戊戌变法失败的根本原因，是由于这场变法的领导者资产阶级维新派有着特定时期的历史局限性。资本主义发展不充分，导致该阶级具有软弱性和妥协性。资产阶级改良势力过于弱小，而封建地主阶级顽固势力十分强大。改良派缺乏坚强的组织领导，依靠的是一个没有实权的皇帝。维新派没有势力，又不能发动广大的人民群众。对帝国主义列强抱有不切实际的幻想。变法失败的教训证明，在半殖民地半封建的中国，资产阶级改良主义道路是行不通的。
新旧两种势力悬殊，维新势力远远没有守旧势力强大。
1898年6月11日，光绪皇帝颁布《明定国是诏》，标志维新运动进入了最高潮，开始了后人所说“百日维新”运动。这时，维新派与顽固派间的矛盾更加尖锐，而这种新旧之争，又与皇家内部的权力之争密不可分，情况更加复杂。光绪皇帝4岁登基，慈禧借姨母身份保留太后资格继续垂帘听政。1889年19岁的光绪皇帝大婚，按惯例亲政，慈禧不得不撤帘归政。但慈禧根本不想还政，所以实际权力仍一直在她手中，光绪帝名为亲政但并无实权。光绪皇帝当然也不甘这样下去，所以朝中逐渐形成了以光绪帝为首的“帝党”和以慈禧为首的“后党”，当然，后党的实际权力比帝党要大得多。甲午战争之后，民族危机空前严重，帝党主张革新内政以富国强兵，逐渐倾向维新改革，赞成变法，支持维新派。无权无势的维新派只有依靠帝党才能实现自己的政治抱负，而帝党也需要利用维新派来扩大自己的社会基础，增强自己的力量，从后党手中夺回实权。正是二者的结盟，发动了悲壮的维新变法运动。“百日维新”开始，维新与守旧的斗争和帝后两党的明争暗斗交织缠绕，终于进入白热化阶段。
在“百日维新”期间，改革变法的主要措施在经济方面保护农工商业，成立农工商局，奖励发明创造，提倡私人办实业，修建铁路，开采矿产，设立全国邮政局，改革财政，编制国家预算等。在文教方面的改革主要是设立新式学校、译书局，开办京师大学堂，派留学生，自由办报、成立学会，改革科举考试制度，废除八股改试策论等。在军事方面主要是训练新式海陆军、裁减已不合时宜、战斗力低下的绿营。在政治方面主要是裁减闲散重叠的政府机构，裁汰冗杂多余官员，要长期享有不劳而食特权的“旗人”自谋生计，准许、鼓励官员和民众论政等等。维新派和光绪皇帝深知自己的力量有限，所以提出的改革措施相当温和，一些重要措施并未提出。例如，政治方面最重要、也是他们最想进行的变法是建立议会政治，实行君主立宪，但他们深知反对力量的巨大，所以想走由行政改革引起政治改革的策略。康有为曾说，当谭嗣同、林旭成为军机四卿后，主要是想开设参政议院。康有为曾经写过一份奏折，拟定设立制度局，用来制定新的行政制度、任命维新派人士进入来推行新政。光绪皇帝知道这样的倡议根本不可能获得西太后的认可，便想凭借朝中大臣共同上奏来推行这个办法，表明这并非自己与康有为的私人见解，于是就首先在总理衙门提出这个倡议，但总理衙门一直拖延，在光绪皇帝的催促下才进行议奏，但最后驳回康有为的折子。光绪皇帝很生气，又重新命令军机大臣与总理衙门共同商议处理，结果仍然是驳回不能行使。光绪皇帝更加愤怒，亲自用红笔批注这个奏折由军机处和总理衙门再次商讨，甚至清楚地写下，要有切实的具体执行方案，不要用空话搪塞的批注语句。但这两个衙门最后仍将康有为的奏折驳回，而光绪皇帝却也无可奈何，只能自己叹息，之所以朝中大臣敢于几次三番违背皇帝的旨意，主要是因为有所倚仗，靠西太后为自己的护身符，欺负光绪皇帝没有实际的权力。所以，维新运动实际所做的不过是减汰冗员、裁撤机构，要求设立制度局等“行政”方面的措施，并没有颁布关于定宪法或开议会的诏书。但这一点点改革，也必然是一场力量悬殊的较量，要侵犯一些人的既得利益，裁减机构与官吏引起百官震骇，遭到各级官员的抵制，光绪皇帝接连下诏严责问差也不起作用。其余的方面，维新派对科举制的批判也是很深刻的，认为应及早废除科举，但维新时期的变法主张却根本未敢提出废科举的任何言论，只是提出改革科举考试内容，以策论取士取代八股取士。就这一项非常有限的变革也遭到了强烈反对。
