根据初步设计组织方案和下达的投资计划，2005年下半年以来，江苏省南水北调办公室和江苏水源公司有序组织开展了21个设计单元工程的初步设计。已完成15个，其中扬州、淮安、宿迁、徐州四市的截污导流工程及第一、二批控制性文物保护方案已经批复，正在组织实施；泗洪站、泗阳站、刘老涧二站、皂河一、二站等5个设计单元工程，国务院南水北调办公室已于2009年上半年正式批复；高水河整治、骆南中运河、淮安二站及金湖站等4个设计单元工程的初步设计已于2008年下半年由水利部水规总院完成预审；除金湖站外，其余8个设计单元工程的初步设计已分别于2008年10月、2009年2月下旬由水利部水规总院完成复审。工程管理总体设计已完成，已于2009年上半年上报国务院南水北调办公室待批。
另外，金宝航道、徐洪河影响处理、沿运闸洞漏水处理和睢宁二站工程等4个设计单元初步设计正在编制，洪泽站、邳州站2个设计单元初步设计公开招标已经完成。剩余6个设计单元工程主要是涉及面广、协调量大的综合性工程，正在开展有关重点和难点问题研究，包括调度运行系统、里下河水源调整、洪泽湖抬高蓄水位影响处理工程、南四湖抬高蓄水位影响处理工程及血吸虫北移防护专项工程。配套工程规划已基本完成基础资料搜集整理工作，各专题研究也陆续启动。
（五）初步设计计划安排
根据南水北调建设委员会第三次会议确定的“东线一期工程2013年全面完成”的总体建设目标及江苏境内工程阶段建设目标，江苏境内南水北调剩余工程初步设计工作计划在2009年全面完成，分5批进行报审报批。
第一批，泗阳站、刘老涧二站、皂河一、二站及泗洪站5个设计单元已于2009年5月前完成技术方案审查及概算核定并批复。
第二批，已经预审的骆南中运河影响处理、高水河整治及淮安二站改造3个设计单元工程已于2009年1月报国务院南水北调办公室审批。
第三批，金宝航道、金湖站、里下河水源调整、血吸虫北移防护及管理设施专项5个设计单元工程于2009年4月完成并报审，计划于2009年10月前批复。
第四批，徐洪河影响处理工程、睢宁二站、洪泽站、邳州站4个设计单元工程计划于2009年8月完成并报审，2010年3月前批复。
第五批，调度运行系统、沿运闸洞漏水处理、洪泽湖和南四湖抬高蓄水位影响处理工程4个设计单元工程计划于2009年12月完成报审，2010年7月前批复。
（第三节）实施计划
一、总体思路和原则
（一）总体安排思路
总的建设安排是：扎根长江，从源头做起，逐级提高调水能力；先通后畅，建好边界工程，分期实现一期工程调水目标。一是抓好“两头”（源头和省界），提高抽江北送能力，尽快具备调水出省条件；二是抓“两线”（运河线与运西线），加大运河线工程建设力度，加快运西线工程前期工作，逐步扩大调水规模，保证整体工程建设工期；三是抓“两块”（调水工程和治污工程），坚持调水工程和治污工程同步实施，保证水量和水质两个目标。
（二）总体安排原则
根据总体建设思路，在工程实施安排上，统筹考虑工程前期工作周期、工程建设条件和效益发挥等多方面因素，坚持实事求是、科学合理的原则，优先安排沿运河线工程和截污导流工程，提高供水能力；加大前期工作组织力度，尽快开工运西线和控制工期工程；适时安排涉及面较广的影响工程，保证工程顺利建设，及时发挥工程效益。
二、建设目标
第一步，到2008年底，实现南水北调东线一期工程通水目标，具备向南四湖调水条件。全面建成宝应站、淮安四站、刘山站、解台站和蔺家坝站，基本完成淮阴三站和江都站改造工程，抽引江水、入下级湖规模分别达500立方米/秒和75立方米/秒，多年平均入下级湖水量可由现状3亿~4亿立方米提高至相机入下级湖11亿立方米。如山东境内韩庄运河线三级泵站建成，实现抽江、入下级湖规模分别达500立方米/秒和200立方米/秒，多年平均可相机入下级湖13亿立方米；如二级坝站建成，抽引江水、入下级湖、入上级湖规模分别达500立方米/秒、200立方米/秒和125立方米/秒，多年平均可相机入下级湖19亿立方米、入上级湖7亿立方米。
