此次金川的失利，固然与讷亲的胆小偷安、张广泗的指挥失宜、金川地险、番兵勇悍等等因素有关；但是乾隆是指挥全局的最高统帅，他的过分轻敌，任用长于政治但毫不知兵的讷亲以及盲信张广泗的才能等也不无关系，乾隆该负用人不当之责。皇帝杀讷亲等人之后，随即又任命大学士傅恒为经略，继续对金川用兵。傅恒又是皇亲，他姊姊是乾隆的皇后，二十四岁时就当上了军机大臣，后升为大学士，位居首辅。傅恒到达四川之后，调集精兵三万多人，采用岳钟琪的进兵方略，分兵两路进攻，连续攻打番碉，颇有斩获。正想在乾隆十四年春天大举进攻时，不料皇帝在是年正月至二月间，发出上谕二十道，命令傅恒撤兵停战。皇帝谕旨中所述的撤兵理由不外：一、金川道路奇险，进攻难以获全胜。二、军费过大，国力难支。三、补给运输，民力难堪。四、一切政务因金川事贻误甚多。他甚至引咎自责当初不该遣兵前往征讨。傅恒觉得军事行动已奏效，不想撤守。皇帝则在谕旨中说：“朕思蕞尔穷番，何足当我王师？经略大学士傅恒乃朝中第一宣力大臣，顾因荒徼小丑，久稽于外，即使擒渠扫穴，亦不足以偿其劳！”并且还赐诗给傅恒：“速归黄阁赞元功。”要傅恒赶快返京辅佐皇帝，显然傅恒将要被更授重任了。傅恒真是一位福将，正当他准备下令撤军时，岳钟琪已率军攻下了莎罗奔的老巢勒乌围，莎罗奔曾是岳钟琪的部下，便向岳钟琪请降了。岳钟琪更惊人地只亲率十三骑到莎罗奔营中谈判，示以诚信，莎罗奔等“稽首膜拜，衷甲持弓矢迎”，“请奉约束，顶佛经立誓”。历时三年，调兵六万，用银一千一百多万两的第一次金川之役于焉结束。
自此以后，大小金川仍属土司管理，莎罗奔也被赦免，仍为土司。不过当地土司之间，相互争斗，战乱时有所闻。乾隆中期大金川土司莎罗奔年老，由其侄郎卡主持土司事务。郎卡经常侵掠邻近土司。乾隆三十一年（一七六六），四川总督阿尔泰想从中调解，使郎卡与绰斯甲土司结亲，又准郎卡之女嫁予小金川泽旺之子僧格桑为妻。阿尔泰原以为这样可以缓和、增进他们之间的关系，没有想到他们却藉此联合了力量，从此不但更攻杀其他土司，甚至也公然与清政府的援军作战。乾隆得悉之后，指示阿尔泰实行以番攻番之策，希望用众土司之力打击大小金川。可是阿尔泰平庸无能，率军进剿时也在打箭炉停留半年不作战。皇帝大怒，革掉他大学士、总督之职，拿问治罪，后来赐他自尽，并下令由定边右副将军温福统军进剿。
乾隆给温福极为优越的条件，不但升他为大学士兼兵部尚书，拨发汉士兵七万人供他遣调，六七倍于小金川的番民，又为温福派去海兰察、哈国兴、阿桂等名将，更特别的是，皇帝又为他调运了各种新制大炮，付出三千万两白银，皇帝是想温福速战速决，建立功勋的。
温福率兵猛攻小金川，开始时颇为顺利，连夺关隘，小金川土司僧格桑逃往大金川。大金川见清兵来攻，“全力抗守，增垒设险，严密十倍于小金川”，清兵分六路进攻，但效果不佳。同时温福“为人刚愎，不广谘方略”，而且又学张广泗当年“以碉逼碉”的办法，兴建了碉卡近千座，让很多士兵住进碉卡，活动的战斗力反而不足了。乾隆三十八年夏，温福屯兵于大金川之东的木果木，“日与董提督天弼辈高宴”，“不亲督战”，“寒将士之心”。大金川此时见温福无出兵攻击意，乃主动出兵切断粮运道路，并猛攻木果木大营与各碉卡，温福战死，清兵大溃，据说清兵自相践踏，“过铁锁桥，人相拥挤，锁崩桥断，落水死者以千计”。军营米粮一万七千余石与大量银两、枪炮弹药都被大金川获得，这是乾隆执政三十八年第一次的惨重败仗。
