昆曲形成的历史，可谓源远流长，它起源于元朝末年的昆山地区，至今已有六百多年的历史。宋、元以来，中国戏曲有南、北之分，南曲在不同地方唱法也不一样。元末，顾坚等人把流行于昆山一带的南曲原有腔调加以整理和改进，称之为“昆山腔”，为昆曲之雏形。
明朝嘉靖年间，杰出的戏曲音乐家魏良辅对昆山腔的声律和唱法进行了改革创新，吸取了海盐腔、弋阳腔等南曲的长处，发挥昆山腔自身流丽悠远的特点，又吸收了北曲结构严谨的特点，运用北曲的演唱方法，以笛、箫、笙、琵琶的伴奏乐器，造就了一种细腻优雅，集南北曲优点于一体的“水磨调”，通称昆曲。
清代昆曲（流行于江苏一带）经过几代文人的加工整理，吸取了海盐腔、弋阳腔和当地民间曲调后更加丰富，曲调舒徐婉转；伴奏乐器有笛、萧、笙、琵琶、鼓板、锣等；剧本主要是传奇性的；表演注重动作优美、舞蹈性强，形成了特有的风格；在舞台艺术上继承了古代民族戏曲表演经验，创造了完整的民族戏曲表演体系。隆庆、万历以后传入各地，对许多地方曲种产生了影响，形成了一种广泛的声腔系统，但自清代中叶之后逐渐衰落。
新中国成立后，为了挽救这一古代文化遗产，整理改编了《十五贯》等传统剧目，使昆腔有了新的生命。
该剧种于2001年5月18日被联合国教科文组织命名为“人类口述遗产和非物质遗产代表作”称号。2006年5月20日，昆曲经国务院批准列入第一批国家级非物质文化遗产名录。