脱为右丞相。
“米价贵似珠”
元顺帝再一次起用脱脱后，把一切大权交付与他，自以为高枕无忧。而实际上，这时的元朝仿佛人到暮年，虚弱无力，几乎达到了无可整顿的地步。元顺帝开始深居宫中，与嫔妃嬉游玩乐，不理朝政，对国内形势茫然无知，前几年的“向慕之志”、图治之心早已消失殆尽。
脱脱复相后，虽有一番抱负，却从施展，而且他犯了一个严重错误。上台后，他在各官署安插自己的亲信，将以前与自己结冤的官员一一贬黜，逐渐专横跋扈起来，为此得罪了一些皇帝近侍官员。朝中大臣为争权夺利，结党拉派；地方官员则互相勾结，鱼肉百姓。
古代山水画鉴赏元顺帝为了笼络人心，对贵族、官僚滥行赏赐，挥霍无度，造成国库入不敷出。脱脱复相后，元廷财政十分拮据，于至元十年（公元1850年）发行了一种新的纸币，叫“至正宝钞”，用它来代替流通已久的“中统宝钞”和“至元宝钞”。为了搜刮民脂民膏，政府拼命印造这种纸币，物价一下子暴涨十倍，老百姓来不及倒换新钞，只好以货易货，全国出现“米价贵似珠”的局面，搞得民不聊生，怨声载道。
从至正四年（公元1334年）开始，黄河接连在白茅堤、金堤决口，河水暴溢。河南、山东、安徽、江苏等沿河地区受灾，有的地方水深达两丈左右，接着又发生旱灾和瘟疫，灾区人民死了一半。山东地方的盐场也被洪水冲毁，直接影响了政府的收入。
至正十一年（公元1351年）四月，脱脱决定修治黄河，他任命贾鲁为工部尚书兼河防使，征发黄河沿岸15万民工和庐州（今合肥市）两万戍卒充当劳役，人们在监工的皮鞭下出苦力，衣不蔽体，食不果腹，怨恨、愤怒的气氛笼罩着治河工地，终于引发了“红巾军”起义。
元顺帝调了几千名官兵前往镇压起义军，元军开赴前线后，主帅只顾饮酒作乐，士兵们则乘机抢掠，与红巾军刚一交战，主帅扬鞭高喊：“阿卜！阿卜！”（快跑！快跑）回马便逃，元军不战而败。
脱脱自误
脱脱这时候变得奸诈狡黠，他不仅向元顺帝隐瞒事情真相，而且每当朝中商讨军事，他一概不让汉人官员参预。
这时候，红巾军迅速发展，各地纷纷响应，以致义军遍布大江南北。后来，红巾军形成两大分支。
北方红巾军以刘福通、郭子兴等人的队伍为主，南方红巾军由彭莹玉、徐寿辉等人发动和领导。至正十一年（公元1351年）十月，南方红巾军攻占薪水（今湖北浠水），徐寿辉称帝，建国号为“天完”，“天完”就是压倒“大元”的意思，其势力逐渐发展到两湖、安徽、江浙、福建、广西等地。
脱脱见带兵镇压义军的弟弟吃了败仗，怕皇帝知道了怪罪下来，于己不利，所以不在皇帝面前提及红巾军起兵主事。可是纸里包不住火，一个名叫哈麻的近侍官员向元顺帝告了脱脱一状：元顺帝闻知天下大乱，而自己还蒙在鼓里，急忙召见脱脱，气愤地责备他说：“你曾说天下太平无事，现在红巾军遍及半个国土，你丞相有什么计策对付？”脱脱吓得瑟瑟发抖。
一代贤相终有已时
脱脱膺命出兵高邮以后，哈麻凭着三寸不烂之舌，博得了元顺帝的信任，傲了中书平章政事，弟弟雪雪也任了高官。
之后，哈麻告诉奇氏和爱猷识里达腊说，脱脱与其弟也先帖木儿拖延立嗣，有不轨之举。其实，在至正十三年（公元1353年）六月，元顺帝已立爱猷识里达腊为皇太子，哈麻此举别具用心，奇氏和爱猷识里达腊心领神会，指使监察御史三次上奏元顺帝，指责脱脱出师三个月，空耗大量人力财力，毫无战功可言，请求罢免脱脱。
元顺帝听信了该言，派使臣急赴军中下诏，以脱脱“劳师耗财，坐视寇盗”为借口，削除他的军权和官爵，将他贬居淮安（路治在今江苏准安县），改派河南行省，左丞相太不花、中书平章月阔察儿、知枢密院事雪雪代替脱脱任前线指挥。
消息传开，军心大乱，脱脱的心腹龚伯遂对脱脱说：“将在外，君命有所不受！”劝他不奉圣旨，待攻下高邮，小人谗言自会大白干天下。脱脱摇了摇头，说：“天子召我而我不从，这是与天子作对，君臣之分何在？”说完，骑马向北奔去，百万大军失去主帅，顿时溃散，使走投无路的红巾军抓住战机，反败为胜。
至正十五年（公元1355年）三月，元顺帝再下诏书，将脱脱流放到云南大理，其弟也先帖木儿流放于四川，脱脱的两个儿子也因此受到牵连，分别被放逐兰州、肃州。是年十二月，哈麻假托元顺帝之命，派人毒死了脱脱。
元顺帝不辨是非，临阵易帅，使元朝军队功亏一篑，从此，元朝失去了原有的军事优势，而高邮之战却成为元末农民起义由衰入盛的转折点。