阿睦尔撒纳在清军参赞大臣富德率前队官兵追剿下，只带二十余人仓皇往投哈萨克，富德深入哈萨克逐捕。五月三十日清军前队追剿至爱登苏，哈萨克兵迎战，侍卫奇彻布中鸟枪阵亡。经鏖战数次后，哈萨克兵举玛尼纛四杆，遣人告称我等因仓猝不知大国之兵，是以拒战，随即撤兵。哈萨克汗阿布赉及其弟阿布勒比斯遣使至军营，问安请罪，并献马二匹，告称“倘阿贼入我境，必行擒送”。
阿睦尔撒纳并不了解形势的突变，仍率残众往投哈萨克汗阿布赉。阿布赉欺骗他说明早相见，而暗中散其马匹牲只，阿睦尔撒纳警觉，同妻子及亲信数人仓皇逃去。走投无路之下，阿睦尔撒纳渡额尔齐斯河逃往俄国塞米巴拉特要塞，请求准许加入俄国籍。
从五月上旬起，清廷理藩院就援引《中俄尼布楚条约》、《中俄恰克图条约》不得收容对方逃入的条款，再三致函俄枢密院，如阿睦尔撒纳逃入俄国，俄方应立即遣还中国。同函还附有俄边境地方长官写给阿睦尔撒纳邀其归顺俄国的四封书信原件。第一封信系俄历1756年8月1日俄国奥伦堡省省长伊凡·涅米耶夫等写给阿睦尔撒纳的，大意是：“今尔意欲使我等为尔转告我女皇请恩资助，则望尔现在到达后，即相机而行。若尔果逃往哈萨克避难，则不论何日，确有机会，欲来我奥伦堡省亦可。”第四封信系俄历1757年1月7日俄管理边界司令官嘎布里科上校写给阿睦尔撒纳的，要求阿睦尔撒纳必须先订立投降书，“否则，仅口称愿降，实难资助尔等”。前线清军副都统顺德讷也奉命往见俄西伯利亚总督，请俄方遵约擒献阿睦尔撒纳。俄方以阿睦尔撒纳坠河殒命支吾推诿。乾隆谕示副将军兆惠：搜查逆贼阿睦尔撒纳身死实据尚非紧要，察访阿睦尔撒纳投入俄罗斯与否，并在各僻处搜查，乃为紧要。很快获悉阿睦尔撒纳已逃往俄罗斯的确信，乾隆即命理藩院行文俄国枢密院索取。
因阿睦尔撒纳往投俄罗斯寻求庇护，为索取阿睦尔撒纳与俄关系渐趋紧张，乾隆就此咨询诸王大臣，而“盈廷之议，颇有以伊犁既已平定，不必穷追为言者”，盖惟恐饬索过严，以致又启边衅。这令乾隆非常失望，降旨说：“集思广益，固期于事有济；若徒筑舍道旁，不若姑置之，待朕之自为应机决策耳。”
八月二十日，阿睦尔撒纳患天花在俄国病死。俄方派人到中俄边境，告称阿睦尔撒纳已拿送固伯喇纳托尔监禁，不久出痘病故，请清廷差人前往塞楞格城或恰克图边界验看。乾隆命喀尔喀亲王桑寨多尔济遣人速往恰克图验看，并将阿睦尔撒纳尸体解送京师。经亲王齐巴克雅喇木丕勒前往验尸，见阿睦尔撒纳尸肌肉尚完，面貌宛然，确实无误，但俄方拒不交尸。乾隆遂以既详验无疑，尸体解送与否可不必深论。
乾隆二十三年（1758年）正月，以阿睦尔撒纳身死异域，乾隆命通行晓谕全国臣民平定准噶尔大功告成。
厄鲁特部落当强盛时共计二十余万户，六十余万口。礼亲王昭裢说，经平准之役，“凡病死者十之三，逃入俄罗斯、哈萨克者十之三，为我兵杀者十之五，数千里内遂无一人”。
当平准战争接近尾声时，乾隆就明谕“西师不可中止，回部必须征讨”。乾隆二十四年冬清军越境至巴达克山国，将已死于该处的大小和卓木兄弟首级索回函送京师，依附准噶尔叛乱的回部被平定。
自乾隆十九年准噶尔内讧，乾隆皇帝命将出征起，历时五年、拓地二万余里之准回之役，或称“西师”，至是以全面胜利而告终。
以准噶尔全局大定，诸王大臣请加上尊号，乾隆并未接受。他举出皇祖康熙皇帝在三藩之乱平定后“廷臣请上尊号，尚未允行”的先例说，我皇祖圣德神功，超越万古，戡定殊勋，炳于史册，今以数载间运筹决策之劳，克全我两朝挞伐绥遐之略，返衷自问，只能说没有辜负皇祖皇父的重托而已。
乾隆讲的确是心里话。