皇帝得到战败消息之后，重新布置军事，命阿桂为定西将军，丰绅额、明亮为副将军，增调健锐营、火器营及各省兵增援，名额增加近十万之众，又拨发大量军费与弹药，决心非消灭金川势力不可。阿桂等于稍事休息整顿后，于三十九年正月开始进攻大金川。在“天时之多雨久雪，地势之万夫莫前，人心之同恶誓死”的“三难”下，阿桂沉着指挥，诸将用命，不久攻克了小金川，随即向“跬步皆山”的大金川挺进。大金川土司索诺木倚险设碉坚守，清军一碉一碉地争夺，至为艰苦，最后终于逼进到了大金川的根据地勒乌围。索诺木见形势紧急，他将小金川土司僧格桑鸩死，向清军献尸求降，阿桂不允，继续进攻。勒乌围“碉坚墙厚，西临大河，……有崖八层，层各立碉”，因此耗费了清军半年的时间，才逐渐进入核心地带，最后还是用重炮轰击大寨，始克竟全功。乾隆四十年中秋夜，清军攻破勒乌围，索诺木等又逃到刮耳崖，直到四十一年初，清军才大举包围刮耳崖，索诺木走投无路，乃带领祖父莎罗奔、喇嘛、家族、藏民二千多人出降。大小金川战役至此真正结束。
阿桂等的捷报传到京师，皇帝大喜，封阿桂为一等公，丰绅额为一等子爵，海兰察为一等侯爵，明安一等伯，其他将官也晋升官爵。乾隆四十二年四月十八日，莎罗奔、索诺木等人被押运京师，在午门前举行受俘礼，皇帝穿龙袍、御午门楼，一时铙歌大作，金鼓齐响，战犯押至行三跪九叩首礼，又置已死僧格桑的首领于地，礼成后各犯被押出天安门。莎罗奔、索诺木祖孙及金川首领多人被寸磔，又将索诺木与僧格桑二人脑袋枭示于市。
乾隆十四年第一次平定大金川，清廷前后动员了约八万名的兵员，军费耗掉约一千多万两。乾隆四十一年第二次大小金川之役，各路参战的满汉土屯兵丁约十万人，军费则花掉七千多万两，实在是劳民伤财、死伤惨重的事。据阿桂的报告，小金川番兵约七千名，大金川约八千名，总共只有一万五千人，何以让清廷花费那么多时间，耗损那么多钱财、人命才能平定呢？乾隆的用人不当，估计错误，相将不和、文武贪生等等都是原因。不过金川藏民的一些能以寡拒众因素也应该注意。据庄吉发教授从故宫旧档里查得资料，金川的“地险碉坚”是一个原因。地险是指“碉寨所踞地势危峻”，“跬步皆山，并无平地”，而金川藏人又“善于穴地藏躲，临阵之歼戮无多”，清军马兵无用武之地，步丁也不惯于在如此地形地区作战。碉不但坚而且数量特多，又是难以快速平乱的原因。据记载各路官兵攻克的碉寨不计其数，总督阿尔泰在负责征剿时就共克碉寨八百五十余座，大小石卡二百五十余座，焚毁寨落四百五十余间；总督桂林在乾隆三十六年十二月到第二年五月，共毁大小战碉二百余座，焚毁寨落八百五十余间；将军阿桂则前后毁大小战碉一千一百余座，焚烧寨落八千五百多间；将军明亮、丰绅额等人也有毁战碉数万座的纪录。可见金川一带，遍建战碉，不容易攻打。另外，藏番所用的武器本来只有原始的挡牌、两头尖摔棒、腰刀、长矛、鸟枪等物，后来从清军逃兵处获得大炮、劈山炮、母子炮等重武器，实力增强了很多。还有凡遇打仗，“各寨头人挨着门户每家派一人去出兵，就是十三四岁小孩也要派去充数，器械是各人家里自己带去，所需口粮，都是出兵人家自己预备先带着十五六天的粮食去”，可见土司不需为作战经费烦心。藏人敬奉喇嘛，而传闻喇嘛善咒语，可以呼风唤雨，也可以诅咒清军，这对金川藏民的士气大有鼓舞作用，弄得乾隆后来命阿桂也带着喇嘛随营听用，以求助顺。
大小金川及邻近地区平定后，为永绝后患，皇帝命于大小金川设镇安营，后来又把大小金川改设为阿尔古厅与美诺厅，不久又合两者为懋功厅，驻以同知，办理屯务，大小金川被改土归流了。金川自设厅后，保证了川藏交通，也发展了当地农业，不到十年，人丁日增，屯事日兴，原住民也各安耕作，“无异内地民人”，大小金川被内地化了。
三、两征准噶尔
明末清初，分布在天山南北、青藏、甘肃一带的蒙古部落称为卫拉特（又称厄鲁特）蒙古，即明朝的瓦刺，意思有“亲近者”、“联盟者”、“林中百姓”等不同解释。清初分为和硕特、准噶尔、杜尔伯特、土尔扈特四大部，其中准噶尔部的势力强大，与清廷关系也最差。康熙时代曾三次亲征准噶尔噶尔丹，雍正时也因准噶尔庇护青海逃入罗卜藏丹津而再启战端，最后以划界和谈结束。准噶尔蒙古始终是清朝北疆的一大隐忧，尤其在噶尔丹死后，准部由策妄阿喇布坦及其子噶尔丹策零继承汗位，团结卫拉特诸部，实力日见增长。乾隆即位后，因稳固自身统治地位与国家财力等问题，对准噶尔采议和固边的原则，签订了和约，但是在皇帝心中，这父祖未完成的事业他是有责任要达成的。
