（一）定都天京
攻克南京后，建立首都的问题摆在太平天国领导者的面前。本来，洪秀全欲取河南为都，杨秀清欲取南京为都，双方意见相左，争论不休。后来因太平军在岳阳等地获得大量船队，组建庞大水师，取南京似比河南更易，杨秀清的意见才占了上风。1853年3月底，迎接天王洪秀全进城，以两江总督府为天朝宫殿，改南京为天京，定为天国都城。从此，在南方出现了一个与北方的清政府遥相对峙的农民革命政权，太平天国正式建立了政权。
在政权形式方面，天王洪秀全为太平天国的最高领袖，儿子洪天贵为幼主，是其法定继承人。洪秀全开始在原两江总督府的基础上大修天王府，以表示自己天上地下独一无二的地位。新建成的天王府方圆十余里，数倍于明故宫。洪秀全爱好壁画艺术，于是天王府内以泥金彩绘壁画，以绸缎裱糊窗户，处处饰以精美的雕刻，十分富丽堂皇：“盘龙骞凤，重规叠矩”，“穷极侈丽”。有人讽刺道：“千村万落尽焦土，宫中尚挂珠灯红”，“盘龙与赛凤，留戒世人看”。
天王之下设王、侯两级爵位（后来在诸王之下陆续设义、安、福、燕、豫、侯六等）；职官上，王爵之下设军师、丞相、检点、指挥、将军等。洪秀全并不具体处理政事，他“临朝不理政”，杨秀清的东王府成为实际上的总理国务的机关，掌握着实际上的军政大权。东王府设有吏、户、礼、兵、刑、工六部尚书及其属员。在人员编制上比天朝宫殿多一倍以上，总数达三千五百多人。天京的内政外交、军事战略、政策制度，都由杨秀清来决定，由东王府组织实施。在地方上，太平天国分省、郡、县三级。省级政权的行政长官，由中央统属“朝内官”的丞相、检点、指挥等官员担任。郡设总制，县设监军，称为“守土官”或由太平天国中央直接委派“朝内官”充任，或由当地统军将领随时委派然后呈报中央批准。县以下的基层单位则实行乡官制度。
按照一贯的做法，南京城内强化圣库制度，不仅一切征收和缴获统归圣库，还宣布“商贾资本，皆天父所有，全应解归圣库”，随即把私有的房产、金银、粮食、货物等，一律收归公有。天京军民的生活所需就全由圣库供应，但供给标准，官兵、官民实际上有差别。这种企图用行政命令的方式人为地消灭私有财产，实行平均分配，是违背当时社会规律的，也必然侵害到下层老百姓的利益，挫伤他们的积极性，引起他们的不满和抵触。这种制度，没有也不可能在社会上推广开来。因此，在天京城试行了一段时间，就自行废除了。
太平天国定都天京后，试图废除家庭，在居民中实行军事共产主义。太平军从金田起义后，军中分男营、女营，即便夫妻也不能同居（天王、东王、北王、翼王、燕王五人除外）。进入天京后，杨秀清下令将全城家庭全部解散，居民分为男行、女行，设馆分居，每馆大约二十五人。16—50岁的男子称牌面，全部编入军队当兵。老弱病残的男子称牌尾，做点简单的粗活。女子除选少数机灵美貌的进入诸王府担任女官和侍女外，挑选善于女红的编入锦绣营，从事生产辅助劳动和集体手工业劳动。长期拆散夫妻，导致人们怨声载道，也违背了现实生活需要和社会经济发展的客观规律。到了1855年初，杨秀清不得不下令恢复家庭，允许夫妻团聚，父母与子女团聚。
