在永安，太平天国正式封王并建立官制，形成了王、丞相、检点、指挥、将军、总制、监军、军帅、师帅、旅帅、卒长、两司马十二等官阶制度（定都天京后，复增侯爵，位居王之后）。洪秀全于12月17 日发布封王诏令，封杨秀清为东王、萧朝贵为西王，列一等；冯云山为南王、韦昌辉为北王，列二等；石达开为翼王，列三等。诸王的等级，由“千岁”来体现：洪秀全万岁，杨秀清九千岁，萧朝贵八千岁，冯云山七千岁，韦昌辉六千岁，石达开五千岁。东王杨秀清节制诸王，他主持军政，使得太平天国运动发展迅猛，李秀成曾钦佩地追忆“东王佐政事，事事严整”，“立法安民”，“严严整整，民心佩服”。杨秀清权力极大，是太平天国事实上的领袖，洪秀全则临朝而不理政。太平天国军政领袖杨秀清、宗教偶像洪秀全，形成了一个二元政体，国有二主，这为“天京变乱”埋下祸根。此外，又封秦日纲为天官丞相（后封燕王）、胡以晃为春官丞相（后封豫王）、罗大纲为总制，还任命了一批检点、指挥、将军等各级官员，基本上确立了太平天国的官制。
冯云山（约1815—1852年），又名乙龙，广东花县人，是洪秀全的同学。1843年，冯云山与洪秀全一起创立拜上帝会。次年与洪秀全到广西贵县发展会众。同年9月只身入桂平紫荆山区，靠拾牛粪、打短工维持生活，历尽艰辛，发展会众两千多人，开拓了紫荆山革命根据地，并培养了杨秀清、萧朝贵等骨干。1847年秋，洪秀全来紫荆山后，冯云山协助洪秀全设立拜上帝会总机关，参与制定“十款天条”和各种仪式，并同洪秀全领导会众展开捣庙宇、砸偶像的斗争。1848年春，因遭劣绅控告，冯云山在桂平被捕入狱，在狱中坚贞不屈。冯云山在狱中创制了《天历》，后经会众营救出狱。金田起义时，冯云山任前导副军师，领后军主将，12月在永安被封为南王。太平天国的重要条规《太平军目》《太平礼制》等，均出自冯云山之手。1852年6月，太平军进攻全州，冯云山中炮负伤，至蓑衣渡牺牲。
杨秀清（1820—1856年），原名嗣龙，广西桂平县平隘山人，世代以烧炭种山为业，生活贫苦。1844年，他在紫荆山加入拜上帝会。冯云山被捕入狱后，洪秀全外出未归，紫荆山拜上帝会会众发生动摇，杨秀清假托代天父传言，主持拜上帝会事务，团结群众，巩固了拜上帝会组织。从此他取得了代上帝传言的大权。金田起义后为左辅正军师，领中军主将。在永安，他被封为东王，称九千岁，主持朝政，节制诸王。1852年6月攻下湖南道州，用他和萧朝贵的名义发布檄文，号召人民起来推翻清朝统治。定都天京以后，他和洪秀全领导北伐、西征、东征。他战功显赫，位高权重，但是居功揽权，妄自尊大。为了树立个人威严，他杖责过燕王秦日纲、兴国侯陈承瑢、卫国侯黄玉昆（石达开的岳父），甚至借细故小事杖责洪秀全。1856年8月，他假托“天父下凡”，逼洪秀全封他为万岁。9月2日，韦昌辉利用洪秀全与杨秀清的矛盾，突袭东王府，诛杀杨秀清全家。1859年11月，洪秀全追念杨秀清前功，决定9月2日为太平天国“东王升天节”。
萧朝贵（1820—1852年），广西武宣县人，出身于贫苦农民家庭。他在紫荆山加入拜上帝会。1848年，冯云山入狱之时，他假托天兄耶稣下凡，安定人心，被洪秀全承认有代言权，地位仅次于杨秀清。金田起义前夕，萧朝贵回武宣家乡招集会众，并动员同族兄弟参加起义。他断然自毁庐舍，表示破釜沉舟、义无反顾的反清革命决心。金田起义时任右弼正军师，领前军主将，接着在永安被封为西王，称八千岁。1852年，他指挥部队攻打长沙，不幸中炮牺牲，时年仅三十几岁。萧朝贵忠实坦率，勇敢刚强，在临难时还对太平军将士说：“攻取长沙，有进无退。我今天马革裹尸，上登天堂，也是如愿的。”
