南水北调工程是我国具有战略意义的特大型基础设施，对解决北方缺水，合理配置水资源，实现经济和社会可持续发展至关重要。如何发挥南水北调工程的资源配置作用，管理是关键。南水北调东线工程最大的特点是充分利用了沿线的现有湖泊水库、河道及泵站。国务院批准的《南水北调工程总体规划》明确了南水北调东线工程管理体制总体思路是实行国家宏观调控、公司市场运作、用水户参与管理的新体制。国务院南水北调工程建设委员会办公室相关文件作出了具体规定。
（第一节）管理现状
南水北调东线工程涉及长江、淮河、黄河、海河四个流域和江苏、安徽、山东、河北、天津五省市，大量利用了现有河道、湖泊及江苏现有江水北调等水利工程，分别由水利部所属的流域机构及各省（市）水利厅（局）负责管理。利用的湖泊水库主要有黄河以南的洪泽湖、骆马湖、南四湖、东平湖，黄河以北的恩县洼、千顷洼、大浪淀水库、北大港水库。河道主要有黄河以南的里运河、中运河、韩庄运河、不牢河及梁济运河以及与京杭大运河平行的三阳河、淮河入江水道、徐洪河、房亭河等，黄河以北的小运河、清凉江、清江渠、江江渠、惠江渠、玉泉庄渠、南运河、马厂减河等河道。泵站主要有江都、淮安、淮阴、石港、蒋坝、泗阳、皂河、刘山、解台、沙集、刘集、单集、大庙及沿湖等。
上述工程除具有供水功能外，还兼顾防洪、排涝和航运等功能。其管理现状是：湖泊水库除骆马湖、南四湖由淮委会管理，东平湖由黄委会管理外，其余湖泊水库由各省（市）水利厅（局）管理。黄河以南河道除中运河（宿迁以北）、韩庄运河由淮委会管理外，其余河道由各省水利厅管理；黄河以北除南运河部分河段由海委会管理外，其余河道由各省（市）水利厅（局）管理。泵站均由江苏地方管理。
（第二节）基本原则及管理目标
一、基本原则
南水北调东线工程的管理原则可以概括为五个有利于：有利于加强政府的宏观调控，实现水资源的优化配置；有利于建立173“还本、保本、微利”的水价形成机制，促进建立节水防污型社会；有利于建立产权明晰的现代企业制度，依法协调各方的利益关系，按照国家对于统筹城乡关系和农村水费改革的统一部署，需要与可能相结合，既能进一步推动供水体制改革，又避免加大农民负担，要保护农民利益；有利于工程良性运行，近期与远期相结合，逐步完善“准市场”的运作机制；有利于贯彻执行国家和地方有关工程管理的法律、法规和政策的原则。
二、管理目标
总体目标是：建立适应社会主义市场经济需要的符合水资源管理自身发展规律的政企分开、产权明晰、责权明确、管理科学的新型管理体制。能够以国家的社会经济发展为中心，按照社会主义市场经济体制改革和发展的要求，兼顾南水北调东线工程受水区的客观情况和实际要求，通过建立有效的工程管理体制和良好的工程运营机制，实现对南水北调工程的有效管理，实现工程国有资产的保值增值，满足国家和受水区内水资源配置要求，最终实现水资源可持续利用支撑社会经济可持续发展的目标。
南水北调东线工程管理的具体目标：①在水资源供给方面，合理配置水资源，提高水的利用效率和生产效率，从缓解北方缺水地区的供需矛盾到建立安全可行的水资源供给保障体系，基本满足社会经济发展对南水北调工程的水资源开发利用要求。②在防洪减灾方面，通过工程的运用，基本保证沿线城市和乡镇的安全，避免发生严重影响社会稳定和经济运行的局面，基本解除南水北调东线工程段的洪水威胁。③在水质方面，加快结构调整，减少污染排放，把调水工程管理到位，保证调到北方的水质良好，符合饮用水标准，真正形成一条清水廊道。④在水环境与生态保护方面，建立有效的水环境与生态保护体系，保持生态平衡，促进人与自然的协调，改善生态环境和生活环境，输水沿线形成绿色廊道。⑤在节水方面，采取各种有力措施，推动工业节水、农业节水、生活节水，在节水的基础上科学调水。
（第三节）管理体制
一、总体框架
构建南水北调东线工程建设与管理体制的总体思路是：充分考虑南水北调工程的客观现实以及水“准市场”的实际情况，按照“政府宏观调控、准市场机制运作、企业化管理、用水户参与”的思路进行规划，充分发挥各方面积极性。
（一）政府宏观调控
重大基础设施的战略地位要求加强政府宏观调控。南水北调东线工程是从国家的全局出发安排的重大生产力布局，是政府行为和作用的重大体现。政府在南水北调东线工程建设中的作用是决定性的，不可代替的，也只有政府才有责任和能力组织建设对整个国家的宏观资源配置有重大影响的基础设施项目。国内外经验证明，如此重大的基础设施建设项目，政府决策、协调、支持是关键，必须充分发挥国家宏观调控作用。
