曾国藩攻克金陵，平定太平天国以后，清廷违背咸丰皇帝当初“克复金陵者王”的遗言，仅仅给以他一个一等侯的封赏。曾国藩幼女曾纪芬曾言，家乡一闻此讯，多说侯爵太细。太细为湖南方言，即太小之意，不满之意，溢于言表。
常言道，天下本是将军打，不让将军见太平。这几乎是过去历朝历代的政坛规律。太平天国刚被平定，便有许多御用官员，揣摩着朝廷的心思，乘机制造罪状，打击湘军，企图将湘军将领一网打尽。编修蔡祺奏劾曾国藩、曾国荃破坏纲纪；监察御史朱镇，奏劾湘军纪律废弛，并列举湘军将领罪状。其他如胜保之流，更是散布谣言，无的放矢。清廷乃下诏命，要曾国藩和各级将领，从速办理军费报销。打了10多年烂仗，全是曾国藩自己想办法筹措来的钱，却要办理军费报销，这不是十二道金牌是什么？此诏命一到，曾国荃等人，便秘密活动要拥戴曾国藩黄袍加身，起而反抗清廷。
当曾国藩在金陵城破、太平天国覆亡，进入残破不堪的石头城后，全城余烬未熄，颓垣败瓦，满目凄怆，不忍卒睹。有一天晚上，大约11点钟，曾国藩亲审李秀成后，进入卧室小休，湘军的高级将领约有30余人忽然拥集大厅，请曾国藩召见。中军向曾国藩报告，曾国藩即问：九帅有没有来？（九帅是曾国藩的九弟曾国荃）中军复以九帅没有来，曾国藩立即传令召曾国荃。曾国荃是攻破金陵的主将，这天刚好生病，可是主帅召唤，也只好抱病来见。曾国藩听见曾国荃已到，才整装步入大厅，众将肃立，曾国藩态度很严肃，令大家就座，也不问众将来意。众将见曾国藩表情如此，更不敢作声。如此相对片刻，曾国藩乃命侍从取来纸笔，他就案挥笔，写了一副对联，掷笔而起，一语不发，从容退入后室。众将莫知所措，屏息良久，曾国荃乃趋至书案前，见曾国藩写了14个大字，分为两行上下联，联中说：
倚天照海花无数，流水高山心自知！
曾国荃读联语时，起初好像很激动，接着有点凛然，最后则是惶然。众将围在曾国荃之后，观读联语，有点头的，有摇头的，有叹气的，有热泪盈眶的，各式各样表情不一。曾国荃于是只好用黯然的声调对大家宣布说：“大家不要再讲什么了，这件事今后千万不可再提，有任何枝节，我曾九一人担当好了。”
这一段笔记显示南京城破后的湘军确曾有过拥立曾国藩做皇帝的一幕，可是在专制王朝，这种非常之举是成则为王，败则要诛九族的。所以在笔记上看不见“拥立”字样，而将领们也不敢说出口。曾国藩明知众将的来意，也不说破，只用14字联语作答，相互之间，都不点破。
以当时湘军士气之盛、战功之伟，如果拥立曾国藩，是用不着费气力的；但曾国藩以14字联语，就将他们的拥立打算消弭于无形。
其实，早在安庆战役后，曾国藩部将即有劝进之说，而胡林翼、左宗棠都属于劝进派。劝进最力的有王闿运、郭嵩焘、李次清等人。当安庆攻克后，湘军将领欲以盛筵相贺，曾国藩不许，只准各贺一联，李次清第一个撰成，有“王侯无种，帝王有真”句。曾国藩见到立即撕毁，并斥责了李次清。曾国藩死后，李悼诗中有“雷霆与雨露，一例是春风”句。
李联被斥，其他将领所拟也没有一联符曾意，其后张裕钊来安庆，以一联呈曾，联说：
天子预开麟阁待，相公新破蔡州还。
曾国藩一见此联，击节赞赏，即命传示诸将佐。有人认为“麟”字对“蔡”字为不工整，曾国藩勃然怒曰：“你们只知拉我上草窠树（是句湖南土话，湘人俗称荆棘为草窠树），以取功名，图富贵，而不读书求实干。麟对蔡，以灵对灵，还要如何工整？”盖蔡者为大龟，与麒麟同属四灵，以蔡对麟对仗当然工整。
