爱因斯坦在科学界的地位无人能敌。人们仰慕他，政治家们恭维他，无论走到哪里，他身后总有大帮记者尾随而至。但鲜为人知的是，当年美国联邦调查局（FBI）一直在对他进行秘密调查，暗中窥视着他的一举一动。他曾被怀疑是俄国派到柏林的间谍。他对人权运动以及和平主义者、社会主义者的支持，也都让当年的FBI感到非常不安。以上种种历史内幕，直到《爱因斯坦文件》的公开，才为世人知晓。
爱因斯坦是一个颇为机智的人，他不愿意人们把他看成一个头脑发昏的理想主义者，因此一直都在冷静地选择自己应该支持什么组织。1894年，当时只有15岁的爱因斯坦离开了德国，部分原因就是他内心非常厌恶德国的军国化。1914年第一次世界大战爆发的时候，他因工作关系重回柏林，但他毫不掩饰自己对战争的憎恶。在一份号召欧洲人团结起来的反战宣言中，他是签名的4个著名知识分子之一，并且他还出席了和平组织的大会。1919年，因为提出了著名的“相对论”，爱因斯坦成了国际名人。随后几年中，爱因斯坦的名字多次出现在许多和平及裁军组织的名单上。这一情况引起了“某些人”的高度重视。据《爱因斯坦文件》记载，1932年，一个叫做“妇女爱国者公司”的组织写了一封长达16页的信，向美国国务院反映这一情况，信里写道，“即使是斯大林本人”也没有参加过这么多无政府组织，应当禁止爱因斯坦进入美国。不过美国政府似乎没有理会这些。1933年，希特勒在德国上台后，爱因斯坦来到了美国普林斯顿高等研究院。随后，他公开宣布支持西班牙的反法西斯主义力量。
爱因斯坦不是一个党派人物，尽管他同情社会主义，但他并不信仰共产主义，也并不相信暴力运动能够解决社会问题。但就是这样一个人，FBI也不放过。研究当时的FBI局长胡佛的历史学家说，在联邦调查局看来，自由主义是向共产主义蜕变的第一步。他们认为爱因斯坦是左派，所以很危险，因为他同情的那些东西都是共产党所赞同的。特别是在二战后，美国官员们非常担心他们在与前苏联的“高赌注宣传游戏”中，输掉类似爱因斯坦之类的杰出人物。他们已经输掉了毕加索和查理·卓别林，此二人都毫不客气地抨击当时美国的政策。因此，FBI除了紧紧盯住爱因斯坦之外，别无选择。美国政府心里清楚，这些人都太聪明，根本没法和他们争论什么，惟一能做的事情就是看住他们。
此次公布的《爱因斯坦文件》还披露了爱因斯坦与研制原子弹的内幕。1942年6月，美国陆军部实施了利用核裂变反应来研制原子弹的计划。为了先于纳粹德国制造出原子弹，该工程集中了当时西方国家（纳粹德国除外）最优秀的科学家。本来，是爱因斯坦写给罗斯福总统的信，使美国启动了这项制造原子弹的“曼哈顿工程”。但奇怪的是，爱因斯坦并没有参与此项计划。
《爱因斯坦文件》披露说，早在1940年，在军方递交FBI审查的一份参与原子弹研制的科学家名单中，本来爱因斯坦榜上有名，但是后来他却被换了下来。FBI局长胡佛解释说，这是因为考虑到爱因斯坦的反战立场和左派倾向。此外，他被排除在外，还与递交到胡佛那里的一份“个人履历”有很大关系。履历中说，爱因斯坦20世纪30年代在柏林的公寓是“一个共产主义的中心”，是“莫斯科使者们的藏身之地”。履历里最后总结说：“有这样背景的人，似乎不可能在如此短的时间内成为一个忠诚的美国公民。”
FBI监视爱因斯坦是从战后开始的。当时FBI把监视目标对准他和他的秘书海伦·杜卡斯女士两人。海伦·杜卡斯自从1928年以来，一直为爱因斯坦工作，并且和爱因斯坦、爱因斯坦的继女马戈和姐姐马嘉一起住在普林斯顿的家中。当时，FBI把监视有共产主义或纳粹倾向的移民视为一项常规任务。1943年，他们特地跑到剑桥大学，闯入杜卡斯侄子的家中进行调查，因为他是一个反法西斯组织的头头。1944年，FBI获悉杜卡斯可能从爱因斯坦那里得到关于原子弹的信息，从而一口咬定她正在从事“高度可疑”的活动。1946年1月，特工曾要求监听爱因斯坦和杜卡斯两人的电话，但是却被禁止，因为FBI不想授人以柄，被人们说他们侵犯公众隐私。尽管如此，特工们还是想办法监视了爱因斯坦家里的电话和邮件，但他们大失所望，因为其中多数都是无关紧要的内容。倒是有一些内容让他们颇感兴奋，他们得到了一些记者和作家的通信和电话，而FBI认为这些记者或作家本人可能是来自社会主义国家的特工。
这种调查持续了几年，直到1953年斯大林去世，1954年麦卡锡下台。从那以后，再也没有谁对爱因斯坦展开调查。1955年4月18日，爱因斯坦去世，享年76岁。《爱因斯坦文件》也在一年之后终于划上句号。FBI的发言人不愿对这份文件作任何评价，说应当由公众来评判此文件的价值。按照《信息自由法案》的规定，FBI必须公布这份文件，它反映了那个年代的指导思想是如何左右着政府、新闻媒体和公众情绪的。