顺治十八年（1661年），年轻的顺治帝福临因伤感爱妃董鄂氏的去世而忧伤过度，又因感染天花，不幸早逝，年仅24岁。皇四子玄烨虽然年仅8岁，但因为已经出过天花，对这种在当时万分可怕的不治之症拥有了后天免疫力，出于对皇位连续性和稳定性的考虑，顺治皇帝的母亲孝庄太后将其确定为皇位继承人。按照顺治帝遗诏，刚即位康熙帝由四位辅政大臣总揽朝政，因此他虽然早已深知“三藩”的危害，但因为手中并没有朝政实权，也只有隐忍不言。
到了康熙六年（1667年）六月，辅政四大臣之首的索尼因病去世。年已12岁的康熙帝在其祖母孝庄太皇太后的支持下，决心废除四大臣辅政体制，实行亲政，并与同年的七月，举行了亲政大典。不过，康熙帝虽然亲政，但辅政大臣鳌拜仍然对政权有着巨大的威胁，原有的辅政体制实际上仍没有发生根本的变化。为了能使康熙能够及早亲政，并迫使遏必隆和鳌拜也交出权力，辅政大臣之一的苏克萨哈在康熙亲政后的第六天上书请求退隐。在康熙帝尚未做出反应之际，鳌拜一党罗织了二十四条罪状陷害苏克萨哈，并强迫康熙帝将其处死。迫于鳌拜等人的压力，康熙帝不得已将苏克萨哈全家处死。而鳌拜一党在清除政敌苏克萨哈后，更加肆无忌惮，朝廷所有政事，均由其决断，对于康熙帝的有些诏令，他竟敢公开抗旨。这些明显的叛逆行为让康熙帝意识到鳌拜对自己统治地位的威胁，清除鳌拜已成为关乎政局稳定的国家大事。
康熙帝一方面不动声色，像以往一样尊敬鳌拜，目的在于麻痹鳌拜，使之毫无防备。一方面选择一群身强力壮的少年练习布库（摔跤）。这样做的原因是考虑到鳌拜亲信党羽遍布朝野，以及鳌拜的武功了得，既不能将其“名正言顺”的伏法，也难以“光明正大”的扣押。在康熙八年（1669年）五月，康熙帝断然采取行动，首先将鳌拜的党羽以各种名义派出，削弱鳌拜的宫廷势力。然后派人将鳌拜召入宫中，亲自指挥布库少年将被誉为“巴图鲁”的鳌拜擒获。鳌拜的党羽——另一辅政大臣遏必隆等人在此之后也被一一擒拿。曾经一手遮天、不可一世的顾命大臣鳌拜，就这样败在年仅16岁的少年帝王脚下。
康熙帝在剪除鳌拜后，废除辅政体制，将朱批大权收回。自此才名副其实的亲政，并开始考虑裁撤“三藩”的问题。在中国的历史上不乏藩镇割据分权，给国家的大一统造成不良后果的鲜明事例。康熙帝既深知其中的利害关系，决意及早撤藩，避免日后造成更大的危害。为了激励自己平定三藩的斗志，康熙帝将此事书写在宫中柱上，并积极寻找解决三藩问题的有利时机。
早在康熙亲政的第一年，即康熙六年（1667年），吴三桂就以目疾为理由请求清廷解除他总管云贵两省事务的职责。康熙帝借此机会予以批准，责令由朝廷派遣的云贵两省督抚管理全省。康熙帝的这一举措虽然部分削夺了吴三桂的权力，但两省兵权仍然掌握在吴三桂及其旧部的手中，“三藩”的势力仍然根深蒂固。康熙十二年（1673年）三月，年事已高的平南王尚可喜被其长子尚之信胁迫，几乎成为傀儡。失去权力的尚可喜采纳了谋臣金光的计策，向朝廷上疏请求带领两佐领的亲信部下回辽东养老，并提出由他的儿子尚之信承袭王爵，继
续留镇广东。尚可喜的这一举措原是想以退为进，希望借此机会亲自赴京向朝廷控诉尚之信的悖逆不法。但年轻气盛的康熙帝抓住这一时机，一方面不同意尚之信留镇广东而决令撤藩，一方面下旨命令尚可喜全家率部迁归辽东。吴三桂和耿精忠闻讯后，都十分惶恐不安。当年的七月，两人分别上疏，假意要求撤藩以试探清廷的态度，给朝廷施加压力。这时朝臣中对于“三藩”的处置办法也分成两派，大学士索额图、图海等人认为“三藩”不可动，户部尚书米思翰、兵部尚书明珠则赞成撤藩。康熙帝自己则是坚定的撤藩派，他认为：“吴三桂的叛变蓄谋已久，朝廷现在如果不尽早将他们除掉，将来一定会搬起石头砸了自己的脚。况且三藩叛乱的局面已经形成，撤藩他们会反，不撤藩他们恐怕也会反，朝廷不如先发制人。”有鉴于此，康熙帝当机立断，批准了吴三桂、耿精忠二藩的上疏，下令三藩同时裁撤。康熙帝本以为凭借朝廷给与丰厚的撤藩补偿，加上三藩各有眷属在北京充当人质——特别是吴三桂身为额附（驸马）的长子吴应熊也在北京，朝廷又占有财政和兵力上的实际优势等原因，三藩投鼠忌器，是不敢轻易发动叛乱的。但时局发展却出乎康熙帝的预料。吴三桂在接到朝廷撤藩的旨意后，立即于同年十一月杀掉云南巡抚朱国治，首先举兵叛乱。