乾隆皇帝知道事实之后，觉得甘肃官员竟大胆如此，欺君枉法，令他“伤心”又“寒心”，因此他决定严惩不贷，痛惩贪官。四十六年七月皇帝降谕，命将王亶望立即正法，令勒尔谨自尽，王廷赞“绞监候”。八月间又下令将侵冒帑银“监粮”银二万两以上的立即正法；二万两以下的“问拟斩候”；一万两以下的稍后定夺。如果按照贪污一千两即处以斩监候的话，甘肃当时一百零二名贪官个个应被处死。经皇帝再三斟酌，决定对该案中的下级官员从轻发落，只将赃银高到两万两的斩立决，即使如此法外施恩，被处死的官吏仍有五十六人，另有免死充军的四十六人，还有勒尔谨、王亶望、王廷赞、经方等十来名官员的子嗣数十人发往伊犁，充当苦差，以示炯戒。
甘肃一地一次就杀了或发遣了那么多官员，使得当地大小衙门陷于瘫痪，几乎运作不起来了，中央政府不得不紧急来了一次官僚体系的大调动，才解决问题。
诚如乾隆皇帝在谕旨中说的，甘肃这次大小官员集体贪污的捐监案，是“从来未有之奇贪异事”。
八、皇亲贪污也杀头
乾隆皇帝曾经在一道谕旨里这样说过：
朕于宫眷等亲属管束极严，从不容其在外滋事。恐伊等不知谨饬，妄欲以国戚自居，则大不可。凡妃嫔之家尚不得称为戚畹，即实系后族，朕亦不肯称为假借。
他的这番话是有些真实性的，我们从以下两件贪污大案中似乎可以证实：
乾隆三十三年六月初，新上任的两淮盐政尤拔世向皇帝报告前任盐政动用盐引缴贮运库银的情形，并特别指明目前尚有余额十九万多两，请为皇家服务的内务府查收。尤拔世不敢明说前任盐政们贪渎情事，但他是以先备案的方式来保护自己。
盐是人生活中不可缺少的调味品，汉代早就实行了国营政策。北宋时期，政府又发明一种盐引制度，使得官府对盐商的控制更为制度化。官府发放盐引不但可以获得更高额的税收，也能利用引票来对盐商的经营规模、数量等加以限制。盐商得到盐引就有了专卖垄断权，所以时时要对发放盐引的盐政大官们竭力逢迎，甚至以贿金换取盐引，以保有专卖权与财源。乾隆三十年代，两淮盐政从户部领得盐引多则四十万张，少则二十多万张，盐政通常以每张盐引加收银三两左右，因此每年两淮盐政所收的贮运银十分可观。同时二十年来，没有一个盐政在初上任时向皇帝奏明过存银的数目，而尤拔世又呈报得那么少，于是引起了皇帝的怀疑，并意识到可能盐政有蒙混不清，甚至私行侵蚀的情事了。不久后皇帝命令江苏巡抚彰宝与尤拔世共同清查，“不得姑息”。同年六月底，彰宝等人的调查报告送达宫廷，要点约有三大项：一、历年来两淮盐务衙门应有一千九十余万两的余利银，不应该是尤拔世报告的仅存十九万两。二、短少的一千万两固然与各盐商欠缴有关，但确定有四百六十万两是被盐政们动用在“历年办贡及预备差务”的支出上了。三、前任盐政普福、高恒与盐商之间有“暗行馈送情弊”，而高恒收纳的最多，约在数万两之数。皇帝接到报告以后，发觉事态严重，而且非常棘手，因为高恒是已故慧贤皇贵妃之弟，其父高斌曾任大学士、军机大臣等高官，高恒一直为皇帝的宠臣，几十年来都让他当肥缺的税官与盐官，实在令皇帝惊骇。同时这笔亏空与侵蚀款项竟高达一千万两，又是多年没有清查的旧账，若是清查起来，必然涉及很多大小官员与盐商在内，将会影响各地的盐运，影响人民的生活与社会的安定。而最为皇帝不乐的是他自己也涉案了，因为“办贡”、“预备差务”是指地方官给皇帝送礼以及为他南巡江浙办差务的费用，也就是说不少亏空是因皇帝而造成的。不过乾隆皇帝并没有改变严惩贪官的态度，首先下令将高恒、普福以及盐运使庐见曾等革职严讯，并查封他们的家产。担任两江总督的尹继善与高晋也以“不行据实参奏”而被“交部严加议处”。
除了对有关官员采取行动外，皇帝又做了两件重要的事：一是为自己辩护，说明每次南巡的“一切行宫道路诸费，俱系官为经理”，盐商与官员们支用了“交官项内”银两来招待皇帝，或是根本以皇帝名义额外加派，实在应该治罪；一是传谕盐商，盐务关系数省民生，各商不得因查案而推诿观望，如有“壅滞运盐”现象，将严惩盐商。
