前引《隋志》说：八十一篇由三部分组成，《河图》、《洛书》有十五篇是“自黄帝至周文王所受本文”，另有三十篇是“自初起至于孔子九圣之所增演”，《七经纬》三十六篇则皆“孔子所作”。这当然是东汉定本的篇目结构，但从东汉初年整理谶纬的情况和刘秀对待谶纬的态度看，这一篇目结构应当不是刘秀君臣的创造，而是在他们之前就大体形成了。
《后汉书》卷七九《儒林尹敏传》： 帝以敏博通经记，令校图谶，使蠲去崔发所为王莽著录次比。敏对曰：“谶书非圣人所作，其中多近鄙别字，颇类世俗之辞，恐疑误后生。”帝不纳。同书卷二八《桓谭传》： 是时帝方信谶，多以决定嫌疑。……谭复上疏曰：“……今诸巧慧小才伎数之人，增益《图》《书》，矫称《谶记》，以欺惑贪邪，诖误人主，焉可不抑远之哉！……”帝省奏，愈不悦。其后有诏会议灵台所处，帝谓谭曰：“吾欲以谶决之，何如？”谭默然良久，曰：“臣不读谶。”帝问其故，谭复极言谶之非经。帝大怒曰：“桓谭非圣无法，将下斩之！”谭叩头流血，良久乃得解。细细体味这两段记载似可看出，在刘秀亲自干预下，尹敏等人对谶纬所做的整理工作，主要是删去崔发加入的为王莽服务的那些篇章，而其余部分，包括被尹敏、桓谭指为近人增益和窜改的那些内容，都被保留下来。
桓谭《新论》曰：“谶出《河图》、《洛书》，但有兆朕而不可知，后人妄复加增依托，称是孔丘，误之甚也。”严可均：《全后汉文》卷一四引，中华书局影印本，1958年，第544页。胡应麟《四部正讹》说：“谶纬之说，盖起于河洛《图》、《书》。当西汉末……俗儒增益，舛讹日繁。”见《少室山房笔丛》卷一四，《文渊阁四库全书》，台湾商务印书馆影印本，886册，第313页。蒋清翊《纬学原流兴废考》以《河洛》开篇，并解释说：“《图》《书》实群纬先河，故首《河》《洛》。”见姜忠奎：《纬史论微》，黄曙辉、印晓峰点校，上海书店出版社，2005年，第399页。陈槃也指出：“谶书之始出，皆称《河图》《洛书》……谶纬之书，断推《河图》《洛书》为领袖。”见氏著：《战国秦汉间方士考论》，《历史语言研究所集刊》第17本，第54页。其意皆指谶纬的形成是先有《河图》、《洛书》，而后衍生出其他部分。笔者赞同这样的看法，并认为《河图》、《洛书》本文作为谶纬的核心篇目可能在刘向之前就已经存在了。刘向父子校书所见《图书秘记》十七篇中可能就有此类文献。及哀平之际，儒生方士们又在此基础上加以“增益”，伪造新的篇目，关于谶纬与方士的关系，参阅陈槃：《战国秦汉间方士考论》。便形成了《河图》、《洛书》本文若干篇、九圣之所增演若干篇、孔子所作《七经纬》若干篇的篇目结构，和多有“近鄙别字”、“世俗之辞”的粗陋面貌。
平帝元始四年，王莽下令：“征天下通一艺教授十一人以上，及有逸《礼》、古《书》、《毛诗》、《周官》、《尔雅》、天文、图谶、钟律、月令、兵法、《史篇》文字，通知其意者，皆诣公车。网罗天下异能之士，至者前后千数，皆令记说廷中，将令正乖缪，壹异说云。”《汉书》卷九九《王莽传上》，第4069页。这是一次规模空前的学术会议，大约按专业的不同又分成了若干分会。《汉书》卷二一《律历志》序记载“钟律”分会的情况说：“至元始中，王莽秉政，欲耀名誉，征天下通知钟律者百余人，使羲和刘歆等典领条奏，言之最详。”其主要内容都保留在《汉书·律历志》中。许慎《说文序》又记载了“《史篇》文字”分会的情况：“孝平时，征（爰）礼等百余人，令说文字未央廷中，以礼为小学元士。黄门侍郎杨雄采以作《训篡篇》，凡《仓颉》已下十四篇，凡五千三百四十字。群书所载，略存之矣。”《说文解字》，中华书局影印本，1963年，第315页。顾颉刚先生说：“《训篡篇》是这次文字方面的‘正乖缪，壹异说’的结果，推之其它方面，当亦如此。”顾颉刚：《五德终始说下的政治和历史》，《古史辨》第5册，海南出版社，2005年，第310页。这两个分会各有百余人参加，并都有重要成果问世。