根据现有的估计
关于1998年和1999年科索沃危机期间被驱逐者和难民的最可靠的数字来源于联合国难民事务高级专员公署（UNHCR）。至1997年底，有超过40万科索沃阿尔巴尼亚族人在南斯拉夫联盟共和国之外申请政治避难。1998年，随着科索沃解放军的出现，科索沃—阿尔巴尼亚族人奋起反抗塞尔维亚族军队，激烈的武装冲突又使16万科索沃—阿尔巴尼亚族人被迫离开家园。1998年和1999年战争期间，有大约235000难民在科索沃解放军控制区寻求保护，以免遭塞尔维亚族军团的袭击。同时有近2万塞尔维亚族人离开科索沃。
北约开始干预以后，科索沃的人道主义灾难迅速加剧。1999年6月中旬，北约结束轰炸，北约军队进入科索沃，据联合国难民事务高级专员公署统计，当时有超过85万的阿尔巴尼亚族科索沃人居住在科索沃境外。他们在1999年6月战争结束后的短短几周内又重新回到科索沃。在北约结束空战的最初几周和头几个月里，科索沃维和部队和联合国科索沃临时行政当局特派团无力阻止对非阿尔巴尼亚族居民的“反向驱逐”。据联合国难民事务高级专员公署估计，有20万以上的非阿尔巴尼亚族人（其中有17万以上塞尔维亚族人，28000罗姆族人、阿希卡利人及埃及裔人和8000多波什尼亚克人）在战争期间和战后初期被驱逐或者因害怕科索沃—阿尔巴尼亚族人的报复而逃离科索沃。
在1998年和1999年科索沃武装冲突期间，许多人报告称他们的亲属失踪。1999年6月北约军队进入科索沃以后，又有很多人失踪，这些主要是科索沃—塞尔维亚族人和其他少数族裔。战争结束后不久就在联合国科索沃行政管理的框架内成立了人员和法庭使团办公室（OMPF），这一机构直至今天还在处理失踪人口的问题。据人员和法庭使团办公室提供的数据，截至2004年，科索沃有5556人被报告失踪，其中3440人至今下落不明，其余2116人的情况已经得到证实。
在1998年和1999年科索沃战争期间，大量清真寺遭到毁坏和破坏，图书馆、博物馆以及科索沃—阿尔巴尼亚族人的其他文化设施也同样遭厄运。科索沃有1/3左右的（约200个）清真寺被塞尔维亚族警察、民兵和志愿军军队毁坏或者严重破坏。
在战争结束、北约军队进入科索沃以后，特别是在塞尔维亚族军队撤离和北约军队进驻之间的这段军事权力真空的时间里，科索沃出现了针对塞尔维亚族人、阿希卡利人和罗姆族人的暴力事件，出现了驱逐事件。科索沃—阿尔巴尼亚族极端势力不仅袭击塞尔维亚族居民，而且也破坏大量的塞尔维亚族文物，首先是塞尔维亚—东正教教堂和修道院。塞尔维亚—东正教会称，在塞尔维亚族警力和军事力量撤离的第一时间里，科索沃共有372座教堂、修道院和塞尔维亚族人的宗教圣物及文物遭到破坏，其中的67座被完全毁坏，其余遭到了不同程度的损坏。