第二步，到2011年，全面建成泗阳站，刘老涧二站，皂河一、二站，考虑山东境内韩庄运河线三级泵站及二级坝站建成，实现抽引江水、入下级湖、入上级湖规模分别达500立方米/秒、200立方米/秒和125立方米/秒，多年平均可相机入下级湖24亿立方米、入上级湖11亿立方米。
第三步，到2013年，基本建成南水北调东线一期工程。实现多年平均入下级湖29亿立方米、入上级湖17亿立方米的规划目标。
三、实施安排
国家先期批复的5个单项、19个设计单元工程已全部开工，除南四湖水资源控制等边界工程和截污导流工程正在实施之外，其余工程于2008年底已基本完成。其中，2002年12月开工实施三阳河潼河宝应站工程；2004年开工建设刘山站、解台站工程，2005年开工建设淮阴三站、淮安四站及输水河道和江都站改造工程；2006年开工建设边界调水工程蔺家坝泵站；2007开工建设骆马湖水资源控制工程及淮安、扬州（江都）、宿迁市截污导流工程；2008年开工建设徐州市截污导流工程，并开工建设南四湖水资源控制姚楼河闸、杨官屯河闸、大沙河闸工程，以及南四湖水质监测工程征地拆迁工程。
江苏境内剩余设计单元工程共计3个单项21个设计单元工程。
按照南水北调“东线一期工程2013年全面完成”的总体建设目标，根据江苏境内工程建设安排总体思路、原则和2013年底全面完成主体工程建设目标，未开工项目实施计划安排如下：
2009年拟开工建设刘老涧二站工程，泗阳站工程，皂河一、二站工程，泗洪站工程，淮安二站改造工程，以及高水河整治、里下河水源调整、骆南中运河影响处理工程，共9个设计单元工程。其中刘老涧二站工程已于2009年6月底正式开工；同时，治污工程中剩余5项综合整治项目全部建成，全面建成江都、宿迁市截污导流工程，基本建成淮安市截污导流主体工程，全面实施徐州市截污导流工程。
2010年拟开工建设金湖站、洪泽站以及金宝航道、洪泽湖抬高蓄水位影响处理、徐洪河影响处理、管理设施专项、血吸虫北移防护工程，共7个设计单元工程；同时，全面建成淮安市截污导流工程，完成徐州市截污导流工程主体工程。
2011年拟开工建设邳州站工程、睢宁二站工程以及沿运闸洞漏水处理、下级湖抬高蓄水位影响处理和调度运行管理系统工程，共5个设计单元工程；同时，全面建成徐州市截污导流工程，正式投入运行。
根据以上安排，运河线工程可于2011年完工，其他工程在2013年底前全部完工。
四、征地拆迁安置工作计划
南水北调东线江苏境内征地拆迁安置全线实物量已完成调查和复核工作，国土资源部已完成一期工程用地预审。三阳河潼河宝应站、刘山站、解台站、蔺家坝站、淮安四站、骆马湖水资源控制工程已向国土资源部办理先行用地手续151.9公顷。已开工的三阳河潼河宝应站、刘山站、解台站、蔺家坝站、淮阴三站、淮安四站及输水河道、骆马湖水资源控制、南四湖水资源控制工程的拆迁工作已经完成，累计完成永久征地1390公顷，临时占地330.7公顷，搬迁人口9654人，拆迁各类房屋295639平方米，安置生产人口9265人，拆迁各类企事业单位105个，专项设施918处。
未开工项目征地拆迁安置工作计划如下：
2009年开工项目移民安置计划共有9个设计单元工程，包括刘老涧二站、泗阳站、皂河二站、皂河一站改造、泗洪站、淮安二站改造、高水河整治、里下河水源调整工程、骆南中运河，移民安置投资约114442万元。
2010年开工项目移民安置计划共有5个设计单元工程，包括金湖站、洪泽站、金宝航道、洪泽湖抬高蓄水位影响处理工程、徐洪河影响处理工程，移民安置投资约47663万元。