又《汉书》卷九九《王莽传下》地皇四年四月条：“除用征诸明兵法六十三家术者，各持图书，受器械，备军吏。”《后汉书》卷一《光武帝纪》：“初，王莽征天下能为兵法者六十三家数百人”。这些人可能是参加“兵法”分会的兵家学者。可见这次会议并非虚张声势，徒有形式。“图谶”分会的情形不见记载，想必也有若干学者“记说廷中”之事，哀平之际新出的谶纬可能就在此时被集中起来，并同原有的《图书秘记》编辑在一起。王莽称帝后，又搜集了时人编造的“言莽当代汉有天下”的《符命》四十二篇，《汉书》卷九九《王莽传中》，第4112页。由崔发“著录次比”于谶纬之中。及至尹敏等校定谶纬，将崔发编入的部分剔出，便形成了八十一篇的定本。
由于有上述形成过程，谶纬篇目虽多，内容虽杂，却有一个严整的结构体系。仔细分析这一结构体系，又可隐约看出谶纬作者们最初的意图。
首先值得注意的是“自黄帝至周文王所受”一语的含义。《雒书灵准听》：“建世度者戏，重瞳之新定录图。”郑玄注：“建世度，谓五世之法度，虙戏氏始作八卦，以为后世轩黄帝之表。重瞳定录图，黄帝始受《河图》而定录。”《易纬是类谋》引，《丛书集成初编》0688，中华书局，1985年，第5页。据此，伏羲虽作八卦，但未受《河图》、《洛书》，“始受《河图》”的是黄帝。《续汉书·天文志序》曰：“三皇迈化，协神醇朴，谓五星如连珠，日月若合璧。化由自然，民不犯慝。至于书契之兴，五帝是作。轩辕始受《河图斗（闿）苞授》，规日月星辰之象，故星官之书自黄帝始。”所谓“轩辕始受《河图斗（闿）苞授》”肯定是谶纬的说法，大意和上引《灵准听》相同，也认为《河图》、《洛书》是黄帝以后才有的。从中我们还得知，黄帝所受《河图》本文就是《斗（闿）苞授》。这些材料证明，《隋志》所说《河》、《洛》本文“自黄帝”始“至周文王”止，确是汉代谶纬的原貌。汉人所知道的古代帝王不止于黄帝至周文王，现存谶纬遗文中出现的古代帝王就有隧人、女娲、伏羲、神农、黄帝、少昊、颛顼、帝喾、帝尧、帝舜、夏禹、商汤、周文王、周武王、周公等。《河》、《洛》本文的编造者只取“黄帝至周文王”，很可能是受当时流行的“五帝三王”说影响。《尚书璇机钤》：“孔子曰：五帝出，受录图。”《文选》卷四七《汉高祖功臣颂》注引，中华书局影印本，1977年，第662页。明言至“五帝出”才有“受录图”之事。
我们知道，儒家的古史系统原本由帝尧、帝舜、夏、商、周组成。大约在战国后期，又形成了五帝之说，于是古史系统变成了黄帝、帝颛顼、帝喾、帝尧、帝舜、夏、商、周。参阅顾颉刚：《五德终始说下的政治和历史》，《古史辨》第5册，第267页。《大戴礼记·五帝德》载宰我“问黄帝”、“问帝颛顼”、“问帝喾”、“问帝尧”、“问帝舜”、“问禹”，孔子一一作了回答。王聘珍：《大戴礼记解诂》，中华书局，1983年，第117—125页。同书《帝系》又详细记载了黄帝至禹的世系：“少典产轩辕，是为黄帝。黄帝产玄嚣，玄嚣产极，极产高辛，是为帝喾。帝喾产放勋，是为帝尧。黄帝产昌意，昌意产高阳，是为帝颛顼。颛顼产穷蝉，穷蝉产敬康，敬康产句芒，句芒产牛，牛产瞽叟，瞽叟产重华，是为帝舜，及产象，敖。颛顼产鲧，鲧产文命，是为禹。”同上书，第126页。司马迁作《史记·五帝本纪》即用此说。董仲舒所说周代的五帝三王也与此相同。《春秋繁露·三代改制质文》：“同时称帝者五，称王者三”，及周文王受命而王，“改号轩辕谓之黄帝，因存帝颛顼、帝喾、帝尧之帝号，绌虞而号舜曰帝舜，录五帝以小国。下存禹之后于杞，存汤之后于宋，以方百里，爵号公。”苏舆：《春秋繁露义证》，钟哲点校，中华书局，1992年，第198—199页。《河》、《洛》本文“自黄帝”始“至周文王”止，与此说法正合。由此推测，“受本文”者当是“五帝”和“三王”，除黄帝和周文王之外，还应有帝颛顼、帝喾、帝尧、帝舜、夏禹、商汤。
