（一）再破江北大营
石达开出走后，太平天国当时在军事上面临的形势是十分严酷的。在天京附近，1857年，江南大营重建起来，江北大营也进行活动。继1857年底镇江、瓜洲失守之后，1858年夏，九江失守，天京形势越来越危急。洪秀全不得不提拔陈玉成、李秀成等一批青年将领，担任军事指挥工作。同年8月，陈玉成、李秀成等将领召开安徽枞阳大会，“各誓一心，订约会战”，制定了正确的作战方针，为再破江北大营以解京围奠定了基础。
1858年8月11日，陈玉成领太平军再克庐州，接着与李秀成部会师乌衣，众达数万，与江北大营清军相持。当时，江北大营统帅德兴阿拥有兵勇一万五千余人，择要分布，以浦口、江浦之间的陡冈、安定桥、小店（今永宁镇）一带为重点，分驻于西至江浦石碛桥（今桥林）、高旺，东至瓜洲、三汊河，北至来安、施官集的广大地区内，绵延二百余里；长江内则有水师巡船往来游弋，以资接应。然而，清军的这种分散部署，正好给了太平军以各个击破的极好机会。
9月底，太平军大败清军进攻乌衣的部队，歼敌三四千人。继而乘胜向小店发起猛攻，击败由江南大营来援的总兵冯子材部五千人。陈玉成部于是冲破清军军营，直下浦口，在从九洑洲渡水前来的太平军配合下，再次大败敌军，并将浦口一带的清军营垒全部烧毁。清军见后路被袭，阵势大乱，纷纷夺路而逃。德兴阿逃往扬州。陈玉成部随即于29日占领江浦。至此，江北大营再次被摧毁，清军前后损兵万余人。清廷将德兴阿革职，并决定撤去江北大营建制，江北军务由江南大营统帅和春统一节制。太平军攻破江北大营之后，恢复了天京与江北的联系，保障了对天京的供应。
（二）三河镇大捷
正在太平军破江北大营之时，湘军主力李续宾部自九江攻入安徽，连陷太湖、潜山、舒城、桐城，安庆外围据点都被湘军占领。1858年10月，湘军又猛攻三河镇。
三河镇在庐州西南50里，既是庐州西南的重要屏障，又是太平军的粮草军火基地。陈玉成在江苏六合接到湘军大举东犯安徽的报告，毅然决定回兵救援，并向洪秀全报告，要求调派李秀成部前往会战。太平军各路大军十多万人很快齐汇三河，切断湘军的退路。
11月14日，陈玉成首先发动攻击，次日湘军反攻，冲过三河附近的金牛镇。陈玉成抓住敌人冒险出击的有利时机，以少部兵力正面迎敌，吸引敌人，另以主力从湘军左侧抄其后路。陈玉成趁天有大雾，率军从敌人后面杀出，驻扎于白石山的李秀成部，闻金牛镇炮声不绝，立即赶往参战；驻守三河镇的吴定规也率部出镇合击湘军。太平军把湘军团团围往，李续宾部几乎全军覆没，李续宾和曾国藩弟弟曾国华被击毙。曾国藩在闻讯后“哀恸填膺，减食数日”，胡林翼也说“三河败溃之后，元气尽伤，四年纠合之精锐，覆于一旦，而且敢战之才，明达足智之士，亦凋丧殆尽”。太平军乘胜追击，收复太湖、潜山、舒城、桐城。
三河镇大捷，太平军一举歼灭湘军精锐近六千人，粉碎了湘军东犯的企图，保卫了皖中根据地，对鼓舞士气，稳定江北战局，保证天京安全和物资供应，都具有重大的战略意义。
（三）再破江南大营
三河镇大捷之后，太平天国既出现了新的希望，也存在不少困难，特别是天京仍处于江南大营清军的包围之下，总的形势依然相当严酷。江南大营于1858年初重建后，统帅和春设大营于沧波、高桥两门之间。不久，强征数万民夫，于天京城外挖掘深阔各约丈余的长壕，绵亘百余里，经年始成。1860年1月底，李秀成离浦口后，江南大营清军水陆并进，攻陷了浦口沿江一带太平军垒卡二十余座，并于2月1日占领江浦和九洑洲，进一步围困天京。