韦昌辉（1823—1856年），又名韦正，壮族，广西桂平县金田村人。1848年带领全家和同族人参加了拜上帝会。不久成为中坚，与洪秀全、冯云山、杨秀清结为兄弟，称天父第五子。金田起义后任后护又副军师，领右军主将，在永安被封为北王，称六千岁。在太平天国初期活动中，他的功劳也不小。定都天京后，他对杨秀清素怀不满，但表面装作顺从。每逢杨秀清轿子来到，就奔前扶轿迎接。论事不到几句话，就跪称“非四兄教导，小弟肚肠嫩（意思是才识短浅），几不知此”。杨秀清借“天父”传言要杖责洪秀全的时候，他要求代天王受杖。其兄同杨秀清妾兄争房屋，杨秀清要他处置，他用五马分尸酷刑治其兄之罪。1856年9月，督师江西时，他利用洪秀全和杨秀清的矛盾，率兵三千星夜回天京诛杀杨秀清及其家眷，并有意扩大事态，杀戮杨部属两万余人，史称天京事变。后他欲加害石达开，又妄图杀害洪秀全。石达开逃离天京，起兵安徽，要求洪秀全杀韦昌辉“以谢天下”。韦昌辉兵败，逃至浦口被擒获，解回天京，洪秀全下诏处死韦昌辉，削其封号，贬为“死孽”。
石达开（1831—1863年），广西贵县那邦村北山里客家人，出身于地主家庭，率领两千客家人参加了拜上帝会。金田起义后，被封为左军主将，受封翼王。在太平军由广西向金陵（今南京）进军途中，任开路先锋，屡建战功。
1853年，建都天京后，石达开留京协助洪秀全、杨秀清处理军政要务，后被派到安徽治理新占地区，很有成效。1854年，西征军在湖南湘潭为曾国藩的湘军所败，节节后撤，武汉失守，九江危急。次年1月，他被派增援西征，重创湘军笨重大船于长江水域，在湖北、江西战役中取得胜利。1856年奉命回援天京，协同燕王秦日纲等部，摧毁清军江南大营，共解天京之围。天京事变发生后，石达开从湖北赶回天京，责备韦昌辉杀人太多，韦昌辉起杀心。石达开逃往安庆，但在天京的家属被韦昌辉杀害。韦昌辉死后，石达开奉诏回京辅政，合朝拥戴。但洪秀全对他并不信任，而重用自己的两个哥哥洪仁发、洪仁达，对其进行牵制。石达开对此极为不满，以天王“重重生疑忌”布告军民，于1857年5月离开天京。10月，他带领大批将士离开安庆，转战浙、闽，后折入湖南，进图四川，与湘军作战失利，被迫撤入广西，后在川南、黔北转战年余，接连受挫。1863年5月，他进至紫打地（今四川石棉县安顺场南），为大渡河所阻，又遭清军及士兵围困，进退无路，陷于绝境。他写信给四川总督骆秉章，请“宥我将士，赦免杀戮”，冀图“舍命以全三军”。清将假作答应。6月，石达开携子入清营后，不仅部属惨遭屠杀，自己也在成都遇害。
太平天国分封的诸王不是空头王、荣誉衔。太平天国诸王是如同先秦一般，实实在在裂土分茅，分封建树的王。洪秀全的分封以《周礼》为依据，杨秀清等人拥有自己的封地（因占领土地较少，一直没有兑现），在封地实行自治，以天王为共主，成为天王洪秀全的藩属，拱卫天朝。诸王在王府中成立自己的行政机构，各自拥有独立的宰辅、将佐，并分设六部，成立朝中之朝。洪秀全又允许诸王独立招兵，成立各王的私军，称东殿军、西殿军、翼殿军等。各王侯封爵世袭，其未继位之嫡子王储也称王，加一幼字于前，如幼天王、幼南王等。另外，为了表示太平天国诸王无上的地位，洪秀全规定：太平天国所有文书提及古今中外其他政权的王，统统加一“反犬旁”，写作“狂”。
