穆罕默德·阿里王朝以独立的姿态出现在埃及，这是英法列强和国内曼姆鲁克武装所不能容忍的事实。于是英国首先勾结土耳其苏丹塞里姆三世，以宗主君王的名义压迫阿里就范。
1806年，英国政府向塞里姆三世建议：废黜阿里，恢复埃及省督地位；把埃及大权移交给埃勒菲，埃勒菲保证对土耳其苏丹称臣，每年纳贡1500袋钱。塞里姆三世对阿里事实上的独立正感忧愁，所以满口答应英国政府的建议，他也希望借英国力量和埃及曼姆鲁克武装把阿里挤掉。6月中旬，塞里姆三世下命令调阿里去萨洛尼卡任省督，一面火速派遣载有三千兵力的舰队开赴埃及。
为了配合行动，埃勒菲在英国政府支使下，也率领六百骑兵和六千贝都因武装人员，从上埃及北上，作内部接应。
7月1日，土耳其军抵达亚历山大时，埃及的内外形势严峻起来。阿里一面假意回复塞里姆三世，表示愿去萨洛尼卡就任省督，另一方面他和奥马尔·麦克莱姆等长老们进行紧急策划。阿里抓住埃及贵族长老们惧怕土耳其军队，并且仇恨曼姆鲁克武装的心理，在紧急会议上慷慨激昂地说：“凭着我对埃及命运的责任和效力于各位贵族长老们的忠诚，我一定留下来与诸位共患难。我有两个办法，可以使塞里姆三世的决心动摇，让英国人的希望落空。”
奥马尔·麦克莱姆等一群贵族长老们一听，顿时转忧为喜，请求阿里和盘托出好主意。
阿里清了清嗓门说：“请奥马尔·麦克莱姆长老尽量联络埃及各界人士，联名上书土耳其伊斯坦布尔朝廷，赞扬我阿里在埃及的功绩和人民对我的拥戴。同时在上书中大讲特讲土耳其军和曼姆鲁克武装的暴行……”
奥马尔·麦克莱姆当即表示道：“放心，我们回头就抓紧力、好了。第二个办法呢？”
阿里诡秘地说：“花钱。”
阿里立即派了一名心腹，携带二千袋钱秘密前往伊斯坦布尔，将大部分钱私下送给塞里姆三世，并表示阿里今后仍将为苏丹“效劳”。同时，又让心腹把小部分钱行贿给苏丹手下的几位决定政策的重臣们。在国内，阿里还派人给在上埃及的巴尔底西送去了一些钱，希望和巴尔底西“重新恢复往日的友谊”……巴尔底西果然见钱眼开，不再配合埃勒菲向开罗进军的行动了，而是乘埃勒菲上埃及的后方空虚，拼命扩充自己的地盘。埃勒菲见状大怒，兴兵向巴尔底西问罪，一场曼姆鲁克武装间的互相争斗又没完没了地开始了。
塞里姆三世看到曼姆鲁克武装四分五裂，看到埃及各界名流的联名上书，还有大量的金钱在动摇他的信心，几位重臣不断地替阿里吹温和的风，于是改变了主意，同意阿里留在埃及，撤回了土耳其军队。至此，英国政府挑唆干涉埃及事务的阴谋暂告失败，新生的阿里王朝又度过了一次难关。
拿破仑在欧洲炫耀武力，在对英国、普鲁士、奥地利和俄国的战争中连连取胜，土耳其苏丹塞里姆三世公开倒向法国，向英、俄宣战。英国唯恐法国占领埃及，于是先下手为强，于1807年声月派六千英军在弗雷泽将军率领下攻占亚历山大。此时，埃勒菲和巴尔底西已经相继死去，英军无法得到曼姆鲁克武装的声援，在进攻赖希德中损失惨重，弗雷泽手下的大将沃科普被击毙，英军死伤五百余人，被俘近二百人。
19世纪初的埃及经济十分落后，加之内外战争连续不断，农田荒芜，河渠淤塞，耕地面积只相当于1798年的三分之一。阿里意识到，埃及落后的局面不改变，就无法抵抗外来入侵，无法从根本上改变埃及受欺凌的地位。所以，他决心富国强兵。
阿里在埃及是依靠部分长老和商业贵族起家的，他最初代表这些人的利益执政，在决定重大问题特别是国库收入的赋税问题时，必须同长老等宗教人士协商，而长老们大多是封建地主，他们主要靠掌管宗教田产、承包土地税，靠剥削农民生活。奥马尔·麦克莱姆就是长老们的政治代表，他的地位和影响在埃及已经和阿里不相上下，而且他掌管内政大权，亲自过问一切事务，全国四分之三的土地都归属在长老和曼姆鲁克地主的名下，农民创造的财富大多被他们攫取，政府仅仅只有极少部分。富国强兵的宏伟计划是要增加政府收入，阿里的抱负立即和长老、曼姆鲁克地主们的利益发生了冲突，阿里决心向长老权贵们挑战。
1809年6月，阿里规定：所有宗教地产不再享有免税权，必须向政府缴纳“米里”（国税），长老们必须在40天内将其掌管的宗教地产证件交政府查验，违者将取消其地产掌管权。许多长老因没有合法证件，私占的土地被政府收回。
阿里从埃及长老和曼姆鲁克地主手里将夺到的大批土地收归政府，再把土地按王室领地、边缘地、村长地、酋长地和乌西叶地的形式进行了再分配。而王室领地就占了全国耕地的四分之一，阿里表面维护的是名义上的土地国有，实际上是他个人占有土地。
由于阿里用铁的手腕扫除了埃及长老和曼姆鲁克政治势力，他在埃及推行富国强兵的改革障碍清除了。接下来，阿里首先发展农业经济作物，特别是根据埃及气候种植棉花，大批出口。同时，从国外引进良种、水果、蔬菜和树木，发展水利设施。到1838年，埃及的农业条件大大改善，全国已有水车五万多台。
随后，阿里开始在埃及创办第一批近代机器工业，大力培养本国技师，派留学生出国。他对留学生许下诺言：“谁首先学成，政府给他们高薪，提拔他们当工长。”阿里还把发展军事工业放在首位，1820年建立了开罗城堡兵工厂，单枪支车间每月就能生产法国式步枪六七百支。1829年，又建造亚历山大造船厂，大力建造军舰。当时，埃及造的军舰，有的甚至能与法国军舰媲美。
在对外贸易、国家政治体制，军事装备上，阿里均全面推行改革。在他刚取得埃及政权时，他只有一万左右装备简陋、缺乏训练的杂牌军。到了1839年，埃及已经拥有23万名陆军，16万名海军，拥有战舰32艘，成为地中海东部最强大的海军国家。
阿里除了想摆脱土耳其苏丹的控制外，还企图建立一个庞大的阿拉伯帝国。有一次，他接到土耳其苏丹的一份诏谕，看后十分激动地说：“我作为一个不知名的冒险家来到埃及。我一步步地向前迈进，如今，我在这里已经站稳脚根，不错，我已经站稳脚根。”接着他狠狠地敲打着这份诏谕说：“我从来就没有什么主人！”