1948年6月，开封市第一次解放，吴芝圃特派部下到开封私立维新中学，找到正在该校任校长的周祖训表示慰问。1948年10月，周祖训在湖北蒲圻县羊楼洞任国民党教育部特设中原临时中学校长时，开封第二次解放，吴到开封任中原临时人民政府副主席兼开封市人民政府市长，周祖训的老同学李映藻任市财政局长。吴芝圃先后多次派人到羊楼洞中原临中找周祖训传口信，欢迎他回开封工作。特别是吴芝圃任河南省人民政府主席后，又派当时在开封市工作的周祖训的表哥刘钧，专程到羊楼洞给周祖训带口信说：“虚开封市教育局长职位待他。”当时的周祖训，由于身为国民党员、国民党的国大代表和河南省参议员，和国民党官员有着千丝万缕的联系，对共产党的政策不甚了解，对回解放区，顾虑重重，犹豫不决；但他没有随国民党继续南逃，而是团结广大师生同校内外反动势力作斗争，克服重重困难，原地未动。
1949年5月末，湖北全省解放，吴芝圃给周祖训发去电报，欢迎他率领3000名师生迁回开封，周祖训立即带领全体师生北上。后因开封不易找到校址，吴芝圃派省教育厅刘科长持他的亲笔信迎周祖训于漯河，即将中原临时中学设于郾城；暑假后改名为河南省立郾城中学，由许昌行署专员李庆伟兼任校长，周祖训任副校长主持工作。
有一天，老同学李映藻有意识地对周祖训说，吴芝圃告诉他，“周绍言（祖训的字）的历史这么复杂呀”。这大概是对没有兑现“虚市教育局长职务待他”承诺的含蓄解释吧。周祖训含笑听之，从未计较过，因为他明知自己的历史确属复杂。
周祖训与挚友吴芝圃阔别13年，彼此思念之情难以言表。周祖训在郾城安顿后，渴望早日见到吴，一倾多年的积愫。1949年7月1日，他乘火车到开封，下榻他曾任校长的私立维新中学。晚7时，应吴芝圃主席之邀，他到省人民政府就餐。饭后到吴主席家，长谈至深夜。当吴芝圃问到国统区对共产党的看法时，周祖训如实地说：“一般人认为共产党一心为人民，廉洁奉公，纪律严明，无贪污腐败现象。但也有人说，国民党在执政前也是比较廉洁的，但在掌权后，就逐渐腐败起来了，以至不堪收拾。共产党掌权后，是否也会蹈国民党的覆辙？”吴坚定地回答：“共产党掌握批评与自我批评的武器，绝不会有腐败现象发生。”继而吴芝圃谈到今后的办学方向：现在仍在推行新民主主义教育，即民族的、科学的教育，陶行知的教育主张仍是目前教育的组成部分。吴芝圃还特别关心周祖训的政治学习问题，希望他一定要学习好刚刚发表的毛主席的《论人民民主专政》，这篇文章可以帮助人们弄清楚一些糊涂认识和思想。除学习毛主席著作外，还要学习马列主义的经典著作。说着要把他常读的一套《资本论》送给周祖训。周祖训看到该书书面已变成暗黑色，书内顶批甚多。他不忍接纳朋友钟爱之物，便婉言谢绝了。临别时，吴芝圃派车送周祖训回私立维新中学安宿。周祖训躺在床上，兴奋不已，浮想联翩，深感“今是而昨非”，颇有“昨死今生”之感慨，遂决定把自己一直坚持写的“求己日记”改为“新生日记”，以纪念中国共产党诞生28周年和与老友吴芝圃的久别重逢。
同年8月，周祖训到开封参加全省教师暑假讲习会。吴芝圃主席连续多日对全体学员讲《社会发展史》，他以其丰富的中国历史知识，旁征博引各个社会发展的历史实例，讲得深入浅出，引人入胜，听者饶有兴致，赞许不已。其间，周祖训多次到省政府和吴芝圃作个人会晤，得到莫大鼓舞。
1950年初夏，吴芝圃主席到漯河视察，工作之余特到郾城中学看望周祖训等老友，并给学校批拨小麦若干担，以购置学生急需的桌凳和铺板。当日周祖训正在开封省教育厅开会，二人未能晤面，周祖训深感遗憾。
1951年2月3日，刘积学让部下寄函于周祖训，邀其加入民革组织。周祖训请示吴芝圃，吴复函曰：“民革组织在目前有其历史作用，愿参加时可以参加，不影响参加中国共产党。”
1952年暑假，周祖训在参加许昌地委召开的“三反思想改造学习会”期间，看到《河南日报》上发表开封女中教导主任梁某的一篇文章，大意为他在楚旺中学读书时，校长某工作负责，生活艰苦朴素，办学有成绩等，但对进步教师有迫害行为。文章虽未点校长其名，知情者一看便知道是指周祖训。周祖训立即写信给梁，指出如果他在楚旺中学任校长期间有错误甚至有罪行，可以公开向有关部门控告。梁无话可讲，避不作复。周祖训将梁文交给主持学习会的地委宣传部刘裕民科长，并申明当时他任楚旺中学校长时，吴芝圃主席在该校任教，一切情况吴都清楚。刘裕民在学习结束总结会上，公开指出：“周祖训敢于揭发自己的问题，经汇报给吴主席，查证梁文所指非实。”在大会上宣布，周祖训为学习会先进教育工作者，授予纪念册一本。
1957年周祖训被划为右派分子。1958年“审干”时，有人怀疑原中原临中3000名师生集体参加国民党“青年救国团”。莫须有的罪名“国民党潜伏特务”扣在周祖训的头上，周祖训被列入“肃反”对象。中共漯河市委领导同志为了慎重起见，及时派两位同志到省委找吴芝圃书记，汇报周祖训的情况并请示处理意见。吴芝圃当即给漯河市委写了一封言简意明的短信，大意是：周祖训是教育界名人，历史上曾为我党做过一些有益的工作，对他的问题，要宽大处理。此后，周祖训成为知识分子中的保护对象。
“文化大革命”开始不久，时任中共中央中南局书记处书记的吴芝圃也被划为“三反分子。”1967年10月19日，吴被“四人帮”迫害致死。噩耗传来，周祖训伤痛之至。1979年元月24日，中共中央在北京政协礼堂为吴芝圃等八位同志召开平反昭雪大会，吴芝圃的冤案大白于天下。周祖训闻讯颇感欣慰。
周祖训常对人们感慨地说：“我和吴芝圃的关系，决定了我大半生的命运。倘若不是吴芝圃帮助我脱离国民党投靠共产党，也许我要流亡到天涯海角，抱恨终生，哪能有今天光荣而幸福的生活呢？吴芝圃对我的再生之恩，我永世也不会忘怀的！”