从1933年暑假至1936年2月，不足三年时间，周祖训五易工作岗位：信阳女师教务主任兼教育心理学教员、内黄县楚旺中学校长、开封女师兼教育概论教员、南京国立中央大学教育研究所研究员、河南教育厅科员。如此走马灯似的更换工作岗位，使其梦寐以求的教育救国夙愿不能如愿以偿。特别是担任省教育厅科员之职，颇与他的教书育人的宏愿相悖。于是，周祖训萌生了参加国民政府考试院即将在南京举行的教育行政人员高等考试之意。
按当时规定，高等考试及第，经过实习后，即可以荐职任用，在工作中如无大错，就不能轻易撤职，素有“铁饭碗”之称。周祖训到南京应试，顺利录取，分配到河南省教育厅实习。1937年2月，实习期满，适逢河南省立信阳师范学校校长出缺，省教育厅决定任命周祖训为该校校长。此职务正合他教书育人的夙愿，便欣然受命。
信阳城倚贤山，傍浉河，青山绿水，酷似江南风光，周祖训一到信阳，就爱上了这个风景秀丽的地方。河南省立信阳师范学校当时在省内师范学校中，规模比较宏大。该校是由河南省立信阳师范学校和河南省立信阳女子师范学校合并而成的。合并后学校分为两院，女生部称为一院，男生部称为二院。男女生各六班，分院上课。该校男生部创立于1903年，师生有爱国和进步传统。1931年“九·一八”事变发生后，师生抗议国民党实行不抵抗政策。1935年“一二·九”运动发生后，信师以当地最高学府（当地民众称该校为大学堂）地位，带领中小学生群起响应。信阳师范师生的爱国主义活动，深遭校内外反动势力嫉恨。另一方面，由于学校部分师生的派系斗争，学潮时有发生。特别是1936年12月，男生部教导主任杨玄白和女生部教导主任王向宸，通过信阳“复兴社”组织，挟嫌诬告师生五六十人为共产党员。国民党信阳县政府据此逮捕进步教师陈希庐等60多人。大逮捕后，师生人人自危，学校陷入混乱状态，校长赵邦俊无法维持，自动辞职。赵邦俊的辞职，令杨玄白等人欣喜若狂，因为他们制造事端的真正目的是夺取学校领导权。
周祖训于1937年2月14日到校接任校长，好像给杨玄白之流兜头浇了一盆冷水，宣告了他们的篡权阴谋像肥皂泡一样破灭了。周祖训是省教育厅委派来的，他们既无可奈何，又不想善罢甘休，于是迁怒于周祖训。周祖训到校之初，他们使出又打又拉、软硬兼施的伎俩，对周祖训威胁利诱，企图左右周祖训，供其驱使。周祖训不亢不卑，或虚与委蛇，或严词拒绝。在欢迎周祖训的宴席上（与其说是欢迎宴，不如说是鸿门宴），杨玄白等人三杯酒下肚后，便使出“杀鸡给猴看”的拙招，居然旁敲侧击，指桑骂槐，说赵邦俊的下台，是他刚愎自用，不识抬举，不与他们合作而自讨苦吃，暗示周祖训莫做赵邦俊第二。周祖训耳闻目睹，深深感到在学校前途问题上大为棘手，但又暗下决心，一不做二不休，准备进行针锋相对的斗争。在几天后的新学期开学典礼上，周祖训痛陈大量师生遭到逮捕，全体师生不得安宁，严重影响教学的可悲情况，要求大家一定要以大局为重，加强团结，否则学校前途，即师生的前途，是不堪设想的。大多数师生为之动容。
