尽管顺治皇帝很想大有作为，也颇喜欢中原文化，但一直未能形成一支以他为主导的强有力的政治势力，致使他在与朝中反对汉化的守旧势力的较量中败下阵来。
政治上的失意使顺治皇帝心灰意冷，想出家为僧，被母亲极力劝阻，未能如愿。当他钟爱的皇贵妃董鄂氏死后，他的精神支柱完全崩溃了。
24岁时，顺治皇帝染上天花，不久便病逝了。
（一）康熙皇帝
康熙皇帝是顺治皇帝的第三子，是大清国入关后的第二位皇帝。他8岁登基，在位61年，是中国历史上有文字记载以来在位时间最长的皇帝。
康熙皇帝读书勤奋，曾经因为学习过于用功而吐血。他接受了三种文化教育：满族师傅给他讲满语，教他写满文，教他骑射；汉族师傅给他讲四书五经，使他受到了儒家文化的教育；他向西方传教士学习代数、几何、天文、医学等方面的知识，受益匪浅。
康熙皇帝不仅能文，而且能武。他自幼习武，精于骑射，能百步穿杨，是个神箭手。在围场狩猎时，他所获野兽极多，一天竟打死了三百多只兔子，累垮了三匹马。康熙皇帝精力旺盛，为他治理好国家提供了保障。
康熙14岁开始亲政，清除了擅权的鳌拜，将大权紧紧地掌握在自己手里，每天都要御门听政。御门听政即皇帝亲自主持朝廷会议，和朝廷重臣商议和决定军国大事。御门听政的地点最初在乾清门前，因此称作御门听政。参加御门听政的主要是九卿、六部尚书和左都御使、通政使、大理寺卿，还有大学士，参加御门听政的还有起居注官。
后来，听政的地点经常变化，有时在中南海瀛台勤政殿，有时在畅春园澹宁居，有时在避暑山庄澹泊敬诚殿等地。康熙从14岁亲政以来，每天御门听政，一年四季，无论冬夏，从不间断。听政的时间一般在早上5点左右，因此又称早朝。康熙从亲政之日起，到去世之前，除因生病、三大节、重大变故外，几乎没有一天不听政。北京的冬天很冷，仍坚持在乾清门前举行最高朝廷会议，实属不易。
康熙皇帝亲政后，将三藩及河务、漕运三件大事写在宫中的柱子上，发誓一定要处理。
三藩指三个降清的明将：镇守云南的平西王吴三桂、镇守广东的平南王尚可喜、镇守福建的靖南王耿精忠。三藩占据要地，拥兵自重，成为清初的三个地方割据势力，其中以吴三桂实力最强。从顺治朝开始，军费开支浩大，每年入不敷出。以顺治十七年（1660年）为例，国家正赋收入875万两白银，而云南一藩就要900多万两白银，竭全国之财尚不足一藩之需。到了康熙初年，财政困难日益严重，国家钱粮大半耗于三藩。而三藩在自己的独立王国里设立税卡，私行铸钱，圈占土地，掠卖人口。平西王吴三桂还自行选派官员，无视朝廷。
康熙皇帝除掉鳌拜后，三藩成为他最大的心病。他要削平三藩，强化皇权。当时，朝廷上绝大多数人反对撤藩，支持撤藩的只有兵部尚书明珠、户部尚书米思翰等少数官员。康熙皇帝力排众议，毅然决然下令撤藩。经过八年的平叛战争，终于取得了削平三藩的胜利。随后，康熙皇帝着手统一台湾。
明天启四年（1624年），荷兰人侵占台湾。顺治十八年（1661年），郑成功从荷兰人手中收复了台湾。郑成功死后，其子郑经承认南明的正统地位，对抗清朝。康熙二十二年（1683年），康熙抓住郑经死后，其子郑克塽年幼、部属内讧的时机，以施琅为福建水师提督，率军攻下了台湾，从而统一了中国。
黑龙江南北大地在皇太极时已经归属清朝。清军入关后，沙俄乘机东进，侵入我国黑龙江流域，占领了雅克萨（今阿尔巴津）、尼布楚（今涅尔琴斯克）、呼玛尔（今呼玛）等地。
康熙解决台湾问题后，指挥军队进行两次雅克萨自卫反击战，取得了胜利。康熙二十八年（1689年），同俄国在尼布楚签订《中俄尼布楚条约》，规定了中俄两国的东段边界，划定以额尔古纳河、格尔毕齐河和外兴安岭为界，整个外兴安岭以南、黑龙江和乌苏里江流域，包括库页岛在内，都是中国的领土。这是中国历史上同外国签订的第一个平等条约，是康熙皇帝独立自主外交政策的伟大胜利。
