在西方列强的殖民侵略下，民族危机空前深重的情况下，国家的主权和领土日益丧失，也自然造成清政府的统治权力日益削弱。那些清朝的贵族地主阶级虽然昏庸无能，但对权力的变化却极为敏感。从他们的角度看，维新党人的政治目标是要把权力从他们手中夺走。黄鸿寿在《清史纪事本末》曾表达过这方面的认识，百日的政治维新变法运动，力度很大，几乎有一日千里的趋势，很多政令措施都雷厉风行，在修建马路、办理国防、裁撤绿营，编练新军方面都伤害了当时的统治阶级利益。尤其是要把八旗子弟迁出北京城，让他们自己谋生。这从根本上动摇了清朝贵族的统治基础。遭到了绝大多数人的抵制和反对。整个满族统治集团很快意识到，无论变法给中国带来多大的好处，但都要让满族统治阶级这个主要既得利益团体付出沉重的代价，不但可能丧失自己的特权，更有可能丧失三百年来一直把持的政权。改革固然是可以有利于国家的，但那些守旧派和既得利益者付出的代价也是沉重的。维新变法运动即使有利于中国的发展，也不利于清朝贵族的统治，即便中国兴盛了，清政府的政治统治也会结束。所以他们是宁愿与外国列强联合来反对维新派，也不愿意中国进行自上而下的政治改良运动。从而千方百计地对维新变法运动进行阻挠和破坏。对这些阶层利益的损害，使之成为改革的反对者，加强了守旧势力的社会基础。但问题在于，正是这些阶层的利益，成为国家、社会发展的严重障碍，不革除他们的利，国家、社会就难以发展，所以改革必然要侵犯其利益。虽然改革是为了各阶层的总体、长远利益，但每一阶层都不愿承担改革的代价。这是改革者不得不面对的两难困境，这种困境要求改革者不仅要有维新变法的决心和勇气，更要有变革的艺术与策略，对自己的力量和反对者的力量有清醒的估计。有能力全变、快变当然更好，但当无力全变、同时革除各既得利益阶层之利时，则只能分清轻重缓急，一点一点、一部一部地变革，一个阶层一个阶层地调整其利益，不能操之过急，使这些阶层同时反对自己。这种缓慢的变革当然会有种种弊端，但条件所限，亦无可奈何，否则将欲速不达，满盘皆输。
随着变法速度的加快、力度的增强，维新遇到的阻力越来越大，一些守旧官员对维新或阳奉阴违或公开反对。面对这种局面，光绪必须对人事作出一些调整，陆续免去一些守旧大员之职，提拔和擢升维新派的力量。9月4日，下令将阻挠新法的礼部尚书怀塔布等六人全部革职，由支持维新的官员取而代之。9月5日，任命谭嗣同、刘光第、杨锐、林旭等四人为军机处章京，在谕令中光绪特意加上参与新政四字，以示此四人权力与其他章京不同。9月7日，下令将不赞同新政的李鸿章等人逐出总理衙门。对光绪皇帝引入维新人削弱旧党的作法，慈禧愤怒已极，在光绪又一次到颐和园朝拜时怒斥道，朝中重臣没有重大的原因，不能遗弃，你现在远重臣，而启用新臣，散失了人心，为了一个人而败坏了伦理纲常法度。你叫我如何面对祖宗。光绪皇帝哭着回答，就是祖宗面对当前的状况，也会调整自己的施政策略，我宁可败坏祖宗的法度，也不肯放弃天下的人民，也不能散失祖宗留下来的基业。双方实际已无妥协余地。9月13日，光绪皇帝决心开懋勤殿，准备招帝党官员、维新派人员和一些西方、日本的政治家共商改革、制定官制之事。消息传来，许多官员惶惶不可终日，纷纷向慈禧哭诉，慈禧更加怒不可遏，在守旧势力的支持下，慈禧太后在9月21日凌晨突然由颐和园回宫，囚禁光绪，捕杀维新人士，重新训政，废除所有新法。在这次惊心动魄的新旧较量、搏斗中，维新事业受到重挫。这是国家、民族、社会的不幸，也是统治者本身的不幸——大清王朝丧失了变法图存的重要机会，终于导致最后全面崩溃。
