但是达·芬奇并不满足他的这些才干，他要掌握人类思想的各个领域。他眼光独到，做事干练，具有艺术的灵魂。有一次，他在山里迷了路，走到了一个漆黑的山洞前。他在后来回忆这段经历时说：“我突然产生了两种情绪——害怕和渴望：对漆黑的洞穴感到害怕，又想看看其中是否会有什么怪异的东西。”他一生都被这两种情绪所羁绊——对生活的不可知性或无力探知的神秘感到害怕，但又想把这个神秘的不可知性加以揭露、加以研究，解释其含义，描绘其壮观。
在文艺复兴早期，人们盲目地接受传统观念，崇拜古代权威和古典著作。人们学习科学知识也只是学习像《圣经》一样的亚里士多德理论，只相信文字记载。达·芬奇反对经院哲学家们把过去的教义和言论作为知识基础，他鼓励人们向大自然学习，到自然界中寻求知识和真理。他认为知识起源于实践，只有从实践出发，才能探索科学的奥秘。他说，理论脱离实践是最大的不幸，实践应以好的理论为基础。达·芬奇提出并掌握了这种先进的科学方法，采用这种科学方法进行科学研究，在自然科学方面作出了巨大的贡献。他提出的这一方法，后来得到了伽利略的发展，并由英国哲学家培根从理论上加以总结，成为近代自然科学最基本的方法。达·芬奇坚信科学，他对宗教感到厌恶，抨击天主教为“一个贩卖欺骗的店铺”。他说：“真理只有一个，他不是在宗教之中，而是在科学之中。”达·芬奇的实验工作方法为后来哥白尼、伽利略、开普勒、爱因斯坦、牛顿等人的发明创造开辟了道路。
最后的晚餐意大利达·芬奇
《最后的晚餐》是基督教传说中最重要的故事，几乎被所有宗教画家描绘过。达·芬奇于1495年接受了米兰圣玛利亚·格雷契修道院的订约，开始创作《最后的晚餐》壁画，直到1496年才宣告完成。
在达·芬奇为米兰格雷契寺院食堂画《最后的晚餐》之前，所有的画家对画面艺术形象处理都有一个共同的特点：那就是把犹大与众门徒分隔开，画在餐桌的对面，处在孤立被审判的位置上。这是因为画家们对人的内心复杂情感无法表现，从形象上难以区别善恶。由于达·芬奇对人的形象和心理作过深入的观察和研究，能从人物的动作、姿态、表情中洞察人物微妙的心理活动并表现出来。
达·芬奇站在新时代的前列，赋予这一传统宗教题材以新的思想和境界，在神的形象中挖掘和表现了人的心理和情感，高度体现了文艺复兴的进步的时代精神。
《最后的晚餐》是表现耶稣已经知道自己的不幸将临时，在与门下众弟子共进最后的晚餐宴席上，宣布说：你们中间有一个人出卖了我。这句话在12个门徒中引起了极大的震动。画家着意刻画弟子们瞬间所表露出来的极其复杂的、各不相同的心理反应。画家赋予画中每个人物以鲜明的性格气质，紧紧扣住每个门徒对基督的话做出明白的、毫不含糊的表态。这个场面就好像在一池平静的水面上投掷一块石头所引起的那愈来愈大的波纹浪图一样，在此之前是十分平静的晚餐，突然引起巨大的波动，门徒中每个人的动作、手势及面部的表情所传达出来的是微妙的因人而异的心理差别和变化。
全画总共13人，基督居于画面中间位置，其余12个门徒分4组平均对称排列左右，这些组合是由每个人的心理变化和感情联系自然结合在一起的，画中人的情绪造成画面的气氛有动有静、有声有色。画家运用造型艺术的手段使画中人和欣赏者的感情紧密联系在一起，探究一下画幅中每个人物的性格和情绪的发展是很有意思的。请看：基督在说完“你们中有一个人出卖了我”这句话以后，神色镇静而又慈祥，很自然地摊开两手，微微低垂着头，毫无恐惧之色，对刚才所说的那句话似乎还有点不甚感慨之情。门徒中反应强烈、显得特别激动的是坐在基督左手边的那一组3个人，他们各有一个表达情感的动作。我们首先看到的是年轻的、具有火爆性格的菲利普突然按捺不住地从座位上跳了起来，带着不可捉摸的疑问转向基督，想弄清楚这到底是怎么回事，他用手捂着胸口，欲向基督表白自己对老师的真诚与纯洁；那个老雅各极度愤慨，用力地摊开双手，身子因失去重心而稍向后仰，好像在向同伴表示：我实在不知道，竟然出了这么大的事，简直不可思议；在他们后面站着的是多马，他尽量按下性子，向基督举着食指向上，哆嗦地说，真的？