（一）天京事变
1.经过
1856年6月，太平军解天京之围后，东王杨秀清见当时太平天国形势大好，权力欲望恶性膨胀，另有图谋，欲夺取洪秀全的宝座。
洪秀全和杨秀清的矛盾，要追溯到杨秀清在平在山假托天父下凡取得凌驾于洪秀全之上的权力的时候。杨秀清首次假托天父下凡“传言”是在1848年，他宣称“天父”上帝下凡附在自己身上，通过自己“传言”，安定会众，聚拢人心。不久，萧朝贵也自称“天兄”（耶稣基督）附在自己身上显灵，宣传“真道”，发布号令。杨秀清、萧朝贵的假托天父、天兄降托，是一种叫做“隆童”的巫术。当时兰州民间，常有巫觋专干这项营生。这种巫术，说是神灵附在巫觋的身上，作为神与人的媒介。这种人会预言，能治病和解答难题，乃是交感巫术的一种。从此，上帝教渗有巫术在内，并且成为重要组成部分。这种做法在当时团结了会众，巩固了队伍，也极大地提高了杨、萧的地位，但留下了日后杨秀清与洪秀全矛盾冲突的隐患。
金田起义后，太平天国建国采取军师负责制，拥戴洪秀全即天王位，为国家元首，临朝不理政，封杨秀清为正军师，总理国务，实权由杨秀清执掌。杨秀清对太平天国运动的发展有突出的贡献。在初期，杨秀清借“天父”诏旨，宣布洪秀全“出一言是天命”，即要太平军将士无条件听从洪秀全的话，洪秀全的话是代表天说的。但定都天京以后，杨秀清居功自傲，威信上升，常目无天王。1853年12月，为了天王府有四个女子在雨雪中挖塘之事，杨秀清假借天父下凡，要杖责洪秀全。《贼情汇纂》载：“秀全僻处深宫，从不出户，人罕识其面。他自知智慧不及杨秀清，一切军务皆委之，任其裁决。秀清自恃功高，朝见立而不跪，每诈称天父下凡附体，令秀全跪其前，甚至数其罪而杖责之，造言既毕，其为君臣如初。”
1856年8月中旬，东王称“天父下凡”，召天王洪秀全到东王府。“天父上身”的东王对天王说：“你与东王皆为我子，东王有咁大功劳，何止称九千岁？”洪秀全说：“东王打江山，亦当是万岁。”“天父”又问：“东世子岂止千岁？”洪说：“东王既称万岁，世子亦当是万岁，且世代皆万岁。”“天父”大喜说：“我回天矣。”这就等于要洪秀全让位。洪秀全岂肯拱手让位。他当面欣然同意杨秀清的要求，并说在杨秀清生日（阴历八月二十五日）那天正式举行封典。
正在这时，佐天侯陈承瑢向天王告密，谓东王有弑君篡位之企图，天王密诏北王韦昌辉、翼王石达开及燕王铲除东王。9月1日，北王韦昌辉率三千精兵赶回天京，当夜在城外与燕王秦日纲会合，陈承瑢开城门接应。众军在2日凌晨突袭东王府，杀死尚在睡觉的杨秀清，东王府内数千男女被杀尽。由于东王长时间位高权重，部属亲随众多。北王为不留后患，以搜捕“东党”为名，竟残忍地发动了一场骇人听闻的大屠杀。众多东王部属在弃械后被杀，平民也不能幸免，随后血洗南京城，约两万人被屠杀。
9月中旬，翼王石达开回到天京，责备北王滥杀之事。北王对翼王又起杀心，翼王连夜逃出城，北王将城内石达开的家属全部杀死。翼王从安庆起兵讨伐北王，求天王杀北王以谢天下。天王袒护北王，北王也积极备战。但翼王平息内乱是正义行为，代表了绝大多数太平军将士的愿望，在天京以外的太平军大多支持翼王。北王越来越孤立，天王见人心不可违，终于答应下诏诛北王。北王不甘束手就擒，又率队围攻天王府，但最终败于效忠天王的将士及东王余众，北王及党羽、亲属二百人被处死，燕王秦日纲及陈承瑢不久亦被处死，石达开于11月底回天京主持政务，历时两个多月的天京事变告一段落。
后来，天王撤销了杨秀清的图谋篡位罪名，将杨之死忌定为“东王升天节”。
2.影响
天京事变是太平天国兴亡的转捩
点。太平天国所宣传的天父、天兄，已无人再相信，当时太平军中的歌谣说“天父杀天兄，江山打不通，回转故乡做长工”，当时的文人也说“天父杀天兄，江山打不通。长毛非正主，依旧让咸丰”。太平军因信仰危机，人心涣散，纪律松弛，将士离心倾向严重。而由于杨秀清两万多精兵强将死于内讧，造成天国人才枯竭，战争形势由主动变为被动，西线湘军攻陷了武昌、汉阳，进犯九江。东线江南大营从丹阳一路反扑，再围天京。太平天国被迫从战略进攻转为战略防御。从此以后，太平天国就从兴隆昌盛转向衰败，以致灭亡。
（二）洪秀全重建太平天国领导核心
天京变乱后，太平天国出现了“朝中无人，国中无将”的危险局面。这时，洪秀全果断地提拔了一批朝气蓬勃的青年将领。1857年10月，封蒙得恩为正掌率，封陈玉成为又正掌率，李秀成为副掌率。次年，又命陈玉成、李秀成、李世贤、韦志俊、蒙得恩分别为前后左右中军主将。他们临危受命，积极防御，给中外反动势力以沉重打击，稳定了天京的局势，使太平天国革命事业一度出现了转机。1859年，洪仁玕从香港辗转来到天京，被封为干王，总理全国政事。同年陈玉成被封为英王，李秀成被封为忠王，二人是太平天国后期重要的将领。太平天国后期的三人领导核心形成了。
