最早的关于门神的传说，是汉代应劭《门神篇》中的神荼和樊垒。故事是这样的：在远古黄帝时代，曾有兄弟二人在一座名叫度朔山的山上的一棵桃树下，捉住了一群恶鬼。这两兄弟知道这些恶鬼作恶多端，为祸人间多年，当即就用草绳捆绑起来，拿去喂老虎，这群恶鬼就这样被这两兄弟给消灭了。这两兄弟的名字叫神荼和樊垒。到后来，这件事情被黄帝知道了，于是，他便叫画匠把这两兄弟的相貌画在桃木做成的板子上，用以镇魔避邪，驱除妖鬼。
由于黄帝的倡导，在民间，每到年末岁初，都会用桃木画神荼和樊垒两位神人的图像挂在家门前。后来，也有用桃木雕成神像悬于门上的，但是雕刻桃人太麻烦了，于是就逐渐简化只用桃木板一左一右钉在门口，上面画的二神图像也渐渐由画图像到只写二人名子，到最后干脆就画些符咒，这便成为后世桃符的由来，也就是楹联（对联）的源来。
在汉代，出了另外一位门神，这是一位勇士，名叫成庆。成庆身穿短衣，手握长剑，汉代的人们经常把他画在自家的门上，用来避邪驱鬼。关于成庆的身世，说法不一，有人说他是荆轲的同乡，也有说就是荆轲的。因为他是战国时候孔武有力的杰出人士，汉人也就用他来作门神，也有保卫家户的意思。
门神到了唐朝，门神还是两个，但是完全换了两个人，他们是秦琼和尉迟恭。这两个人是唐代最著名的武将，帮助李世民打下了李唐江山，成为唐朝开国元勋，后来又成为人间的门神。他们二人成为门神，还有一段饶有兴趣的故事。
话说李世民为了创立自己的江山，杀人无数，甚至还杀害了自己的兄长。因为这事，李世民倍受良心折磨，自从他即位后，身体一直不适，宫中常常发生一些奇异的事，夜梦中也常有恶鬼纠缠，没有一天安宁的日子。唐太宗十分畏惧，便下令派当时立下赫赫战功的大将秦琼和尉迟恭，在晚上戎装守卫宫门两旁，没想到这招很凑效，夜晚睡着之后果然相安无事。太宗大喜过望，重重嘉奖二人。但是他们两人夜夜守卫，相当劳累，渐渐的有些支持不下了。唐太宗于是命画匠绘下两人披青执鞭、怒目发威的图像，挂在宫门口的两侧。从此以后，邪恶全无，后代沿袭了下来，也就成为今天门神的一说。
也有的说唐太宗派秦琼和尉迟恭守宫门，不是因为他杀人太多而派他们为门神，而是为了防范径河龙王派来的众小鬼的骚扰。故事是这样的：径河龙王和一个算卜先生打赌。这个算命先生本是天上的神仙，龙王本来赢不过他。但是龙王为了赢，结果触犯了天条。玉帝问罪下来，径河龙王罪该当斩，并且亲自任命魏征为执刑的监斩官。径河龙王非常着急，他知道魏征面前不好说话，但是为了活命，只好向唐太宗求情，并答应以后确保风调雨顺。太宗见径河龙王有心悔悟，当时就答应下来了。到了行刑的那个时辰，唐太宗便宣召魏征一起对奕。唐太宗的棋艺不如魏征，太宗每下一着棋都要想很久很久。而魏征呢，思维敏捷，能在很短的时门神—神荼间内把以后的几步棋都想好。这次，太宗又举棋不定，想了好长一段时间也没有确定下来，而且把径河龙王的托付也给忘了。魏征见太宗犹豫不决，于是趁这会儿打了一个盹，他的魂灵随即升到了天上，在规定的时辰将径河龙王给斩了。径河龙王被斩之后，阴魂不散，他抱怨太宗言而无信，日日夜夜在皇宫外呼号讨命，扰得太宗一刻也不得安宁。于是，唐太宗召集众位文臣武将一起商议。众文臣议论纷纷，拿不定主意。这时站在一旁的大将秦叔宝奏道：愚臣愿与尉迟敬德戎装立门外，严守宫门不使任何蛇鬼牛神进来骚扰皇上。太宗应允。
现今，贴在门上的门神，执鞭、黑脸的是尉迟恭，执锏、白脸的是秦琼。
在唐代，还有认落第秀才钟馗做门神的。钟馗不但能捉鬼，而且每次都把捉来的鬼吃了。钟馗吃鬼的故事是这样的：终南山下有一个举子，家境十分贫寒。有一次，在赴京赶考完了之后的归途中搭船遇上暴雨，百无聊赖之下，与同船另外一位旅客一起饮酒解闷。钟馗无意中看到那旅客的怀里有一个小瓶子，于是就问这瓶里装的是什么东西。旅客告诉他，瓶子里装的是一个瘟神。因为这附近的百姓作恶，应遭天谴，我是奉天旨前来这个地方散灾的。并对他说，只要用一滴瘟水滴入水中，这个地方的百姓就都会染上不治之症而死亡。钟馗是个天性仁慈的文士，听了这人的话之后，顿起恻隐之心，出其不意地把那装着瘟神的瓶子夺到手里，一口就把它吃了下去。钟馗吃了瘟神之后，霎时就七孔冒血而死亡。钟馗死了之后，成了鬼神，还多次为唐太宗捉过，于是，钟馗也就成为门神的又一来源，被人们当成门神来伺奉。
宋朝的门神，最常用的是神荼樊垒与秦琼尉迟恭两种。但是，那些非常贫穷的人家买不起门神，但是他们也不能无视门神的存在，这样就会亵渎门神。他们为图简单，就在除夕晚上用一把扫帚和一根黑炭棒顶在两扇门的后边，用以代表黑脸和白脸两个门神。
元朝的时候，除了上面的门神外，还出了一个女门神穆桂英。到了清代，张天师也被用来充当门神，他的画像一般是：上为符录，下面是张天师持剑跨虎。因为虎是百兽之王，在神荼樊垒的门神故事当中，虎是吃众小鬼的，所以用虎为站神也就有镇鬼祛邪与招神消灾的意思在里面。
门神祭祀是古代五祀之一，一般是在秋天。在台湾，门神已成了门户守护神，并设有专门的庙宇，还有特定的祭日。一般而言，庙宇、宫廷的门才绘有门神像，一般民宅和房舍，都是抽象的，仅于门旁设置插香处，每天早晚祭祀神明及祖先时，都顺便祭拜门神。门神的崇拜，主要意义在拜谢门对家守护之功，感谢门神庇佑一家人平安和兴旺。