努尔哈赤和皇太极解决了漠南蒙古问题，康熙则进一步解决了漠西蒙古和漠北蒙古的问题，使蒙古成为清朝北部的坚固长城。康熙皇帝说：“昔秦兴土石之工，修筑长城。我朝施恩于喀尔喀，使之防备朔方，较长城更为坚固。”
康熙帝六次南巡，治理黄河、淮河、运河、永定河，并兴修水利，取得了很大的成绩。
康熙即皇帝位后，立志要把国家治理好。他决定移风易俗，建立全新的社会秩序。他说：“良好社会风气的树立是保证民生安定的重要前提，对前代沿袭下来的不良风气必须彻底根治。”
整顿科举舞弊之风就是康熙在移风易俗运动中最为重要的英明之举。清朝初年的科举制度和前代一样，分为乡试、会试、殿试三种。考中乡试的秀才称举人；举人在京师会试，考中者称贡士；贡士再经皇帝殿试，考中者称进士。统治者通过科举考试，不断地扩大治国人才的队伍；读书人也通过科举考试一步一步地争取做官，济世安邦。在科举考试中，最关键的一环是乡试。乡试每隔三年在各省省城，也包括京城顺天府举行一次，由于是在秋天举行，所以也称秋闱。那时称考场为“闱”。因为乡试在科举考试中特别重要，为防止营私舞弊，当时的试卷是采取“糊名”的，所以通关节的事儿常常在这一环节上发生。通关节就是考生在考试前先和考官约定好符号，考试时在试卷中标明，以便考官对号录取。符号是各种各样的，有的在试卷中写几个虚字，像“也”“矣”之类，有的在试卷中加几个小点。加一个墨点要送一百两银子给考官，加一个黄点要送一百两金子给考官。
康熙三十八年（1699年）八月顺天府（今北京市）乡试，主考官李蟠、副主考官姜宸英捞了许多银子。康熙勃然大怒，立即下令将李蟠、姜宸英罢官，逮捕入狱。后来，姜宸英死于狱中，李蟠被流放到边疆。康熙勇于移风易俗，对李蟠、姜宸英等人的严惩深得民心。
康熙推行仁政，爱护百姓，措施之一是表彰清官，严惩贪官。
康熙朝最著名的清官于成龙，初任广西罗城县知县。罗城位于万山之中，历经战乱，没有城郭，遍地草莽，县衙只有茅屋三间，全县居民仅有六家。于成龙到任后，召集流民，鼓励耕织，宽免徭役，兴建学宫，县内大治。于成龙在罗城七年，与百姓相亲相爱，情同父子。于成龙升任合州知州时，百姓倾城出动相送，痛哭号泣。有一位盲人不肯离去，要随于成龙赴任。于成龙问他为什么不走，他回答说：“我想大人在路上，盘缠肯定不够用，我会算卦，可以为大人赚点钱。”于成龙很感动，就把他留下来。果然，于成龙没有积蓄，在途中很快就把钱花光了，多亏那位盲人赚些算命钱补充路费，他才到了合州。于成龙在合州政绩突出，又升到黄冈为官。黄冈社会治安很乱，于成龙化装成乞丐深入罪犯巢穴，探明实情，一举端掉贼窝。接着，于成龙又迁任黄州知府，再升任福建布政使。当时，清军平定三藩之乱，军中多掠良民子女为奴，于成龙集资赎出被掠的人回家与父母团聚。康熙十九年（1680年），于成龙升为直隶巡抚。上任后，严戒下级馈送长官，后又迁两江总督。
于成龙生活节俭，一心扑在政务上，每天只吃粗米青菜，终年不知肉味，江南人称他为“于青菜”。在他的带动下，士绅纷纷改穿布衣，官宦出门轻车简从。于成龙积劳成疾，最后死在任上。于成龙做官几十年，从不带家眷上任。死后，南京城里的将军、都统、官吏、友人到他家中一看，只有竹筐里的一身袍子和摆在床头的几罐食盐而已。在场的人看了，无不失声痛哭。为追悼于成龙，市民罢市，聚哭致哀！百姓家纷纷挂起他的画像，四季祭祀。康熙皇帝曾动情地说：“朕博采舆评，咸称于成龙实天下廉吏第一！”
康熙皇帝严惩贪官，即使对自己的亲信也决不手软。
郭琇是山东即墨郭家巷人，考中进士后出任吴江县令。他精明强干，善断疑案，两袖清风，爱民如子，政绩为江南第一。后来，郭琇冒着丢官丧命的风险，上《纠大臣疏》，弹劾势焰熏天的武英殿大学士明珠，揭发他结党营私，排除异己，贪污受贿等罪行。