在建立官制的同时，太平天国颁行天历，废清朝纪年，以金田起义之年（1851年）为太平天国辛开元年，1852年为太平天国壬子二年。规定一年为366日，单月31日、双月30日，立春、清明、芒种、立秋、寒露、大雪六节气为16日，其余十八节气皆15日。对于旧历书中的生、克、吉、凶等封建的清规戒律，一概斥之为“邪说歪例”，“尽行删除”。年、月、日仍用传统的干支记法，但将地支中“丑”改为“好”、“卯”改为“荣”、“亥”改为“开”，其记日的干支比当时阴历早一天，其礼拜日则比公历也早一天。太平天国颁布自己的历法，是对清朝“正朔”的公然否定，是宣布与清朝决裂的有重大政治意义的行动。
另外，因“贵贱宜分上下，制度必判尊卑”，太平天国颁布《太平礼制》，规定了一整套严格的尊卑等级和烦琐的礼仪制度。《太平礼制》规定了各级诸王、将领、士兵的服饰、称呼、朝仪上的级别。关于服饰，由于洪秀全极“脱俗”的品味，规定“红黄二色，为天朝贵重之物”，只有官员可“遵官职制造穿着，无官之人，仅准红色包头，其汗袍、蚊帐、足裘尤不准用”“以判崇卑”，如有不遵定制，即“斩首不留”。关于仪卫舆马，规定官员都坐轿，天王轿夫六十四人，东王轿夫四十八人，最下至两司马还有轿夫四人。东王仪仗多至数百人，有开路龙灯等器物。如此等等，可谓繁缛琐碎至极。
洪秀全还多次诏令全军不得私藏所获财帛等物，一切战利品都要上交天朝圣库，违令者治罪；不得违反十款天条；命太平天国将士蓄发；刊刻颁行《太平诏书》《天条书》《太平军目》等太平天国官方文书。“永安建制”为太平天国政权奠定了初步规模，使天平天国军队士气大振，政权的凝聚力大大提高。
（四）顺利进军
1852年4月，清军已集中四万兵力包围永安。洪秀全率军突围，兼程北上。经全州时，南王冯云山不幸中炮牺牲。6月10日，太平军在全州城北的蓑衣渡，中了江忠源所率楚勇伏击，激战两天，损失很大，经蓑衣渡一战，太平军精锐、辎重尽丧，穷蹙已极，不复有攻长沙取湖南之力。太平天国领导层也发生动摇，洪秀全等人几乎起了散伙的念头，幸得杨秀清一力支持局面，鼓舞士气。史载：“官兵追剿，屡屡穷蹙。秀全及群贼皆有散志，独秀清坚忍，多施诡计，笼络群丑，败而复炽。”
此战失利后，太平军进入湖南，轻取道州，转战江州、永州，沿途清军抵抗甚微，太平军打击官吏豪绅地主，焚烧官衙，没收浮财，烧毁地契、粮册、债券，深受人民欢迎。湘南三合会起义部队纷纷来投，太平军扩大实力，攻城略地，所向披靡。太平军仅在道州就扩军至三万，经江州、永州扩军，又得兵两万，入郴州，又招得两三万人。其中能征惯战的将士五万有余，尤其招得矿工数千人，另立土营，专事穴地攻城，攻坚能力大为提高。到9月间，太平军已达十万多人。
萧朝贵率一支先锋部队经永兴、安仁、茶陵、醴陵直取长沙。在长沙城下，萧朝贵不幸被炮击中而归天。杨秀清、韦昌辉、石达开接手长沙太平军指挥，而清军也有左宗棠、江忠源、张国梁、向荣等将才坐镇，太平军湘南精锐对决数量相当的清军王牌楚勇、捷勇，两军对垒，可谓空前。长沙围城战后期，成为太平天国战争史上最为惊心动魄的三场大战之一（其余两场为陈玉成安庆血战曾国荃、鲍超，石达开与左宗棠、李续宜宝庆会战）。长沙城居民的乐天和无畏，历史罕见。太平军与清军厮杀数月，长沙百姓竟然同往常一样悠闲地过着小日子，甚至携带酒食上城观战，如同一句贵州民谣：“贼杀贼，官杀官，与我百姓无相干。”长沙围城数月，“行人来往自如，入城者唯避南门，其余六门皆可缒以入。街巷间妇女娱游，酒食过从，盛于平时，忘其为围城”。守城清军如同上下班一般，每日点卯之后可以自行下城休息吃饭。然而，太平军围攻长沙八十一天未能攻克，后渡湘水经西岸北进，从此一帆风顺，出洞庭，入长江，下江南，清军再没有阻挡的能力了。