至于王闿运的劝进更是为世人所熟知。其意也是“彼可取而代之”的意思。据说当时曾国藩正襟危坐，一声不吭，以食指蘸杯中茶汁，在几上有所点画，不多时，曾国藩起立更衣。王闿运站起来窃视几上曾写的什么，只见依稀尽是一个“妄”字。后来王闿运一直耿耿于怀，曾留有“我惭携短剑，只为看山来”句。王闿运在衡阳及成都讲学时，曾对学生大骂：“曾大（指曾国藩）不受抬举。”王晚年撰自挽联有：“纵横计不受，空留高咏满江山”句，心中不无纠结。
还有传说，曾国藩寿诞，胡林翼曾送曾国藩一联，联中说：
用霹雳手段，显菩萨心肠！
胡林翼亲送此联给曾国藩，曾对胡联大为赞赏，胡告别后遗一小条在几上。赫然有：“东南半壁无主。我公其有意乎？”曾国藩见到这一字条，惶恐无言，立刻悄悄地将之撕成碎片。
左宗棠也曾有一联试探曾国藩，联中说：
神所凭依，将在德矣；鼎之轻重，似可问焉！
左宗棠写好这一联稿专差送给胡林翼，请转曾国藩，胡林翼读到“似可问焉”四个字。心中明白，一字不易，加封转曾。曾国藩阅后将下联的“似”字用笔改为“未”字，原封送还胡林翼。胡见到曾的修改，乃在笺末大批八个字曰：“一似一未，我何词费！”
曾国藩改了左宗棠的下联一个字，其含意就完全变了，因为“鼎之轻重，未可问焉”！这样才有胡林翼“我何词费”的叹气。
曾国藩门生彭玉麟，在他署理安徽巡抚的时候力克安庆，遣人往迎曾国藩东下。曾国藩所乘的坐船犹未登岸，船上众人眼见彭玉麟的一名心腹差弁，送一封封口严密的信上船来，曾国藩把信拿到后舱去看。但见信上并无上下称谓，只有彭玉麟亲笔所写的12个字。文说：
东南半壁无主，老师岂有意乎？
这时候后舱里只有曾国藩的亲信倪人垲，他也看到了这“大逆不道”的12个字，又亲眼目睹曾国藩面色立变，慌不择言地说：“不成话！不成话！雪琴（彭玉麟的字）他还如此试我。可恶可恶！”接着，曾国藩便将信纸搓成一团，咽进肚里。
由此可见，在曾国藩的心目之中，是清醒地认识到自己的能力与不利的处境的。一方面他深受儒家君臣大义文化的熏陶，另一方面也知道湘军内部的腐败与不团结的痼疾，因而只能一味退却，以退为进，以换取朝廷的谅解与宠用。
曾国藩无非是看到了只进不退的危险前途。
当金陵合围之后，李鸿章、左宗棠先后攻下了苏、杭二地。可曾国荃的5万大军陈兵于金陵城外，却难以将金陵攻下，来自于朝廷上下的名种议论纷起，这不能不引起曾国藩的格外注意和思考。尤其是与沈葆桢争夺江西厘金失败，更引起他的警觉，他已十分清楚地意识到，朝廷有意偏袒沈葆桢而压制自己，使他处于极难的处境之中。曾国藩在写给曾国荃的信中表露了对这一问题的看法：
去年三四月间，吾兄弟正方万分艰窘，户部尤将江西厘金拨去，金陵围师几将决裂，共事诸公易致龃龉，稍露声色，群讥以为恃功骄蹇。《曾文正公手书日记》，同治四年十二月十五日。
他在写给李鸿章的信中写道：
长江三千里几乎无一船不张鄙人之旗帜，外间疑敝处兵权过重，利权过大，盖谓四省厘金络绎输送，各处兵将一呼百诺。其相疑良非无因。
又说：
“两接户部复奏之疏，皆疑弟广揽利权，词意颇相煎迫。自古握兵柄而窃利权者，无一不凶于国而害于家，弟虽至愚，岂不知远权避谤之道？”“万一金陵克复，拟即引退，避贤者路，非爱惜微名，而求自全也。”《曾文正公书札》，第二十三卷，第42、43页。