2011年开工项目移民安置计划共有5个设计单元工程，包括邳州站、睢宁二站、沿运闸洞漏水处理工程、下级湖抬高蓄水位影响处理工程，移民安置投资16194.7万元。
五、投资安排
（一）分年投资安排
按照工程总体可行性研究及已经预审的初步设计投资，南水北调东线一期江苏境内工程总投资约102亿（元南四湖水资源控制、水质监测工程为江苏省与山东省分半计列投资）。截至2008年底，累计完成投资约29亿元。其中2003～2004年累计完成7.3亿元，2005年完成4.5亿元，2006年完成7.0亿元，2007年完成5.5亿元，2008年完成5.0亿元。工程剩余投资约73亿元，根据工程总体实施计划安排，2009年计划完成投资10.0亿元，2010年计划完成投资22.8亿元，2011年计划完成投资21.4亿元，2012年计划完成投资13.5亿元，2013年计划完成投资7.5亿元。
（二）分市投资安排
南水北调东线一期工程江苏境内各市投资为：扬州市境内18.8亿元，淮安市境内27.8亿元，宿迁市境内20.1亿元，徐州市境内22.8亿元，盐城市境内1.8亿元，泰州市境内10.9亿元。
截至2009年上半年底，已开工项目总投资37.8亿元，各市投资为：扬州市境内12.9亿元，淮安市境内9.4亿元，宿迁市境内1.1亿元，徐州市境内14.4亿元。尚未实施项目总投资64.2亿元，涉及扬州、淮安、宿迁、徐州、盐城及泰州6市24个区县60个乡镇。
扬州市境内实施高水河整治、金宝航道、里下河水源补偿、沿运闸洞漏水处理、江苏省文物保护、血吸虫北移防护、东线江苏段调度运行系统管理系统工程及东线江苏段管理设施专项工程，投资总计5.9亿元。其中，永久征地250公顷，临时占地325.9公顷，拆迁各类房屋79129平方米，安置生产人口1249人，拆迁各类企事业单位29个，专项设施112处，征迁总投资3.06亿元。
淮安市境内实施淮安二站改造、金湖站、洪泽站、金宝航道、里下河水源补偿、沿运闸洞漏水处理、洪泽湖抬高蓄水位影响处理、江苏省文物保护、血吸虫北移防护、东线江苏段调度运行系统管理系统工程及东线江苏段管理设施专项工程，投资总计18.3亿元。其中，永久征地421.9公顷，临时占地291.9公顷，搬迁人口1958人，拆迁各类房屋51620平方米，安置生产人口2009人，拆迁各类企事业单位2个，专项设施88处，征迁总投资3.05亿元。
宿迁市境内实施泗阳站、刘老涧二站、皂河一站、皂河二站、泗洪站、骆马湖以南中运河影响处理、徐洪河影响处理、洪泽湖抬高蓄水位影响处理、江苏省文物保护、东线江苏段调度运行系统管理系统工程及东线江苏段管理设施专项工程，投资总计19.0亿元。其中，永久征地252.4公顷，临时占地208.3公顷，拆迁各类房屋57382平方米，安置生产人口336人，拆迁各类企事业单位47个，专项设施16处，征迁总投资1.86亿元。
徐州市境内实施邳州站、睢宁二站、徐洪河影响处理、江苏省文物保护、东线江苏段调度运行系统管理系统工程及东线江苏段管理设施专项工程，投资总计8.3亿元。其中，永久征地63.5公顷，临时占地54.1公顷，拆迁各类房屋35831平方米，安置生产人口425人，拆迁各类企事业单位8个，专项设施6处，征迁总投资1.61亿元。
盐城市境内实施里下河水源补偿工程，投资总计1.8亿元。其中，永久征地12.4公顷，临时占地95.9公顷，拆迁各类房屋1320平方米，专项设施23处，征迁总投资0.44亿元。
泰州市境内实施里下河水源补偿工程，投资总计10.9亿元。其中，永久征地273.8公顷，临时占地696.5公顷，搬迁人口3656人，拆迁各类房屋200834平方米，安置生产人口1414人，拆迁各类企事业单位156个，专项设施209处，征迁总投资6.58亿元。