刘裕讨伐刘毅时曾任命宗室司马休之为荆州刺史。几年后，刘裕嫌忌司马休之在江陵深得人心，以休之子文思犯法而休之不肯严惩反而心存怨气为借口，下令讨伐休之。东晋雍州刺史鲁宗之及其子鲁轨担心不为刘裕所容，和司马休之连兵抵抗刘裕。休之等兵败后投后秦。义熙十二年（416年），后秦派遣鲁宗之子鲁轨率兵进犯襄阳，骚扰荆楚。这时，后秦皇帝姚兴突然病故，其子姚泓继位，后秦王室内部不和，发生内讧。是时，北魏拓拔氏跨有并冀，大夏赫连氏虎据朔方，都牵制了后秦相当一部分兵力。刘裕在义熙十二年（416年）九月，亲统大军，北伐后秦。北伐大军兵分四路，水陆并进，浩浩荡荡。檀道济、王镇恶所属二部进展十分迅速，所至望风归降，十一月就占领了洛阳。前锋随之进抵潼关。刘裕主力部队也击败了北魏的骚扰，也顺利抵达洛阳。然后又兵分两路，继续向长安进军。义熙十三年（417年）九月，刘裕军攻入平朔门（即长安北门），姚泓出降，后秦灭亡。十二月，刘裕留守建康的心腹、尚书左仆射刘穆之病死，使本来想留在长安经略西北的刘裕担心后方发生变化，于是决定返回江南，而留其次子义真镇守长安。刘裕此次北伐，收复了大片国土，并牢固地占有了潼关以东，黄河以南的广大地区，威望更加增高。
刘裕平定桓玄掌权到即位以后，对政治、经济进行了不少改革，除去东晋许多弊政，使政权显得虎虎而有生气。首先，在政权组织上，即提升寒门士族，又不排斥吸收高级士族。他杀了一批顽固抵制寒门士族参与政权、拒绝与其合作的高门士族，如杀太原王愉、王绥、陈郡殷仲文、殷叔文等人。拉拢了许多愿意合作的高门士族结成联盟，如琅邪王谧、王弘、陈郡、谢裕、谢晦、会稽孔安国等人，依然给其高官要职，紧利用他们的经验和智慧帮助巩固政权，高门士族在经济上也依然获得了优厚待遇。刘裕等人还主动与市门士族联姻，如为次子刘义真娶谢裕女，招褚秀之为婿，使以刘裕为核心的寒门家族的地位提高了，甚至具有超越门阀士族的地位的趋势。
东晋末年的统治过于宽松，朝廷没有威信，官员不喜欢管理事务，至使豪族十分猖狂，经常欺凌人民。刘裕就部属刘穆之斟酌时宜以采取切实可行的措施，刘裕本人以身作则，威禁内外，百官都肃然奉职，没有多长时间就改变了弊政。他关心贫民，先后把京口的渤海刁氏万余顷土地及晋安帝王皇后的土地分赐贫民。当时江南的山湖川泽，多被豪强所侵占，而小民砍柴、钓鱼都要向其交钱交物。为此刘裕颂布了禁止占固山泽的法令。刘裕还采取了一列措施，取制高门士族抢占国家的劳动人口，起兵之初就将役使官人的褚粲等免官。义熙九年（413年）严格土断。会稽大士族虞亮因藏匿了亡命千余人被刘裕下令处死，并免会稽内史司马休之官职。刘裕一方面尽量减轻编户农民的赋役负担，防止其破产，一方面又通过土断将侨人中的大批小农变为编户农民，以增加国家的赋税收入，加强了国家对自耕农的控制以充实国家的经济力量，为强大的王权奠定了坚实的基础。对于州郡所送秀才、孝廉进行考试，决不允许滥竽充数。在平定刘毅之后，在荆州“宽租省调、节役原刑”，赢得了荆州人士称赞。在驱走司马休之以后，又对荆雍二州“老稚服戎，空户从役”的现象加以改变，规定两州军人和吏年纪在12以下、60以上者全都遣散。称帝后，除去一些杂税，因军事而调发的奴僮送还本主。过去，州、府置将、吏长漫无限制，刘裕规定荆州府置将不能超过2000人，吏不能超过10000人。其他州置将不能超过500人，吏不能超过5000人，以加强中央对地方的控制，力图避免东晋镇割据的重现。
