雍正四年九月四日，杨名时针对上谕的指责具折申辩。他说圣贤痛恶乡愿，为人臣者怎能不知切戒？但圣贤也痛恶“佞与利口、无礼、不逊及徼讦为智直”等诈伪之流。雍正何等大智慧，岂能听不出杨名时的弦外之音，看不透杨名时有抵触情绪？他认定杨名时不但不承认自己是乡愿，还借题发挥，用圣贤所恶“讦以为直，徼以为知，不逊以为勇者”，旁敲侧击为朝廷深许的“实心任事，不避嫌怨”如田文镜、李卫等“公忠体国”的大臣。雍正觉得杨名时这个人太可恶了，过去竟没看透他，于是随手在杨折上朱批：“朕已悉你所影射之人。但可以不必。乡愿之咎尚未承认，如何又扯出如许多闲话？不必在此舞唇舌、弄讥讽，徒自取轻于朕耳！”对杨名时奏折另一句话——“致治之道，不持平则虞偏胜”——雍正有点儿神经过敏，觉得杨名时似有春秋之意，对皇上偏袒李卫、田文镜一方表示不满，就在句旁先加了朱圈，并作了旁批曰：“朕得力处，即‘持平’二字。”毫不留情地回击了杨名时对自己用人行政所谓“不持平”的影射。
杨名时万万没有料到，这次自辩，彻底改变了皇上对他的看法。日后雍正对他的股肱大臣鄂尔泰解释为什么要兴大狱整杨名时，直言不讳地说：“杨名时大可恶人也！五年来朕以至诚格之，怎奈其狼子野性，毫不知感畏。朕整理科甲积习，杨名时挺身乐为领袖，抗违朕意，即一字一言，皆怀诡谲强梁，一味讥讽文章。”雍正对杨名时狠得咬牙切齿，说：“此辈假道学，实系真光棍！诚为名教罪人、国家蛊毒！若不歼其渠魁，恶习万不能革！”真是伴君如伴虎啊！不知哪里稍不留心，就触犯了逆鳞。而忠厚老实的杨名时竟还天真地以为通过折奏和朱批，皇上和自己“万里谈道”呢。
李卫的告密折子正是在这节骨眼上递到御前的，这无异于给雍正提供了“歼其渠魁”的突破口。雍正指示他再详细写一个参劾杨名时罪状的折子来，但“不必落名”。李卫遵旨冥思苦想，百计罗织，又写了一个匿名的密折。嗣后新任云南巡抚朱纲与钦差侍郎黄炳前往云南会审杨名时的根据，便是皇上发下的这个“不落名”的参折。
也沽该杨名时倒霉，正在这个时候，杨名时又不小心把前任总督高其倬密折奏请的内容写进公开的题本中了。如果发生在雍正宠臣李卫身上，皇帝也就睁一眼闭一眼放过去了，但对杨名时正在鸡蛋里挑骨头，岂能轻易放过？雍正立即降下明旨，说杨名时对国家创制密折制度心怀不满，所以才一再故意泄漏密折的内容，骂杨名时“怙恶不悛，大奸大诈，全无人臣之体，甚属可恶”！
雍正决意整杨名时，与当时他感到汉人科甲朋党对皇权构成严重威胁的政治大环境也不无关系。
从雍正四年九月——恰是杨名时与雍正“万里谈心”之时开始，政局又剧烈动荡起来，短短的四五个月间连续发生了查嗣庭日记案、汪景祺《西征随笔》案和谢济世参劾田文镜等大案。雍正在基本上解决了阿其那（胤禊）、塞思黑（胤禟）、年羹尧、隆科多等满洲权贵集团这些最危险的政敌后，逐渐把政治注意力转向了汉人科甲朋党对皇权的威胁，特别是从查抄有关案犯的文字作品中，暴露出来的一部分汉族士人、士大夫“不服本朝”的敌对情绪，使他深感问题严重。雍正四年十月十六日皇帝当面训斥大学士、九卿、翰林、科道等大臣官员说：“狂妄无忌惮之徒往往腹诽朝政、语含讥讪为尚，甚者笔之于书，肆其诬谤，如汪景祺、查嗣庭今已败露，尔等众中保无有似此者乎？”其实，汉人的民族敌对情绪并没有雍正估计得那么严重，雍正之所以疑神疑鬼，是因为他是满族人，处于占人口绝大多数而且文化上更优越的汉人的包围之中，内心深处不免潜藏着身为“夷狄”的自卑，惟恐被饱学硕儒所轻视，尤其畏惧被居心叵测者暗中讥讽。雍正在批谕直隶总督李绂的密折时坦言：“朕非大言不惭，纵情傲物，以位以尊胜人之庸主，莫将朕作等闲皇帝看，则永获益是矣。”在批谕杨名时密折时也说：“非朕苛刻，向来尔等之春秋笔法，朕所深畏，一字之意，朕不能忽也。”由于政局的动荡，雍正脑子里满汉民族矛盾的弦绷得过紧，杨名时的意思有的被他误会了，有的被他夸大了，有的则被他故意加以歪曲，然后煞有介事地安上可怕的罪名，达到打击杨名时，进而扫荡科甲积习的战略目的。