由于皇帝声称要继续查案，地方官员呈报的犯罪事实日渐增多。皇帝在不久后即发现短缺银两有一千万两之多，追补实在不易，以盐商欠缴六百万两左右来说，若令他们如数赔偿，一定有很多盐商会立即破产，势必影响到盐运，影响到千万人民的生活，同样的也会影响到国家的盐课税收。再就人的方面来看，此前担任盐政与盐运使的有好几个，各人的贪污情形要一一追究，绝非易事，一定有很多中央与地方的官吏涉案，若大力惩贪，官场顿时会产生不安情况的。加上皇帝自身也确与亏空有关，彻查下去对自己绝对无益。
基于以上种种原因，经过四个多月的调查，在皇帝主持下，终结了此一大案。高恒、普福被藉没家产，即刻处斩；庐见曾也藉没家产，处以绞监候，秋后处决；曾经给庐见曾通风报信的翰林院学士纪昀（晓岚）、军机处行走章京王旭、刑部司员黄骏昌等人革职，纪昀因与庐见曾有姻亲关系被发往新疆乌鲁木齐充军；两淮很多盐商也革去以前赐给他们的顶带与名誉官衔。显然皇帝只作了重点式的处分，而且淡化了贪案的严重性，例如盐商欠款由六七百万两说成三百多万两；高恒的赃银总数只三万多两，不是当初查出的千万两之上；另外盐商欠银则以赔收了事，分十年交与运库，不对行贿商人处分。当然他自己涉及的“办贡”等事，都以“不知情”不了了之，可见惩贪不算彻底。不过，皇帝在这次大贪案中，能不顾亲情与人情地杀了高恒也确是难得，据当时一位皇室人员昭裢在《啸亭杂录》一书里说：在乾隆即将处死高恒前，孝贤皇后的弟弟傅恒为之求情，“愿皇上念慧贤皇贵妃之情，姑免其死”，乾隆断然拒绝，并说：“若皇后弟兄犯法，当如之何？”这一巧妙而严正的回答，不仅拒绝了请求，同时也给身为皇后兄弟的傅恒一个警告，令傅恒“战栗失色”不敢再言。
傅恒是乾隆皇帝正宫皇后富察氏的兄弟，高恒则是皇贵妃高佳氏的兄弟，两家都是满洲八旗的属下人，而这两位后妃都是乾隆当太子时的早年配偶，高佳氏死于乾隆十年，富察氏死于乾隆十三年，皇帝对这两家的亲属原本都是善待恩养的，遇到如此大案，只有舍断亲情了。
按照清朝官场上的常规，犯重罪的人家，子孙的仕途一定受到严重影响的。高恒被杀之后，皇帝似乎还念着慧贤皇贵妃的旧情，对高恒家人没有株连，相反地对高恒的后代还给予了提携擢拔，高恒的儿子高朴就是实例。
乾隆三十七年，高恒被杀后三年多，皇帝“加恩擢用”高朴为三品大官都察院左副都御史，不久之后，这位“年少奋勉”、“非他人比”的高朴又被皇帝升官为从二品的兵部右侍郎，到乾隆四十一年，高朴被任命为叶尔羌办事大臣，担负治理边疆的重责大任了。
自从乾隆三十年平定乌什之乱后，皇帝对于派往新疆的官员极为慎重，惟恐所用非人，在边疆激起事变。此前驻乌什大臣素诚对畏吾尔回民所作的科派累民以及奸淫妇女的恶迹，以及驻和阗总兵和诚纵容家奴勒索回民财物等事，都在乾隆皇帝心中留下极坏的印象，所以他希望高朴这次去新疆能建立好功名，为家族争光。没有想到高朴去叶尔羌任官三年之中，竟不断地以“办贡”名义，大事扰累当地回民，并藉机为自己敛财，终于引起大家的憎怒，有人冒死上奏，揭发高朴的贪赃。
乾隆四十三年秋，驻乌什办事大臣永贵上奏，说到一位叫色提巴尔第的回民领袖出面控告高朴，地方民情不安。皇帝看了奏报，随即命永贵查办此案。在永贵的密奏与皇帝的谕旨中，我们可知当时情形：
高朴上任之后，私役了三千多回民，到“人迹所罕至”的密尔岱山中开采玉石。密尔岱山离叶尔羌四百多里，又是深山，回民冒险开凿，再将千百斤重的玉石运至叶尔羌，极为辛苦困难，经常造成人员的死伤，而高朴在地方宣称，这一切都是为了“办贡”，就是为了向皇帝进贡用的。“回人无不抱怨”，因而有人出面冒死陈情了。