太平天国对孔子和儒家经书的正统权威进行了冲击。洪秀全对“四书五经”进行了删改，并印发了大量的太平天国的文书，比如经他删改和解释后的《圣经》，新编的识字教材《御制千字文》，新《千字文》开头几句是这样的：“唯皇上帝，独一无二。当初显能，造及天地。万物齐全，生人在世。分光隔暗，昼夜轮递。日有莅照，星辰协治。风偃四方，吹嘘猛厉。悠然作云，雨下空际。洪水退后，悲悯约誓。”太平天国在考试制度上也进行了一些改革，与考的人“不论门第出身”，考试题“不本四书五经”，需出自《旧遗诏圣书》《新遗诏圣书》《天命诏旨书》等。考试的等级和中试者功名也只是作了名称上的改动。
天京的社会生活面貌也发生了一定程度的变化。洪秀全下命令，严厉禁止鸦片，禁止饮酒，禁止赌博，禁止嫖娼……凡吸烟、饮酒、宿娼、开娼的人，一律砍头。此外，在太平天国，妇女地位有所提高。天国政府在民众中提倡一夫一妻制，还禁止缠足，给予妇女在经济、政治、教育、军事等方面的平等地位。这些是保护妇女、革除社会陋习的一项有重要意义的政策。
定都天京后，英法美三国公使先后到太平天国的统治区或天京进行访问，希望太平天国承认与清政府签订的不平等条约，但太平天国不予承认。1854年，杨秀清《答复英国人三十一条并责问五十条诰谕》中提出了对外关系的准则：“我主天王，奉天行道，凡事秉至公，视天下为一家，胞与为怀，情同手足。”提倡平等往来，互不侵犯。在通商方面，太平天国宣布“平定时，不唯英国通商，万国皆通商”，但他们严肃指出“通商者务要凛遵天令”，“害人之物（主要指鸦片）为禁”。
（二）北伐和西征
太平军定都天京后，清政府气急败坏，马上组织军队反扑，试图封锁困死天京。钦差大臣向荣带清军1.4万余人，1853年3月赶到天京城东沙冈、孝陵卫，建立江南大营。4月，另一钦差大臣琦善，带直隶、陕西、黑龙江、吉林等地骑兵、步兵 1.8万人，在扬州城外建立江北大营。这两个大营虽不能对天京有致命的威胁，却也屡屡制造麻烦，成为天国的肘腋之患。为巩固政权，太平天国在天京外围积极作战，同时决定出师北伐、西征。
1.太平军的北伐
1853年5月，洪秀全派天官副丞相林凤祥、地官正丞相李开芳、春官副丞相吉文元等率两万多太平军将士北伐。
林凤祥，广西武鸣人，出身于农民家庭。他在紫荆山参加拜上帝会，历任将军、天官副丞相等官职。他在萧朝贵率领下攻打过长沙，和胡以晃率陆军沿长江两岸东进，攻打南京。攻克南京以后，他受命攻克镇江、扬州等地。1853年5月，他和李开芳率领两万多人出师北伐。他们从扬州出发，攻入安徽，吉文元等赶来亳州会师，向河南挺进。6月，归德村（今商丘）一仗，毙伤清军三千多人。7月，他们率军由汜水口渡过黄河。8月，他们进入山西，复东折回河南，进入直隶。9月，北伐军前锋迫近保定，震惊北京。10月，他们攻克沧州，沿运河北上，月底进逼天津。由于清军放运河水阻挡，林凤祥孤军无援，11月率军南撤。1855年3月，林凤祥在连镇率军突围，受伤被俘，槛送北京，被寸磔（凌迟）处死。临刑的时候，“刀所及处，眼光犹直视之，终未尝出一声”。
李开芳，广西武鸣人。金田起义后，他历任监军、地官正丞相等官职。进军武汉和南京时，他和林凤祥等任先锋。他和林凤祥等奉命北伐，由于正面进军困难，他从深州（今河北深县）东攻克静海。为了迎接天京派来的援军，他率军攻占山东高唐。北伐援军在临清败退，他就从高唐移至茌平县冯官屯。僧格林沁率骑兵一万多人包围冯官屯，并引运河水灌太平军。李开芳多次突围未成功。他打算利用诈降的办法来摆脱困境，但被僧格林沁识破，李开芳在冯官屯被俘后，“仰面四顾，毫无惧色……笑语如常，旁若无人”。1855年5月，李开芳与部将八人被害于北京。