戊戌变法运动，从1898年6月11日光绪皇帝下《明定国是诏》开始。各种政令措施，改革方案数量庞大，在密集的时间段内频频出台，并要求中央地方在短期内快速执行。但是守旧的大地主贵族统治阶级，则因伤害到自身的根本利益，全力阻挠。维新新政则无法实行，所有的诏谕、政令法规全成为一纸空文，以慈禧为首的后党和以光绪帝为首的帝党，关系形同水火，势不两立。7月30日，光绪皇帝召杨锐入宫，秘密诏谕给他，并嘱咐维新派的改良人士妥善统筹安排计划措施，逐步推进维新变法的各项活动，并表示自己的皇帝地位都不一定确保，一旦自己下台，那么维新变法活动则彻底失败。此时光绪帝意识到将有变故，自己处在危险地位，流露出焦急情绪，要维新派筹商对策。8月又召林旭入宫，由他带出第二次密诏，命令康有为等人尽快到北京之外的地方，联络其他势力，谋划对抗慈禧太后的策略。康有为、梁启超、林旭、谭嗣同等维新派的核心人物跪着诵读密诏，痛哭流涕，并发誓，即使身死也要搭救皇帝，决定最后铤而走险，实施兵谏，联络拉拢军方势力来包围颐和园，迫使慈禧太后交出政权。之后，谭嗣同深夜私访法华寺，会见袁世凯，劝说袁举兵杀荣禄，围住颐和园，控制慈禧太后，把她囚禁起来，迫使她交出兵权。袁世凯假意和维新派周旋，骗得光绪帝封他为侍郎，看到慈禧的势力根深蒂固，最终决定投靠后党。他用假话哄走了谭嗣同。当天乘火车回天津，向荣禄告发了维新派的密谋，出卖光绪帝和维新派。荣禄赶回北京将消息报告给慈禧太后。慈禧临朝训政，囚禁光绪，捕拿维新派，杀六君子，百日维新遂告失败。
戊戌维新的失败，其中一个重要的因素，就是文化传统对当时人们思想认识的禁锢作用。历史典籍曾经记载一段戊戌政变后慈禧太后与光绪皇帝的对话，很能说明其中的问题。政变发生当天，慈禧太后重新训政，召见一些守旧重臣跪在自己的右边，而光绪皇帝跪在左边，慈禧严肃地训问光绪，这天下是我大清满人的天下，你怎么敢任性胡来。你身边的这些臣子，都是我多年观察选拔出来，辅佐你治理天下的，你凭什么不任用他们。竟然听信那些叛党的谗言，听信他们的蛊惑，乱了祖宗的章法制度。康有为又是什么东西，他的才能能胜过我为你挑选的辅佐大臣吗？康有为的那些治国的理论和方法，能胜过祖宗所创立的治国方法吗？你是如此的昏庸无能，不辨是非，连祖宗创立的章法都敢败坏，你这个不孝的子孙！乱祖宗纲常法度，动摇我大清统治的根本，以下犯上，你知道你的大罪吗？我问你到底是我大清的统治重要，还是康有为重要。背离祖宗法度，而用康有为的治国办法，你怎么昏庸到了这个程度。光绪战战兢兢地回答，这虽然是主要因为自己糊涂，也是因为洋人逼迫得太紧，想要保存国家的完整和政治上的利益，所以才想起了学习西方一些措施和方法。并不是完全听信康有为的鼓吹。慈禧太后又大声喝斥，难道祖宗的方法不如西法，洋鬼子反倒要比祖宗重要吗？康有为这个叛党，他是要图谋我大清朝的统治，难道你不知道吗？还敢替他辩护。光绪本已魂飞魄散，现在更不知道怎么说了。
