江浙两省军事进展迅速，已足使曾国藩兄弟有相形见绌之叹。其时朝廷也是久候不耐，亦连连催促曾国荃克城收功。当时，朝野舆论又有调李鸿章淮军助攻之议，并有朝旨饬下，指示李鸿章助攻。这尤使曾国藩从违两难。须知湘军主力屯聚金陵，主要在擒贼王，实为全部战局之重心。换言之，即在建立首功并旨在独吞金陵的财富。曾国藩督师，亦以金陵为首。在他的眼中，其他各省，只不过是驱逐外围之偏师罢了。如此首要地带，自不愿意他人越俎代庖，插手过问。其时李鸿章已肃清江苏除金陵的全境，可借以助攻金陵。曾国藩苦于朝廷促求，舆情属望，遂与曾国荃会商，征调李鸿章相助。四月十六日致曾国荃函说：
常丹之克，此间已先得报。各城皆得，仅余金陵。城之坚而大，贼之悍而多，实非他处可比。弟切勿焦灼致疾，听其自然而已。如奉旨饬少荃中丞前来会攻金陵，弟亦不必多心，但求了毕兹役。独克固佳，会克亦妙。功不必自己出，名不必自己成，总以保全身体，莫生肝病为要，善于保养，则能忠能孝而兼能悌矣。
曾国藩兄弟显然不愿淮军助攻金陵，以瓜分歼灭太平天国的主功。曾国荃尤其反感。初奉朝旨，曾国荃踌躇不决，进而乃于军中激励将士加紧攻城，以谓数年血战经营之功，不能拱手让人。
关于朝旨命淮军助攻金陵，实为当时曾国藩兄弟以至湘军建立首功之一大关键。以世态人情而论，曾国藩兄弟及其所部湘军固不愿淮军之来，又无从以应朝命之所期望。其中关键人物，实又在淮军领袖李鸿章之态度与决心。自四月初旬常州、丹阳恢复，江苏境内，仅余金陵未克。李鸿章原出湘军幕府，又知湘军多年苦战，只为建立首功。虽他奉朝命助攻，亦不愿插手攘夺，造成与曾氏兄弟的不和。故而挥军入浙，以避攻金陵，其推让湘军之情实有之。然而朝命淮军助攻之事，使曾国藩兄弟寝食难安，得失之念，充分流露无遗。初克常州之后，李鸿章奉谕旨助攻金陵，曾于四月二十四日专函曾国藩，表明避让之意：
前廷旨有令敝军会攻之说，鄙意苦战日久，宜略休息。且沅丈劳苦累年，经营此城，一篑未竟。不但洋将常胜军不可分彼功利，即苏军亦须缓议。是以常州奏捷后，不敢轻言越俎。
五月初八日，李鸿章更致函曾国荃，亦申明全无攘功之意：
屡奉寄谕，饬派敝军协剿金陵。鄙意以我公两载辛劳，一篑未竟，不敢近禁脔而窥卧榻。况入沪以来，幸得肃清吴境，冒犯越疆，怨忌丛生，何可轻言远略？常州克复，附片借病回苏。及奏报丹阳克复，折尾声明金陵不日可克，弦外之音，当人清听。富将军（富明阿）之浅躁，左帛军（宗棠）之倾挤，鸿章不乐为也。
李鸿章心迹所表甚明，曾国藩兄弟洞晓其旨，始作求助的奏请，与呼吁之函牍，盖此患得患失之举措，实亦人情所难禁。曾国藩致书李鸿章求兵之函说：
舍弟所部诸将，素知阁下与贱兄弟至交多年，无不欣望大军之西来。而所疑畏者亦有二端：一则东军富而西军贫，恐相形之下士气消沮。一则东军屡立奇功，意气较盛，恐平时致生诟谇，城下之日或争财物，请阁下与舍沅弟将此两层预为调停，如放饷之期能两军普律匀放，更可翕和无间。先此函恳即日专疏具奏，再行知照。
最后结果，李鸿章并未出兵相助，曾国荃军也终于在同治三年（1864年）六月十六日攻克金陵。
