乾隆皇帝接到驻藏大臣庆麟的奏报后，立即派出成都将军鄂辉、四川提督成德等率兵进藏，征剿廓尔喀来军，另遣熟悉西藏事情并会说藏语的御前侍卫、理藩院的侍郎巴忠也速往西藏，主持用兵诸事。乾隆五十四年正月中旬，鄂辉、成德二人带兵到了廓尔喀与西藏的边界，发现被廓尔喀攻占的宗喀已无敌军，碉寨也经破坏，几乎成了一座荒山。绒辖一地也不见廓尔喀军踪迹。清军抵藏后可以说未经战斗即长驱直人，收复了失地，后来才发现西藏与廓尔喀方面早已私下议和，许银赎地，廓尔喀因而自动地撤了军。
巴忠于乾隆五十四年二月底到达济咙军营与鄂辉、成德会合，当他们了解西藏方面与廓尔喀已私下议和之后，大家意见略有不同。“成德原说带兵前来，自然该与廓尔喀打仗，使他害怕，方不敢再至边界滋事，如何即与说合。后来成德因见事已说定，不能与巴忠执拗，只得随同办理”和议了。这也是不少人以为“巴忠自恃近臣，不复为鄂、成所统属，自遣番人与廓尔喀议和”的。事实上，西藏因为兵丁懦怯成性，不能作战，无法抵御廓尔喀的来侵，包括达赖喇嘛在内的政教领袖们都赞成与廓尔喀谈和，花钱消灾。据达赖喇嘛属下亲信、也是负责与廓尔喀谈和的丹津班珠尔事后称述：
……我与四月内也就前往济咙，住在邦杏地方，同巴勒丹敦珠布见了沙玛尔巴（按即死去的六世班禅之弟），他说如今要廓尔喀退还地方，每年须给廓尔喀一千个元宝。……我当时没有依允，后来沙玛尔巴再三说合，达赖喇嘛叔叔阿古拉前曾寄信叫我酌量办理，我因廓尔喀不肯退还地方，唐古特人又怯懦，巴大人在胁噶尔又连次写信催我完结，我与巴勒丹敦珠布商量，想要速完此事，就讲定了三百个元宝，沙玛尔巴就写了合同，用了图书。……那时庆大人、雅大人都已革职，我就一面禀知达赖喇嘛，一面就向穆大人、张大人禀过，两位大人说你们与廓尔喀照旧相好，这合同上的事，你们怎么办，我们也不能管了。我因没有带得银子，若得藏内去取，又路远赶不上，当下就向札布伦布在宗喀做买卖的人凑了三百个元宝给付完事。
可见西藏人向廓尔喀许银赎地是“众人商量”的事；不过巴忠的催促，穆、张两位驻藏大臣的默许也是促成和议的原因，清廷这些大臣对此次事件的办理不善是显然的事实。
乾隆皇帝知道西藏喇嘛与廓尔喀私自议和之后，降旨痛斥庆麟、鄂辉等人，表示反对许钱赎地之议。因为一般喇嘛与执政的噶隆能擅自操纵如此重大之事，则达赖喇嘛与驻藏大臣的地位与权力必然会降低。红教的沙玛尔巴既能在议和中扮演如此重要角色，则黄教势力必受侵压，红教也可能由此兴起。皇帝的这些考虑并非无因，所以降旨给在藏的清朝官员，警告他们“使知远大之图，勿狃目前小利”。可是巴忠等人则以为一年付三百个元宝，是西藏政府的事，不要朝廷负担；西藏地形气候不适清军作战，而廓尔喀又表示要向清朝进贡，这样解决问题似乎也是很好，所以他隐瞒了真相，甚至编造了谎言，强调廓尔喀进贡的事，并请皇帝封授廓尔喀国王王爵，王叔公爵。巴忠迁就议和后就赶回北京，清朝初征廓尔喀之役也宣告结束。
乾隆五十六年（一七九一）六月底，廓尔喀兵又越过边界，与藏兵发生冲突，再度占领了聂拉木，并诱捕了当年谈判人丹津班珠尔等人作人质，廓藏问题因而再起。
廓尔喀第二次侵犯西藏的主要原因有二：一是西藏答应每年支付的三百个元宝约银千两爽约未能付清；二是红教沙玛尔巴想夺得后藏寺庙珍宝而唆使所致。廓尔喀军占领聂拉木、济咙等地后，又进攻班禅所住的札什伦布，烧杀掳掠，后藏大乱。廓兵还扬言要攻打前藏，驻藏大臣保泰与雅满泰“心慌胆落”，准备把达赖与班禅“移至泰宁”，更加造成人心不安，乾隆责骂他们简直是“开门揖盗”，下令将他们撤职。另外，皇帝在八月二十三日看到西藏来的报告，知道廓尔喀二度兴兵来犯，他披阅之后，将报告交与巴忠阅看。第二天巴忠就在军机大臣面前表示此事他有责任，希望给他或革或降职务的处罚，“赶赴藏地效力赎罪”。皇帝没有处罚巴忠，也没有派他去西藏，只命鄂辉带兵前往，巴忠可能见前事已败露，当晚就投河自杀了。乾隆知道巴忠等人作了丧权辱国之事，而廓尔喀又再度起兵侵藏，不但侵犯了宗教圣地，又威胁到中国的领土主权，为了“安边境而摄远夷”，皇帝决定以大军来永杜后患了。