光绪皇帝一直受制于慈禧太后，如此重要的变革他当然不敢不听太后的意思，在百日维新期间，光绪皇帝曾经先后十二次赴颐和园，到西太后的住所去请安，向她询问并报告改革变法的所有事宜。老谋深算的慈禧太后既不表示赞成，却也不表示反对，每有禀告的案件，太后都不说话，也不做任何表态，如果遇到涉及改革旧法靠近新法的问题，就说，你只要保留祖宗的牌位不烧，头上的辫子不剪，我就不管。而实际上，她采取以退为进、后发制人的策略，坐等到变法出乱子、引起朝中上下的恼怒，再出来收拾局面。慈禧太后曾经多次召见几位守旧近臣，对他们说，皇帝近期任性胡乱作为，在关键的环节你们要进行阻挡。这些大臣回答说皇上的性格就是这样，我们不敢拦他。反而哭求慈禧太后劝阻，慈禧太后只是冷冷地说，等到最后关键時刻，我自有办法来对付。此后，这些守旧大臣更有恃无恐。随着改革措施越来越多，有更多的守旧大臣及内务府人，跪在慈禧面前央求太后出面来阻挠改革的进行。面对这样的情形，西太后总是笑着不说话，碰到那些哭着固执地要求太后出面的，慈禧太后笑骂他说，你管这些闲事做什么？难道我的见识还不如你们！她的宠臣荣禄也对这些人说，等这帮维新人士闹上几个月，引起全天下的人共同愤怒，恶贯满盈的时候，到时候再收拾他们。实际上，从新政诏令颁布的日子起，慈禧太后就在暗中积蓄力量，采取种种措施，伺机发动政变，重新训政。6月15日，即推行新政的第四天，慈禧就命令光绪在一天之内连发三道谕旨。第一道是免去翁同龢的职务。翁是光绪皇帝的师傅、户部尚书、军机大臣、协办大学士，是帝党中最重要的人物，康有为就是他推荐给光绪皇帝的。翁的去职，使光绪皇帝顿失股肱，进一步削弱了力量原本就非常有限的改革势力。第二道是规定凡授任新职二品以上官员，必须到早已“归政”、移居颐和园的皇太后面前谢恩，控制用人大权，同时向高官发出大权仍在太后、而不是皇上手中的信息。第三道是任命亲信荣禄为至关重要的直隶总督，控制了京、津一带兵权。其实这三道圣旨的发布，慈禧实际已布下天罗地网，把皇帝和维新派人士看成了掌中物，任由其作为，也不能逃脱自己的掌控。已经基本决定了维新运动失败的命运，只要时机一到，慈禧便可后发制人。
任何改革都是利益的重新调整，总会使一些人的利益受损。裁撤政府闲散部门、裁减政府官员，使被裁的大批老吏冗员站在守旧势力一边，会集在慈禧太后周围，因为他们的个人利益受到损害。一个庞大的官僚机构，它的力量是强大的，它的既得利益是难以侵犯的，因此也是难以战胜的。但不对其进行减撤，改革就无法进行，这就注定了这种改革必然如履薄冰，充满艰险，稍有不慎，便全盘皆输。对庞大的官僚机构进行调整精简，对“冗员”的安置，或是要以更强的力量来贯彻执行，或是以相当的利益来赎买。这二者，无权无能的光绪皇帝或维新派都未能作到，因此以行政改革来推行政治改革的策略实际很难实行。新政要求旗人自谋生计，剥夺了他们二百多年来靠国家供养、享有不劳而食的特权，引起了范围更广的反对。裁减旧军，自然使旧式军官失业，因此也反对新政。改革科考内容，废八股考策论，触犯了千百万读书人的利益，他们骂维新派为名教罪人，连康有为的弟弟、后来成为“六君子”之一的康广仁看到反对如此激烈，都不得不劝长兄缓行这条策略。