在南水北调东线工程建设与管理中，政府的宏观调控作用主要体现在制定水资源合理配置方案，协调调水区和受水区的利益关系，协调各省（直辖市）间的关系，协调调水与防汛抗旱的关系，协调移民搬迁安置，监督公司运行，制定合理的水价政策，建立节水型城市和社会，以及水污染防治和生态环境保护等方面。
（二）准市场机制运作
改革要求引入市场机制，探索新型建设与管理体制。股份制是市场经济条件下的一种有效的资本组织形式，调水工程实行股份制运作，有利于所有权和经营权的分离，有利于提高企业和资本的运作效率。资本金的出资方式，要求工程建设与管理按照股份制运作。按照规划，南水北调东线干线主体工程的资本金由中央政府和地方政府出资组成。地方资本金的出资方式，将由各地根据需调水量，认购水使用权，考虑调水距离等工程因素，确定资本金额度。地方根据出资额度在公司中占有股权，以股权享有所有者权益和承担有限责任，并拥有相应的水使用权。
多元化的投资结构客观上要求实行股份制。南水北调东线工程投资巨大，涉及面广，要实现调水目标，必须调动全社会的积极性，多渠道、多层次筹集建设资金，“谁投资，谁收益”“谁用水，谁出资”。除了资本金主要由政府出资外，地方配套工程也可适当开放资本市场，吸引投资。股份制的特点、功能和机制有利于改变国家为单一主体的投资结构，可以从根本上理顺投资方的产权关系，保障所有者权益，明确各方相应的责任、权利和义务，有利于形成“利益共享、风险共担”的机制。入股投资各方因其利益建立在调水工程效益这一共同基础之上，必然关心调水工程的兴衰、盈亏以及日常运营情况，促使调水工程各方具有牢固的凝聚力。
（三）企业化管理
实行资本金制度要求企业化管理。南水北调东线工程实行资本金制度，尽管由于水商品的特殊性和水“准市场”的特点，国家投入的资本金在本质上属政策性投资，但为了最大限度地发挥工程效益，保证工程的良性运行，必须按照企业化管理。
根据建设管理体制改革的要求，南水北调东线工程建设要严格实行项目法人责任制、招标投标制、建设监理制。项目法人对项目的策划、资金筹措、建设实施、生产经营、债务偿还和资产的保值增值，实行全过程负责，客观上也要求建立企业管理机制。
南水北调东线工程只有实行企业化管理，才能理清企业与出资人之间的关系，理顺调水、供水企业之间的经济关系，理顺供水企业与用水户之间的关系，才能实现良性运行。
（四）用水户参与
用水户是南水北调东线工程的直接受益者，用水户的选择和参与最终将会影响调水工程建设与运行的效果。国际上现在也在积极推行用水户参与管理。对于南水北调东线干线工程、配套工程等不同层次，其用水户是不同的。对于干线公司而言，用水户主要是指沿线的省级政府。
干线公司用水户（即沿线省级政府）的参与主要体现在：参与投资、参与管理、参与协调、对工程运行管理予以支持和监督。用水户参与有利于形成“利益共享、风险共担”的机制，有利于调动各方面积极性。
用水户参与管理，就是通过供水企业内部信息外部化、隐蔽信息公开化来增加信息透明度，引入广泛的参与，从而降低交易成本，有效实现调水目标，最终达到优化水资源配置，实现经济增长目标和社会环境目标。175二、具体方案
根据南水北调东线工程建设与管理体制的总体框架，结合调水区和受水区的具体特点，形成了南水北调东线工程的建设与管理体制方案。
即分两段成立干线工程有限责任公司。江苏段由江苏省负责组建江苏供水公司，负责境内主体工程和配套工程的建设与管理。江苏段以外的干线输水工程，实行资本金制度，成立由中央控股、受水区省（直辖市）参股的南水北调东线工程有限责任公司，负责东线工程（除江苏段以外）干线主体工程的建设、运营与管理。国家根据新增北调水量要求的工程规模，对江苏段扩建工程予以适当的资金支持，同时在其水量调度、水价制定等方面实行调控和监督。
南水北调东线工程有限责任公司和江苏供水公司之间为原水买卖关系。江苏段以外的山东省、河北省和天津市将分别成立供水（股份）公司，与南水北调东线工程有限责任公司之间为水的买卖关系。南水北调东线工程有限责任公司向山东、河北、天津的供水按照输水口门统一调度，计量计价，山东、河北、天津之间没有买卖水的关系。
鉴于南水北调东线一期工程仅向山东供水，二期工程供水范围将增加河北省和天津市，与之相适应，东线工程建设与管理体制将分两步实施。第一步对应于东线一期工程，成立江苏供水公司和南水北调东线工程有限责任公司。山东省控股，水利部有关流域机构作为中央政府的出资人代表，共同对南水北调东线工程有限责任公司参股。第二步对应于南水北调东线二期工程，可对南水北调东线工程有限责任公司进行扩股，中央资本金与山东省、河北省和天津市的资本金进行重组，成立由上述有关流域机构控股和山东省、河北省、天津市参股，共同出资组建新的南水北调东线工程有限责任公司。