刘裕北伐回到建康后，于义熙十四年（418年）受封为相国、宋公、并受九锡之命。次年一月，刘裕因谶讳说“昌明之后尚有二帝”，就派王韶之与安帝的左右把安帝勒死。刘裕称遗诏奉司马德文即皇帝位，是为晋恭帝。八月，刘裕接受宋王爵位。元熙二年（420年）一月，晋恭帝给刘裕加殊礼。七月，傅亮劝晋恭帝禅位给宋王刘裕，把草拟好的诏书进呈给晋恭帝，让其重抄。晋恭帝竟欣然提笔，对左右人说：“桓玄篡逆，晋氏已失天下。又为刘裕延长了将近二十年，今天的事，本来也就心甘情愿。”就亲笔在红纸上写诏宣布禅位，至此，东晋灭亡。宋王刘裕即皇帝位，改国号为宋，宋朝建立。
元嘉之治
元嘉是宋文帝统治时期（424—453年）所用的年号。在这一时期中，由于文帝君臣竭心尽力，使政治清明、经济发展、文化昌盛，呈现出一派欣欣向荣的景象，这种局面是两晋和南北朝中都极为少见的，后人赞誉，称之为“元嘉之治”。
宋文帝宋文帝先后任用徐羡之、傅亮、王弘、王昙首、王华、刘义康、殷景仁、刘湛、刘义恭、谢纪微、范晔、沈演之、庚炳之、江湛、徐湛之、何尚之、王僧绰等有才干的人担任宰相或其它需要职务，他们大都竭心尽职，为统治秩序的正常运转作出贡献，如刘义康，精于吏治，引用贤人。最高统治集团虽然也有过矛盾和裂痕，却并未形成大的动乱，所以没有影响统治的稳固和社会的安定。
文帝君臣都很关心吏治和狱讼，以确保整个统治机构能正常而有效的运转。文帝在元嘉三年（426年）派官员到地方上检查吏治，观省风俗，访求民隐，以听取下层意见，然后予以奖惩。单在这一年，文帝三次亲临延贤堂听讼，以使刑狱公允。元嘉五年（428年），文帝又下令臣属不要隐讳，指出施政得失，以便改正。元嘉九年（432年），又针对益、梁、交、广等偏远地区（今四川、两广等地），专门派人了解民众地方官统治的情况，以考察官吏。元嘉时期，吏治算是相当清明的。有一次，担任司徒左长史要职的颜延之以强凌弱，并请求罢其官，文帝就把颜延之免官。
文帝君臣大都很关心民间疾苦，尤其对突发的疾疫、旱涝等灾害都及时采取了措施，予以补救，以保持整个社会机器能正常运行。文帝即位之初，就下令免去民众拖欠的租谷和旧债，元嘉四年（427年），国都疾疫，文帝派使慰问，分发医药，若有已死亡而无家属的人，给予棺材埋葬。次年，国都地区发生水灾，派人赈济救助。元嘉八年（431年），扬州（今苏南、浙江一带）大旱，下令减息徭役。元嘉十年（433年），又赐给孤老、六病等无生活能力的人每人五斛谷。元嘉十二年（435年），国都和三吴等地发生大水灾，他立即从其它地区调粮米几百万斛救济，并免去遭灾郡县欠债。这种记载是很多的。一直到元嘉三十年（453年），国家多次减免百姓欠债、租布，赐孤老谷帛等，使得百姓生活基本上安定，无背井离乡，流离失所之苦。