湘军攻克金陵，曾国藩为之喜极而泣，不能自持。贺功之客盈门，欢呼之声振野。虽可扬眉吐气，而朝野上下妒忌之情尤加炽烈。朝廷虽颁授崇爵，频加赏赉，而猜忌之意，同时加深。
曾国荃虽追捕忠王李秀成成功，并擒获天王之兄洪仁发、洪仁达，却未能捉到幼天王洪天贵福及干王洪仁玕，结果竟为江西沈葆桢、席宝田等部所得。
同时忌者又多谣传所捕忠王李秀成乃系伪冒。其说传遍朝野，尤使曾国藩兄弟恼怒万分。
曾国藩这样心神不定，在攻克金陵后达到了高峰。打下金陵，本是盖世之功，这是曾氏兄弟朝思暮想的事情，也是令李鸿章的淮军、左宗棠的楚军垂涎欲滴的事情，似乎应该欢天喜地，可曾国藩平添了一分忧虑。因为，这时朝廷对他的猜忌也已达到了一种不可缓解的地步。
事情直接起因于曾国藩在打下金陵之后对三件事情的处理失策：一是幼天王洪天贵福逃走并下落不明；二是太平军将领李秀成被曾国藩先斩后奏；三是太平天国的巨额财富无影无踪。
关于幼天王洪天贵福的下落，曾国藩曾有两次奏报，先说“城破后，伪幼主积薪宫殿，举火自焚”。后又说：自焚之事，查无实据。估计从缺口逃出，经骑兵追至湖熟，围杀净尽，可事实并非如此。幼天王突围后仍在活动。朝廷严令从重处罚造成幼天王逃逸的有关人员，这使曾国藩十分尴尬。
关于处死李秀成，曾国藩的理由有两点：一是乡民捉住亲兵投入水中，“代李逆发私忿”；一是被擒的李秀成的部下，“一见李逆，即长跪请安”。他认为李逆“民心未去，党羽尚坚”，于是决计“就地正法”。其实曾国藩诛杀李秀成的真正目的是怕他到京城后分化湘军与清廷的关系，或者暴露金陵财宝的真实情况。
至于太平天国的财产，世人皆知是曾国荃军攻破金陵，究竟落入谁人之手，自然曾国荃嫌疑最大，但曾国藩在奏折中说，“伪宫、伪馆，一炬成灰”，可这样惨白无力的辩解谁又会相信呢？
曾国藩正是想到了谁也不会相信，加上人言可畏，所以他才在大功告成时产生了从来没有过的忧虑。
至于朝廷方面之猜嫌疑忌，尤加深了曾国藩之恐惧忧烦。金陵克复不久，传闻湘军杀戮抢劫，虏获无算，于是有御史贾铎的弹劾，弹劾尚不足畏，而朝廷则借题发挥，将贾铎弹章饬谕曾国藩，明旨追查实情，显然示以警戒。朝廷故示生杀之威，操纵臣下，尤足使曾国藩悚惧伤心。攻克金陵，这是曾国藩率湘军出战以来的最大胜利，曾国藩、曾国荃兄弟两人的声望，如日中天，达于极盛。红旗报捷，朝廷论功。清廷便对这些“栉风沐雨，艰苦倍尝”的功臣们进行了赏赐。曾国藩被赏加太子太保衔，赐封一等侯爵，世袭罔替，并赏戴双眼花翎；曾国荃被赏加太子少保衔，赐封一等伯爵，并赏戴双眼花翎。此外，提督李臣典封一等子爵，并赏穿黄马褂，赏戴双眼花翎；萧孚泗封男爵；总兵朱洪章赏穿黄马褂，赏给骑都尉世职；按察使刘连捷赏加头品顶戴，赏给骑都尉世职，张诗日、彭毓橘等人分别赏给骑都尉或轻车都尉世职；其余将校，并同加升赏。此时可谓湘军建立功勋的高峰，曾国藩兄弟当可志得意满，一释愁怀。其实曾国藩于十八日闻及捷讯，竟至喜惧悲愤，百感交集，不能入睡。而曾国荃亦积郁致疾，久不能复。
对于如此隆重的封赏，曾国藩十分感激，“我朝酬庸之典，以此次最隆，愧悚战兢，何以报称”。
然而这一切，仅仅是清廷加给曾国藩兄弟二人表面上的荣耀。暗地里，曾国藩兄弟二人所面临的却是常人无法看到的无数险滩与汹涌的“旋涡”，这些险滩和旋涡的产生有的是由于满汉矛盾的发展，有的是由于中央集权统治的需要，有的是由于湘系内部矛盾所使然。
