方腊，《宋史》有记述，且亦见于宋人笔记野史，《水浒》所叙，乃小说家言，多与史传相悖。
《水浒》称方腊出身樵夫。无据。南宋人称方腊“家有漆园”（《宋九朝编年备要》、《青溪寇轨》）、“方腊家有漆林之饶”、“家本中产”、“又为里胥”（曾敏行《独醒杂志》）；也有称方腊出身贫穷，为人雇工，如《桂林方氏宗谱》、《歙淳方氏会宗统谱》，均作“佣人”、“家佣”。按，方腊，歙州（今安徽歙县）人，曾在青溪方庚处为佣。歙县方姓自隋唐伊始，即为地方望族，至北宋时已形成八系，其中一系落脚在睦州青溪帮源（今浙江淳安西）。
又，方腊，本应作“方朕”。据《贵耳集》，“方腊旧名‘朕’，此童贯改曰‘腊一。若如是，凡史书所及方腊，均应恢复为方朕。按，方腊很有可能系在起事后改名为方朕的，有关方腊起事后所形成的档案资料无一见存于世，此事也因而湮没于世。
方腊起事后当设置官制兵制，但史籍中多不记，仅方勺《青溪寇轨》稍见痕迹：“腊自称圣公，改元永乐，置偏裨将，以巾饰为别，自红巾而上，凡六等，无甲胄。”此或是起事之初的建置，后可能有称皇封相的，如“伪相方肥”。此处《水浒》所述多多，均系小说家言，不足为信。
有关方腊失败和被俘事，小说归功于鲁智深。民间流传有武松独臂擒方腊故事。二十世纪五十年代初的京剧《水泊梁山》，即有写武松与方腊交战，为方斩掉左臂，而武松却仗神力，活捉方腊；电视剧《水浒传》亦宗此说。钱静方《小说丛考》曾称：“数百年后，小说家又归之于武松，何蕲王（韩世忠）之不幸也，且擒方腊之地，在睦州不在杭州，则杂剧《涌金门》一出，宜改为清溪峒矣。”按，擒方腊故事，不为方腊家乡见容；据说，此戏不得在当地上演，曾有戏班在歙县对溪村准备演出《武松独臂擒方腊》，其戏台就被当地民众拆掉。这种农耕社会特有的文化心态并非只能以站在方腊立场上，用“爱憎分明”，而可一言以蔽之的，它更多地反映出浓郁的地方乡缘情结。
方腊被俘，一般见有三说：
（一）韩世忠说。据南宋赵雄《韩忠武王世忠中兴佐命定国元勋之碑》：“王（韩世忠）潜行溪谷间，问野妇，得其洞口。即挺身仗戈而前，榛棘岭崎，越险数里，……腊遂就擒，并俘以出。辛兴宗后至，领兵截洞口，掠王俘以为己功，故王不受上赏。别帅杨唯忠还阙，少伸其事，但超转承节郎”（宋杜大琏《名臣碑传琬琰之集》）。《宋史·韩世忠传》、《宋史纪事本末·方腊之乱》、《续通鉴》、《青溪寇轨》皆同，或即据此为祖本。又，方腊的原雇主方庚亦参与镇压方腊事，有称“（方）庚公乃奔命江准，逆王师，为韩忠武先导，诱擒腊，并其党羽，东南以平”（《重修桂林方氏家谱叙》）。当时韩世忠为王渊部小将，王渊乃攻打方腊帮源洞和清溪的将领。
对此，也有说俘方腊者是解元。“威平洞在县西八十里。宋宣和中，方腊反，韩世忠击败之”。“方腊深据岩屋，为三窟，诸将莫知所入。世忠潜行山谷间，问野妇得径”。“或曰擒腊者，解元，世忠之游卒也”（乾隆《淳安县志》卷一）。威平洞，原名帮源洞。解元久随韩世忠，后为抗金名将，《宋史》有传。
（二）折可存说。折可存为西北籍宿将，“方膳之叛，用第四将从军，诸人藉方玄以推公，公遂兼率三将兵，奋然先登，士皆用命。腊就擒，迁武节大夫”《折可存墓志铭》。史家有据此释折可存俘方腊，误。他只是在方腊起义被镇压后，论功恩赏，遍及雨沾而已。按，折可存未参与帮源洞俘方腊的战斗。
（三）刘光世、姚平仲说。刘光世、姚平仲都是镇压方腊的一路主帅。“宣和初，腊陷睦州，命刘光世、姚平仲擒之，斩于部下”（《舆地纪胜》卷八）。但据《宋会要辑稿》诸书，刘光世在宣和三年四月一日在衢州，后又在龙游、兰溪和婺州（今浙江金华）等地转战；姚平仲于同年四月二十三日攻占浦江，五月初在义乌，两人均未参与帮源洞战斗。
其实，方腊乃是在帮源洞被洗劫后的第二日，遭遇官军搜山被俘的。“王禀、辛兴宗、杨唯忠生擒方腊于帮源山东北隅石涧中，并其妻孥兄弟伪相侯王三十九人”（《通鉴长编纪事本末》卷一四一）。此据档案所录，据称辛兴宗掠功时有十三人乘乱逃逸。
又据《贵耳集》，方腊并没有被俘，“败后不知所终，被擒者非腊也”。