在阮惠方面，因为当时他的兄长阮岳正与南方暹罗作战，而他自己原只是广南王的一个臣僚，现在能打败清军，但旧广南王家及臣属对他并不支持，而黎朝上下又视他如仇敌，所以他若想成为安南新国王，就必须得到清朝册封认可，否则存在都是问题，因此他灵活地运用了外交手段，忍辱负重地一再向清朝恳请入贡。乾隆五十四年正月他击败清军后，即差人赍表叩关，“情愿投诚纳贡”，当时孙士毅还在署理总督，即遵旨将表文退回，不予理睬。乾隆后来又提出一些条件，如阮惠必先将俘虏的清军全部送还，缚送杀害许世亨等将领的安南官兵到中国接受处分，为死难清军立祠纪念等等。同年二月初九日，阮惠二度遣使乞降请封，又不得所请。二月二十二日，阮惠三度到关呈进表文，说明已将杀害清将之凶手查出，而俘虏送归清方的先后四次共近七百名，完全遵照清方要求办理。三月十六日福康安驰抵镇南关，当时阮惠第四次使节已至，十九日福康安接受阮惠亲侄阮光显的表文，愿为中国藩属。阮光显并请求进京觐见皇帝，并声称杀害许世亨等人之安南兵已被正法。福康安见其诚心悔罪，乃不复深究，只命令安南须建祠春秋虔祭许世亨等，另外阮惠得罪天朝，并未肉袒求降，双方又议定来年乾隆八旬万寿时，阮惠应亲自到清廷祝寿，输诚纳款。
清朝官书里一直称阮岳、阮惠等人，但是阮惠派人来乞降的表文里则自称为阮光平。后来清代中央从福康安的奏报中才弄清楚，据阮光显称：他的父亲名阮光华，兄弟四人，光华居长，二弟阮光岳即阮岳或阮文岳；三弟阮光平，即阮文惠或阮惠；四弟阮光泰，可能就是阮文吕或阮吕。因此清代官书接受安南表文后也改称阮惠为阮光平了。
乾隆皇帝早想结束这场战争，阮光平又是如此恭顺，当然允准册封他为安南新国王了。在皇帝看来，安南自唐朝以后，由曲、矫、吴、丁、李、陈、黎、莫各家相继为王，黎维祁又再弃其国，是气数已尽，上天既厌黎氏，他也不敢再坚持了。黎维祁后来被编入汉军旗，住中国，不准回安南，也解除了阮光平的忧虑。
乾隆五十五年，阮光平率团至京祝嘏，乾隆特别赐宴于热河避暑山庄，坐次排在亲王与郡王之间，也算给他光宠了。乾隆又赐给他御制诗章、冠带袍马、金玉器玩等物。阮光平后以安南缔造方殷，国事不能久旷，所以在祝寿行礼后，即请旨归国。
《清史稿》中记载此事时说：“五十五年，阮光平来朝祝厘……其实光平使其弟冒名来，光平未敢亲到也。”安南的《大南实录》也记：“初，惠既败清兵，又称为阮光平，求封于清，清帝许之，复要以为入觐，惠以其甥范公治貌类己，使之代。”阮光平不敢来中国也有可能，因为当时安南局势不稳，旧阮广南王阮福映在暹罗想恢复失土，黎维祁又有谣传要返国执政，清廷让他进京祝寿或为骗局，在如此情势之下，阮光平以替身来华也并非无稽之谈。
乾隆朝征安南之役，不少学者认为是一次错误的征伐，不过以封贡关系的宗主国来说也是应尽的责任。孙士毅兵败之后，皇帝改剿为和的决策相当高明，而且很快实现了允贡、封王，恢复两国的宗主与藩属关系，同时使商业与文化得以正常交流，中国边境得到安宁，应该可以视为是乾隆的一项成就。
十、廓尔喀之征与西藏的安定
乾隆五十三年（一七八八）六月，廓尔喀军攻人西藏，皇帝得到驻藏大臣庆麟的急报后，随即颁降谕旨，调兵遣将，前往迎战。皇帝出兵的原因是廓尔喀与西藏聂拉木、济咙、宗喀这三处地方接壤，廓尔喀既然派兵来侵略西藏的这三个地方，理应派兵去堵截擒拿。
清廷为什么要管这件事呢？原来从康熙末年清军平定准噶尔侵藏势力后，改组了西藏地方政府，由西藏贵族执政管理西藏事务。雍正年间派驻藏大臣辅助达赖喇嘛，但在驻藏大臣尚未抵达时，西藏贵族间发生争夺权力的斗争，拥护清朝中央的康济鼐被杀，反清的阿尔巴布等人又进兵攻打管理后藏政务的颇罗鼐，颇罗鼐奋勇抵抗，平定了乱事。后来清军入藏，驻藏大臣也到了拉萨，为奖赏颇罗鼐，晋封他为郡王，接替康济鼐管理西藏。由于驻藏大臣的设立，加强了对西藏的有效管理，加上颇罗鼐的“恪尽忠诚”，使西藏度过了二十多年的平安岁月。