以攻陷金陵为起点，清廷与曾国藩集团双方的关系骤然紧张起来，可以说达到了前所未有的程度，甚至已经接近于政治上的危机点。
当曾国荃刚刚开始品尝攻克金陵所带来的那份欣慰与满足时，却不料竟然挨了朝廷当头一棒。原来曾国荃在攻克金陵后，便连夜吩咐上奏报捷，在奏报克城情形时，折中有几句话：“金陵城范围太大，搜捕的工作很难周全。臣一度离城，赶回城外大营。城中贼酋，也许有少数漏网。自当督率各军，奋力追杀。”这番话原本是由于破城那天，湘军官兵倾巢出动，四处劫掠，而疏于防御，致使太平军千余人乘乱突围成功。曾国荃与幕僚赵烈文预料，其中必有太平天国的首要人物在里面。于是曾国荃便在已写好的奏折上加上这一段交代，目的是预留将来脱卸责任的余地。不料朝廷接获此捷报，竟然大为震怒，严词谴责曾国荃在城破之日晚间，不应在尚未完全控制整个金陵局面之时就贪图安逸，返回雨花台大营，致使千余太平军突围成功。曾国荃接到上谕后，万万没有想到“大功”刚刚告成却遭到清廷如此严厉的责备，一时气得七窍生烟。无处发泄之下，他唯有迁怒于替他起草奏折的赵烈文，以为是他在奏折中有不当言辞所引起的，但赵烈文则不这么认为。紧接着，清廷再次抓住曾国荃不放，令曾国藩迅速追查金陵财富的下落，上报户部，以备拨用。尤其令曾国藩提心吊胆的是，廷谕已经直接对曾国荃亮出了黄牌。上谕中明确点名警告曾国荃，内称：
御史贾铎奏，请饬曾国藩等勉益加勉，力图久大之规，并粤逆所掠金银，悉运金陵，请令查明报部备拨各等语。曾国藩以儒臣从戎，历年最久，战功最多，自能慎终如始，永保勋名。惟所部诸将，自曾国荃以下，均应由该大臣随时申儆，勿使骤胜而骄，庶可长承恩眷。至国家命将出师，拯民水火，岂为征利之图。惟用兵日久，帑项早虚，兵民交困，若如该御史所奏，金陵积有巨款，自系各省脂膏，仍以济各路兵饷赈济之用。于国于民，均有裨益。此事如果属实，谅曾国藩亦必早有布置。
对于御史贾铎的弹劾，曾国藩尚不足畏，因为毕竟贾铎仅是风言上奏，凭空揣测，并没有真凭实据。但朝廷借题发挥，将贾铎弹章饬谕曾国藩，四面里就渗透着无限森森杀机，这不能不使曾国藩悚惧伤心。接着，军机处又命令曾国藩，呈报历年经费开支账目：
所有同治三年六月以前各处办理军务未经报销之案，准将收支款目总数，分年分起开具简明清章，奏明存案，免其造册报销。其自本年七月起，一应军需，凡有例可循者，务当遵例支发，力求樽节。
这明明是与湘军过不去，曾国藩并没有得到国家的拨款，自己苦心经营，募捐抽厘，东挪西凑，10余年勉强自己维持着军费的开支，请问这笔糊涂账应该如何报销？
湘军将领听到这消息无不义愤填膺，而赵烈文却对朝廷此举有着自己的看法。他认为：
至此次廷寄忽加厉责，其中别有缘起。余知其约略，而未敢臆断。大抵朝廷苟无奥援，将帅立大功于外，往往转罹吏议，不然去年苏州之复，李公（李鸿章）原奏明言忠酋从小路搭桥而去；今春杭州之复，左公（左宗棠）原奏明言贼倾城先走，皆奏而恩出。于此奏何如而以笔墨为罪耶？君父之前，立言有体，虽近世捷报，大半虚辞，然亦必稍有根底，不敢全然诳语。