宋文帝对农业是非常重视的，多次下令劝课农桑。元嘉八年（431年），宋文帝指出：近来农桑停滞，无所事事的人增加，荒地也得不到开垦，官吏也不督促。一遇水旱灾情，就有人缺衣少吃。于是命令各级地方官员要高度重视采取得力措施，要奖励训导农民，使人尽其力，地尽其利。政府还贷给贫穷百姓田粮种子。元嘉二十年（443年），文帝又一次发布命令，强调各级官吏要切实采取措施，劝课农桑。宋文帝还下令准备籍田，要亲自种地为天下表率。元嘉二十一年（444年），文帝还亲自对一些农业种植品种问题发表指导性意见，下令南徐、兖、豫等地今后应督促种麦，以解决粮食缺乏的问题。并立即从彭城（今江苏徐州）等地调集粮种，然且委派刺史贷给百姓。而徐、豫等州土地适宜种稻，而百姓多种植陆地作物，命令该地官员主持重修水利，尽快修整旧陂，加以改造；如原为稻田而改为陆作的，应恢复种稻。文帝又一次强调各地官员要劝课农桑。想从事农业而粮种缺乏的人，可以从政府那里借贷。元嘉二十九年（452年），下令遭战乱的地区要及时种地，需要粮种的由政府随时给之。
为了发展农业，各级政府特别重视兴修水利，元嘉五年（428年），张邵出任雍州刺史，到襄阳（今湖北省襄樊）后，修筑长围，修立堤堰，开垦田地几千倾，当地民众因此而富裕。元嘉七年（430年），宋豫州刺史刘义欣命部属殷肃修治芍陂（今安徽寿县）。芍陂本有良田一万多顷，因堤堰久坏，秋天夏天常受旱灾。以前本有旧沟可引引水入陂，但由于长时无人治理，被树木堵塞。殷肃令人供木开榛，疏通水路，从此万余顷良田不遭旱灾。元嘉二十一年（444年），宋武陵王、雍州刺史刘骏命刘秀之修治襄阳六门堰，六门堰坏了很长时间，使数千顷良田无由灌溉，国家和个人都受到了很大的损失。刘秀之修复以后，整个雍州屡获大丰收。元嘉二十二年（445年），宋疏治理淮水，开垦湖塾废田一千多顷。排涝也是兴建水利工程的重要目的之一，刘宋为疏导吴兴一带水道壅塞，以解决该地区频繁发生的水患，在进行大量实地考查的基础上，制订了周详的施工计划，可惜却因政治原因，这项重要的水利工程未能进行，但足以证刘宋政权对水利的重视。
两晋时政府不铸钱，建国之初因钱贷缺少，国用不足，一些大臣就纷纷建议铸钱，因群起反对未能实行。在元嘉七年（430年），文帝下令设立钱署，铸四铢钱。元嘉二十四年（447年），下令铸大钱。铸钱的效果虽然不是很好，但它却反映出了刘宋统治集团对经济问题的高度重视。
宋文帝的这些措施稳定了正在趋于没落的自耕农阶层，使他们的情比较的稳定，农村经济也不断发展起来。史家称赞这一时期，民不外劳，役宽务简，氓庶繁息，余粮栖亩，夜不闭户。百户之乡，有市之邑，歌谣舞蹈，触处成群。
宋文帝时期，文化方面的发展也是极为引人瞩目的。元嘉十五年（438年），宋文帝立玄、史、文、儒四学。玄学以何尚之、史学以何承天、文学以谢元、儒学以雷次宗分别教授。许多人都聚集他们门下学习，如后来的南齐创始人兰陵萧道成就曾在雷次宗门下攻读儒学。元嘉十九年（442年），文帝开始设国子学，后又于元嘉二十四年（447年）亲临国子学，策试学生，下令表彰奖励。元嘉十九年（442年），文帝下令鲁郡（今山东曲阜）重造孔子庙、孔子墓、重修学舍，并召集生徒。迁孔景等五户到孔墓旁，免去他们的租赋，专门看管孔墓。他们种植了六百多棵松树，表达了对这位圣先师的仰慕。
宋文帝对军事问题也很重视，元嘉期间是曾三次北伐，试图统一中国，但均以失败多数。原因一是北方无机可趁，出兵时机不好；二是文帝用将非才，只用其亲信而不用真正的军事人材，如檀道济；三是文帝不善军旅武略，却每每遥制兵略，瞎指挥。军事问题是“元嘉之治”的败政，尤其是元嘉二十七年（450年）北伐失败，使北魏饮马长江，撤退时掳掠兖、徐、兖、豫、青、冀六州，宋朝也由此转衰。