一句“难道祖宗的方法不如西法，洋鬼子反倒要比祖宗重要吗？”的质问便使光绪皇帝无言以对，可见这句话的效力是巨大的，对人的影响有多么深远。对祖宗的崇拜和华夏中心论是中国传统文化的重要特点。祖宗崇拜将祖先、祖制神圣化，使任何改革都非常困难，总被视为数典忘祖。华夏中心论认为中华是世界的中心，是“天朝上国”，只有中华的文化才是最优秀，最正统的，其他民族、国家、文化都是落后愚昧的，实际表现出一种强烈的文化排斥和歧视。对祖宗的崇拜与华夏中心论结合论一起，使学习、参考外国的任何改革都被斥为“以夷变夏”的大逆不道，因而更加困难。近代以来，在天朝上国第一次遇到了一种更强的文化的挑战，但林则徐、魏源等提出要了解敌人、进而提出要“师夷长技以制夷”时，都引起了激烈的争论和反对，被指责为自己毁灭了华夏的文化城防。主张“中体西用”、学习西方船坚炮利、引起大机器生产的洋务运动，也被顽固派攻击为扰乱人心，是混论等级制度的建议，是变夷、媚外、崇洋、卖国。维新派进而学习西方的政治制度，更被骂为大逆不道的乱臣贼子，认为西洋与中国的关系是敌我的关系，所以学习西方便是认贼作父、认敌为师。
近代中国备受西方欺凌，处于国耻频仍的民族危机中，这无疑是非常严重、极有煽动性的指责。在近代变革与守旧的理论斗争中，主变者一直没有建立起系统的变革理论体系，没有真正突破传统话语，所以只能一直居于守势，往往只有招架之功。由于传统话语仍居主导地位，所以守旧者掌握传统话语的解释权，并依靠这种话语优势使自己居于道德、政治的优势地位而使变革者居于道德、政治的劣势位置和否定性境地，以此剥夺、起码是严重削弱了变革的合法性，这也是中国近代变革之路曲折多难的重要原因之一。应当承认，与洋务派相比，维新派相当重视意识形态重构，他们从古今中外变法图强的历史中为变革寻找合理性，特别是引入达尔文的进化论，成为有力的思想武器。但在戊戌时期，这种意识形态的重构工作才刚刚开始，影响只限于少数读书人和个别官员，变法的合理性远未深入人心。虽然如此，中国近代思想史的图谱，却是从戊戌时期开始发生了较大的变化，为今后的变革提供了思想基础，这也是维新运动的意义所在。
还有一则解释原因，戊戌变法期间，日本前首相伊藤博文曾经到中国访问。当时英国传教士李提摩太向变法派领袖康有为建议，要求维新派聘请伊藤博文作为变法的顾问，甚至给予他一定的权力。于是变法派官员在伊藤抵达北京后，纷纷上书请求光绪皇帝重用伊藤博文，引起保守派官员的高度警惕。保守派官员杨崇伊甚至秘密向慈禧太后报告，说日本主持维新变法的原首相伊藤博文来到中国，光绪皇帝和维新党人将给他授予一定的权利，如果任用伊藤博文，那我们大清的统治权将不存在，无异于把整个天下交付给外国人统治。这种激烈的言论和想法，促使慈禧太后在9月19日由颐和园回到紫禁城，想查清楚是否属实。伊藤博文与李提摩太曾经向康有为提议中美英日合邦。于是，在康有为的授意下，变法派官员杨深秀于9月20日上书光绪皇帝，希望依靠日本人和英国人来推动变法的进行，来抵抗慈禧太后的反扑。并强调不要嫌弃与英国、美国、日本成立联合政府的名字不好听。另一变法派官员宋伯鲁也于9月21日上书说：李提摩太和伊藤博文来到北京，打算成立中国、日本、美国和英国的联合政府，选择了解各国政治事务和当前形势的人来管理国家，并管理四个国家兵政税，另练兵若干营，并想请国家重要大臣李鸿章去见教士李提摩太及日相伊藤博文，来商量具体的办法。俨然想把中国军事、财税、外交的国家大权，交到外国人的手上。慈禧太后于9月19日返回紫禁城后，于9月20日至21日获知此事，惊觉事态严重，才当机立断发动政变，重新训政，结束了戊戌变法。