抗战8年，周祖训在内乡县师岗镇信阳师范学校将近7载。1945年2月寒假开始，当时的省教育厅三科科长出缺，厅长王公度（字海涵）邀周祖训到省教育厅任科长职务。周祖训因受祖父周余德的影响，自幼立下终身从教志，不愿做官，便婉言谢绝。这时，迁到淅川县荆紫关的河南大学校长张广舆（字仲鲁）又聘周祖训到该校任教育系副教授兼课外活动组主任。周祖训感到在河南大学任教，可将自己多年办学的经验加以整理，教学相长，等于离职进修，况且教导主任李永刚在校任职多年，能力卓越，很受全校师生爱戴，他离校后学校工作不致受到影响，遂决定向教育厅辞去信阳师范学校校长职务，并推荐李永刚继任校长。省教育厅很快批准了周祖训离校到河大任教，校长由李永刚代理。
寒假结束，河南大学开学，周祖训到河大任教，讲授教育系开设的学校行政课。上课不久，学校聘请全国著名学者冯友兰、冯景兰兄弟来校讲学。为听冯氏兄弟讲学，全校停课。1945年3月22日，学校得到日军向豫西南进犯的紧急消息。次日，学校命周祖训护送冯氏兄弟赴老河口转往重庆，同时，周祖训也要去内乡师岗镇接眷属到荆紫关随河南大学西迁。当日到达西坪镇，不料战局急剧变化，已不能去老河口，只得安排冯友兰先生赴西安再转重庆。周祖训25日回到师岗镇信师学校。
周祖训一进学校，便得知教育厅已通知信师迁徙西安，全体师生都在积极准备。师生们看到老校长周祖训回来了，无不高兴之至，但国难当头，心中沉甸甸的，都以沉重而亲切的面容欢迎他。很多同事向他倾吐肺腑之言：“你回来得正好，在学校迁徙中，增加了我们的勇气和力量！”代校长李永刚因儿子欧梵有病，校事家事集于一身，昼夜忙碌，体力不支，对周祖训突然回校更有说不出的高兴。耳闻目睹此情此景，周祖训原来准备接眷属回荆紫关随河南大学西迁的计划，也不忍再提，遂全心投身于迁校的准备工作中。
3月25日，日寇已窜抵南阳、镇平附近。周祖训及其他几位学校领导彻夜办公未眠，校中各处室均全体动员积极准备。学生的应变训练，已完全准备齐全；图书仪器均已装箱；教职员眷属行装亦收拾就绪。雇用的数十辆牛车陆续来到，分配后先后装车。近午，满载眷属和行装的数十辆牛车，先启程西行，并分别派师生负责照顾管理。3月26日夜11点钟，忙碌了一天的周祖训及其同仁正准备去睡觉，突然传来紧急消息，敌人已窜至内乡附近的杨集，学校当即决定立刻整队离开师岗。深夜12时，师生大队在代理校长李永刚的率领下，在时闻日寇大炮与飞机的轰炸声中，仓促出发赴淅川县。周祖训等人留校清理一些未竟事宜，翌日凌晨才启程。
在通往淅川去的公路上，车辆很多，一辆挨着一辆，谁也无法向前超越，谁也无法停留下来。因为车辆两边，逃难的人都挤得水泄不通。信师学生大队约250人，女生在前，男生殿后，每人背着大约10公斤的行李，成两列纵队在车隙人缝间穿行。大队于27日夜10时许，到达淅川县城，住进丹江中学。
当晚，在丹江中学的一间小房子里，代校长李永刚向周祖训倾吐心声，坚请周祖训回任校长之职，因为首先省教育厅并未明令公布李永刚任校长，在这非常时期，对外他没有名义去交涉，一切都受影响；其次他长子欧梵正患严重的伤寒病，一直处于危险状态，在师岗镇已失去次子亚梵，如今不愿再失去这惟一的男孩；几天来校事家事，责任的重担和四五夜未曾睡觉的疲惫，几乎要把他压垮了。素来“以学校为家，以学生为子”的周祖训，眼见朝夕相处9年之久的师生处在危难中，实不忍心独自轻松离去，决心与大家风雨同舟，共度时艰，他毅然决然地接受了李永刚的请求，重新挑起校长重担。这正是周祖训品质高尚之所在。因为他不仅早已离任，而且已到耄耋之年的祖父母正需要他这个惟一的亲人去照顾，他完全有理由推诿，不再担任危难之时的校长责任。
赶了一天一夜路程精疲力尽的师生们，刚和衣躺下，突然又被喊醒，因为李官桥失守，上集吃紧，淅川城已危急。周祖训决定大队立即出发，星夜渡过丹江，先到30里外的滔河待命。
滔河是丹江旁边的一个小集镇。赶到那里后，发现镇上已被逃难的人群所充塞，大半是军队、学校、公务员，仅有一小部分老百姓，显得非常嘈杂、紊乱、恐慌。很多学生因为没有钱，把背不动的行李，含泪贱卖了不少，情况凄惨，令人不忍目睹。
此时已逢阳春三月，桃花怒放，百草返青，四野充溢着朝气蓬勃的清新气息。然而人世间与自然界太不协调了，扼杀春天的日寇铁蹄到处践踏，滔河也不时遭到敌机空袭。29日周祖训在滔河召集全体教职员会议，研究西迁行动计划。从滔河西行到荆紫关，都是山路，牛车不能通行，又无其他交通工具，为使学生大队行动不受拖累，尽快逃离危险区，他决定携眷属的同仁暂留滔河休息，与学生大队分开西迁。周祖训已近八旬的祖父母和随侍祖父母的妻子（周祖训18岁的独生子周培基在南阳高中上学，也正随学校西迁），按规定也在留下之列。此时此刻，周祖训以保全师生为重，公私不能兼顾，心情矛盾，不觉大恸，引起全体同仁痛哭。留着长白胡子的周余德，拄着拐杖来到祖训面前，宽慰孙子说：“祖训，你不要惦记我，你放心带着师生先走吧，我会照料自己的。”在这生死离别关头，祖父的话对周祖训是莫大的鼓舞和安慰。周祖训以大局为重，强抑悲痛，又劝慰祖父和同仁一番，坚决执行分开西迁的决定。同时委托留在滔河的李永刚等人，对留下的家属妥为照护。
3月30日单身教职员和学生大队自滔河向荆紫关出发。周祖训走在大队最后，挥泪与暂留滔河的同仁及其眷属告别。沿途他始终在大队之尾殿后，不让一人落伍。幸平时师生训练有素，纪律很好。天气已暖，夜晚即露宿街头。在闻有匪乱地区，周祖训组织师生持枪防卫。不久前，荆紫关之战，日军伤亡惨重，此后敌人不敢沿公路进击，改从山区进逼。因此沿公路西迁的大队师生，一路上未与敌人遭遇，行进比较顺利。
4月13日，信师大队师生安全到达西安，借住在私立仁山中学。周祖训经过半月多日夜兼程的长途跋涉，面容明显消瘦，但仍神采奕奕。当时从河南迁到西安的学校较多，经济都十分困难。周祖训日夜奔波，偕同各校领导到处呼吁请求救济，并寻找临时住址。周祖训通过内黄同乡和学友王者香（字兰香，当时任陇海路普集车站站长）介绍，找到陕西武功县大庄镇做临时校址。4月25日，师生大队到达大庄镇。