乾隆在进兵前已开始筹划占领准噶尔全境后的善后之策。他打算将准噶尔分为辉特、和硕特、杜尔伯特和绰罗斯四卫拉特，以阿睦尔撤纳为辉特汗，班珠尔为和硕特汗，车凌为杜尔伯特汗，另外的绰罗斯汗一时还找不到合适人选。这无非是传统的“众建以分其势”防止准噶尔再成为西北一大劲敌的思路。而老奸巨猾的阿睦尔撤纳岂能看不透这点？但大敌当前，他还要利用清朝的援助以壮大自己的声威。乾隆与阿睦尔撒纳暂时能在打击达瓦齐上结为联盟，阿睦尔撒纳也愿意暂时为皇帝麾下之将。现在准噶尔全境平定，阿睦尔撒纳自以为清军并未出什么力，平准之大功既为自己独有，那么，总统整个准噶尔则非己莫属。他私下里向将军班第试探：“我等四卫拉特与喀尔喀不同，若无总统之人，恐人心不一，又生变乱。”班第立即密奏，请皇帝特降谕旨，令阿睦尔撒纳速行入觐，早定四部封汗之事。乾隆对阿睦尔撒纳反复狡诈、志不在小早有觉察，接到班第密报，他不是不想调虎离山，加以处置，但事情做急了反而可能激出变乱，就密谕班第：阿睦尔撒纳不无希冀侥幸之心，若急遽遣回，恐其生疑，不若仍遵前旨，暂留彼处驻扎办事，酌定规模后，再令其兼程入觐。班第以解决阿睦尔撒纳事不宜迟，就催促皇帝及早采取断然行动。乾隆则以为尚无阿睦尔撒纳“图占准噶尔确据”，于是温旨令阿睦尔撒纳即行入觐，命班第等宜婉言晓谕，使其起程前来，毋致惊疑。直到六月二十八日乾隆感觉事态严重，才以阿睦尔撒纳“图据准噶尔已无疑义”，与其俟其变乱，莫若先发制人，密令定北将军班第：阿睦尔撤纳尚未起程入觐，即行擒拿，在军营正法；如已动身，则另行办理。
很快乾隆得到班第密奏，说阿睦尔撒纳已于七月初七日起程入觐，但起行之日，即行住宿，显然故意拖延。乾隆断定，阿睦尔撒纳势必在塔尔巴哈台一带游牧处逗留，班第等加意探访，一得信息，即遵旨令萨喇尔、鄂容安带兵擒治。
自七月初十日阿睦尔撒纳奉旨自军营尼楚滚启程入觐后，就与他的亲信党羽日夜密议潜逃。他之所以没有立即采取行动而千方百计在路上拖延，是因为他对皇帝仍抱有希望，总觉得皇帝可能答应让他总统准噶尔。到八月中旬，旨仍未下，阿疑事已中变。据俄国史料记载，阿睦尔撒纳这时又“截获了由北京下达给将军们的命令”，阿睦尔撒纳自己也说八月十九“行至乌隆古地方，闻有拿我之信”，于是将其定边左副将军印信交与同行之喀尔喀王额琳沁多尔济。翌日，阿睦尔撒纳并不经由正路，绕道从额尔齐斯地方抢掠。额琳沁多尔济即率兵往追，然阿睦尔撒纳早已由额尔齐斯河间道飘然北逸。
乾隆于木兰行围中获悉阿睦尔撒纳逃遁的信息，立即命将军班第相机办理。不久接到乌里雅苏台办事大臣莫尔浑等奏报，拿获阿睦尔撤纳遣至其扎布堪游牧处通信的们都等人。原将军永常又奏，阿巴噶斯、哈丹抢掠西路玛纳斯河三处台站、扎那噶尔布游牧；阿睦尔撒纳领兵直犯伊犁，并欲骚扰巴里坤；班珠尔、普尔普抢掠台站。乾隆对阿睦尔撒纳的叛逃至此已深信不疑，于是命命永常仍为定西将军，调兵剿除。
阿睦尔撒纳潜逃后，遣人四出煽乱，伊犁众喇嘛、宰桑蜂起响应。八月二十九日，定北将军班第、参赞大臣鄂容安率军从伊犁撤出后退至乌兰库图勒，为叛乱的额鲁特围住剿杀，班第力竭自尽；鄂容安本书生，腕弱，刀不能下，令其仆刺腹而死。萨喇尔走至崆吉斯河，为厄鲁特宰桑锡克锡尔格所执。
第一阶段平准之役的主要敌人开始转化为昔日的盟友阿睦尔撒纳。
阿睦尔撒纳倡乱后，准噶尔地区局势混沌不明，但乾隆帝未改封四卫拉特汗之初衷。当年九月在避暑山庄封四卫拉特汗：噶勒藏多尔济为绰罗斯汗，车凌为杜尔伯特汗，沙克都尔曼济为和硕特汗，巴雅尔为辉特汗。并开始整饬前线军心不稳的状态。将怯懦退缩、增援班第不力的永常革职，解京治罪，授策楞为定西将军，扎拉丰阿为定边右副将军，筹办再次进兵伊犁，同时部署北路遥为声援。