同年九月的上旬，皇帝谕示两广总督、协办大学士福康安入京，面授方略，领大兵征剿廓尔喀。除了又派猛将海兰察、奎林等协助福康安办理军务外，皇帝还为他制定了作战方针：为捣穴擒渠，福康安可率五六千劲旅进剿。攻陷其首都后，廓尔喀自必瓦解。如国王“心怀摄伏”，悔罪乞降，也可以允其所请，订立条约之后再班师回朝，不必消灭其国。
福康安于九月二十九日自京城启程，十二月二十四日经过星宿海，一路相当艰苦，“冬令处处凝冰，远近高下，竟无路径”，“乱石纵横，与冰块相间层积，马足倾滑，行走维艰”。二十八日过巴颜哈拉，地势更高，“人行寸步，气喘头目眩晕，肌肤浮肿”，连福康安正值年富力强之人，也不免“冒寒患病”，“略形困顿”。高山反应，又值严冬，延误了福康安一行的行程，直到乾隆五十七年正月二十日，他们才驰抵前藏，稍事安顿后即驰往后藏，准备向廓尔喀进剿。
廓尔喀在福康安未入藏前就先写了书信呈寄清朝文武大臣，说明纯因西藏不履行约定付银才进兵的，绝非有意与清廷为敌，愿意遵奉清廷训谕，罢兵息争。福康安抵藏后，因为皇帝态度强硬，决心坚定，所以他三月间檄谕廓尔喀，义正词严地告知廓尔喀：西藏为中国版图，廓尔喀为天朝属邦，属邦竟进犯天朝边界，攸关体统，必须声罪征讨。
福康安、海兰察等统兵奋战，到乾隆五十七年五月已尽复西藏失地，廓尔喀兵全部撤回本境。福康安领兵六千进入廓尔喀，企图直取其首都阳布（加德满都），然而沿途山高路险，“无平地可搭营”，有的地方“路逼仄，不能驻足”，福康安等“皆露宿崖下，实甚劳苦”，“士卒皆穿履，跣足行石子上，多刺伤，又为蚂蟥啃啮，两足肿烂”，清军可谓狼狈不堪。到七月初旬，据称已深入七百多里，离首都阳布只有几十里之遥。不过清军在集木集一带大山重叠之中，与廓尔喀军发生过激战，福康安等最后虽克复两重大山木城四座，但伤亡损失也很惨重，尤其热锁桥一战，福康安“甚骄满”，“贼乘间入，遂败”。尽管清军因轻敌小挫，但廓尔喀在大军压境下深恐国都不保，而邻国锡金、不丹又俟机协助清军，国王喇特纳巴都尔就遣使印度，请求孟加拉英国东印度公司以武力支援。当时英国正想发展与中国的商务关系，以西藏为中国主权所在，不愿加以援助。
廓尔喀见外援不应，强邻窥伺，乃决定转向中国请罪求和。国王先把俘虏的丹津班珠尔与汉军、喇嘛共四人释放回藏，并向福康安呈送禀帖。福康安开出议和条件，如国王或王叔应亲自来营叩头认罪，红教活佛沙玛尔巴若已死亡亦应将其尸体送来呈验，廓尔喀所抢去札什伦布寺金银宝物必须全数交还等等。七月十七日，廓方呈送札什伦布寺财物、沙玛尔巴骨骸及其眷属，另当初许银赎地合同也一并交出，重申愿意遣使纳贡，呈表乞降。皇帝本来就想适可而止，乘胜收兵，八月二十二日看到福康安的奏摺与廓尔喀的降表，立即降谕允许降顺，“赦其前罪”，令福康安班师回朝，并封赏有功文武大臣，从而结束了十全武功中的最后一役——廓尔喀之役。
清朝乘战胜余威，在大军未撤时，在西藏进行了一项积极改革藏政的计划，从当年十月起，福康安与八世达赖、七世班禅等共同筹议西藏善后章程，经前后会商共提出一百多条款项，第二年经中央修订为二十九条，正式颁行，这就是著名的《钦定西藏善后章程》，这个《章程》乃成为日后清朝对西藏管理的最高法律。其中最重要的部分约有：
一、规定“驻藏大臣督办藏内事务，应与达赖喇嘛、班禅额尔德尼平等”，自噶隆以下，所有西藏政教官员，均为驻藏大臣之属员，“事无大小，均禀驻藏大臣办理”。
二、规定前后藏的噶隆（行政官）、代本（又称戴埠，是率领五百人的军官）、商卓巴特（掌管大活佛仓库的僧官）以下大小官员，凡有缺出，“统归驻藏大臣会同达赖喇嘛拣选”。
三、规定达赖、班禅和各地黄教活佛呼图克图转世，必须在驻藏大臣的监视下，采取金瓶抽签（金奔巴瓶制）来决定，不再由巫师作法决定。
四、规定建立西藏地方常备兵三千名，以保卫西藏，巩固国防。
五、一切外交交涉方面事务，“俱由驻藏大臣主持”。
六、西藏地方政府的财政收支，也“统归驻藏大臣稽查总核”，并准铸造银币。
单从以上几项就可以了解：《钦定西藏善后章程》明确地规定了清朝中央拥有管辖西藏的政治、军事、经济、外交等各种最高权力，达赖与班禅只是当地的宗教领袖，驻藏大臣的权力进一步大为提高，这对清朝西南与西北边区的安定，对多元民族国家的统一与发展，都有重大的作用。