南齐的建立
刘宋明帝为加强控制，大肆任用亲信寒人阮佃夫、王道隆、杨远长等签典掌机要，掌握大权。明帝因儿子幼小，非常猜忌诸弟，相继杀害了刘休祐、刘休仁，刘休若等，只留下一个貌似无能的刘休範。明帝还把他认为可能危及幼主的大臣也尽数杀掉，如大将吴喜、大臣王景文等。泰豫元年（472年），明帝死，刘昱即皇帝位，褚渊、袁粲、蔡兴宗、沈攸之、萧道成并受顾命辅政。
萧道成，南兰陵人，其家族是宋武帝刘裕的继母孝懿萧皇后的远宗。其父萧承之，在宋代立功。萧道成初隶于萧后内侄萧思话。后来，明帝仲令萧道成镇淮阴，萧道成开始收养豪俊。继而升为南兖州刺史。泰始七年（471年）萧道成入朝，任为散骑常侍，太子左卫率。明帝临死时，因大臣褚渊与道成关系很好，引荐道成同掌机密，遂升为右卫将军。萧道成由此进入统治中枢。
后废即位，因其年幼不能主政，由大臣执政，而皇帝身边的宠臣专权。江州刺史刘休範认为与皇帝关系最近，应当宰相。即不如意，还在十分怨恨。其典签许公舆为其谋划，让刘休範折节下士，厚相资给，远近数万有雄心的人，都投奔到刘休範旗下。刘休範还准备兵器，朝廷也知道刘休範有野心，也在暗暗防备。元徽二年（474年）六月，桂阳王刘休範据江州起事，率众20000、马500匹从寻阳出发，日夜兼程直奔建康，萧道成、张永率兵抵御。双方激战于新亭（今江苏南京南）。萧道成军不利，使用诈降计杀休範。但刘休範所遣进攻台城的军队大败朝廷军队，杀刘勔和王道隆，当时都传言台城已陷。白下、石头的朝廷军队也纷纷溃散，张永逃回宫中说新亭也沦陷于敌。吓得太后握着小皇帝的手哭着说完了。萧道成暗自遣军入卫宫省，随后大败叛军。朝廷任命萧道成为中领军。南徐州刺史、建平王刘景素素有贤能之名。这时后废凶狂失德，朝野对景素颇为信赖，认为应由他当皇帝。后废帝外家陈氏很憎恶他，而杨运长、阮佃夫等人想长期禀权，不愿立年长之君，也想除掉景素。景素自己也在倾财招接勇士，朝廷勇将黄回等人暗中与其通谋，杨远长等人派周天赐假装投奔景素，并劝其举兵。刘景素却杀天赐送首级给朝廷。元徽四年（476年）八月，刘景素因误信桓祖所报京师溃乱的消息，据京口起兵，成千的人都争着归顺景素，但景素不熟悉军旅，不善长武略，很快被朝廷军队击败，并加以杀害。
后废帝在东宫时就喜怒无常，刚当皇帝时，还害怕太后、太妃、大臣，还不敢怎样胡作非为。后来，经常出宫游玩，有时竟夜宿旅馆，对统治国家毫不经心。景素败后，更加骄横，没有一天不出官胡作非为的，随从们都拿着武器，无论男女老少还是犬马牛驴只要碰上就杀。一天不杀，就不高兴。老百姓都十分害怕，白天都关着门，商贩停业，路上几无行人。统治阶层的人士也担忧惶恐。阮佃夫与制局监朱幼等人想废帝另立，商议趁帝出城射雉之时，称太后命令，命其护卫还诚，然后关闭城门，派人抓帝，然后废掉立安成王刘准，然而谋泄被杀。不久，后废亲率卫士诛夷大臣沈幼文等三家。太后几次教训后废，后废很不高兴。曾想毒死太后，为左右诡言所劝止。后废曾入萧道成官府。当时天热，萧道成白天没穿什么衣服，后废在他肚子上画个靶，引满弓想射死道成，为左右劝止，去掉箭头，射了一下，正中肚脐，拔弓大笑。后废猜忌萧道成威名，必欲杀之而后快，被陈太妃制止。