乾隆二十年年底，乾隆接受噶勒藏多尔济、沙克都尔曼济、巴雅尔等卫拉特汗建议，决策明年正月进兵，并向全国臣民宣谕用兵准噶尔始末。在谕旨中乾隆针对平准以来臣下当面虽不敢表示反对而多退有后言说：上年定议用兵，举朝率多疑议，及伊犁平定，则以为事出意外。闻阿睦尔撒纳负恩逃叛，又以为究不可办，且以为此固当然。今闻伊犁宰桑悔罪擒贼，或又以为恐未必然。人心风俗，一何怯懦至此！此朕所以愧且惧也。可见当阿睦尔撒纳叛逃、军前主将或陷敌殉难，或获罪罢黜时，潜伏已久的反对平准的声音又有所抬头，这使乾隆十分恼怒。
更令皇帝暴跳如雷的是，军前将领误报拿获阿睦尔撒纳，以至进退失据，几乎难以下台。
乾隆二十一年（1756年）二月，皇帝自圆明园启銮，往谒孔林。途中接到擒获阿睦尔撒纳的红旗捷报，乾隆未加深思，命改程往谒地在直隶易县的雍正帝陵泰陵告捷，并以平准军务告竣，颁谕宣示中外。不料车驾刚刚进入山东境，才得知策楞所报阿睦尔撒纳被擒一事竟属错误。原来这次失误是中了阿睦尔撒纳的缓兵之计。阿睦尔撒纳在雅木图岭被清军将要追及时，特派人伪装为清军哨探向前锋台吉诺尔布报称“正月二十一日擒获阿逆”。诺尔布转报侍卫福昭，福昭转报参赞大臣玉保，玉保遂以红旗驰报策楞。策楞不审虚实，亦遽尔飞章入奏，露布贺捷，上书“为恭报捉获逆贼阿睦尔撒纳捷音事”。清军方面还沉浸在祝捷的欢庆之中，阿睦尔撒纳已远远摆脱追兵，由库陇癸岭遁人哈萨克境内。盛怒之下，乾隆命拿解策楞、玉保等治罪，以西路专任达勒当阿、北路专任哈达哈，令二人领兵擒拿阿睦尔撒纳。
这年年中，发生了喀尔喀和托辉郡王青滚杂卜的撤驿之变。北路自十六驿至二十九驿一时尽撤，进入准噶尔追剿阿睦尔撒纳的清军后方补给线被切断，军报不通，喀尔喀也出现了“溃乱”之势。八月，乾隆知难而退，以“天时渐寒”、“马力疲乏”为由，降旨西北两路暂停深入哈萨克。闰九月又明发谕旨，宣布俟一二年后再相机酌办阿睦尔撒纳。原已降旨定于本年进行的二度南巡，以江苏等省水灾降谕停止。
但准噶尔形势还在继续恶化，已降服清朝被封为卫拉特汗的准噶尔大台吉等见撤驿之变遽起，喀尔喀骚动，入准清军处境岌岌可危，遂于这年初冬群起暴乱。准噶尔全境复陷于纷乱之中，第一次平准之役至此进入最困难的阶段。厄鲁特反复无常，忽降忽叛，令乾隆帝大为震怒，他开始考虑改变设四卫拉特汗分治准噶尔的既定政策。为此密谕军前将领：“厄鲁特等似此辜恩背叛，必应尽行剿灭。”明发谕旨，向全国臣民通行晓谕厄鲁特全境叛乱，以及必须彻底灭取准噶尔的决心：
厄鲁特贪残好乱，反复狡诈，固属准夷常性，然亦由阿睦尔撒纳未经擒获之故。所谓叛贼一日不获，则伊犁一日不安，边陲之事一日不靖者，正为此耳。外间无识之人，又不免妄生议论，必谓此事原不当办，即经办矣，仍复生变，何如不办之为愈。殊不知准噶尔之为西北边患，自有明至今，垂四百余年。我皇祖、皇考，当噶尔丹、噶尔丹策零等藩篱完固、兵力强盛之时，尚且屡申挞伐，今适值该部落人心涣散，既已机有可乘，而乃坐失之，岂不贻笑于天下后世，亦何以上对皇祖、皇考在天之灵耶？此所以熟筹审计，实有万不得已之苦心，非一时之好大喜功，开边衅而勤远略也。朕办理始意，亦惟欲按其四部分封四汗，众建而分其势，俾之各自为守，以奉中国号令，聊示羁縻而已。乃伊等蠢愚无知，不能承受太平之福，以致自干剿戮，实非朕之本怀，岂此中实有天意，故非人力所能与耶？况准噶尔地近边陲，虽定以边界，准通贸易，而犬羊之性，久之亦难保其不生衅端。今即重烦兵力，得以永靖边圉，揆之事机，尚应断然为之，岂有已成之功，转为弃置之理？至于用兵之费，雍正年间西北两路，费至五六千万；今自军兴以来，统计军费才及一千七百余万，将来即有多费，亦何惜焉。
