欧盟在科索沃的授权同样是由安理会第1244号决议直接给予的。决议的第17条强调了欧盟的工作任务，即参与致力于经济发展和地区稳定的全面战略的实施。在联合国科索沃临时行政当局特派团的结构框架内，欧盟被授权领导支柱IV，负责重建工作和国际社会的经济援助措施。在联合国科索沃临时行政当局特派团的结构框架内，欧盟支柱主管经济发展和建立现代化市场经济领域的工作，负责协调欧盟在科索沃的活动。具体任务包括管理和支持政府机构中的重建、贸易和工业部门，公共物资部门和财政部门；为科索沃建立一个税收体系；发展商业领域的法律框架；创造发展银行业的前提条件。2005年初，有约150名欧盟国际公职人员在支柱IV工作。
1999年6月科索沃战争一结束，欧盟就组建了一个欧盟委员会特遣部队（欧盟委员会驻科索沃特遣部队）（European Commission Task Force for Kosovo，即ECTAFKO），参与科索沃的重建工作。这个特遣部队接受了管理12700万欧元紧急救援项目资金的任务。此外，在战争结束初期，欧盟还通过欧盟人道主义援助办公室（ECHO）和欧盟重建办事处（European Agency for Reconstruction，即EAR）投入到科索沃的重建工作中去。负责在战后和灾后提供首批人道主义援助和紧急救援的欧盟人道主义援助办公室在2001年进一步减少了在科索沃的行动。欧盟重建办事处是欧盟委员会2000年成立的一个独立办事处，负责管理欧盟在塞尔维亚和黑山（主要包括科索沃）以及马其顿的重要援助计划。
1999年战争结束后到2003年底，欧盟为科索沃提供了16亿欧元的经济援助，其中大部分资金来源于欧盟重建办事处和欧盟人道主义援助办公室。1999年和2000年，欧盟人道主义援助办公室为遭受科索沃战争的地区（科索沃、阿尔巴尼亚和黑山）提供了大约为37800万欧元的具体援助。其中11170万欧元直接用于科索沃。在接下来的几年当中，资金数逐渐减少（例如2001年为1250万欧元）。关于欧盟重建办事处自1999年6月战争结束对科索沃的援助情况（分部门描述）。支持的重点主要是能源领域、房产部门和对企业的促进措施。2001年起，欧盟的经济援助总量逐步减少。
2003年12月29日，欧盟又为支持联合国科索沃临时行政当局特派团、科索沃政府及各部委和科索沃新标准的执行提供了1600万欧元的资金。这样，重建、发展和稳定援助计划（Community Assistence for Reconstruction Development and Stabilisation，即CARDS）2003年为科索沃的机构建设和经济发展所提供的资金超过了6700万欧元。欧盟在重建、发展和稳定援助计划框架内的经济援助每年核算一次，2004年的经济援助最终（2004年4月2日）定为5150万欧元。2004年的援助重点在促进机构建设、加强“善政”和推动经济发展。
除了第1244号决议所规定的战争结束初期的工作，欧盟的首要任务还包括将科索沃领入欧洲大家庭。2002年11月，欧盟在其为西巴尔干国家（克罗地亚、波斯尼亚—黑塞哥维那、塞尔维亚和黑山、马其顿和阿尔巴尼亚）向欧盟靠拢而制定的稳定和联合进程（SAP）框架内为普里什蒂纳和布鲁塞尔建立了一个特别的对话机制，即所谓的稳定和联合进程跟踪机制（STM）。迄今在该机制框架内已进行了6轮会谈，最后一次是于2005年2月16日在普里什蒂纳进行的。
2004年3月发生暴力事件以后，欧盟采取了一系列的步骤，加强欧盟在科索沃的作用。例如，欧盟委员会在2004年稳定和联合进程的进度报告中首次将科索沃列为塞尔维亚部分的独立的一章。在普里什蒂纳开设这个办公室表明欧盟委员会发出明确的信号，要加强稳定和联合跟踪机制以及促进科索沃向欧盟靠拢的其他工具。