陈玉成（1837—1862年），原名丕成，广西藤县人，出身于贫苦农民家庭。少孤，14岁跟着叔父陈承瑢参加金田起义。1854年，他随西征军攻破武昌，因功升殿右三十检点。他治军严整，骁勇富谋略，善筑垒围攻，第二年，他随军再取武昌，被升为冬官正丞相。1856年，镇江被困，陈玉成随燕王秦日纲支援，因内外音讯不通，即带壮士数人乘船舍死冲入镇江，与守将约定内外夹攻，遂大败清军，解镇江围，并与各友军共破江北、江南大营。1857年，他率军在相城大败清军，同捻军会师，兵力扩大，被封为成天豫，任前军主将，和李秀成等同主军政，力挽危局。1858年9月，他率军攻破浦口江北大营，11月在三河以迂回包抄战术断敌退路，歼灭了湘军精锐部队李续宾部，稳定了长江上游战局。
1859年，他被封为英王，东征苏州、常州，在江北连续打败清军胜保、张国梁，攻克扬州和浦口。1860年，他救援天京，配合各路太平军打破江南大营。第二年，他率军西征至贵州（今黄冈），因为李秀成军误期，未能合取武昌，遂回师径援安庆，多次苦战失利。安庆失陷以后，陈玉成退守庐州，受严责革职。1862年5月，清军进攻庐州，陈玉成转移到寿州（今安徽寿县），为叛徒苗沛霖诱捕，解送清营。胜保劝他投降，陈玉成坚贞不屈，凛然斥责说：“尔本吾败将，何向吾作态”，“大丈夫死则死耳，何饶舌也”！6月4日，陈玉成在河南延津慷慨就义，年仅26岁。
李秀成（1823—1864年），广西藤县人，出身于贫苦农民家庭。1851年，他参加太平军。1853年，定都天京以后，杨秀清保举他为右四军帅，不久又被升任为后四监军。1856年，与清军大战于高资、汤头，解镇江之围，大破清军江北、江南大营，被委为地官副丞相。1857年10月，他被封为合天侯，“任副掌率之权，提兵符之令”，与陈玉成同掌兵符，提调军务。他曾请求洪秀全“仍重用于翼王，不用于安、福王”，遭到严斥并革除封爵。1858年，与陈玉成等共商解京围之策，并大破清军江北大营。第二年，被封为忠王。
1860年夏，与干王洪仁玕共订“围魏救赵”之策，并亲率大军奔袭杭州，诱敌分兵，然后五路合击，再破江南大营，又乘胜先后攻占常州、苏州、嘉兴、松江等地。不久，李秀成率领一支太平军攻到上海近邻。1861年1月，他再次率军进攻上海。由于天京告急，6月撤兵回救，久战无功而退；又北进江北，半途而返，损折精锐大半，军势大挫。1863年，受任真忠军师，主持天京战守。湘军围城日急，他力主“让城别走”，洪秀全固执不从，遂致坐困。
1864年，天京陷落，李秀成保护幼主突出重围后被俘。他写有长篇供词，阿谀颂扬曾国藩，乞怜偷生。在供状里，他还记述了太平天国的兴衰，并向曾国藩提出“招降十要”和“防鬼反为先”的建议。但在写完供状的当天，曾国藩就把他杀死了。
（三）石达开远征
天京事变后，石达开奉诏回京辅政，他不计私怨，追击屠杀时只惩首恶，不咎部属，人心迅速安定下来，被军民尊为“义王”。当时军事形势是严峻的，武昌、汉阳陷落，曾被捣毁的江北、江南大营又由和春与德兴阿重建。但在石达开的部署下，太平军稳守要隘，伺机反攻，陈玉成、李秀成、杨辅清、石镇吉等后起之秀开始走上一线，独当一面，内讧造成的被动局面逐渐得到扭转。
但是，见石达开深得人心，天王心生疑忌，他吸取了杨秀清专权的教训，“专信同姓之重”，封大哥洪仁发为安王、二哥洪仁达为福王，让这两个无德无才之人掌握朝廷实权，明为辅助，实为监督石达开。洪仁发、洪仁达对石达开百般牵制，以致有阴谋陷害之意。
为了避免再次爆发内讧，1857年5月下旬，石达开借到雨花台太平军驻地“讲道三天”的机会，离开了天京，前往安庆集结部队开始远征。此后，石达开虽仍保持太平天国翼王称号和通军主将身份，洪秀全方面也继续在官书、文件中列其职衔，多次劝其回京，但石达开坚持己见，不愿回头。石达开率部转战江西、浙江、福建、湖南，虽欲建立根据地，终因内外矛盾以失败告终，却牵制了大量清军，为太平军取得浦口大捷、二破江北大营、三河大捷等胜利创造了有利条件。
1859年秋入广西，因流离辗转，处处受挫，在广西竟萌生隐居山林之念，大部分将士纷纷离他而去。1861年9月，自桂南北上，决定进入四川这个天府之国，雄据一方。自此先后四进四川，终于在1863年4月兵不血刃渡过金沙江进入四川。5月，太平军到达大渡河边紫打地（今石棉县安顺场），因降大雨，河水暴涨，被大渡河急流挡住去路，又受到清军和当地土司兵包围，几番突围失败，陷入绝境。
为求建立“生擒石达开”的奇功，四川总督骆秉章遣使劝降，石达开决心舍命以全三军，经双方谈判，由太平军自行遣散四千人，这些人大多得以逃生。剩余两千人保留武器，随石达开进入清营，石达开被押往成都后凌迟处死，清军背信弃义，两千将士全部战死。