天晓得，事情怎么会是这样？他实在弄不清楚刚才发生的事情。在靠近基督右边的一组3个人中充满着一种复杂情绪，显然处于克制状态。那个告密的叛徒犹大就在这一组里，当他听了基督的话以后，做贼心虚地急速扭动身子，惊恐万状地想远离老师，并且慌忙地握紧告密所换来的钱袋，战栗而极端害怕地斜视着威严的基督，他阴沉而丑陋的，又显得特别粗鲁的脸皮，被善良貌美的约翰和坚强勇敢的彼得的面孔衬托、对照得更加鲜明突出；约翰优柔地把头垂在一边，搭拢双手，神志焦虑，不知如何是好，在倾听彼得细言；彼得的头在约翰和犹大之间显得特别突出，他勃然大怒地站起来弯身前倾向着约翰，并把左手按在他的肩头，紧贴耳边，似乎在低声询问约翰：你知道是谁出卖了我们的老师吗？此时他的左手还紧捏着一把刀，好像正在表示，要是我知道是谁告的密，一定要亲手杀死他，来为我们的老师报仇，这是一个急性而富有正义感的人。在靠近彼得右手边的是张开双手、显得震惊而又沉着、上了年纪的巴多罗迈。他的手势似乎表明要大家不要惊慌，他自己严肃而冷静地凝视着基督，在这危急关头想拯救老师。搂住巴罗多迈的是小雅各，他紧张地望着基督无能为力。站在桌子顶端的、身强力壮的是安得烈，他扭身向前，颇有冲上前去之势，这一组的3个人都凝神注视着基督，把欣赏者的视线完全引向了基督。最左面一组的另外3个人是达太、西门和马太。马太虽然脸向左边的老达太，可是双手却伸向基督，好像在询问有经验的老人，刚才老师讲的话到底指的是谁呢？从老达太摊开的双手看，表示自己也正为这件突如其来的事纳闷，好像在十分疑惑地告话他：我真的什么也不知道。西门也在苦苦思索这从天而降的大祸，但是毫无结果。到此为止，画里13个人的外貌、情绪和性格特征，活灵活现地印入我们的脑子里，观赏画的人好像随画中人经历了这一严重时刻。这是一群典型的人物，具有典型的性格，处在典型的环境中。画面具有戏剧冲突的舞台艺术效果，它是一幅具有划时代意义的情节性历史画作。这个题材曾被达·芬奇之前的不少画家所描绘过，但唯有达·芬奇的《最后的晚餐》为空前的杰作。
《最后的晚餐》在艺术形式的处理上也是极为完整和成功的。画面的构图并不复杂，基本上是在一条直线上穿插变化的，因此总体上是在单纯中见丰富。大师把13个感情激荡的人物有机地组合在一起，既有区别又紧密联系，既突出了基督的主要形象，又层次分明地刻画出每一个人的外貌和性格特征，高度地概括又深刻地揭示了这一戏剧性的场面。画家尽可能地调动了一切艺术手段，着意表现出耶稣的临危不俱、神态自若。大师把耶稣安排在既是画面中心、又是视觉中心的位置上，用背景中大门的透光，更加清楚地衬托出耶稣的形象，并且有意识地把两侧的门徒和耶稣分开，初看似乎耶稣很孤立，实际上内在的情绪和感情，以及事件把他和门徒始终紧密联系在一起。一切都以耶稣为中心：画中的餐桌、墙壁门窗和天花板的处理取平行透视，都集中而消失在基督的形象上，这一切很自然地把观众的视线首先吸引到基督的身上。画家将12个门徒3人一组平均对称地分配在基督的两边，以其各自的动作和表情与基督产生联系和呼应。整个环境和道具的处理比较单纯，为的是更加突出激动的人物，这些独具匠心的艺术处理，使艺术语言显得高度精炼，达到炉火纯青的境界。
绘画是空间静态的艺术，它不可能像小说和戏剧那样，把事件和复杂的情节、人物的性格和情绪的发展变化细致而深刻地一一告诉观众，只是靠一个静止的瞬间形象，去揭示变化和发展着的生活。为了刻画人物的性格和变化着的思想感情，画家必然要设法抓住能显示画中人内心活动的外部特征，即对人物的动作和面部表情加以塑造，通过可视的形象，使欣赏者产生符合画家创作意图的联想和想象，从而理解这个瞬间的前因和后果。因此，虽然都是静止的人物，但能表现出巨大的生命力，静中求动。画家为了获得这种艺术效果就必须精心地为自己的主题、情节选择一个环境，运用典型人物的动作和表情去表现具有个性特征的人物，清楚地表明画家打算告诉观众的一切方面，使处于静态的画面成为一出剧的缩影，这应该是情节性绘画所要追求的最高境界。