从雍正四年十月间盯上敢于在奏折中叫板的杨名时，到当年十一月明旨痛斥他“怙恶不悛，大奸大诈”，李卫的告密折子又及时地提供了必要的炮弹。种种机缘凑合在一起，发动惩创杨名时一案的时机业已成熟。雍正开始调兵遣将，加紧部署，准备在万里之遥的云南开辟另一个打击科甲朋党积习、“歼其渠魁”的战场。
但被派往云南的钦差大臣黄炳和接替杨名时作云南巡抚的朱纲奉旨审案却很不顺利。李卫提供、经雍正批发的匿名参折本来就没有什么有分量的东西，三审两审，大部分又都缺乏证据，倒是忠厚得近于鲁拙的杨名时主动交待曾收受下属两个金杯、四匹绸缎，朱纲如获至宝，向雍正报告可以将杨名时问成死罪了。这简直在开玩笑！包括雍正在内的当时人都清楚，如果收了下属一对金杯、几匹绸缎之类的礼就依法处绞，那么，随便拉出一个督抚、藩臬两司、道台、知府，以至县官牧令杀掉都绝对没错儿。看来，要整倒杨名时靠李卫告密折子肯定不行了，只好另辟蹊径。
朱纲在与黄炳会审杨名时案的同时，又按照雍正的部署，以新任云南巡抚的名义题参杨名时徇隐废弛、藩库不清等情。杨名时明白在劫难逃，就承认“贻误瞻徇”，“无可申辩”，但雍正又降旨斥责他“巧诈居心”，认罪态度不好。杨名时不承认不行，承认也不行，逼得他倔强的老脾气又犯了，回奏说“若巧诈居心，是诚大逆不道，罪不容诛”，再审，杨名时仍“坚供不承”。在专制淫威下，杨名时什么都可以包下来，就是“巧诈居心”不能承认。作为一个诚实的学道者，杨名时毕生以诚为安身立命的根本，“诚”，是他无论如何不能背弃的道义上的承诺，是他宁可抛弃生命也要坚守的“认罪”的底线。僵持之下，刑部阿附圣意，援据“挟诈欺公律”拟名时“斩监候”上奏。不认“罪”就“挟诈欺公”，要砍掉脑袋，古今哪有此法条？雍正终于退让了，降旨称“杨名时别案尚多，‘居心巧诈’之罪就宽免了吧”。
所谓“别案”，就是上面说的朱纲与黄炳正在会审，同样也处于胶着状态的钦案。尽管刑部最后同意钦差审案大臣所拟的“依律拟绞”，雍正权衡再三，决定还是把案子挂起来不了了之为好。但案子轰轰烈烈办了那么久，总不能就这样不了了之吧，怎么也得找个台阶下呀。雍正有办法，降旨说：“杨名时俟各案清结之后，再降谕旨。”“清结”什么？就是勒限一年，追还杨名时所欠公款银五万八千两。
这五万八千两银子又从何说起呢？还是杨名时自己主动交待的，说康熙六十、六十一年（1721、1722）巡抚衙门共得过盐规银、税规银和平余银约计八万两。那时还没发养廉银，各级地方官俸禄微薄，全靠收受陋规以为办公、日用之资，况且杨名时早在雍正元年已经条分缕析、明明白白地将到任以来得过各项规例银的数目及如何开销向皇上汇报过。雍正是明白人，朱笔批示：“凡所取与，任尔等为之。”也就是说同意杨名时自行处置这部分特殊收人。朱纲全然不顾这一切，必欲于死刑之外，科以杨名时无法承受的重罚。在拟绞之后，朱纲与黄炳又联衔奏陈，杨名时所得银八万两经核查用于弥补银厂亏缺约二万八千两可以不计外，“仍应于杨名时名下勒限一年，追银五万八千四百三十九两”。雍正深知，以杨名时为官之清，一时绝对拿不出那么多钱。果然不出所料。据说，雍正开恩减为三千两后，杨名时“先取邸中物，并脱夫人之簪珥以充数，估值不满白银二百两也”，仍旧差得远。所以，杨名时案被雍正挂起来后就一年年拖下去无法结案，终雍正之世，杨名时一直“待罪”云南。