《周易·系辞上》：“河出《图》，洛出《书》，圣人则之。”孔颖达疏引《春秋纬》曰：“河以通乾出天苞，洛以流坤吐地符。河龙《图》发，洛龟《书》感。”《十三经注疏》影印本，中华书局，1980年，第82页。《论语·子罕》：“子曰：凤鸟不至，河不出《图》，吾已矣夫！”何晏注引孔安国曰：“圣人受命则凤鸟至，河出《图》。”同上书，第2490页。《隋书》卷三二《经籍志》曰：“圣人之受命也，必因积德累业，丰功厚利，诚著天地，泽被生人，万物之所归往，神明之所福向，则有天命之应。盖龟龙衔负，出于河洛，以纪易代之征”。根据这些说法，《河图》、《洛书》是圣帝明王建立新王朝的受命之符，也是天地神明赐给圣帝明王用来治理天下的根本大法。谶纬的作者让五帝三王获得《河图》、《洛书》，从而为他们加上了神圣的光环，使他们的问世及其王朝的建立都成了上天的安排。
再看“自初起至于孔子九圣之所增演”一语。可以肯定的是，“九圣”中最后一位是孔子。那么孔子之前的八位圣人又是谁呢？《抱朴子内篇·释滞》有“九圣共成《易经》”之语，王明先生认为此处“九圣”除孔子外还有“伏羲、神农、黄帝、尧、舜、夏禹、商汤、周文”。王明：《抱朴子内篇校释》增订本，中华书局，1985年，第153—154、161页。《汉语大词典》“九圣”条则无商汤而有周公，上海辞书出版社，1986年，第1册，第749页。钟肇鹏先生说与此同。钟肇鹏：《谶纬论略》，第70页。但《抱朴子》所谓“九圣”是《易经》的作者，《隋志》所谓“九圣”则是《河图》、《洛书》的增演者，二者不同。《隋志》明言这“九圣之所增演”的三十篇是“以广其意”的，“其”字指《河》、《洛》本文。本文只有黄帝以后的，伏羲、神农在黄帝前，怎能对本文加以“增演”并“广其意”呢？看来，这里的“九圣”也应自黄帝算起，“初起”二字当指居五帝三王之首的黄帝，也就是说，此语中的“自初起”与前面一语中的“自黄帝”同义。根据上面的分析，“自黄帝至周文王”系指黄帝、帝颛顼、帝喾、帝尧、帝舜、夏禹、商汤、周文王八人，“九圣”中的前八位应当就是他们。陈槃说：“《隋志》谓，《河》《洛》之作出于黄帝、周文王、孔子等九圣。”似乎也将黄帝至周文王视为九圣中的前八位。见氏著：《谶纬命名及其相关之诸问题》，第33页。他们作为圣帝明王，都获得了天地神明赐与的《河图》、《洛书》，又对所受《河》、《洛》本文加以“增演”，“以广其意”。如此解释，似更合情理。
顺此思路再往下推，一个重要现象便出现了。“九圣”中自黄帝至周文王八人同时又是受命帝王。作为受命帝王，他们获得了《河图》、《洛书》；作为圣人，他们又对《河》、《洛》中的神意进行了解释和发挥，以指导其治理天下之实践。唯独孔子，虽是圣人，却不是受命帝王。而据谶纬说，孔子不仅对《河图》、《洛书》有所“增演”，《易纬》中留下了孔子增演《洛书》的痕迹。如《易纬是类谋》开篇引《雒书灵准听》之辞，继而有“孔子演曰”云云；（《丛书集成初编》0688，第1、10页）《易纬通卦验》有“孔子《表洛书摘亡辟》曰”云云。（《丛书集成初编》0689，第12页）还作了《七经纬》三十六篇，全部谶纬八十一篇也是经他整理而成的。那么，孔子所做的这些工作又是为谁服务的？第九位圣人所对应的第九代王朝又是哪一朝呢？答案十分明确：汉朝。而这显然是从“《春秋》为汉制法”说发展而来的。