周祖训在开学典礼上的讲话，旗帜鲜明，有理有力，深深打动了一部分有正义感的师生的心，有的悄悄地向他反映情况。学生陈灵台写了一份揭露“大逮捕事件”内幕的材料，偷偷送给周校长。周祖训通过调查，初步了解了当时震动全省的“大逮捕事件”的大概情况，杨玄白、王向宸是幕后、幕前的策划者和组织者。周祖训为了把学校办好，断然辞退了杨、王的教导主任职务，并聘任为人正派，学识水平和组织能力都比较强的赵兼舒、郭作仁为正、副教导主任。这一正确举措，得到大多数师生的支持和拥护，但遭到杨、王等人的坚决反对和抵制，他们恼羞成怒，进行疯狂反扑。一夜之间，校院里刷了不少“打倒周祖训”、“赶走赵兼舒、郭作仁”的标语，接着又接二连三地散发诬蔑周祖训的传单，谎称周祖训是“人民阵线”分子（人民阵线是当时西班牙共产党的名称），大有“黑云压城城欲摧”之势。
一波未平，一波又起。3月，信阳“复兴社”串通信阳县政府又要大捕信阳师范学校学生，这显然是为杨玄白之流张目。周祖训愤然到信阳县政府找到县长谢水安，慷慨陈词：去年12月学校师生遭到逮捕元气未复，现在如再大量捕人，学校将不成其为学校，还怎么办下去？！但他们置若罔闻，硬把陈士龙、袁升堂和陈永福等5个学生抓到了县政府。周祖训怒不可遏，不顾个人安危，只身赶到县政府，去看望和安慰被抓学生。被抓学生见到周校长，泪流满面，冤枉地说：“杨玄白等人为了结党营私，扩大势力，强迫我们参加他们的复兴社，我们不愿参加，就给我们扣上共产党的帽子。”周祖训安慰学生说：“不要害怕，我会想办法营救你们的。我本是国民党员，可是也被他们扣上‘人民阵线’分子的帽子。这没有什么了不起。”周祖训软硬不吃的大无畏气概，弄得对手无计可施，最后竟以死相威胁。有个帮闲者登门对周祖训说：“他们（指杨玄白）上头有人，与他们斗没好结果。某某在这里任校长时，人头被从校院外扔进来。”周祖训识破了来者的阴谋，理直气壮地说：“我不怕！扔进来再给他们扔出去。我与他们前世无冤，今世无仇，只是为了民族的教育事业。”后来，周祖训去省城开封教育厅述职，杨玄白等人趁机煽动少数不明真相的男生，围攻正副教导主任赵兼舒、郭作仁，高呼“打倒赵兼舒、郭作仁”等口号。赵、郭二人被逼到女生部躲了起来，并连夜向省教育厅发去电报。
当时的省教育厅厅长鲁荡平将电报递给周祖训，说：“赶走赵兼舒等人是现象，实质恐怕是对你。你害怕不害怕，敢不敢回去？”周祖训不假思索地说：“我不怕，敢回去！我早决心献身于教育事业了。只要省厅支持我，我本人站得正，行得公，无私无畏，就能把学校办好。”周祖训当即返校，鲁荡平派秘书刘谷侯到信师协助周祖训，风潮很快平息。但是此后仍不断有人制造混乱，校内常发现有辱骂和诽谤周祖训的匿名标语和传单，也发现有署名共产党散发的“打倒蒋介石”和“推翻国民政府”的标语。其实当时学校并无共产党的地下组织。那些反蒋标语，显然是别有用心的人要制造混乱，嫁祸于人。
周祖训有胆有识，毫不畏惧，针锋相对地进行斗争。为了查清底细，他以诚恳的态度，深入师生，调查摸底。经过一番深入细致的工作，终于搞清了两次捕人的来龙去脉：学校内外有少数人为扩张个人势力，结党营私，用利诱胁迫手段，强迫师生加入他们各自的派别组织，为其所用。若遇到有正义感、不愿与他们同流合污的师生，即诬蔑他们是共产党。周祖训根据所掌握的事实，申报省教育厅。省教育厅派员进行调查，查明两次被捕的师生都是无辜的。1937年5月，被捕师生全部获释，教师另行安排工作，学生回校入原班学习。省教育厅并令学校开除反动势力在学校的爪牙。当周祖训在全校师生大会上宣布这条鼓舞人心的消息时，会场上报以热烈的掌声。学校中的歪风邪气受到打击，正气得到伸张，广大师生扬眉吐气。