南水北调东线工程是我国水资源合理配置的重要工程措施，而水价调控是水资源管理最有效的经济手段之一。南水北调工程运营的核心问题就是水价。按照《南水北调总体规划》要求，南水北调将通过制定合理水价，建立成本回收机制，实施准市场化运作，其中城市供水水价按成本加合理利润、税金的方式制定；农业供水只计成本，不考虑税金和利润。南水北调总体规划将南水北调工程定位为“准市场”运作，即需要在政府调控与市场需求之间寻找一个平衡点来制定工程水价。东线工程供水将采用两部制水价，在分析各类用水户承受能力的前提下，制定合理的供水价格，以保证工程的良性运行。
（第一节）“准市场”运营
20世纪80年代，英国牛津大学沃尔伏德教授（Walford）在教育改革的中心议题——择校问题分析过程中，从理论层面上将这种改革总结为“准市场机制”的运作，指出“准市场”机制是政府机制与市场间自由运作的“中间道路”。水资源方面，面对传统的指令配置模式所带来的“失效”问题，“准市场”机制是以纠正政府失灵和市场失灵为目的，给相关利益主体提供一种激励或约束的机制，是面向水资源可持续发展，用于调节人与人之间的利益关系的一种水权交易的社会机制。从政治经济学的角度来看，“准市场”分配水资源的思路是：将流域水划分为生态水、基本用水和多样化用水三部分，其中部分多样化用水进入市场交易；“准市场”的实施主要是由“政治民主协商制度”和“利益补偿机制”等辅助机制来保障，协调各利益主体，兼顾水资源使用和配置的效率、公平目标。
对于关系国计民生的水资源问题，水权交易“准市场”运作更符合我国国情，而作为国家重大的水资源配置工程——南水北调工程，建立“准市场”的运营管理机制是可行的，也是必须的。南水北调总体规划将南水北调工程定位为“准市场”的配置机制，认为南水北调属于跨流域配置水资源的供水工程，其建设与管理体制，既不能沿用计划经济体制下的“指令分配”，也不能采用完全市场化的“市场配置”，即在行政与市场之间找到一条通道来协调管理与配置水资源，这就是“准市场”机制。“准市场”运作，一方面，工程不能将水完全作为商品，政府在资源配置中要进行宏观调控，工程必须达到调水的建设目标，实现资源优化配置，不能完全按照市场调节来运行，追求利润最大化；177另一方面，工程要良性运行，建设管理体制要适应市场机制。为保证南水北调工程建成后的良性运行，需建立“还贷、保本、微利”的水价形成机制，实施两部制水价制度。
南水北调工程是一个系统工程，工程的建设管理与运行管理是一个连续的经济过程。要用新思路、新机制、新方法，按照市场经济规律来建设和运行。应按照现代企业制度的基本要求，根据工程的具体特性和“准市场”的要求，实行企业化管理和公司运作，逐步培育水市场，完善水法规，并为工程建成后的良性运行打好基础。“准市场”的运行管理模式、项目法人组建和管理机制的南水北调新体制必将推动福利水走向市场水，形成科学的水权、水价等水市场体系，有助于强化全民节水的观念，促进经济结构的调整，推动工业节水、农业节水、生活节水。
（第二节）供水成本测算
南水北调工程水价与其他商品的价格构成相同，包括成本、税金和利润三部分。成本包括工程运行维护必需的费用和贷款利息；税金是按国家规定应缴纳的有关税金；利润按资本金利润率1%计算。水价是南水北调运营的核心内容，南水北调工程能否良性运行的关键就在于制定合理的水价，而合理制定水价的关键就是进行成本测算。
一、水价形成机制
水是人们生产和生活的必需品，水价直接关系到经济发展、人民生活和社会稳定。南水北调工程的水价制定既要以现有法规和政策为基础，又要根据市场经济客观规律、国家改革的总体方向和要求，探索建立符合市场经济要求和南水北调供水实际的水价形成机制。
（一）水利工程水价形成机制
水价形成机制的研究，并不是一个纯理论的问题，而是在宏观经济政策、水管理体制和水市场发育等多方面约束下的现实经济问题。根据水利工程供水对象的不同可以分为农业用水和非农业用水，同时为了体现水资源作为公共资源必须兼顾公平和效率的原则，农业和非农业水价的形成机制也存在差别。
1.农业水价的形成机制（1）农业水价制定的基本原则：根据国家发展和改革委员会与水利部制定的《水利工程供水价格管理办法》，农业用水价格按照补偿供水成本、费用的原则核定，不计利润和税金，其核心是“补偿成本和不计利税”。