曾国藩十分了解其弟曾国荃的秉性：精力充沛，有勇有谋，敢作敢为，愿为人先，同时又不失骄纵、蛮横，随着曾国荃势力的逐渐扩大，曾国藩愈益为他担心，唯恐他稍有不慎，而酿出祸患。因此，在天下瞩目的金陵战役上，曾国藩苦口婆心，一再提醒曾国荃一定要慎而又慎。
曾国藩说：“声闻之美，可恃而不恃。兄昔在京中颇著清望。近年军营亦获虚誉，善始者不必善终，行百里者半九十，誉望一损，远近滋疑。弟目下名显正隆，务宜力持不懈，有始有卒。”
“处大位大权而震享大名，自古能有几人能善其末路者？总须设法将权位二字，推让少许，灭去几成。则晚节渐可以收场耳。”
“金陵之役，千古之大名，全凭天意主张，岂尽关乎人力？天于大名吝之惜之，千磨百折，艰难拂乱而后予之。老儋所料不敢为天下先者，即不敢居第一等大名之意。弟前岁初进金陵，而余屡信多危悚儆戒之辞，亦深知大名之不可强求。今少荃二年以来，屡建奇功，肃清全苏，吾兄弟名望虽减，尚不致身败名裂，便是家门之福。劳师虽久，而朝廷无贬辞，大局无他变，即为吾兄弟之幸。只可畏天知命，不可怨天尤人。”
曾国藩在湘军时运极盛时的忧惧，不独只其一人，即使旁观者也大有人从内心为“曾氏惧”。赵烈文在同治三年（1864年）四月八日日记中这样写道：
中堂（曾国藩）近岁主眷日衰，外侮交至，无他。不得内主奥援耳。稽其立朝之初，即已孤特独立。自咸丰二年奉命团练。以及用兵江右，七八年间坎坷备尝，疑谤丛集。迨文宗末造，江左覆亡，始有督帅之授，受任危难之间。盖朝廷四顾无人，不得已而用之，非负扆真能简畀，当轴真能推举也。嗣后平皖而东，声威日甚，内外虽欲丛违，震其事功而莫敢为难。同治改元至今，东南大局，日有起色。泄沓之流以为已安已治，故态复萌，以私乱公，爱憎是非，风起泉涌，辄修往日之文法，以济其予夺之权。数期之间，朝政一变，于是天下识时俊杰之士，皆结故旧，驰竿牍，揣摹迎合，以固权势而便兴作，外之风气亦一变。……故向之假借，本以时事至危而袖手旁观之计，非因保全大局而有推诚相谅之心也。本以事功赫赫而忌之惮之，非有毫末之爱而亲之顾之也。大难即稍夷也，事功见不鲜矣。袖手之计改而争先，忌惮之心变为慢易，则疑谤渐生，事多牵掣，必然之势，初不因权重故也。夫人情大抵爱己而憎人，喜亲而恶疏，不独今世然也。
在攻克金陵前后，曾国藩对于如何处理大功后他所面临的政治危机，似已有了充分的思想准备。当金陵陷落的消息传至安庆以后，他更是绕室彷徨，彻夜思考，对于可能出现的种种情况进行预测并设计出了相应的应变办法。
当曾国藩从安庆赶至金陵的时候，持盈保泰的解决方案很可能已经完全成熟，这就是大刀阔斧裁撤湘军，用自剪羽翼的实际行动来换得朝廷对他的信任与重用。
曾国藩到达金陵以后，立刻着手裁撤湘勇。在七月初七的奏折中，他向清廷表示：“臣统军太多，即拟裁撤三四万人，以节靡费。”时人王定安说：“国藩素谦退，以大功不易居，力言湘军暮气不可复用，主用淮军。以后倚淮军以平捻。然国藩之言，以避权势，保令名。其后左宗棠、刘锦棠平定关外回寇。威武西域，席宝田征苗定黔中。王德榜与法朗西（法兰西）战越南，皆用湘军。暮气之说，庸足为定论乎？吾故曰，国藩之言暮气，谦也。”