这个连雍正都觉得理屈的案子在全国影响很坏，不得人心。凡有正义感的人都对杨名时的遭遇暗抱不平，而李卫、朱纲之流则为人所不齿，甚至朱纲调任福建巡抚离开省城昆明时，还得靠雍正密谕云贵总督鄂尔泰采取措施，设法弹压，不许士子起哄送瘟神。乾隆当时在宫中读书，通过他的老师也有所风闻，他问杨名时究竟是怎样一个人，老师蔡世远回答得很干脆：“今世而时时有尧舜君民之念者，江阴一人而已。”杨名时，江苏江阴人也。
乾隆即位之初，打算替父亲来收场，还这笔欠下的旧账，就说“皇考（雍正）原欲召令来京，未曾降旨”，自己“仰体皇考圣意”，召杨名时来京，另有任用。又说杨名时“学问纯正，品行端方”，实际上委婉地翻了父亲蓄意制造的一桩在全国影响很大的冤案。
继杨名时之后，李绂、蔡珽、谢济世等科甲朋党冤案也得到昭雪。
谢济世号石霖，广西全州人，康熙五十一年（1712年）进士。雍正四年（1726年）以翰林院检讨授监察御史。这年年底，刚当上御史不久的谢济世就上本参奏河南巡抚田文镜，说他有“营私负国，贪虐不法”十大罪。御史是天子耳目，负有监察百官的职责，谢济世以御史身分露章弹劾一个巡抚不是什么大不了的事，但雍正却以为他和直隶总督李绂桴鼓相应，暗中结为朋党。
李绂，字巨来，号穆堂，江西临川人，康熙四十八年（1709年）进士。雍正即位，对李绂很看重，让他担任吏部侍郎，调任广西巡抚，雍正三年（1725年）又由广西巡抚调升直隶总督。李绂人京觐见时，曾当面向皇帝告发河南巡抚田文镜贪虐不法，负国殃民，特别强调田蹂践读书人，诬害科甲出身的州县官员黄振国、邵言纶、汪馘等人。李绂是年羹尧的政敌，当时年党刚被搞垮，雍正想方设法笼络他，让他当地位非同一般的直隶总督，而一旦与田文镜起了冲突，情势却开始不利于李绂了。
田文镜原是汉军正蓝旗人，从县丞之类的佐杂，跃升为封疆大吏，全靠雍正一手提拔。他非科甲出身，上下周围没有师生、同年为依傍，惟知报答天高地厚的圣恩。雍正认为像田文镜这样的人才最公忠可靠，在官场中孤立无援恰是他可贵之处。在李绂与田文镜的冲突中，雍正从自己的政治判断出发，容易偏向田文镜一边。加以李绂密参田文镜时，在没有调查清楚的情况下，就说信阳知州黄振国已被田文镜监毙灭口。田文镜抓住这一点，反过来说黄振国、邵言纶、汪諴与李绂是所谓“同年”，即同是康熙四十八年的进士，以此证明李绂结党营私，偏袒自己的同年。田文镜知道雍正最恨臣工结为朋党，而汉人自隋唐以后，往往借同年、门生、座主等关系朋比为奸、党同伐异，所以有意大作“同年”的文章，把他与李绂互参的个人之间的是非问题，夸大成科甲官员相互朋比而诬害他。偏偏在这当口又杀出了一个御史谢济世，也指名道姓参劾田文镜，说田种种苛刻，为邵言纶、汪诫、黄振国辩护，与李绂所讲一一吻合，丝丝入扣。雍正大为警觉，又联想到黄振国原是兵部尚书、左都御史蔡埏的下属，而李绂受知于帝又得力于蔡珽的荐引，由此又怀疑李、蔡互相党庇。根据种种迹象，雍正判断，谢济世受李、蔡的暗中指使，出偏师声援日渐处于不利地位的李绂和蔡埏。
蔡埏，字若璞，号禹功，籍隶正白旗汉军，出身于赫赫有名的武人世家，但到他这一代弃武从文，于康熙三十六年（1697年）考中进士，又人翰林院深造，到康熙晚年担任过翰林院掌院学士，又外放巡抚四川。雍正初，川陕总督年羹尧恃宠而骄，气焰薰蒸，蔡埏身为四川巡抚就敢于和他分庭抗礼。雍正整年党，蔡珽成了得力干将。但蔡埏好景不长，李绂、田文镜互参案发，谢济世又卷了进去，雍正怀疑与李、谢有着千丝万缕联系的蔡埏是幕后主使者。这还了得，科甲文人盘根错节、相互声援，其危害难道下于年羹尧党和隆科多党么？雍正选定谢济世为突破口，非要把谢济世与李绂、蔡埏的朋党关系搞个水落石出不可。于是下令夺谢济世官，交大学士、九卿等“严刑讯问”。
雍正这样怀疑，自有他的道理，但谢与李之间确实不存在指使与被指使的关系，怀疑蔡埏为隐在幕后的“大奸大诈之人”，更缺乏根据。谢济世之所以决心参劾受到皇帝偏护的田文镜，完全是激于一时义愤，骨鲠在喉，不吐不快。