“不计利润和税金”体现了国家对农业的扶持和农村水市场的特点。农业是弱质产业，农民是经济利益集团中的弱势群体，对农业灌溉水价实行低于成本的政策性水价，仍是我国今后相当长的一段时间内必须坚持的政策，这不仅是由水市场的本身特性所决定，也是由水利工程供水实行以市场供求为基础的政府管制价格的水价机制所决定的。
农业供水灌溉服务实行不以营利为目的的经营方针，不允许也不可能盈利。事实上由于农副产品剪刀差的存在，农民不仅种粮获利甚微甚至无利可图，棉花、油料等大宗经济作物种植种获利也不高，即使在经济发达地区种粮务农的积极性也不高，再不采取有效的保护措施，就可能威胁到粮食安全和社会稳定。发展农村经济，提高农民收入，扶持农业发展已成为我国经济社会发展的关键性问题，农业水价也应体现这一国策。
（2）农业水价的构成：根据农业水价制定的原则，农业水价由水资源水价和成本水价两部分构成。
水资源水价由水资源产权价值、劳动价值及其稀缺性价值三部分构成。这三者共同形成了以产权价值为核心，通过水资源劳动价值及稀缺性价值修正的水资源水价。
成本水价体现水利工程供水过程所耗费的全部物质资料和活劳动的价值。随着水资源开发利用程度的提高，边际成本水价将不断增加。成本水价按其经济用途可以分为两部分：①生产成本。生产成本包括直接材料费、水资源管理单位所属生产经营、服务部门的人员工资、职工福利费、固定资产折旧费、修理费等一切从事公共服务和开展生产经营过程中消耗的直接和间接费用。②期间费用。期间费用包括销售费用、管理费用、财务费用。
2.非农业水价的形成机制（1）非农业水价制定的基本原则：按照经济规律，尊重市场规则，尽快建立起有利于供水事业发展，促进节约用水和污染防治的水价形成机制，这是水价改革的趋势和方向。与农业用水相比，水利工程供工业和城市生活用水，因其效益显着且用水户承受能力较强，可以按照市场经济规律和供水业发展要求达到商品水定价水平，从而改善水利供水行业经营状况，提高供水业的管理水平。
所以非农业水价制定应遵循补偿成本、合理收益的原则，并按照国家税收政策计入税金。
（2）非农业水价的构成：非农业水价由水资源水价、成本水价、环境水价、利润和税金等构成。
非农业水价=水资源水价+成本水价+环境水价+利润和税金环境水价是指由于水资源的开发、使用而对水生态环境造成破坏或产生不利影响而必须支付的代价，也可以理解为污水处理费。由于生态环境治理和恢复的费用影响因素复杂，计算难度很大。
利润和税金是水资源商品化、市场化的必然产物。供水单位和其他的商品生产单位一样也有追求生产经营利润的权利和动机，这也是水利供水产业持续、健康发展的源泉所在。水利供水是产业，其产品是商品，商品水的制造和供水服务是生产经营活动，就必须按照国家规定缴纳税金，这也是水利供水业规范发展的内在要求。
（二）东线工程水价形成机制的基本原则
市场经济体制下的水价形成机制应符合价值规律的要求，有利于水资源的合理开发和使用，促进节水，提高水的使用效率；有利于防治水污染和改善生态系统；有利于实现水资源的优化配置，促进水资源的可持续利用，支撑经济与社会的可持续发展。
南水北调东线工程是解决我国北方地区水资源短缺、保证我国经济社会可持续发展的战略举措，水价制定既要以现有法规和政策为基础，又要根据市场经济客观规律、国家改革的总体方向和要求，探索建立符合市场经济要求和南水北调供水实际的水价形成机制。为了发挥工程的最大效益，南水北调工程水价制定要遵循下面主要原则：
1.以提高水资源的利用效率为核心最终用户水价应该反映用水的全部机会成本，包括资源价值、水处理成本和产权受益、环境价值三个部分，不仅要满足供水单位良性运行的要求，还要反映水资源的稀缺性和环境价值。
2.水价制定必须考虑用水户的承受能力水价不能超过用水户的承受能力，水是人们生活基本必需179品，在制定水价时要考虑低收入群体的基本生活需要和承受能力，保障基本生活用水。
3.同质同价，不同行业不同价为了协调当地水源和南水北调工程的调水，对同一水质实行统一水价；由于不同行业的承受能力不同，对于同一地区不同行业实行不同价格。
4.要保证工程的良性运行为了保证工程的良性运行，水价要做到补偿成本费用、偿还贷款本息、资本金合理收益、用水户公平负担。
5.实行两部制水价为了弥补工程的固定资产成本，减少运行风险，保证南水北调工程运行时还本付息的要求，要推行两部制水价，实行容量水价和计量水价相结合的水价机制，同时实行定额用水、超额累进加价。