随着对准噶尔政策的急剧变化，清军开始不分青红皂白地剿杀厄鲁特，而尚无叛迹之和硕特汗沙克都尔曼济及其属众首先成为清军刀下之鬼。
沙克都尔曼济所属有一千余户、约七八千人，先已奉旨暂住西路军营巴里坤地方，准备明春再迁回故地。巴雅尔等发动叛乱后，乾隆屡降旨谕示军前大臣，若厄鲁特稍有可疑，即行剿灭，并密示雅尔哈善：倘沙克都尔曼济稍有可疑，亦当乘其不备，先行剿灭。十二月十六日夜，彤云密布，大雪纷扬，参赞大臣雅尔哈善以沙克都尔曼济与已叛乱的扎那噶尔布通，显有叛逆形迹，乘夜派兵至其游牧，沙克都尔曼济热情接待。夜深，趁厄鲁特熟睡无备，雅尔哈善发兵掩杀，据称“斩贼众四千余，以杜后患”。乾隆以雅尔哈善“办理甚属奋往”命交部照军功议叙，给雅尔哈善内大臣衔。
和硕特汗沙克都尔曼济是否真如雅尔哈善所称“显有叛逆形迹”不无可疑。据礼亲王昭梿所记：
雅尔哈善故书生，不敢保（沙克都尔曼济不叛），时饷正乏，而沙克都尔曼济请粮不休，雅患本军缺粮而又赍敌，遂令裨将阎师相率五百人入其垒，若失路借宿者，沙屠羊以待。中夜大雪，阎曰：“此擒吴元济时也！”遂以笳为令，袭其卧庐，尽歼全部四千余人。沙被杀时，残灯未灭，其妻睡梦中惊起，不忍其夫之戕于乱刃，裸而抱持之，如两白蛇宛蜒穹庐中，以至于死。雅以沙谋叛被杀报，上封雅为一等伯。雅归朝日，拜其祖祠，叹曰：“李广以杀降不封侯，至于失道自刎。今我罪逾于广，而反膺五等之爵，祖宗蔑血食矣！”其后果以失机被诛。上于庚戌中咏西域诸故事，犹及雅之滥杀云。
乾隆二十二年（1757年）三月，以亲王成衮扎布为定边将军、车不登扎布为定边左副将军，兆惠为定边右副将军等率兵，从西北两路起程，清朝第二次出兵进剿准噶尔。乾隆指示：“此次专为剿灭叛乱之众厄鲁特。”并一再密谕驻巴里坤大臣：大兵进剿后，凡厄鲁特前赴巴里坤投诚者，“即将伊等头目先行送赴京师，所属人众亦随即移至内地，俟过巴里坤后，其应行剿戮者即行剿戮，所余妻子酌量分赏官兵”。嗣后，凡投至巴里坤之厄鲁特及由军营解到之厄鲁特，俱解送至嘉峪关内“再行分别办理”。所谓“分别办理”，即将丁男正法、妻孥为奴。
清军此次大举深入并没有遇到厄鲁特强有力的抵抗，原因是叛清的厄鲁特内部又开始互相仇杀起来。最先是图什墨勒尼玛怂恿扎那噶尔布袭杀其叔绰罗斯汗噶勒藏多济及其亲属人等，尔后尼玛又要杀害扎那噶尔布，往迎阿睦尔撒纳管辖准噶尔地方。很快鄂勒哲依之子敦多克也戕杀其父，同土尔扈特舍楞迁往库克乌苏、喀喇塔拉。厄鲁特向不出痘，其时则痘疫横行，死亡相望。定边右副将军兆惠乘厄鲁特内乱和瘟疫流行，率兵奋力进剿，再克伊犁。
前此阿睦尔撒纳因与哈萨克不睦，又闻清军撤回，遂乘厄鲁特纷纷叛乱之机，先已返回准噶尔布崆地方，并在博罗塔拉地方会集众厄鲁特，各宰桑共愿推举阿睦尔撤纳为大台吉。阿睦尔撒纳随即遣人往哈萨克求助。参赞大臣富德闻讯带兵追袭，阿睦尔撒纳望风而遁。兆惠、富德拿获阿睦尔撒纳之侄达什车凌，追问现在阿之踪迹，据称或仍往哈萨克，或逃入俄罗斯。此时厄鲁特因内讧和瘟疫已不能构成清军的大敌，乾隆遂将此次用兵由剿灭叛乱之众厄鲁特转为先擒首逆阿睦尔撒纳，命成衮扎布、兆惠两路大兵克期会合，并力擒获阿睦尔撒纳。