明珠是满洲正黄旗人，由于对康熙皇帝忠心耿耿，在平定三藩时立了大功，因而成为康熙皇帝的股肱大臣，官升武英殿大学士。不料，小人得志，忘乎所以，明珠竟骄纵起来。康熙二十七年（1688年），明珠53岁大寿，文武百官都来给明珠拜寿。明珠府上热闹非常，明灯高悬，达官贵人鱼贯而入，传呼之声不绝于耳，酒席上摆满山珍海味。明珠身穿一品官服端坐中堂，满面红光，接受一批又一批官员的大礼参拜。将近中午时，门上传呼：“御史郭大人到！” 明珠心里一动，想道：“都说郭琇刚正不阿，今天也能来给我祝寿吗？”郭琇进了中堂，递上一个红包。明珠认为这一定是礼单，便叫下人收了。郭琇接过一杯酒，一饮而尽，回身便走，旁若无人，直出大门而去。 明珠见状，心里犯起疑来，忙叫人将郭琇的礼单呈上。明珠将礼单打开一看，大吃一惊，顿时脸色铁青，汗如雨下。原来，这哪里是什么礼单，竟是一篇弹劾他的奏章。
原来郭琇进京后，了解了明珠的所作所为，于是详列他的罪状，上书弹劾他。然后，又将奏章的副本用红纸包好，直奔明珠府第，明珠看到的正是郭琇所上奏章的副本。康熙皇帝见了郭琇的奏章，立即下令罢了明珠的官。
康熙皇帝重视文化教育，主持纂修了《康熙字典》《古今图书集成》《律历渊源》《全唐诗》《清文鉴》《皇舆全览图》等，总计六十余种，两万余卷，为中华文化事业作出了巨大的贡献。
康熙六十一年（1722年），康熙皇帝病逝前，决定传位于皇四子胤禛。
民间传说康熙皇帝病危时，只有内大臣隆科多在侧侍从，康熙皇帝亲笔写下“传位十四皇子”六个大字后病逝。隆科多是佟皇后的亲弟弟，四皇子胤禛的舅父，与胤禛早有默契，因此他立即将“传位十四皇子”改成“传位于四皇子”。这样，四皇子胤禛便继位了。胤禛便是雍正皇帝。
（二）雍正皇帝
康熙皇帝病逝后，45岁的皇四子雍亲王胤禛继位，年号雍正。雍正皇帝在位13年，大力改革，推动了清朝的发展。康熙皇帝晚年身患中风，有些事抓不过来，以致吏治松弛，贪污成风。雍正身在宫中，对皇父晚年弊政看得很清楚。继位后，他克服各方面的阻力，在全国大刀阔斧、雷厉风行地清查财政亏空。
雍正元年（1723年）正月，雍正皇帝连续颁布谕旨，训谕各级文武官员不许暗通贿赂，私受请托；不许库钱亏空，多方勒索；不许恣意枉法，残害百姓。如因循不改，必定重罪严惩。二月，雍正皇帝命将亏空钱粮的官员革职追赃，不再留任。
三月，雍正皇帝命各省督、抚将幕客姓名报部，禁止出差官员纵容属下勒索地方。户部库存亏空银250余万两，令历任官员赔补。同年设立会考府进行审计，整顿收支。
这一年，被革职抄家的各级官吏多达数十人，其中多是三品以上的大员。历史学家杨启樵说：“康熙宽大，乾隆疏阔，要不是雍正的整饬，清朝恐早衰亡。”因此，当时有“雍正一朝，无官不清”的说法。
在雍正皇帝的监督下，雍正一朝出了许多好官，两袖清风，爱民如子。雍正六年（1728年），雍正皇帝下令重选太守和县令，命令中外官员每人各举荐一个人，兴化知府沈起元举荐了时翔。时翔字皋谟，诸生出身，博学多才。于是，雍正皇帝任命时翔为福建晋江知县。
当时，福建吏治很乱，县令都很严酷。晋江百姓好打官司，时翔下车伊始，就对百姓说：“你们都是我的孩子，我不忍心把你们当做盗贼看待。”他一反前任所为，以宽和为己任。坐堂时，时翔对打官司的人说话就像唠家常一样，态度和蔼，语调低缓。是非曲直判完后，时翔总要让打官司的双方消消气，然后相对作揖而别。打官司的人无不感动，因此打官司的人越来越少了。后来，时翔升任漳州府同知，驻扎南胜。南胜百姓住在峒中，经常械斗。有个叫赖唱的纠集百姓躲进峒中，不服官府管辖，前任束手无策。时翔到任后，单人匹马亲自入山喊道：“你们一万多人，为何为一个人卖命。快把赖唱给我捆来，本官担保大家平安无事。”峒中的人听了，一阵骚动。赖唱不得已，只得自缚而出，从此百姓过上了正常的生活。
对于朝廷本身，雍正皇帝也做了一些改革。