6.建立调价机制南水北调工程运行期长，必须建立调价机制，根据市场的供求关系变化和供水成本的变化情况，适时调整水价。
7.用水户参与
水价的制定和调整要增加透明度，接受社会监督。
二、水利工程水价测算的全成本核算
我们通常所讲的水价是最终用户水价，包括三个部分：一是资源水价，即水资源费或水权费；二是工程水价，即生产成本和产权收益；三是环境水价，即污水处理费。水价的高低将对用水户产生很大的影响，所以有必要对水利工程水价核算体系进行分析。
根据《水利建设项目经济评价规范》（SL72-94）和《水利工程供水价格管理办法》（国家发展和改革委员会、水利部第4号令）等相关文件和规定，采用全成本核算对工程水价进行核算，具体核算方法如下：
1.水资源费目前国家尚未制定统一标准，南水北调工程水价测算暂未计水资源费。
2.固定资产折旧费采用直线折旧法计算。折旧年限按照《水利建设项目经济评价规范》（SL72-94）对水利工程固定资产分类折旧年限的规定，折旧年限采用土建50年、机电设备25年、金属结构30年、输变电及其他设施20年。
计算中采用综合折旧率测算，测算的基础为固定资产额。综合折旧率为各类固定资产的折旧率加权平均而得，泵站为2.6%，河道为2.0%，供电、通信设施和水情水质监测系统为5.0%。
3.工程维护费包括一般维修费和大修理费，根据《水利建设项目经济评价规范》（SL72-94）的规定，按固定资产额乘以维护费率测算。取费标准参照《水利建设项目经济评价规范》（SL72-94）和水利部水财[1995]281号文《关于试行财务基准收益率和年运行费率标准的通知》确定。
泵站的一般维修费为1.0%，大修理费取1.5%，合计固定资产维护费率为2.5%。
现有河道工程的维护费根据《水利工程管理单位定岗标准（试点）》和《水利工程维修养护定额标准（试点）》测算分析，按平均6.0万元/千米考虑。
4.管理人员工资福利费管理人员工资福利费按定编人员测算，根据现有工程管理单位实际情况，管理人员人均年工资标准为10000元，福利费为工资的14%，劳动保护统筹取工资的17%，住房基金取工资的10%。
5.工程管理费工程管理费按管理人员工资福利费的1.5倍考虑。
6.年利息支出依照本工程筹资条件考虑。贷款采用等额还本，贷款利息累计到建设期末开始按年等额支付，计算公式为：
目前，对于南水北调东线工程，苏、鲁两省境内实际执行的电价为0.50元／千瓦时，所以计算中采用电价0.50元／千瓦时。
8.其他费用其他费用是指上述费用以外，现阶段无法预计的费用。根据南水北调东线工程的具体情况，按不包括固定资产折旧费、贷款年利息支出和抽水电费的上述各项费用之和的5%考虑。
三、东线一期工程干线供水成本测算
南水北调东线工程是在原江苏省江水北调工程基础上的扩建和延伸，沿线利用了大量的已有河道、泵站、湖泊等老资产，同时对部分河道和泵站进行了改扩建等。新增资产和存量资产并存是南水北调工程一个显着的特征，所以南水北调东线工程水价测算的固定资产包括新增工程和现有工程固定资产。181（一）固定资产
1.新增工程
新增工程是南水北调东线一期工程新建（扩建）的工程，主要由输水河道工程、泵站工程、穿黄工程、蓄水工程、调度运行系统和其他专项费用等六部分组成。由于新增工程的成本是由于增加供水产生的，所以应全部计入南水北调东线第一期工程的成本。其中，南水北调东线第一期工程规划抬高洪泽湖水位客观上对安徽省周边地区带来影响，需要安排影响处理工程，这部分工程投资不宜由安徽省承担，同时因不在江苏境内，也不应该由江苏承担，所以在计算时考虑将该部分投资不纳入供水成本计算。
2.现有工程
南水北调东线工程是在江苏省江水北调工程基础上向北扩建和延伸的，沿线利用了大量已有河道、泵站、湖泊等，这些工程一般都具有调水、除涝、航运等综合利用功能，南水北调东线第一期工程只承担其中应分摊的部分。
第一层次分摊：现有泵站主要有调水、除涝、航运等综合功能，调水分摊系数采用调水抽水量占各目标抽水量总和的比，并考虑其他因素确定。例如江都站规划调水量为70.14亿立方米，1989年到1998年平均年排涝抽水量为9.72亿立方米，计算分摊系数为87.83%，考虑到江都站还有为航运补水的功能，采用分摊系数为85%。现有河道工程一般有调水、防洪除涝、航运等功能，采用功能分析法计算分摊系数，调水分摊系数为1/3。