高朴所开采的玉石是不是为了“办贡”呢？显然不是。他将所采得的玉石以及在叶尔羌所搜到的玉器，派专人经甘肃、陕西、山西等地，分运京师与江南，其中极少数送给皇帝，大部分私下贩卖牟利。由于全国各地“处处均有关隘盘查”，高朴向他的堂叔两江总督高晋取得“护牌”，以“办贡”名义，一路通行无阻，关卡不敢盘诘拦阻，因而可以顺利地运往苏州等地，“肆行贩卖”。乾隆四十三年，高朴的家人李福等人往江南卖玉，在苏州一地停留了半年多，得款后乘大船离去，“船中有箱四十六只”，是玉是银不得而知，但数量确是不少。同年另一路高朴家人由常永等率领，路过陕西长武县境，因案发被捕获，计有“大车九辆，载玉三千斤及家人玉料一千斤”。据当时各地官员的报告，李福等人在苏州半年卖得白银十二万八千多两，而陕西一路常永等人的所运玉器中，据货单上记载，成品的玉如意一支，需售银四千两，照全部货品计算，官员们报称总价应在一百万两之数。这是案发当年两路运玉的情形，若将此前几年的贩玉卖得银两一起加上，高朴的所得必然更是可观了。至于高朴以“办贡”为名运玉，据史料所记，大约可以看出他进呈给皇帝的为数不多。在回民领袖色提巴尔第所开列的高朴向民间搜得“极佳”玉器成品，都没有进献给皇帝，事实上，在事后据皇帝说高朴进贡的玉器只有九件，“且俱平常”之物，“乃以佳者留藏家内”。大学士阿桂奉命查抄高朴家时，确实查封了新疆制作极佳的玉碗等物，难怪皇帝大怒之下，说高朴利用“办贡”名义，牟取私利，连佳品玉器都留存家中，“即此一端，亦可见其天良尽丧矣！”
皇帝知道高朴确实犯了贪婪大罪，便在同年九月二十八日降谕将他就地处死。这是乾隆年间处理贪案最快速的一次，这可能与新疆特殊情形有关。
皇帝在高朴案爆发后，曾以谕旨告诫驻新疆的办事大臣们说：
经理该处事务，责任匪轻，当体朕意，抚辑回民，俾得安居乐业，不宜稍有派累滋扰。
可见皇帝对新疆安定的重视。事实上，在所谓的乾隆“十全武功”中，有三次军事行动是在新疆境内，即平定准噶尔与回部的三次战争，也因为这三大战役的胜利，才使清朝有效地统治了天山南北两路，而在各地以将军、参赞大臣、办事大臣、领队大臣等武官来统治新疆。皇帝深知胜利来得不易，高朴在新疆又激起民怨，而叶尔羌又“地大城坚”，一旦生事，后果必然严重，因而尽快处死高朴，以泄回民之恨，以维持边民对中央的向心力。从皇帝谕旨中透露的杀掉高朴“于国家绥靖回疆之举，则为大得”一番话看来，皇帝确实把回疆安定视为第一重要的。
高朴虽然在安定回疆的政策下迅速审理被处死了，但是皇帝也没有忘了其他的涉案人等，在其后的半年中，仍有不少官员因此案而受罚，如前任驻乌什参赞大臣绰克托以在任时不据实参奏，有“通同徇隐”之嫌，革去吏部尚书官职。两江总督高晋以“徇私”发给“护牌”，本应治以重罪，因一生办事勤慎，且年逾古稀，传谕严行申饬。江苏巡抚杨魁与苏州织造舒文以徇情故纵，未予奏报，都是“天良丧尽”，杨魁“自行议罪具奏”，罚银赎罪。舒文后来被革职。此外还有一些山、陕、江苏的官员都以失察遭到训示，或被降调。
乾隆帝在处死高朴时说：“高朴贪婪无忌，罔顾法纪，较其父高恒尤甚，不能念为慧贤皇贵妃侄而稍矜宥也。”皇帝不以私亲而宽宥皇亲国戚，真是难得，而十年之间，高家父子同因贪污而“前仆后继”地坐诛，在历史上真属罕见之事。
九、学政与皇帝斗法破贪案
学政，又称督学，官名。清初沿袭明朝制度，各省有学政，掌一省学校、教习、教育行政与考试等事，向例由翰林院侍读、侍讲、编修、检讨或各部侍郎、科道宫中由进士出身者充任，算是钦差官员，官阶比地方的总督、巡抚、布政使、按察使都低。一个官低位卑的小学政如何敢与皇帝为贪案斗法，听来有些不可思议。乾隆年间还真的发生过这样的事。
乾隆四十年代连续发生大贪案，其中王亶望的甘肃冒监案与陈辉祖抄王亶望家抽换财物案，两位主角都担任浙江的封疆大吏，皇帝对他们极不信任，因而在谕旨里说到浙江通省钱粮“难保无积压亏欠”之事，命令新任浙江巡抚福嵩清查，结果发现全省共亏空一百三十多万两。皇帝命令尽速弥补。经过四年的时间，在皇帝不断的催促之下，到乾隆五十一年，据福嵩奏报已弥补了九十六万多两，尚缺三十三万两之数。皇帝想到山东省国泰贪案后，仅两年时间，新任官员就补足二百万两的亏空，浙江是富饶省份，四年时间竟弥补不到一百万两，必是官员办事不力，“玩视帑项，一味稽迟”的结果，于是便派出户部尚书曹文埴、刑部侍郎姜晟、工部侍郎阿龄阿为钦差，到浙江彻查。皇帝一面又降谕令福嵩来京候旨，革浙江布政使盛柱的职位，情势显得很是严重。