乾隆二十四年十月二十三日，平定回部奏捷到京，第二天皇帝发表了《御制开惑论》，全面回顾了“西师”成功始末。在这篇酷类今天剧本的文章中，乾隆塑造了三个人物，一个是身穿宽衣博带的“春秋硕儒”，他的性格特征是“是古卑今，循规蹈矩”，专门与“西师”作对；另一角色是处处维护“西师”为其辩护的“大夫”；还有一个角色名为“信天主人”，实际上是皇帝自己。开始，信天主人欲有所挞伐，春秋硕儒不敢面折其非而背后散布悲观言论，等到兵不血刃，克定伊犁，就对大夫说，天子守在四夷，佳兵不祥，今之所见异乎古也！大夫回答说：“非常者，固非常人所疑也。”很快，阿睦尔撒纳叛乱，春秋硕儒洋洋得意地说，怎么样，怎么样，果然不出吾之所料，应该赶快罢兵！大夫对他说，您再等等看吧。随后战局恶化，厄鲁特相率为乱，喀尔喀也出现动荡，春秋硕儒哀叹道，兵连祸结，吾真不知何日能息肩也。而信天主人重整我师，两路出兵，阿逆授首域外，“西师”大功告成。大夫对春秋硕儒说，两大部落，不为不强；周二万余里，不为不广；五年成功，不为不速；前歌后舞，不为不祥。您还有何说？春秋硕儒还是不服气，强辩道，死者不可复生，损兵折将无补功成。大夫说您真所谓执迷不误者也，难道汉祖唐宗拨乱草创之初，无一人死于战乱？春秋硕儒理屈词穷，自认隙中观斗，井里窥天，但心中犹有疑惑说，能不能迟几年再动兵呢？大夫对日，操刀必割，所戒迟疑，机不可失，时不我待。您诚所谓菽麦不辨者也，安知我信天主人哉？春秋硕儒的“惑”已经让大夫全都“开”了，到这时候，信天主人，也就是乾隆皇帝自己扮演的角色才发表议论，他说，我没有时间计较你们二人争论之短长，我只是想“顺天者昌，逆天者亡”，怎能恃功而夸张？况且，五载以来，屡危而屡平，愈变而愈康，结局如此，不是大幸事吗？我除了深深感念昊苍保佑，兢兢业业，凛凛皇皇，不负皇祖、皇父两代重托之外，还有什么可说的呢？
处于盛世巅峰的乾隆皇帝仍保持着清醒的意识，他念念不忘“持盈保泰”的道理，由衷地想把国家鼎盛的局面永远保持下去。
现在再来看乾隆为什么把“西师”列为自己一生所作的头等大事？为什么清代最负盛名的三代领导人竟如此执著地坚韧不拔地非彻底战胜和消灭准噶尔不可？
准噶尔在全国战略全局中具有特殊的重要地位。武力强劲的准噶尔部雄踞西北，有雄心也有实力与清朝一争中国的主人。其兵锋所向，一是南向西藏，挟持达赖和班禅两个大喇嘛以号令众蒙古，一是东向喀尔喀蒙古和漠南蒙古以完成蒙古统一大业。对清朝来说，准噶尔不是什么肘腋之患，而是腹心之患。不彻底消灭准噶尔，西藏就永无宁日。尊奉喇嘛教的大漠南北的蒙古各部也就永无宁日，被康熙皇帝倚为长城的蒙古不能安定，清朝也就失去了统治占人口90％以上、具有悠久文化历史传统的汉族的最可靠的盟友，处于被南北夹击的危险态势。真可谓生死存亡，系于西北准噶尔一隅，这是何等严重的事体呵！乾隆在战略思想和治国方略上与康熙和雍正是一脉相通的。他继承父祖遗志，最终完成了平准伟业，他自我矜夸的“十全武功”竟有7次——两次金川之役、两次平准之役、回部之役和两次廓尔喀之役——都与西藏和蒙古有关。在取得对廓尔喀入侵西藏的自卫反击战胜利后，乾隆专门写了《喇嘛说》一文，进一步从理论上阐明了“兴黄教”的重大意义。他说，为什么要尊奉保护达赖喇嘛和班禅额尔德尼？“盖中外黄教，总司以此二人，各部蒙古一心归之，兴黄教，即所以安众蒙古，所系非小”。乾隆晚年把“西师”列为一生所做头等大事，他是经过深思熟虑、反复权衡才下笔的。可以说，这是他们祖孙三代百年思考和实践的精辟总结，也是对后世子孙规划治国方略应遵循的原则的谆谆训诲。
康熙在位期间六次南巡，乾隆法祖，同样南巡六次。乾隆在《南巡记》中把“南巡”与“西师”并列为一生所做两件大事，可见南巡的重大意义。“南巡”，不是一般意义上的到南方巡视，“南”者，特指江浙两省。南巡为什么限于江浙，南巡江浙对维护全国安定究竟有什么战略意义呢？
