2006年11月，百安居中国总裁卫哲闪电般加盟阿里巴巴，并出任集团资深副总裁兼企业电子商务（B2B）总裁。
卫哲1970年生于上海。1993年毕业于上海外国语大学，进入上海万国证券公司。历任万国证券资产管理总部副总经理、普华永道（PWC）高级经理、东方证券投资银行总部总经理。
《福布斯》杂志当时这样介绍这位年轻的少帅：卫哲加入阿里巴巴恰逢其时，他的角色有点像Google的CEO埃瑞克，将把一个处于火热发展中的企业带入更加快速的成长中。卫哲的到来对于阿里巴巴是一个关键的时刻。
马云则这样评价卫哲：“卫哲有着杰出的销售推广与零售管理经验，他把运营一家公司所需要的专业运营方法带入了阿里巴巴。卫哲是目前很罕见的专业人才，他既有很棒的传统管理经验，同时又具备了互联网精神。”
2007年11月6日，阿里巴巴网络有限公司B2B（股份代号：1688）于香港联合交易所主板成功上市。全球发售集资总额为131亿港元，其中包括收市后行使的超额配股权的集资额，这使得阿里巴巴成为当时全球第二大规模的互联网公司首次公开发售。
马云以上市公司接近5%的股份，身家一夜暴涨，在随后的几年里，我们都可以从《福布斯》杂志财富榜的游戏中，看见马云的身影。
与此同时，两年前的一桩世纪大并购的部分要约罕见地公布在阿里巴巴的招股说明书上。这份迟到的约定一公开，业界和舆论一片哗然。马云5年期满，什么时候下课开始成为这家已经跻身世界级公司的最大悬念。
2007年12月11日，他在给跟了自己多年的部下交流时说：你们疲惫了，我也疲惫了。真的很累。
12月24日，在毫无征兆的情况下，马云突然出手宣布：对旗下高层进行调整，淘宝网总裁孙彤宇、阿里巴巴集团COO李琪、阿里巴巴集团CTO吴炯、阿里巴巴集团资深副总裁李旭晖将会辞去现任职位。与此同时，阿里巴巴集团副总裁、淘宝网副总裁邵晓锋将调任支付宝公司执行总裁。阿里巴巴新闻发言人表示，此调整是基于公司干部轮休学习计划。
这是阿里巴巴第一次爆发的人事大地震，在这场变局中，孙彤宇是18罗汉之一，从中国黄页开始就一直追随马云。2003年5月，也正是他一手创建了现在的淘宝网。而吴炯则是马云和杨致远关系的直接见证人。孙等四人在整个公司中也占有不菲的股权。
孙彤宇能力超强，有较高的领导管理才能，深得人心，当孙在五分钟前被突然宣布轮休时，许多他的部下和他一起失声痛哭。几年间，已经离开了阿里巴巴的孙彤宇一直未就此事发表看法，只是表示过去一切都不想再提。
但在孙离去后的三年多日子里，并没有给淘宝带来多少好运。虽然淘宝在C2C领域拥有无可挑战的地位，但腾讯一直悄悄尾随其后，2010年的第三季度，其份额达到11.6%。此前，淘宝在B2C领域似乎不怎么积极，只是到了不久前才决定让B2C业务淘宝商城独立发展。而根据艾瑞的数据，此时京东商城的份额已经达到35.6%，紧随其后的是综合购物平台当当和卓越亚马逊均为8.9%及专注服装业的凡客诚品5.3%。
更要命的是，在刚刚的第三波人事震荡中，陆兆禧不得不两线作战。他被同时被任命为阿里巴巴B2B和淘宝网总裁。一向注重培养干部的阿里巴巴难道真的没有人才？这个答案也许马云可以回答。
2008年1月27日，上海市委书记俞正声在上海政协十一届一次会议上，面对政协委员，就“上海为什么没出马云”进行了反思。一个月后，广东省委书记汪洋也接过了这个话题。
马云以一个企业家的身份正式登堂，成功地走入了体制里的视野，成为媒体和官场的宠儿。阿里巴巴公司的股价也开始水涨船高，从上市初期的15港币左右一路攀升至接近50港币。
马云和他的阿里巴巴一道赢来了整个生涯中的巅峰时刻。
这一年的4月14日，在湖畔学院三期的高级干部培训班上，马云踌躇满志，再次把互联网上升到了一个国家的层面。他说：互联网是国家战略机器，只要运用互联网，什么外交谈判，一点就进去了。
但是好景不长，这年下半年的一场突如其来的全球金融危机打碎了马云的好梦。马云在给员工的一封内部邮件中号召阿里人“准备过冬”，这就是后来著名的“过冬论”。
阿里巴巴B2B业务因为这场危机遭遇重创，加之上市公司增长乏力，阿里巴巴迅速被打回原形，股价一路下滑。而与此同时，淘宝网和支付宝还在为找到合理的赢利模式而苦苦挣扎。
坏消息接踵而至。这年的年底，和马云私交甚笃的雅虎创始人杨致远因谷歌收购雅虎失败被逼辞去雅虎CEO一职。2009年1月，铁娘子巴茨接替了这一职位。上任不久，巴茨就表示了对马云的不满，并表示将要履行雅虎作为阿里巴巴大股东的权力。
马云帅位不保的传闻开始甚嚣尘上。在内困外忧的双面夹击下，马云创造的神话开始渐渐松动。
这年的9月上旬，马云给了阿里巴巴一个措手不及。他以接近21港元的价格，高位抛售了自己1300万股份，套现约2.7亿港元。事后，马云解释说：“自己做了一个很痛苦的决定。”
6天后，雅虎也不甘示弱，立刻还以颜色，抛售自己手中1.1%股份。立刻在股市引起波动。
但这一切并没有能够撼动马云的决心。他再次决定借淘宝网和支付宝这两个平台发力，重塑阿里巴巴芝麻开门的神话。
这一年的9月10日，是阿里巴巴集团成立10周年。在这一天召开的庆典大会上，马云宣布：当年“18罗汉”全部辞职重新应聘上岗，把创始人这一身份归零。
而马云必须明白：企业和一个国家一样，作为一个企业的创始人，在企业达到一定规模，走向资本市场，走向公众的那一天，其实创始人已经成为过去。阿里巴巴两年前就已上市，马云也早不是创始人。