方孝孺与景清宁死也不归附朱棣，因此多人被株连，这种做法被称为“瓜蔓抄”。
残忍的手段
建文帝的重臣齐泰、黄子澄是成祖号称“清君侧”发动反叛的借口，成祖的名单上第一个就是他们的名字。
南京城破之后，他们先后被抓，由成祖亲自审问，这两个人都抗辩不屈，被永乐皇帝下令同时磔毙。
还有兵部尚书铁铉，被抓到南京，觐见新皇帝时居然背对着皇帝，不肯行礼，也不肯说话。成祖命令两边的人抓住他，让他回身正对着自己，可是铁铉大力挣扎，说什么也不肯回过头来。成祖暴怒，命人将他的耳朵、鼻子割下来，上锅蒸熟了，硬是塞入铁铉的口中，还问他味道怎么样？这可真是亘古未有的残忍刑罚。铁铉却忍住剧痛，反而大声回答说：“这是真正的忠臣孝子的肉，味道怎么会不好呢？”
成祖更加生气了，喝令手下当场就把他凌迟处死。眼见着自己身上的肉被一片一片的剜下来，铁铉竟然到死还是骂不绝口。成祖这时好像被气的失去了人的理智，非要看到铁铉向自己屈服不可。铁铉这时已经死了，成祖还命人搬了一口大锅放在殿上，里面盛满了滚烫的热油，把铁铉的尸体扔了进去，就见尸体立刻就被炸成了焦团，这时成祖才命人将铁铉的焦尸朝向自己坐的龙椅摆放，可是不知是不是铁铉的灵魂未散，尸体始终反身向外，不肯正对着殿上。后来两边的人用铁棒夹住了残骸，举着他让他面向殿上，成祖这才笑道：“你现在终于肯来朝见我了吗？”话还没说完，就见锅中的热油飞溅而起，烫伤了那些用铁棒架住铁铉尸身的人的手足。那些人见了这种可怕的情景，都立刻扔下棒子退在一边不敢上前了，铁铉的尸身仍然反立如前。成祖这时也不禁为这种情况弄得大惊失色，实在没有别的办法，只好命人将尸身安葬了。
其他在名单中的官员还有户部侍郎卓敬，右副都御史练子宁，礼部尚书陈迪，刑部尚书暴昭、侯泰，大理寺少卿胡闰，苏州知府姚善，御史茅大芳等，都被陆续地抓来，面对新皇帝残酷的手段却没有一个人肯屈服，结果都备受荼毒，不是被打掉牙齿，就是被割了舌头，也有的被截断手足，都受尽酷刑而死。等杀了这些人以后，成祖还是不满意，又怕被他杀死的这些人的亲属要向他报复，所以决心要斩草除根，于是这些人的亲属也都相继被杀了。
这之中，死的最惨烈的要算是当时著名的文士方孝孺，他的倨傲态度彻底激怒了本就嗜杀的成祖，最后被灭十族。
其他不在名单之内的官员像修撰王艮、王叔英，都给事中龚泰，都指挥叶福，衡府纪善周是修，江西副使程本立，大理寺丞邹瑾，御史魏冕等人，在燕王攻城时，都守节自杀。在这些以身殉国的人中，最奇怪的是一个东湖樵夫，谁也不知道他的姓名，只见他每天都背着木柴到城里来卖，从来都是口不二价。这时听说了建文帝自焚而死的消息，竟然趴在地上大哭了起来，柴也不要了，直接投湖自尽。不得不让人感叹就是如此小民也深知忠义二字。
壬午殉难
建文帝这些忠诚的大臣中还有一个像战国时的义士荆轲一般的英雄人物，就是左佥都御史景清。这个人平时倜傥洒脱，但最注重名节，燕王攻破南京即位以后，听说了他的名声很火，就让他官复原职。
使大家都意料不到的是，他居然毫不推辞的就接受了新的任命。那些以前就认识他的人都大惑不解，也有人在一边偷偷的嘲笑，说他言行不一，贪生怕死，他也毫不为意。后来，宫中的钦天监夜观星象，发现天象有了异变，这在古代可是一件大事。负责的官员马上向皇帝报告了这个情况，说是有一颗星星发生异常现象，发出耀眼的红色光芒，而且直朝帝星而来。
成祖听了这话心里也很害怕，所以对身边的人都很留意。这一天，他上朝的时候，远远的就看见景清穿着一身大红色的衣服迎面走来，心中马上就起了疑心。果然在殿上朝见时，景清忽然一跃上前，冲向坐在龙椅上的皇帝，成祖心中早有准备，马上起身闪开，命令身边的护卫将他拿下，一搜身，果真藏着一把利刃。成祖震怒地质问他想干什么，景清慨然答道：“我本来想为先帝报仇，可惜没有成功。”成祖大怒，命人把他的皮剥下来，悬挂在长安门上示众。
有一天成祖出巡，正巧路过了长安门下，本来吊在城门上的皮，竟然自断绳索，扑向成祖。成祖很是诧异，命人一把火把皮烧了。可是这天夜里，成祖刚刚睡着，就梦见景清手中提着一把长剑向他走来，他马上惊醒，心中惊恐不已，第二天一上朝，就命人把景清夷灭九族。以上这些死难的建文帝的遗臣都是忠臣义士。因为这一年是建文四年，岁在壬午，所以就叫做壬午殉难。
成祖对这些不肯向他屈服的人既恨又惧，所以加重对他们的刑罚，不但官员本人惨死在各种酷刑之下，而且辗转牵连，凡是和这些人有一点关系的人就统统被杀。成祖的这种做法被称为“瓜蔓抄”，被无辜株连的人非常多，不但是亲戚朋友子弟同学被杀，就连犯人的左邻右舍也逃不了死罪，甚至有时整个村子的人都被杀光了。
从此以后，建文帝的旧臣，除了归附新皇帝的以外，其他不愿归降的人都死的死，逃的逃，大多难逃杀身灭门之祸。