在裁撤湘军的同时，曾国藩也奏请曾国荃因病开缺，回籍调养。曾国荃攻陷金陵时的所作所为，一时间成为朝野上下围攻的众矢之的。同时，清廷对他也最为担心，唯恐他登高一呼，从者云集，所以极想让他早日离开军营而又不让其赴浙江巡抚任。无奈，曾国藩只好以其弟病情严重，奏请开去浙江巡抚缺，让他回乡调理，结果很快清廷便批准了曾国藩的奏本，并赏给曾国荃人参六两，以示慰藉。而曾国荃却大惑不解，愤愤不平溢于言表，甚而在众人面前大放厥词以发泄其不平，致使曾国藩十分难堪。后来，曾国藩回忆道：“三年秋，吾进此城行署之日，舍弟甫解浙抚任。不平见于辞色。时会者盈庭，吾直无地置面目。”所以，曾国藩只好劝慰他，以开其心窍。“弟何必郁郁！从古有太劳者，不过本身一爵耳，吾弟于国事家事，可谓有志必成，有谋必就，何郁郁之有？”
在曾国荃41岁生日那天，为了抚慰曾国荃，曾国藩特意为他创作了七绝十二首以示祝寿。
九载艰难下百城，漫天箕口复纵横。
今朝一酌黄花酒，始与阿连庆更生！
陆云入洛正华年，访道寻师志颇坚。
惭愧庭所春意薄，无风吹汝上青天。
几年橐笔逐辛酸，科北及人寸寸难。
一剑须臾龙变化，谁能终古老泥蟠？
庐陵城下总雄师，主将赤心万马知。
佳节中秋平剧寇，书生初试大功时。
楚尾吴头暗战尘，江干无土著生民。
多君龛定同安郡，上感三光下百神！
濡须已过历阳来，无数金汤一剪开。
提挈湖湘良子弟，随风直薄雨花台。
邂逅三才发杀机，王寻百万合重围。
昆阳一捷天人悦，谁识中军血染衣？
平吴捷奏入甘泉，正赋周宣六月篇。
生缚名王归夜半，秦淮月畔有非烟。
河山策命冠时髦，鲁卫同封异数叨。
刮骨箭瘢天鉴否？可怜叔子独贤劳。
左列钟铭右镑书，人间随处有乘除。
低头一拜屠羊说，万事浮云过太虚！
已寿斯民复寿身，拂衣归钓五湖春。
千里亲疏齐颂祷，使君眉寿总无涯。
童稚温温无险矶，酒人浩浩少猜疑。
与君同讲长生诀，且学婴儿中酒时。
曾国藩一席至诚肺腑的话语，感动得曾国荃热泪盈眶。当读至“刮骨箭瘢天鉴否，可怜叔子独贤劳”时，曾国荃竟然放声恸哭，宣泄心中的抑郁之气。随后，曾国荃返回家乡，怨气难消，以致大病一场。从此，辞谢一切所任，直至同治五年（1866年）三月，清政府命其任湖北巡抚，他才前往上任。参见刘晓祯、王颖编著：《官径——曾国藩为官术》，大象文艺出版社1998年版，第六章。
最终，在同治年间这场涉及曾国藩家族长远利益的政治较量中，曾国藩以忍气吞声、积极退让的政治智慧化解了他与清廷之间的矛盾，达到了保全自己的目的；清廷见曾国藩陆续将所部湘军裁撤，并且曾国荃也已离开湘军回籍，威胁已经解除，也就收起了猜忌之心，追查金陵宝藏一事也就不了了之，不久就又重用起曾氏兄弟来。
对于解散曾国荃部的湘军，曾国藩的这种做法实是出于无奈，在他的内心深处，他是不愿解散湘军的。曾国藩在临终向李鸿章交代后事时，其中一点便是指此。曾国藩认为平定太平天国后，慑于各方压力，他不得已解散了多支湘军，自坏长城，使自己失去了坚强的后盾，因而导致后来“剿捻”无功。他让李鸿章记住自己的教训，万一有一天面临同样的情况时，千万不要像自己一样，乱世之中，军队切不可放松，只可加强，不可削弱。这番话透露出曾国藩的真实的想法。不过，他的持盈保泰、以退为进的保官大法也确实化解了他当时所面临的政治危机。这是一个符合中国传统实际情况的高明做法，他的这种委曲求全、以退为进的智慧做法，必将传至千秋，作为一种政治智慧供后人参考与效仿。