要确立对汉族的统治，千头万绪，从何抓起呢？康熙和乾隆认定，关键之处在于能否使江浙地区的汉人，特别是那里的汉族知识分子稳定帖服下来。为什么？因为江浙才是华夏文化正统所系。中国古代政治、经济、文化重心最早在黄河流域，但经过晋末永嘉之乱、唐朝中期安史之乱以及金朝武力征服北半个中国等战乱，经济中心渐渐南移到江浙等江南地区。随着衣冠士人举族纷纷南渡，自然也把华夏传统文化带到了那里。文人们在优裕的物质生活滋养下，在南国青山绿水、春风秋月的催化下，更把华夏文化推向了新的高峰。明清进士、高官多南产，就提供了一个具有说服力的例证。连乾隆也承认江浙是“人文渊薮”之所在。《四库全书》总共修成七部，按乾隆的指示，有三部放在江浙，供那里文人就近浏览。
但康雍乾三位皇帝对江浙知识分子的猜忌防范之用心又最深。这一方面是，清初征服江南时制造了诸多如“扬州十日”、“嘉定三屠”之类的惨绝人寰的屠城事件，理所当然地激起了汉族人民世代难平的民族敌忾情绪；另一方面，则在汉人“华夷之别”畛域太深，这种错误观念在华夏文化正统的江浙地区尤其强烈，尤其牢不可破。清朝入主中原，满族人当了皇帝，今天看来没什么了不起，都是中国人嘛，但那时则认为“中原陆沉”了，“日月无光”了，“夷狄盗窃天位”了，绝对不能容忍！所以乾隆在说江浙是“人文渊薮”时，又常骂那里“风俗易嚣”，人民难治。如果仅仅江浙一隅也好办，在“士为四民（即士农工商）之首”的古代，华夏文化正统所在的江浙士人领袖对清廷的态度可是关乎整个汉族人心向背、清朝治乱安危的头等大事呵。所以，康熙、乾隆的六下江南虽不能说完全没有游山玩水、松弛身心的成分在内，虽不能说他们完全没有关切民生的善良愿望，但主要还是基于清醒的政治战略方面的考虑，千方百计想怎样才能把那里的汉族老百姓、士人，尤其是那些精英人物安抚好。为此，他们祖孙俩特地在明太祖孝陵前三跪九叩，频频接见声望夙著的江南耆老宿儒，风尘仆仆地跑到各处阅视河工海塘，更不去说那些豁免江南（包括江苏和安徽两省）、浙江民间田赋积欠以及赐举人、增学额等等显而易见的羁縻笼络的举措了。
“西师”的锋芒具体指向在准噶尔，而宏观的战略意图则在于广袤的蒙藏边疆地区的稳定；“南巡”的意趣似乎专注于江浙，其实它蕴涵着驾驭整个汉族人民的深远用心。中国自古就是一个由汉族聚居的中原地区与少数民族散居的边疆地区共同组成的多民族国家，二者之间存在着自然形成的扯不断的经济文化纽带，但这并不等于自然地会出现一个统一的多民族的国家，这里还须要一条政治纽带。以往历朝历代的统治者大多没有把这条纽带做好，有的甚至根本不想做。康雍乾时代的英主们则放出了宏远博大的战略眼光，做成了一端是“西师”，一端是“南巡”的精致而坚韧的政治纽带，百年间咬住这两件头等大事不放，北边凭倚蒙古这个忠实可靠的盟友，挟政治军事之优势，以北制南，镇抚人口占全国90％以上、文化优越的汉人；南边则依托汉族中原地区源源不尽的富厚人力、物力和财力，跃马塞外，彻底制服关系国家战略全局的准噶尔，迅速平息在西藏发生的动乱。无庸讳言，康雍乾三位皇帝追求的是夯实爱新觉罗皇族千秋万代的帝国基础，但在客观上，也就顺应了数千年来中国历史发展的趋势，锻铸了超迈千古的大一统丰功伟业。
乾隆时代最终奠定了今天中国的版图。中国古代多民族的统一国家经历了漫长的历史进程，到乾隆时代才最后完成并真正巩固起来。汉、唐以开疆拓土的赫赫伟业著称，辽、西夏、金、元踵而继之，最后由清总收其功。这一伟大的历史功绩无论给予多高的评价也不过分。平定准噶尔蒙古是关系完成统一大业的中心一环，清军打得最艰苦，战争的结局也最惨烈。天山南北划入版图，一举拓地二万里，乾隆欣喜之余多次申说要“持盈保泰”，可见他已清醒地意识到盛世正处于巅峰。