此前，1859年4月，洪仁玕来到天京，洪秀全即封其为干王，总理朝政。陈玉成、李秀成也先后被封为王。为了摧垮江南大营，解除清军对天京的威胁，洪仁玕提出“围魏救赵”之计，即太平军攻击湖州、杭州，江南大营必派兵去救，那时再乘机迅速击之。
1860年3月，李秀成部直取杭州，一举入城，浙江巡抚罗遵殿自杀。咸丰帝深恐失掉浙江这个财赋之区，严令和春增调劲旅赴浙（后又命和春兼办浙江军务）。和春只得遵旨加拨援兵，急调一万多人，统归张玉良率领去援救杭州，江南大营空虚。李秀成见清军已到杭州，便留下旗帜作为疑兵，将主力悄悄撤走，迅速由浙西进入皖南，在安徽建平（今郎溪）各军将领会合。
4月底，各路太平军抵达天京外围，众达十余万人，在扫清清军外围据点后，随即准备总攻江南大营。总攻部署是：李世贤部自北门洪山、燕子矶，李秀成部自尧化门，刘官芳、陈坤书部自高桥门，杨辅清部自雨花台，陈玉成部自善桥方向，五路并进。天京城内的太平军则由城内出击，配合援军夹攻清军。5月2日，太平军向江南大营发起总攻，城内太平军也乘机杀出。5日，陈玉成首先突破天京西南的清军长壕，毁敌营五十余座。太平军内外会师，重围已解，士气更高，便连夜乘胜猛攻。清军军营四处火起，江南大营总部所在地小水关大营也被攻破，和春等率残部经石埠桥乘船逃往镇江。于是，重建后围困天京两年多的清军江南大营又被摧毁。再破江南大营，是太平天国战争史上最为“得意之笔”。
（四）太平军东征苏南与进攻上海
天京既解围，太平天国又制定了先东进、后西上的战略。陈玉成、李秀成大军于1860年5月15日从天京出发东征，19日攻克丹阳，歼灭江南大营残部约万人。之后，陈玉成奉命渡江夺取扬州，东征战事由李秀成部进行。
李秀成率太平军先后攻克常州、无锡、苏州和江阴，太平军即向上海进军。英国公使卜鲁斯、法国公使布尔布隆，于5月26日悍然宣布保护上海，阻止太平军的前进。建都天京之时，英、法、美三国公使就曾先后到天京访问，要挟太平天国承认他们与清政府订立的不平等条约，并以如不承认就要动干戈相威胁。太平天国坚决拒绝，并向他们庄严宣布对外政策：“万国皆通商”，“害人之物为禁”，“通商者务要凛遵天令”。太平天国对于擅自闯进境内的外国兵舰，立即开炮射击，对于走私贸易的商船加以制裁，坚决维护国家主权。
此时，英、美等国为了阻止太平军攻占上海，由清朝苏松太道吴熙出面，委派华尔招募外国籍人组成“洋枪队”，驻松江，抵抗太平军的进攻。8月，李秀成在青浦一战大破洋枪队，“杀死鬼兵六七百人”，华尔身中五枪，狼狈逃回上海。后因嘉兴方面战事告急，太平军撤退。在反侵略战争中，外国资本主义侵略者受到了太平天国军队的重大打击。李秀成自述原稿说：“那时洋鬼并不敢与我见仗，战其即败。”李鸿章报告清政府说：“嘉城复失，逆焰大张，西兵为贼众所慑，从此不敢出击贼。”
（五）安庆保卫战
太平军在取得二破江南大营之战的胜利后，安徽战场的形势不但没有得到改观，反而越来越严重。1860年8月，曾国藩被任命为两江总督，并任钦差大臣，督办江南军务，节制大江南北水陆各军，他率湘军乘太平军二破江南大营和东征苏常之机，大举东进围困安庆。
安庆是天京西部屏障，又是太平军粮饷的重要基地。太平天国守得住安庆，在军事上可以阻挡湘军东下进攻天京，在政治上可以保卫基层政权最巩固的安徽地区，在经济上可以保卫江南、江北产粮区的生产，使天京得到源源不断的物资供应。1860年9月下旬，鉴于安庆已为湘军所困的局面，太平天国领导人决定再次采用“围魏救赵”之计，于是在东征告一段落之后，西上的战斗任务提上了日程。西上的目标是上取湖北，在战略上是力争上游，取得胜利，以粉碎湘军对安庆的围攻。