乾隆十二年（一七四七），颇罗鼐病逝，其次子珠尔墨特那木札勒承袭郡王爵位，但这位新王想独揽治藏大权，又与达赖喇嘛发生冲突；对驻藏大臣经常冒犯，甚至进行武装攻击。珠尔墨特那木札勒不但派人杀害他在后藏管事的兄长，并暗中勾结准噶尔部为外援。清廷忍无可忍，乃密令新任驻藏大臣傅清将他“相机擒戮”，以除后患。傅清等后来于乾隆十五年十一月召请珠尔墨特来议事，及时砍杀了珠尔墨特及其随从。不料他的党羽随即来围攻驻藏大臣衙门，枪炮齐发，烈焰焚楼，两位驻藏大臣傅清与拉布敦就在这场乱事中殉职。七世达赖喇嘛闻讯，召集僧倡与藏人攻击叛众，四川方面也派兵入藏，叛众闻讯乃溃散，因此清军尚未抵拉萨，乱事即已平定。
从这次事件中，清廷深感西藏贵族权力过大是乱源，于是对西藏政府进行了一项大改革：废除了西藏郡王的封授，政府由噶隆（亦称噶伦）四人管事，但“噶隆事务，不可一人专办”，噶隆也不能“于私宅办事”，不能私自补放第巴的官员，各寺院的喇嘛缺出也不能私自选派等等，都需要与达赖喇嘛、驻藏大臣请示遵行，这就是所谓的《西藏善后章程》。清政府为了有效实行以上改革，决定在西藏长期驻军一千五百人，“令提督大员弹压，三年一换”。如此一来，虽以西藏贵族为噶隆治理藏地，但噶隆权力大受限制，而驻藏大臣的权力大为提升，也可以说加强了清廷对西藏的管辖，西藏政局也因此稳定了近四十年，直到廓尔喀入侵时才再起动乱。
廓尔喀原是尼泊尔的一个部落，位于首都加德满都西北。乾隆三十四年（一七六九），部长博赤纳喇乘尼泊尔内讧，举兵征服各部，迁都加德满都，建立新王朝。廓尔喀地当印度与西藏之间的往来通道，因在西藏西南，疆土犬牙相错，故与西藏的宗教、商务关系都很密切。据当时人的叙述，博赤纳喇死后，传位其子西噶布尔达尔巴克，约在乾隆四十年左右，西噶布尔达尔巴克又传位年仅四岁的王子喇特纳巴都尔，由于年幼，由叔父巴都尔萨野摄政。幼主所住的房子俱系“西洋式房屋”，廓尔喀兵丁所有的武器多有鸟枪、藤牌、刀矛，但也有“自来火枪”，正如缅甸的情形一样，这些“自来火枪”都是来自欧洲英、法两国的新式武器。
廓尔喀进兵西藏的原因，不少清朝史书都说是六世班禅死后其兄弟争产所致，六世班禅于乾隆四十五年七月到热河觐见乾隆，但不幸于十一月初二日患天花死于北京，百日诵经之后，皇帝命班禅之兄仲巴呼图克图护送灵榇回藏。据说当时皇帝对六世班禅极为尊敬，不但在他生前造了承德的“须弥福寿之庙”作为班禅的行宫，他死后又赏赐了“金银不下几十万金，此外宝冠、念珠、晶玉之钵、镂金之袈裟、瓷器、彩帛、珍珠等，不可胜计”。这笔巨额财产都被班禅之兄仲巴呼图克图所占有，而班禅的另一位兄弟沙玛尔巴是红教活佛，受长兄黄教首领排斥，“未能分润”。沙玛尔巴极为不满，乃投奔廓尔喀，唆使廓尔喀人入侵西藏。这一兄弟不和争产确是一个原因，但是更重要的却是双方在商务交往上发生了问题。
冯明珠教授从故宫档案中发现，一个当时的西藏本地人说：“闻系前藏人不用巴勒布新钱，又因彼地乏盐，常有人来藏买食，被藏民将不堪之盐售给，故此不和兴兵。”又有人说：“向来藏里与廓尔喀相好，交通贸易，一切买卖，俱用廓尔喀银钱，后来廓尔喀因新铸银钱，比旧钱成色较好，要把新钱一个当两个使用，藏内人不肯依他。又因藏内向来将食盐易换廓尔喀粳米，廓尔喀人以藏内的盐有搀杂土的，说藏人买卖不公道，所以两下不和的。”另外藏人向廓尔喀商人增收高额货物入口税，因而引起廓尔喀不满。这些商务上的纠纷，廓尔喀小王曾写信给西藏的噶隆与驻藏大臣，驻藏大臣“因不认得廓尔喀的字，就没有给他回字”。廓尔喀就因为这些原因出兵占领了后藏的聂拉木、济咙、绒辖、宗喀等地。