1853年1月，攻克武昌，击毙湖北巡抚常大淳等，军威大震，又有数万人加入太平军，这时太平天国队伍总人数增至五十余万。经短期休整后，1853年2月，太平军开始了顺江而下的胜利大进军，水陆两路，齐头并进，黄旗蔽日，帆幔弥江。陆路由胡以晃、林凤祥、李开芳统领，水路由杨秀清、韦昌辉、石达开、秦日纲、罗大纲、赖汉英统领，洪秀全则乘坐龙舟居船队之中。由于太平军进军神速，清政府重点在河南组织防御，害怕太平军北上，因而在长江中下游还来不及建立强有力的防御体系。太平军所向无敌，迅速攻克黄州、蕲州，进逼武穴。
武穴是江防重镇。两江总督陆建瀛派总兵恩长率四千清军先到此地，准备砍伐树木，在长江中设置障碍，拦截船队。谁知太平军已抢在拦江之前赶到，正在睡梦中的清军被太平军的枪炮声、杀妖声惊醒，乱作一团。太平军攻入敌营，举刀砍杀，清军尸横遍地。恩长见全军覆没，投江自杀。亲率两千官兵溯江西上的陆建瀛，听说恩长全军被歼，又远远望见太平军水师排山倒海一般开来，吓得魂飞魄散，急忙换乘小船飞速逃往南京。在九江驻守的清军闻知武穴惨败和两江总督逃之夭夭的消息，斗志涣散，“文武弃城远避，兵勇闻风先散”。石达开率先头部队轻松占领九江。1853年2月，石达开又率水师驶过彭泽县的小孤山。安徽按察使张熙宇远远望见太平军船队，放了一炮，随即率九百守军落荒而逃。太平军又进逼安庆，安徽巡抚蒋文庆请求乘轿奔逃的钦差陆建瀛共守安庆。陆建瀛垂头丧气地摆摆手，继续奔逃。太平军占据安庆，杀蒋文庆，又获得大批饷银、仓谷、火炮等战利品。
（五）占领南京
太平军接着又连克池州、铜陵、芜湖、和州。清军兵败如山倒，沿江防卫兵勇纷纷不战而逃，而两岸的天地会成员及贫苦群众踊跃参加太平军。3月，太平军兵临南京城下。陆建瀛身为两江总督，总管南京兵防，却只会粉饰欺君，面临危局，束手无策。他自从逃回南京后，即深居简出，三天不会客，不办公。在他的影响下，江苏巡抚杨文定托言防守镇江，溜到苏州。不久，太平军攻破南京外城，斩陆建瀛。
南京城虽然被攻克，但城中之城——满城尚在旗人士兵的控制中。南京满城是原明朝皇宫旧城，城垣极其坚固，防御工事完备。因为太平天国以民族革命者自居，推行对旗人的无区别杀戮的政策，城中旗人只得与太平军死战到底，因此满城的战斗，惨烈的状况前所未见。杨秀清连续发动三次强攻，都被打败，阵亡数千人，积尸与城平。旗人士兵虽然抵抗十分凶猛，但抵不住太平军庞大的人力优势。杨秀清让部队轮批上阵，以车轮战术消耗清军，战斗持续数日，旗兵竟有人“力尽气竭而死”，杨秀清又下令投降的旗人可以免死，旗人的士气顿减。太平军乘机猛攻，一举突破城墙，清军主帅祥厚自刎，其余清将均为太平军所杀。洪秀全下令，全城捕杀旗人，“有擒得旗人者，赏银五两”。于是城中的汉人都起来搜捕追杀旗人，旗人两万余人几乎全部被杀，太平天国在付出数万人的惨痛代价后，全面占领南京。之后，肃清残敌，恢复秩序，北王韦昌辉、东王杨秀清先后入城。