赵烈文对于清政府节外生枝的这种做法的背后深意，理解是切合实际的。
曾国藩这个生长在穷乡僻壤中的中小地主家庭的汉族官僚，虽然凭借自己的苦苦奋斗，得以跻身于官宦封疆行列，但在那些满族官僚的眼里，他不过是出身闾里的匹夫而已。他之所以被委以重任，一来是因为太平军锋芒锐不可当，东南半壁江山危在旦夕，而清廷又无可用之人，无可调之兵；二是曾国藩自率领湘军出省作战以来，虽然屡屡受挫，但毕竟湘军是唯一能与太平军相持的军事力量。金陵被攻克以后，曾国藩已非昔日京城中手无一兵一卒的兵部侍郎，他的门生故吏已遍及东南各地，上至巡抚、司道，下至提督、参将，同时，曾国荃手里掌握着“精悍”的5万湘军，这无疑给清廷统治的稳定带来了极大的不安全因素。因此，在攻下金陵后，清政府最大的忧患，已不再是太平天国的余部，而是兵权越来越大的两江总督曾国藩。由此可见，清廷所以发动舆论与其他力量打压曾氏兄弟，目的明显无非是在逼曾国藩抓紧表态。
对于曾国藩来说，解决问题的办法只有两个：一是抓紧自剪羽翼，用实际行动向清廷表明他的忠心无二；二是起兵叛清，自立为王。就曾国藩本人而言，第二条显然不符合他的性格与文化素养，那么就只剩下一条：赶快解散曾系湘军，实行以退为进的保官之策。
在攻下金陵以前，清廷即已开始着手防止曾国藩势力可能发生的反叛。在军事上，对曾国藩集团着手进行防范。在湘军合围金陵的同时，清政府以防太平军北向、东援为由，调僧格林沁屯兵皖鄂交界之处，冯子材、富明阿把守镇江、扬州，官文驻武昌，在长江中下游三大军事重镇上皆屯兵陈粮，以防患于未然，以免湘军在攻下金陵后，挥师北上，问鼎天下。同时，在曾国藩与沈葆桢争江西厘金饷时，清廷竭力偏袒沈葆桢，使湘军的粮饷供应几至山穷水尽的地步，以防湘军势力的继续膨胀。金陵陷落以后，清廷又利用湘军内部的矛盾，迅速提拔和扶植曾国藩手下的将领，让他们的地位迅速提高，以至于与曾国藩地位不相上下。清政府分化曾国藩集团的政策，除了佑沈压曾之外，还有一条，这就是抑曾扬左。左宗棠生性狂傲，自视甚高，长期以来，对曾国藩在这个集团中的领袖地位，心中很不服气，不时发起挑战。清廷正好利用这种矛盾，一方面对曾氏兄弟加以抑制，另一方面，又不断对左宗棠加以重用。在使曾国藩的亲信纷纷落职的同时，将左宗棠及其亲信安置到曾氏亲信原来的位置上，从而达到分而治之的目的。当左宗棠的楚军与沈葆桢结成同盟，并脱离曾国藩，向曾国藩发起挑战时，清廷就大加利用，暗中支持左、沈与曾国藩分庭抗礼，从内部瓦解曾国藩的势力，而对于曾国荃则竭力进行压制，不让其有抬头发言的机会。
曾国荃这时虽已升任浙江巡抚，清廷却以尚未赴任为借口，不允许其单折奏事，此一巡抚，岂不形同虚设；夺得金陵首功，本以为可以扬眉吐气，却不承想竟然接二连三地遭严责和警告。面对大有“狡兔死、走狗烹、飞鸟尽、良弓藏，敌国破、谋臣亡”之势的曾国藩、曾国荃弟兄，如何摆脱眼前的困境，确实是迫在眉睫的首要问题。其实，在金陵陷落前的一个时期里，曾国藩已经对大功告成后如何收场的问题进行了思考。当金陵陷落以后，面对朝廷的猜忌和随之而来的四面八方的种种为难之举，曾国藩已经有了充分的思想准备和对策。这就是，要想固其官位，就必须自剪羽翼。