达·芬奇的创作达到如此高的成就，与他辛勤的艺术劳动是分不开的。他的创作态度极其认真严肃，他为《最后的晚餐》花费了巨大的心血和劳动。他在创作之前的准备工作做得周详而细致，画了大量的速写，构思时进行深思熟虑的推敲，他深入地研究每个登场人物的动作表情，并为每个人规定了行为举止的意图。在他为这幅画所作的笔记中写道，一个人饮了酒并把杯子放下来，把头转向说话的人，另一个人合拢双手的手指，眉头紧皱，看着自己的同伴，又一个人伸出两手的手掌，把肩耸到耳边，嘴上显出惊奇的样子。在这些笔记中虽然没有注明门徒的名字，但据分析看，达·芬奇在创作想象中对于具体地塑造每个门徒，已经作了严格的选择和规定，基本上根据每个门徒的性格特点和外貌特征，设想和规定了他们各不相同的行为，以及在整个构图中所占的地位。这些明显的意图在他遗留的一些速写中比较清楚地反映了出来，因此我们现在所看到的画幅中每个人物都有与自己身份相适应的动作和表情。
达·芬奇在创作《最后的晚餐》的过程中，他的工作作风是既严肃认真又富有情趣的。他对自己的艺术语言的运用极为慎重。有时候他长时间地站在自己的画前沉思，停笔徘徊许久。据说这使不懂艺术的寺院院长十分恼火，竟然无理责难达·芬奇是有意怠工拖延时间，并且打算催促他一刻也不要停笔作画。他自己不好意思去催逼达·芬奇，便不断地在他的总管面前唠叨，要他去找达·芬奇谈谈为什么总是站着不动笔。总管没有办法，只好硬着头皮用委婉的方式，转弯抹角地示意大师快点作画，并且尽量让达·芬奇理解这不是他的本意，而是院长的旨意。大师并没有生总管的气，还和他就画的艺术性问题进行了一般性的交谈，最后向他严肃地表示，自己将会很快完成这幅壁画，目前只是剩下两个人的额头需要刻画，一个是基督，另一个就是叛徒犹大。基督的头像问题不大，很快就可以完成，但是关键是犹大的模特儿还需要寻找，如果实在找不到适当的模特儿的话，他准备就利用这个令人讨厌的、粗暴而无知无识的院长的头去填补。这席话引起了总管的同情和好笑，他会意地告诉达·芬奇，大师的话是百分之百正确的，他本人完全理解。自此以后，那个可怜又可鄙的院长终日坐立不安，再也不敢来打搅大师的工作了。传说公爵莫罗殿下来看定稿的《最后的晚餐》时，当看到犹大的面孔时忽然笑了起来：犹大！简直和修道院院长一模一样，他不给你安宁，他妨碍你的工作，你非常巧妙地报复了他，让他永远留在这张桌子的后面吧。正好，他那样贪婪地把钱袋抓得紧紧的，舍不得花在自己修道院的孩子们身上。由于他的吝啬，教士们吃够了苦头。我们现在看到画面上面那个犹大的头，实在是反映出一个可耻叛徒的丑恶形象，也是对残酷无情的小人的真实写照，使观赏者望而生厌。
500年过去了，这位文艺复兴时期的天才巨人的伟大作品，对于我们中国的画家和观众来说，仍然具有极大的魅力。艺术是人类共有的精神财富。《最后的晚餐》这幅画虽然歌颂的是基督教的主题，当然我们并非要赞美基督教精神的伟大，但画家笔下所描绘的不是神而是人，是人类社会中真、善、美的化身，是人类善恶的对比写照。大师所歌颂的不是神的力量，而是人的善良、正义的美德；斥责的是卑鄙和丑恶的叛徒行为。因此，这件杰作在历史上永远是不朽的，它不仅属于意大利人民，也属于全世界人民。
此画在透视、构图等方面皆有所突破，一经问世，即震动了画坛，开创了画坛新局面。复制、仿制曾一时成风，特别是复制品为后世的修复提供了重要的依据。
当年人们制作壁画通常采用湿壁法。它要求制作者动作敏捷，在灰浆未干之前完成绘画，而达·芬奇一改常规作法，以干壁取代了湿壁。这也许便于他沉静思考，不断完善自己的画作，也许是一种技术上的尝试。但几年后，人们发现壁画色彩粘着不牢。1517年，画面上出现了斑痕并开始龟裂。人们据此得出结论：达·芬奇的干壁制作法是一个不小的过失。
除了达·芬奇技术上的过失，一场场天灾人祸还无情地摧残过这幅名画，使它竟一度变成艺术废墟。
1652年，寺院为要在食堂开一扇通往厨房的门，便将画中耶稣和3个门徒的脚截去，为这幅名画留下了难以弥补的缺憾。