所谓“《春秋》为汉制法”是汉代《公羊》家最重要的说法之一。《公羊传》哀公十四年春：“君子曷为为《春秋》？拨乱世反诸正，莫近诸《春秋》，……制《春秋》之义，以俟后圣。”《十三经注疏》影印本，第2354页。文中“君子”指修《春秋》的孔子，“后圣”则被汉代《公羊》家解释为继周之后的“新王”即汉朝。董仲舒《春秋繁露·三代改制质文》曰：“《春秋》应天作新王之事。”何休注“以俟后圣”曰：“待圣汉之王以为法。”谶纬对此有更直白的说明。如《春秋演孔图》：“孔子仰推天命，俯察时变，却观未来，豫解无穷，知汉当继大乱之后，故作拨乱之法以授之。”《公羊传》哀公十四年春何休注引，见《十三经注疏》影印本，第2354页。《孝经援神契》：“丘制命，帝卯行。”丘指孔子，卯（卯金刀）即刘字，指汉朝。《尚书考灵耀》：“丘生仓际，触期稽度，为赤制，故作《春秋》。”《鲁相史晨祀孔子奏铭》引，见《金石萃编》卷13，中国书店，1985年。仓，木德之色，指周朝。赤，火德之色，指汉朝。不仅如此，经过谶纬作者们的“增益”，孔子为汉制法之作又增加了《孝经》和谶纬。《公羊传》何休序：“孔子有云：吾志在《春秋》，行在《孝经》。”据徐彦疏，此语出《孝经钩命决》。同书隐公条徐彦疏引《春秋说》：“丘揽《史记》，援引古《图》，推集天变，为汉帝制法，陈叙《图录》。”《十三经注疏》影印本，第2190、2195页。《图录》即谶纬。《公羊传》哀公十四年春何休注：“夫子素案《图录》，知庶姓刘季当代周。”见《十三经注疏》影印本，第2353页。《宋书》卷二七《符瑞志》说得最全面：“孔子作《春秋》，制《孝经》，既成，使七十二弟子向北辰星罄折而立，使曾子抱《河》、《洛》事北向，孔子斋戒向北辰而拜，告备于天曰：‘《孝经》四卷，《春秋》、此处疑脱卷数。《河》《洛》凡八十一卷，谨已备。’”中华书局点校本，1974年，第766页。据《北堂书钞》卷八五、《太平御览》卷五四二，此为《孝经纬》文。参安居香山、中村璋八：《纬书集成》，第1001页。
在谶纬中，孔子是为汉立法的圣人，刘邦则是汉朝的受命帝王。上引《宋书·符瑞志》说：孔子告备于天后，“天乃洪郁起白雾摩地，赤虹自上下，化为黄玉，长三尺，上有刻文。孔子跪受而读之曰：宝文出，刘季握；卯金刀，在轸北；字禾子，天下服。”明指刘邦（字季）就是周之后即将受命的新王。《河图》：“汉高祖观汶水，见一黄釜，惊却反，化为一翁，责言曰：‘刘季何不受河图’。”《太平御览》卷七五七引，中华书局影印本，1960年，第3359页。照此说法，刘邦也曾受《河图》。《诗含神雾》：“赤龙感女媪，刘季兴。”《史记》卷八《高祖本纪》《索隐》引，第342页。刘邦虽有父，却是神龙与其母所生。类似的故事在其他圣帝明王身上也都发生过。《河图》：“帝刘季，日角戴胜，斗胸龙股，长七尺八寸。”《后汉书》卷四〇《班固传》李善注引，第1337页。这种异常风貌也是其他圣帝明王都有的。这些内容进一步强调了刘邦具有同黄帝、周文王等一样的神性和权威。参阅安居香山、中村璋八：《纬书集成》，第74页。谶纬描述刘邦受命时，还多次提到张良。如《河图》：“天授图，地出道，予张兵钤，刘季起。”《后汉书》卷四〇《班固传》李善注引，第1337页。《诗含神雾》：“圣人受命必顺斗，张握命图授汉宝。”宋均注曰：“圣人，谓高祖也。受天命而王，必顺旋衡法。故张良受兵钤之图命，以授汉为珍宝也。”《太平御览》卷八〇二引，第3558页。此说当是从张良遇黄石公得《太公兵法》的传说引申而来。至于上引《宋书·符瑞志》中“卯金刀，在轸北”一语，则指刘邦受命的星气之瑞。同样内容还见于其他谶纬，如《尚书考灵曜》：“卯金出轸，握命孔符，赤用藏，龙吐珠也。”同上书，第3561页。《河图》：“昌光出轸，五星聚井，……刘季起。”《后汉书》卷四〇《班固传》李善注引，第1337页。轸是星名，二十八宿之一。《汉书》卷二六《天文志》曰：“轸为车，主风。……若五星入轸中，兵大起。”又曰：“轸，荆州。”是轸在占星术中有特定意义，所对应的人间区域是荆州，即楚地。昌光则是一种瑞气。《晋书》卷一二《天文志》瑞气条：“昌光，赤，如龙状，圣人起，帝受终，则见。”昌光出现于轸宿，预示着楚地将有圣帝受命而起。刘邦受命的星气之瑞，原来只有“五星聚井”。《汉书》卷一《高帝纪》：“元年冬十月，五星聚于东井。”同书卷二六《天文志》解释说：“五星聚于东井，……此高皇帝受命之符也。”到谶纬中又多了“昌光出轸”一项。