乾隆十年，准噶尔瘟疫流行，九月噶尔丹策零又因病去世，汗位继承发生了问题。本来噶尔丹策零生有三子，长子喇嘛达尔札系庶出，次子策妄多尔济“因母贵而嗣汗位”，年幼的三子策妄达什也被一些权贵所拥护，因此策妄多尔济虽继承而隐伏着斗争的危机。乾隆十五年，策妄多尔济终因肆意荒淫，诛杀过甚，被长兄喇嘛达尔札的人马所杀，喇嘛达尔札乃继立为汗。但准部贵族大策零敦多布等极为不满，拟立第三子策妄达什。他的计划不久曝光，喇嘛达尔札乃先发制人，杀死了三弟及支持者大策零敦多布等人。继承政争并没有因此结束，大策零敦多布之孙达瓦齐又与辉特部的台吉阿睦尔撒纳联合在一起，于乾隆十九年发动政变，杀死了喇嘛达尔札，达瓦齐于是登上了汗位。达瓦齐与阿睦尔撒纳之间也不是精诚合作，政变成功后双方又起矛盾，而且愈演愈烈，到乾隆十九年，两边的人马便在伊犁一带发生激战，阿睦尔撒纳大败，于是率领残部两万多人投降了清朝。
阿睦尔撒纳不是等闲的人物，他是和硕特部拉藏汗的孙子，准噶尔部策妄阿喇布坦的外孙，他的牲畜、牧场、属众都很多，是当时卫拉特蒙古王公中一个举足轻重的人物；但是他的野心也不小，他的投降清朝，实在令乾隆意外，乃派出专人带着赏赐礼物去迎接，并准备冬天再去承德避暑山庄亲自接待阿睦尔撒纳。乾隆十九年十一月十五日，避暑山庄陈设了全套卤簿，以隆重的典礼接见阿睦尔撒纳一行，封他为亲王并任命为北路参赞大臣，可谓相当厚待了。
乾隆皇帝早就把平定准噶尔的事看作是头等大事，现在准噶尔内讧将近十年，汗国实力严重削弱，是用兵的一大良机。阿睦尔撒纳又力陈“伊犁可取状”，请求尽速出兵，正合皇帝心意，也增强了皇帝平定准噶尔的决心。
乾隆二十年春，皇帝任命班第为定北将军，阿睦尔撒纳为定边左副将军，由乌里雅苏台出北路；又命永常为定西将军，由巴里坤山西路，两路出兵会攻。清军出征之后，准噶尔军纷纷归降，甚至有些地方，“各部大者数千户，小者数百户，无不携酒牵羊”迎接清军，达瓦齐的准部兵土崩瓦解，几乎全无抵抗，清军便如此顺利地到达了伊犁。达瓦齐当时已无力阻止清军进入伊犁，便率领兵士一万多人退守格登山一带，驻营固守。清军分两路攻击，直捣营地，达瓦齐兵败奔逃，降者六千多人，包括雍正初年青海叛投准噶尔的罗卜藏丹津也一并擒获。达瓦齐则与少数随从逃窜到南疆。
南疆的回民本来就痛恨准噶尔的暴力统治，纷纷起来响应清军，当达瓦齐逃经乌什时，被当地回民领袖霍集斯擒获。霍集斯是用计佯装慰问，供应酒马给达瓦齐而将他逮捕的，后来达瓦齐被押送到清军营中，与罗卜藏丹津一并辗转再押送京师。至此，一征准噶尔之役顺利完成。
平定准噶尔后，乾隆满心欢喜，大封功臣，特别给阿睦尔撒纳封为双亲王，食双俸。用兵三月就有如此成就，实在不易。乾隆二十年五月，皇帝命在伊犁建“平定准噶尔勒铭伊犁之碑”以及“格登山碑”，记载战功。十月，达瓦齐等押解北京，又在午门举行献俘大典礼。皇帝认为达瓦齐虽有罪，终究是准噶尔台吉，特予赦免，并加恩封为亲王，配以宗室之女，赐第京师，希望减少准部的仇恨。同月，乾隆又下令在承德避暑山庄附近依西藏三摩耶式样，建造普宁寺，以志盛事。
乾隆在平定伊犁准部之后，为了西北边疆不再有强权割据，便采取“众建以分其力”的策略，把卫拉特四部“封为四汗，俾各管其属”。但是阿睦尔撒纳一心想作“四部总台吉，专制西域”，他是想作卫拉特总体汗王的，当然对乾隆的政策是不能赞同的。他虽被封为双亲王，食双俸，但这些都不能满足他的欲望。自从平定达瓦齐受封之后，他独断专行了，也任意杀掠了。他不穿清朝官服，不用清朝官印，暗中扩展势力，积极准备反清。