1860年冬，陈玉成统北路军，从皖北进蕲州、黄州，以李秀成统南路军，从皖南进江西，约定来年4月会师武昌，合取湖北。北路军在1861年3月进抵距武汉160里的黄州，省城防备空虚，身在安徽太湖的湖北巡抚胡林翼惊慌失措，说自己“笨人下棋，死不顾家”。北路军因英国出面阻挠和南路军未能按时赶到，便率主力折回安庆。南路军也于1861年4月底进入湖北，克复了大冶、鄂城、通城、通山、兴郭、咸宁、嘉鱼、蒲圻等州县。然而李秀成对攻鄂本来不甚积极，便于7月上旬率部撤出湖北，折入赣西北地区，然后去经营江浙。这样，太平军又一次失去了夺取武汉的机会，两路合取湖北的计划至此全部落空，以致不能牵动安庆围军。安庆守军因长期被困，粮弹将绝，只好搜食猪、狗、树叶、树皮，许多战士活活饿死。1861年9月5日，湘军轰塌安庆北门而入，守将叶芸来、吴定彩率军与敌肉搏，全部壮烈牺牲，安庆失陷。安庆保卫战是太平天国战争史上最惨烈的一次战役。安庆失守，太平天国革命形势急转直下。
北路军于安庆失陷后，陈玉成受到革职处分，坐守庐州，1862年5月放弃庐州北走寿州，被地主团练头子苗沛霖诱捕送往清军胜保大营，6月4日在河南延津遇害，年仅26岁。长江以北，失去了这一支大军的支持，太平军在皖北的防务瓦解，太平天国只能依靠李秀成等新开辟的苏浙根据地支撑危局，保卫天京便困难了。
（六）太平军的反侵略战争
李秀成的南路军于1861年9月从武汉东退，率大军又进入浙江，12月底攻克杭州，次年1月初，太平军再次进军上海。而此前，1861年8月，华尔在松江改组洋枪队，任用欧美人当军官，招骗中国人充当兵士，组成中外混合军。11月中旬，洋枪队发展到两千多人。当太平军进军上海的时候，洋枪队配合英法在上海的正规军、清军进行抵抗，太平军损失严重，向上海进军受挫。清政府赐给华尔官衔，称洋枪队为“常胜军”。中外反动军队保住上海以后，开始进攻嘉定、青浦、南桥等地的太平军。5月6日，英、法、俄侵略军及华尔洋枪队攻击青浦。12日晨，青浦城被攻破，守城的太平军全部惨遭杀害。同时，外国干涉军还侵占了太平军驻守的嘉定、奉贤等地，并大肆抢掠屠杀。
李秀成得知前线失利大怒，发出布告警告侵略者，要他们“各宜自爱，两不相扰”，“倘不遵我王化而转助逆为恶，相与我师抗敌，则是飞蛾扑火，自取灭亡”。他率领万余精骑，从苏州火速增援太仓，5月中旬，经过两天激战，敌军全线崩溃，摧毁清军三十余座营盘。与此相呼应，太平军又在奉贤南桥战役中击毙了法国干涉军司令卜罗德，太平军乘胜追击，再次攻克嘉定、清浦、南翔等要地，并活捉常胜军副统领法尔斯德，大长了中国人民的志气，灭了侵略者的威风。
正当李秀成在苏浙取得了一些胜利之时，湘军对天京的围困也愈来愈紧。1862年6月，李秀成遵命撤围回天京，在上海的清军和侵略军得到喘息之后，立即进行反扑。太平军留守部队在谭绍光的领导下，击退了敌人的进攻，并一度迫近上海近郊。8月，在浙江慈溪战斗中，太平军打死了恶贯满盈的“常胜军”头子华尔。
接任“常胜军”统领的是美国人白
齐文。1863 年3 月，改由英国军官戈登为统领。戈登穷凶极恶，他与李鸿章淮军联合，对太平军发动反扑，从1863年5月起，陆续攻陷太仓、昆山、吴江，继而进犯苏州。由于中外反革命势力的联合进攻和李秀成率主力回援天京，致使苏浙战场转入防御，根据地日渐缩小。1863年12月因内部投敌叛变，苏州失陷。第二年3月，太平军从杭州突围北撤。这年上半年，浙江战场已经瓦解，太平军除一部分坚守湖州，大部分退入江西境内。太平军将士与外国侵略者的浴血搏斗，揭开了近代中国人民反帝反封建斗争的辉煌篇章。